쟁점사업장의 임차료에 대하여 실지 귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 과·면세 공급가액 비율로 안분하여 매입세액 불공제액을 산정해야 환다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 1999.4.20. 하이퍼마켓 상점의 개발과 운영 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 서울특별시 영등포구 OOO지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 임차하여 A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하면서 ① 농ㆍ축ㆍ수ㆍ임산물 등 면세재화와 공산품 등 과세재화를 소비자에게 판매하는 사업(이하 “판매사업”이라 한다)과 ② 쟁점부동산 내 일부 영역을 제3자에게 재임대(전대)하는 사업(이하 “임대사업”이라 한다) 및 ③ 문화센터운영사업(이하 “문화센터사업”이라 한다)을 수행하고 있다.

나. 청구법인은 2018년 제2기∼2023년 제1기(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 부가가치세 신고 시 쟁점부동산의 임차료에 대한 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)이 공통매입세액에 해당한다고 보아, 이를 쟁점사업장의 과ㆍ면세사업의 공급가액 비율로 안분한 후 불공제되는 매입세액을 산정하여 부가가치세 신고를 하였다.

다. 이후 청구법인은 2024.1.25. 감정평가를 통하여 쟁점부동산의 각 층별 효용계수를 반영한 임차료를 산정하고, 각 층의 실지 사용면적에 귀속되는 임차료를 재계산한 후, 이 중 ① 판매사업 관련 매입세액은 판매사업의 과ㆍ면세 공급가액 비율로, 공용구역 관련 매입세액은 쟁점사업장 전체의 과ㆍ면세 공급가액 비율로 각각 안분하여 불공제되는 매입세액을 산정하는 한편, ② 임대사업 관련 매입세액은 전액 공제하고, ③ 문화센터사업 관련 매입세액은 전액 불공제하여 2018년 제2기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.3.25. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「부가가치세법」상 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자의 각 사업에 관한 매입세액의 계산은 실지귀속에 의하는 것이 원칙이고, 매입세액을 실지귀속에 따라 계산할 수 있음에도 불구하고, 이를 포기하고 막연하게 공급가액 비율로 안분하는 것은 원칙에 우선하여 예외를 적용하는 것이어서 위법하다.(가) 「부가가치세법」 제40조 본문은 “사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따른다”고 규정하여 실지귀속의 원칙을 천명하고 있다.(나) ‘면적’은 실지귀속을 구분하는 기준 중 하나로 인정되고 있다(OOO, 1982.5.21.).‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6은 ‘건축물이 과세사업과 면세사업, 과ㆍ면세사업에 사용되고 있고 각각의 사용면적이 객관적으로 구분되는 상황이라면, 각 사용면적 비율에 따라 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 있다’고 명시하고 있다.(다) 조세심판원도 건물 전체에 관하여 지출된 매입세액의 실지귀속과 관련하여 ‘각 사업의 사용면적’을 기준으로 구분할 수 있다고 보아 왔다.1) 조세심판원은, 위 ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6을 그대로 받아들여, 백화점을 운영하는 사업자가 건물 전체를 임차하여 일부 면적에서는 공산품 또는 가공되지 않은 농산물 등을 판매하고(판매사업), 다른 일부 면적은 제3자에게 임대하는 한편(임대사업), 주차장이나 계단 등의 공용면적을 두면서, 위 건물 전체에 대한 임차료를 하나의 임대차계약에 기초하여 일괄 지급한 사안에서, “과세사업과 면세사업, 과·면세 겸영사업에 각 사용된 면적을 확인하여 각 면적 비율대로 임차료를 구분(실지귀속)한 다음, 과세사용에 대한 매입세액은 공제하고, 면세사용에 대한 매입세액은 불공제하며, 과·면세 겸영사용에 대한 매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분해야 한다”고 결정(조심 2015서940, 2016.5.30.)하였다.특히, 위 결정에서 처분청은 접근의 용이성 또는 선호도 등에 따라 층별로 단위면적당 임차료가 상이하므로, 전체 임차료를 단순히 면적 비율대로 안분할 수 없다고 주장한데 대해 “백화점 건물 전체의 임차를 1개로 보아 계약한 경우에는 층별 효용성을 구분할 필요성이 크지 않다”고 하여 층별 효용성을 구분할 필요가 없다고도 보았다(청구법인은 조세심판원이 고려할 필요가 없다고 한 ‘층별 효용성’마저 반영함으로써 더욱 실지귀속 구분의 객관성을 담보하였다).2) 또한, 조세심판원은 건물(지하 6층~지상 19층)의 소유자가 건물의 일부는 임대업(과세사업)에, 나머지 일부는 금융업(면세사업)에 사용하면서, 1개의 종합관리용역계약에 기초하여 건물 전체에 대한 관리·보전·보수·청소·보안 등의 용역비용(매입비용)을 일괄 지출한 사안에서, 처분청이 어느 면적에 몇 명의 인원이 투입되는지를 구분하기 어렵고, 임대면적의 공실 여부에 따라 용역비가 달라지지 않았으며, 각 층별 면적에 따라 전담 인원이 특정되지도 않았으므로, 면적당 용역비를 계산할 수 없어 실지귀속이 불분명하다는 의견을 제시한 데 대해 “건물 전체에 대해 일괄 지출된 관리비용 등의 경우 각 사업에 사용되는 면적에 비례하게 각 사업에 실지귀속되었다”고 보았다(조심 2021서885, 2021.7.2.).