청구인들이 쟁점법인의 주식을 양도면서 양수인으로부터 받은 매매대금 전체가 쟁점법인 주식의 양도대가에 해당한다고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인 A와 청구인 B(이하 “청구인들”이라 한다)은 2020.4.27. 부동산컨설팅업을 영위하는 ㈜C(대표이사는 D이고, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 총 OOO주(쟁점법인의 주식 100%이고, 이하 “쟁점주식”이라 한다) 및 쟁점법인에 대한 D의 가수금 채권(이하 “쟁점채권”이라 하고, 쟁점주식과 합하여 이하 “쟁점주식 등”이라 한다)을 D으로부터 양수하면서 양수 대가로 OOO원을 지급하였고, D은 양도대금 OOO원 중 OOO원(1주당 OOO원)은 쟁점주식의 대가, 나머지 OOO원은 쟁점채권의 대가로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 청구인들은 2020.8.25. 쟁점주식 가액을 OOO원으로 하여 E(49%), F(21%), G(15%), H(15%, 이하 “양수인들”이라 한다)에게, 쟁점채권 가액을 OOO원(2020.8.25. 기준 OOO원)으로 하여 양수인들[E(25%), F(15%), G(15%), H(15%)] 및 I(30%)에게 각 양도하는 계약을 체결한 후, 양수인들 및 I로부터 지급받은 쟁점주식등 양도대금 OOO원 중 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 하여 각 지분별(50%)로 2020년 귀속 양도소득세(각 OOO원)를 신고·납부하였고, 쟁점채권의 양도는 과세제외 대상으로 보아 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

다. 처분청은 쟁점주식 양수도거래에 대한 조사 결과 D이 쟁점법인에 대여한 가수금 채권이 존재하지 않으므로 D이 양수인들로부터 수취한 OOO원이 쟁점주식의 양도대가에 해당한다고 보아 D에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 각 경정·고지하였고, 청구인들이 양수인들 및 I로부터 수취한 OOO원 전부를 쟁점주식 양도대가에 해당하는 것으로 보아, 2026.11.4. 청구인 B에게, 2026.11.10. 청구인 A에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2026.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장D은 2009년 설립된 쟁점법인에 다년간 재직하였는데, 2018년 초 쟁점법인의 모회사인 OOO(이하 “투자회사”라 한다)가 쟁점법인에 대하여 영업종료 후 폐업시키려고 하자 회계자문이었던 J 공인회계사로부터 쟁점법인이 많은 장점이 있다는 조언을 듣고 쟁점주식과 대여금채권(쟁점채권 포함)을 자신이 양수하는 조건으로 합의하여 쟁점주식과 대여금채권을 인수하였다.처분청은 2025년 세무조사를 실시하여 D이 투자회사로부터 양수한 채권을 인정하지 아니하였으나, 쟁점채권은 투자회사와 D이 쟁점법인에게 직접 현금으로 대여한 것이므로 이를 근거없이 부인할 수 없다.쟁점법인이 매년 법인세 신고 시 제출한 재무상태표와 관계회사 차입금 및 대표이사 가수금 계정별원장을 보면 쟁점채권이 확인가능하므로 이를 부인하고 청구인들에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견D과 쟁점주식의 양수인이 작성한 계약서를 보면 OOO원을 지급하고, 쟁점주식 및 쟁점법인의 운영권을 양수도한다는 내용만 나타날 뿐 쟁점채권과 관련한 내용은 확인되지 않으므로 OOO원은 쟁점주식에 대한 대가에 해당하며, D은 세무조사 당시 쟁점채권과 관련하여 쟁점법인에게 지급한 가수금이 없었다고 진술하였고, 이를 확인하는 확인서도 작성한 바 있다.D은 세무조사 당시(2025년) 투자회사와 작성한 쟁점법인 주식 양도양수 계약서를 제출하였고, D이 2020년에 제출한 계약서와 비교해 볼 때 “and Claims the Company”라는 문구가 사후적으로 추가된 사실이 확인되는 등 청구주장을 신뢰하기 어렵다.청구인 A는 K회계법인에 사무장으로 재직하였고, 청구인 B은 K회계법인의 세무사로 소속되어 있었으며, D이 쟁점법인의 관계회사 장기차입금을 본인의 가수금으로 대체한 회계처리가 정당하다고 주장하며 제출한 계약서 역시 K회계법인에서 제출한 것이다.