(라) 법원은 이러한 실지귀속의 원칙을 막연히 포기하고 공급가액 비율로 안분하는 것은 그 자체로 위법하다고 보고 있는바, 호텔업(과세사업)과 카지노업(면세사업)을 하나의 건물 내에서 구역을 나누어 운영하면서, 해당 건물 자체에 대한 청소용역비(매입비용)를 지출한 사안에서, “‘실지귀속을 주장하는 원고가 그 비용 항목과 세부내역을 명확히 특정하여 주장하거나 신고해야 한다’라는 피고의 주장을 이해 못할 바는 아니다”라고 하면서도, “그러나 과세 처분의 적법성에 관한 증명책임은 기본적으로 피고에게 있고, 과세 처분은 신중하고도 엄격하게 이루어질 필요가 있으며, 특히 부가가치세를 납부해야 하는 원고가 매입세액을 공제받지 못함으로써 입게 되는 불이익이 상당할 것으로 보인다”고 판시하였고, 또한 “피고는 그 매입세액비용을 구별할 일응의 기준을 세우거나 구체적인 사실조사를 하는 등의 절차를 제대로 거치지 아니한 채, 개별적·세부적인 확인·검토 없이 공통매입세액으로 일괄 처리한 것으로 보이므로, 이 사건 처분은 위법한 것으로 볼 수밖에 없다”고 판시하였다[서울고등법원(OOO) 2024.2.1. 선고 OOO판결(대법원 2024.6.20. 선고 OOO심리불속행판결로 확정)].이렇듯 실지귀속에 따라 공제되는 매입세액을 계산하여야 할 의무가 있는 처분청이 과세행정의 편의만을 위하여 「부가가치세법」이 예외적으로 인정하고 있는 안분에 따른 공제를 마치 원칙인 것처럼 취급하고 있는 것은 부당하다.(2) ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6은 특정 건축물이 과세사업과 면세사업, 과·면세 겸영사업에 각 사용되고 있는 상황에서, 그 건물 전체에 관하여 일괄 지출된 여러 비용(매입세액)의 실지귀속분을 계산하는 방법을 구체화하고 있는데, 위 집행기준은 쟁점부동산에 관하여 일괄 지출된 사용료(임차료) 관련 매입세액의 실지귀속이 문제되는 이 건에 그대로 적용될 수 있다고 보아야 한다.(가) ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6은 위 집행기준을 적용할 수 있는 전제 사실로 특정 건물이 각 사업에 사용된 면적이 객관적으로 구분되어 있는 경우를 제시하고 있고, 이러한 전제 사실이 충족되는 경우라면, 첫 번째 단계로서 전체 매입세액을 각 사업에 사용된 면적 비율로 안분하여 각 사업의 실지귀속분을 확인하도록 하고 있다.위와 같이 실지귀속분을 확인한 후, 두 번째 단계로서 ① 과세사업 면적에 귀속되는 매입세액은 전액 공제하고, ② 면세사업 면적에 귀속되는 매입세액은 전액 불공제하되, ③ 과·면세 겸영사업에 사용되는 면적 관련 매입세액과 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(예 : 주차장이나 계단 등) 관련 매입세액의 경우 더 이상의 면적에 따른 구분이 어려우므로, 이 부분에 한하여, ㉠ 과·면세 겸영사업 관련 매입세액의 경우에는 과·면세 겸영사업의 공급가액 비율로, ㉡ 전체 사업에 사용된 면적(예 : 주차장이나 계단 등) 관련 매입세액의 경우 전체 사업의 공급가액 비율로 각 안분하여 매입세액 불공제 범위를 계산하도록 하고 있다.(나) 처분청은 ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6이 건축물의 ‘취득 및 신축’ 관련 매입세액에 국한하여 적용되는 것이라는 의견이나, ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6의 제목이 “과세·면세 사용면적이 있는 건축물의 매입세액 계산 방법”이라는 점에서도 알 수 있듯이 위 집행기준 40-81-6은 건축물의 ‘사용 현황(면적)’을 기준으로 건축물 전체에 소요된 매입세액의 공제 범위를 계산하는 방법이다.특히, 처분청이 주장하는 건물 신축 비용에는 다양한 요인이 뒤섞여 있는데, 예를 들어, 설계 디자인이나 구조적 안정성, 인허가 기준, 일반적인 건축 실무 등에 따라 각 구역(면적)별로 소요된 인건비, 자재비, 설계비 등에 차이가 발생함에도 위 집행기준 40-81-6은 각 사업에 사용된 면적을 기준으로 각 사업에 실지귀속된 매입세액을 구분하는 것이 합리적이라고 보고 있는 것이다.반면, 쟁점매입세액의 경우 특정 공간(면적)을 직접적으로 사용하는 사업(판매사업, 임대사업, 문화센터사업)과 관련하여 지출된 특정 공간(면적)에 대한 사용료(임차료)와 관련된 것으로서 건물 신축 관련 매입세액에 비하여 훨씬 단순하고 ‘면적’이라는 개념과도 직접적으로 관련되어 있다.이렇듯, ① 위 집행기준 40-81-6은 각 구역(면적)별로 상이할 수 있는 건물 신축 관련 매입세액도 면적 비율대로 그 실지귀속을 구분할 수 있다고 보고 있고, ② 앞서 언급한 대로 조세심판원도 ‘건물 전체를 임차한 경우에는 층별 효용성을 구분할 필요가 없다’거나(조심 2015서940, 2016.5.30.), ‘면적별 투입 인원 내지 전담 인원을 알 수 없거나, 공실(空室) 등에 따라 면적당 용역비가 상이할 수 있더라도, 면적에 따라 실지귀속을 구분하는 것이 적법하다’고 하였으며(조심 2021서885, 2021.7.2.), ③ 법원도 ‘처분청으로서는 매입세액비용을 구별함에 있어 엄격한 기준이 아닌 일응의 기준이라도 세웠어야 한다’고 하여 ‘일응의 기준’을 적용하는 것도 가능하다는 취지로 판시하였다[서울고등법원(OOO) 2024.2.1. 선고 OOO판결(대법원 2024.6.20. 선고 OOO심리불속행판결로 확정)].이러한 점에 비추어 보면, 쟁점매입세액을 각 사업별로 구분함에 있어서도 ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6에서 정한 계산방법을 그대로 적용할 수 있다고 봄이 타당하다.(다) 처분청은 유독 청구법인에 대하여만 ‘한 치의 오차도 허용할 수 없다’는 식의 매우 엄격한 실지귀속의 구분을 요구하고 있고, 이는 앞서 언급한 집행기준이나 선결례 등이 ‘엄격한 구분’이 아닌 ‘합리적 구분’을 허용하고 있다는 점에 비추어 부당하고, 그 당부는 별론으로 하더라도, 청구법인은 처분청의 엄격한 구분 요구에 따라 자신의 비용을 들여 쟁점부동산 내의 각 층별 가치를 구분하기 위한 감정평가를 실시하였고, 이를 통해 더욱 세세하고 객관적인 실지귀속의 구분을 하였으므로, 이 건 처분청의 경정청구 거부처분은 더욱 위법하다 하겠다.

(3) 쟁점매입세액은 쟁점부동산의 임차·사용과 관련하여 발생하는 것으로서 쟁점부동산에서 과·면세 겸영사업(판매사업)과 과세사업(임대사업), 면세사업(문화센터사업)에 각 사용되는 구역과 면적을 구분할 수 있는 이상, 그와 같이 각 사업에 사용되는 구역과 면적을 기준으로 쟁점매입세액을 구분해야 하고, 청구법인의 이 건 경정청구는 「부가가치세법」상 실지귀속의 원칙에 부합하도록 공제되는 매입세액을 계산한 것으로서 적법·타당하다.(가) 쟁점부동산은 ① 판매사업(과·면세 겸영사업)과 임대사업(과세사업), 문화센터사업(면세사업)이 독립적이고 상호배타적으로 사용하는 전용부분과 ② 전체 사업이 공통으로 사용하는 복도, 계단, 주차장 등 공용부분으로 구성되어 있고, 위와 같은 사용 현황과 구체적인 면적은 청구법인이 관리하는 도면, 스페이스 프로그램(Space Program), 제3자와 체결한 전대차계약서 등을 통해 객관적으로 확인된다.청구법인은 앞선 법리에 따라, 사용면적을 기준으로 각 사업부문에 실지귀속되는 매입세액을 계산한 뒤, ① 임대사업(과세사업) 관련 매입세액은 전액 공제하였고, ② 문화센터사업(면세사업) 관련 매입세액은 전액 불공제하였으며, ③ ㉠ 판매사업(과·면세 겸영사업) 관련 매입세액은 판매사업에서 발생한 과·면세 공급가액의 비율로, ㉡ 나머지 공통사용부분에 귀속된 매입세액은 쟁점사업장 전체 공급가액의 비율로 각 안분계산하여 매입세액 불공제의 범위를 계산하였다.(나) 처분청은 ‘임대사업과 판매사업이 밀접한 관계에 있고, 쟁점부동산 중 일부를 임대구역으로 제공한 것은 판매사업을 영위함에 있어 다양한 서비스를 제공하여 더 많은 고객을 유인하려는 목적도 있는 것으로 보이고’, 임대사업과 판매사업에 각 귀속되는 매입비용을 구분할 수 없다는 의견이나, 처분청 주장대로라면, 예를 들어 甲이 건물 전체를 임차하여 학원(면세사업)을 운영하면서, 학원 수강생들의 편의를 위해 건물 1층을 식당이나 카페에 임대(과세사업)하였다고 가정할 때, 위 1층 임대가 甲의 학원 운영에 도움이 된다는 이유만으로 임대 관련 비용 또는 매입세액을 특정할 수 없다는 결론에 이르게 된다.실제로도, 앞서 언급한 서울고등법원(OOO) 2024.2.1. 선고 OOO판결의 원심판결(OOO지방법원 2022.10.18. 선고 OOO판결)은, 호텔업(과세사업)과 카지노업(면세사업)을 하나의 건물 내에서 구역을 나누어 운영한 사안에서, “카지노업은 대부분 호텔의 일부 공간에서 운영되므로 그 자체로 호텔업과 밀접한 영업상 관련성을 갖고 있다.