이는 D으로부터 취득한 쟁점채권이 가공채권인 것을 청구인들이 알고 있었다는 반증이라고 할 수 있다.청구인들은 이처럼 쟁점주식의 취득과 양도 과정에서 고액의 양도소득세를 회피하기 위해 본인들의 세법적 지식을 이용하여 존재하지도 않는 채권의 양도·양수 계약을 체결하였고, 이에 그치지 않고 세무조사 과정에서 D에게 조작된 거짓 계약서를 제출하게 하는 등 처분청을 기망하였다.이와 같이 청구인들은 OOO원에 취득한 쟁점주식을 OOO원에 재차 양도하면서 고액의 양도소득세를 회피하기 위해 재무제표의 대표자 가수금 계정을 이용하여 이를 채권으로 꾸며 별도의 채권 양도·양수 계약을 한 것으로 판단되므로 청구인들이 양수인으로부터 수수한 OOO원을 쟁점주식의 양도 대가로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인들이 쟁점주식을 양도하면서 양수인으로부터 받은 매매대금(OOO원) 전체가 쟁점주식의 양도대가에 해당한다고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) D과 청구인들 사이에 작성된 쟁점주식의 양수도계약서(2019.12.8.)에 의하면, 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점주식을 청구인들에게 양도(제1조)하고, OOO원(제5조)을 청구인들이 D에게 지급한다는 내용이 확인된다(쟁점채권과 관련한 내용은 나타나지 않음).＜표1＞ 쟁점주식 양도양수계약서 중 일부OOO(나) D이 제출한 확인서는 아래 ＜표2＞와 같고, 이에 따르면 D은 쟁점주식을 양도하면서 쟁점채권의 양도에 대해서는 알지 못하였고 쟁점채권 양도와 관련하여 양수인측(청구인 A)에서 주도하였다는 내용이 기재되어 있다.＜표2＞ D 작성 확인서OOO(다) 처분청의 심문조서 작성 당시 D은 ⅰ) 쟁점법인에 가수금을 대여한 사실이 없고, ⅱ) 투자회사도 쟁점법인에 대한 채권을 포기하였으며, ⅲ) M＆A발전서라는 업체의 지시에 따라 쟁점주식 양수도거래를 하였다고 진술하였는바 그, 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 세무조사 당시 D 진술내용 중 일부OOO(라) D이 2020년 당시 제출한 투자회사와의 계약서와 2025년 세무조사 당시 제출한 계약서에 의하면 아래 ＜표4＞와 같이 ‘and Claims the Company’라는 문구의 차이가 있고, 처분청은 이를 근거로 D이 세무조사 당시 쟁점채권 관련 증빙을 사후로 추가하였다는 의견을 제시하였다.＜표4＞ D과 투자회사가 작성한 양도양수계약서상 문구 차이OOO(마) 쟁점법인의 계정별원장을 보면 아래 ＜표5＞와 같이 ‘관계회사 장기차입금’과 ‘가수금’ 내역 등이 나타난다.＜표5＞ 쟁점법인의 계정별 원장 중 일부OOO(바) 청구인들과 양수인들 사이에 작성된 쟁점채권 양수도계약서(2020.8.25.)에 의하면 청구인들은 쟁점채권을 양수인들 및 I에게 양도하고 그 대가로 OOO원을 지급받는 것으로 기재되어 있는 것으로 확인되는바, 구체적 내용은 ＜표6＞ 기재와 같다.＜표6＞ 채권양도양수계약서(2020.8.25.)OOO(사) 청구인들과 양수인들 사이에 작성된 쟁점주식 양수도계약서(2020.8.25.)에 의하면 청구인들은 쟁점주식을 양수인들에게 양도하고 그 대가로 OOO원을 지급받는 것으로 기재되어 있는 것으로 확인되는바, 구체적 내용은 ＜표7＞ 기재와 같다.＜표7＞ 주식양도양수계약서OOO(2) 양수자가 청구인들인 쟁점주식 거래와 관련하여 D이 우리원에 제기한 양도소득세 관련 심판청구사건은 기각 결정OOO된 것으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 D이 쟁점법인에 대한 가수금 채권인 쟁점채권이 있었고, 양수인으로부터 받은 대가 중 일부는 해당 쟁점채권과 관련된 것이므로 쟁점채권 양도가액을 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위법·부당하다는 주장이나, 세무조사 당시 D이 쟁점법인을 투자회사로부터 인수하면서 투자회사가 쟁점법인에 대한 채권을 포기하였다고 진술하였고 이를 확인하는 확인서를 제출한 점, D이 양도소득세 신고시 제출한 투자회사와의 2020년 계약서에는 쟁점채권 등 관련 내용이 나타나지 않은 반면, 5년이 지난 2025년 세무조사시 제출된 투자회사와의 계약서에 쟁점채권을 포함한 채권관련 문구(and Claims the Company)가 포함된 것으로 나타나 이들 계약서가 정상적인 의사결정 과정을 거치는 등 그 작성·변경 등에 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, D과 청구인들간에 작성한 쟁점주식 양수도계약서에 매매대상인 쟁점주식과 매매대금 OOO원은 기재되어 있으나 쟁점채권 관련 사항이 기재되어 있지 않은 점 등을 고려하면 D의 쟁점법인에 대한 가수금 채권인 쟁점채권 등이 존재하였다고 보기는 어려우므로 처분청이 청구인들이 양수인들로부터 수령한 OOO원을 쟁점주식 양도대가로 보아 이 건 양도소득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.