이 사건 카지노사업장 또한 OOO 호텔 중 메인타워 4층에 위치하여 OOO 호텔과 장소적으로 매우 근접하여 있고, OOO 호텔의 이용은 대부분 카지노 이용고객에 의하여 이루어지는 것으로 보인다. 따라서 OOO 호텔 영업은 이 사건 카지노사업장 영업에 대한 부수영업 또는 보조영업으로서의 성격을 갖는 것으로 볼 여지가 많다”고 하면서도, “그러나 OOO 호텔 및 카지노사업장은 독립된 사업장이고, (…중략…) 그 영업의 내용에 있어 근본적인 차이가 있는 점”을 들면서, “영업상 관련성만으로 쟁점매입세액에 대한 실지귀속을 구분할 수 없다고 볼 수는 없다”고 판시하였고, 서울고등법원(OOO) 2024.2.1. 선고 OOO판결은 원심판결의 위 판시를 그대로 원용하였다.

(4) 무엇보다, 청구법인의 이 건 경정청구는 종전 과세기간 판결이 지적한 문제점을 모두 보완한 것으로서 그 자체로 합리적이고 정당하다.(가) 종전 과세기간 판결은 판매사업(과·면세 겸영사업)과 관련하여 ‘과·면세 재화가 진열된 면적을 기준으로 판매영역 내에서의 과·면세 사용면적을 구분할 수 없으므로 종전 경정청구를 거부한 것이 적법하다’고 보았다.이에, 청구법인은 이러한 종전 과세기간 판결의 취지를 받아들여 판매영역 내에서의 과·면세 사용면적 구분을 포기하고, 판매사업에 귀속된 매입세액을 판매사업에서 발생한 과·면세 공급가액의 비율로 안분하여 매입세액 불공제액을 계산하였다.

처분청도 종전 경정청구 중 판매사업(과·면세 겸영사업) 관련 부분의 한계가 보완되었음을 인정하여 이에 대해 다투지 않는다.(나) 종전 과세기간 판결은 ‘쟁점부동산의 각 부분의 가치가 다를 수 있어, 쟁점부동산의 임차료 및 쟁점매입세액이 반드시 면적에 비례한다고 볼 수 없으므로, 경정청구가 적법하기 위하여는 쟁점부동산의 각 부분의 개별적인 가치가 고려되어야 한다’고 보았다.이에, 청구법인은 이러한 종전 과세기간 판결의 취지를 받아들여 부동산의 층별 효용가치에 대한 감정평가를 진행하였다.

이를 통해 확인한 층별 효용성을 고려하여 각 층을 나누어 각 면적에 실지귀속되는 임차료 및 매입세액을 재계산하였다.(다) 이에 대해 처분청은 청구법인이 ‘층별 효용’을 고려하였더라도, ‘각 층내(內) 위치별 효용’을 고려하지 않은 이상, 여전히 쟁점매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없다는 의견이다.그러나, ① 청구법인과 임대인은 위치별 효용을 고려하여 쟁점부동산에 관한 임대차계약을 체결한 것이 아니고, 무엇보다 위치별 효용의 차이라는 것이 존재하지도 않는다.

청구법인이 쟁점부동산에서의 이동 동선과 공간을 어떻게 디자인하고 구성하느냐에 따라 위치별 효용의 차이가 있는 것처럼 보이는 것일 뿐이다. 쟁점부동산은 본래 아무런 구역이 나누어져 있지 않은 하나의 큰 공간 자체이므로, 임대 당시부터 구획이 나누어져 있는 일반적인 상가와 다르게, 쟁점부동산에는 고유한 위치별 효용의 차이 자체가 존재하지 않는다. 따라서 위치별 효용을 고려하여 청구법인이 임대인에게 지급한 임차료 및 그에 관한 쟁점매입세액을 구분해야 한다고 볼 근거가 없다.② 집행기준이나 선결정례 등이 ‘엄격한 구분’이 아닌 ‘합리적 구분’을 허용하고 있다는 점에 비추어 보면, 쟁점매입세액의 실지귀속 구분에 있어서만 층별 효용의 차이에 더하여 위치별 효용의 차이까지 반영해야 한다고 보는 것은 부당하다.

(5) 이상 살펴본 바와 같이 청구법인의 이 건 경정청구는 부가가치세법의 실지귀속의 원칙과 ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6 및 선결정례에 부합하는 것으로서 적법·타당하고, 무엇보다 종전 과세기간 판결이 지적한 문제점을 모두 보완한 것이어서 더 이상 이를 거부할 사유가 없음에도, 처분청이 과세행정의 편의만을 위하여 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 것은 위법하다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 쟁점사업장의 판매영역, 임대영역, 문화센터 영역 및 나머지 공용면적이 구분되므로 쟁점매입세액을 면적비율에 따라 안분계산하여야 한다고 주장하나, 공통매입세액 안분계산의 규정인 「부가가치세법」제40조 및 같은 법 시행령 제81조에서의 안분계산은 공급가액이 원칙이고, 예외적으로 예정면적 등을 적용할 수 있을 뿐이다.(가) 과·면세 겸영사업자가 발급받은 각각의 세금계산서는 전액 공제대상, 전액 불공제대상, 공통매입대상으로 구분된다.실지귀속의 원칙에 따라 발급받은 세금계산서 중 과세분은 전액공제대상, 면세분은 전액불공제대상이고, 과세와 면세에 공통으로 사용되어 실지귀속이 불분명한 것은 공통매입세액으로 안분대상인 것으로서, 즉 실지귀속은 사전에 발급받은 세금계산서를 전액공제 또는 불공제하는 것이지 사후에 공급가액이나 면적으로 안분하는 개념이 아니다.실지귀속의 원칙이 사후에 안분하는 개념이라면 모든 매입세액을 실지귀속이라는 명목으로 안분하면 되는 것이지, 별도로 공통매입세액 안분계산 규정이 있어야 할 필요성이 없다.(나) 청구주장과 같이 과세면적, 면세면적, 공통면적 등을 구분할 수 있다면, 과세면적분은 과세면적에 대한 세금계산서를 발급받아 매입세액을 전액 공제하고, 면세면적분은 면세면적에 대한 세금계산서를 발급받아 전액불공제하는 것이 실지귀속의 원칙이므로, 실지귀속이 명확하다면 공통매입세액이 아닌 매입세액에 해당하여 안분계산 문제가 발생하지 않는다.

(2) 청구법인의 종전 과세기간에 대한 판결(서울행정법원 2019.12.3. 선고 OOO판결, 서울고등법원 2020.11.27. 선고 OOO판결) 및 ㈜B 판결(대전지방법원 2020.4.9. 선고 OOO판결, 대전고등법원 2021.1.21. 선고 OOO판결)에서 아래와 같은 사유로 쟁점사업장의 임차료는 실지 귀속이 불분명한 공통매입세액에 해당한다고 판결한 바 있다.(가) 법원은 ㈜B 판결에서 “과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 때”의 판단기준에는 매입재화의 공통 사용당시 뿐만 아니라 재화매입 당시도 고려되어야 할 것이며, 원고가 전대한 면적(임대구역)과 원고가 사용하고 있는 면적(판매구역)의 구분이 가능하더라도 원고가 전대한 면적에 해당하는 부분의 임차료 상당액을 구분하는 것이 불가능하여 결국 그 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아야 할 것”이라고 판시하였다(대전고등법원 2021.1.21. 선고 OOO판결).(나) 법원은 청구법인이 제기한 판결에서 “이 사건 건물에 대한 임대차계약서에서 건물의 구체적인 면적을 기준으로 임대료를 산정했다는 등의 사정도 확인되지 않아, 원고와 임대인이 이 사건 임차건물의 임대료를 면적에 비례하여 산정하였다고 보기 어렵고 임대영역에서 이루어진 과세사업(즉 임대사업)이 판매 영역에서 이루어진 면세 및 과세사업과 독립되었다고 할 수 없고 임대영역은 과세사업에 전적으로 사용되는 부분을 특정할 수 없어 겸영사업에 사용되는 부분에 해당한다고 보아야 한다”고 판시하였다(서울고등법원 2020.11.27. 선고 OOO판결).(3) 청구법인은 이 건 경정청구에서 종전 과세기간 판결에서 패소한 원인이 보완되었다고 주장하나,(가) 청구법인의 종전 과세기간에 대한 판결 및 ㈜B 판결에서 임차료를 실지 귀속을 확인할 수 없는 매입으로 판단한 주요 이유는 ① 매입당시의 상황도 고려하여야 하는데 임대차계약서상 임대료를 면적기준으로 산정했다는 사정이 확인되지 않고, 임대구역과 판매구역의 면적이 구분가능하더라도 해당 부분의 임차료 상당액을 구분하는 것이 불가능하며, ② 동선구조상 임대사업과 청구법인의 판매사업이 밀접한 관계가 있고 건물 중 일부를 임대구역으로 제공하는 것은 이 건 사업을 영위함에 있어서 서비스를 다양하게 제공하여 더 많은 고객을 유인하려는 목적도 있는 것으로 보이는 점 등이었다.청구법인은 ‘층별 효용도’를 기준으로 층별 임차료를 안분한 감정평가서를 근거로 층별 임차료를 산정하였으므로 임대료상당액을 구분할 수 있다고 주장하나, 이는 한국부동산원의 상업용 부동산 임대동향조사에서 발표하는 분기별 층별 효용비율을 적용하여 층별 임차료를 산정한 것일 뿐, 실제 임차 계약시 시세를 반영하여 쟁점사업장의 임차료에 대한 감정이 이뤄진 것이 아니고, 결국 층별 임차료를 면적으로 다시 나눠서 안분계산한 것이므로 면적으로 임차료를 나눌 수 없다는 종전 과세기간에 대한 판결과 달라진 내용이 없다.또한 임대차계약이 임대구역과 판매구역등의 내용을 반영하여 재계약이 이뤄진 적이 없고 최초 임대차 계약에서 단순히 월별 소비자 물가지수의 상승률 평균에 따라 임대료만 조정되고 있어 판결의 주요 내용인 매입 당시의 사정도 위 판결과 비교하여 달라지지 않았다.

(4) 청구법인은 층별 효용을 고려하여 쟁점사업장 임차료의 실지귀속을 구분하였다고 주장하나,(가) 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매입세액을 계산함에 있어서 실지귀속을 먼저 결정하는 것이 당연하나 이는 직접 대응하는 매입세액에 한정할 것이고 그 구분이 불분명한 것은 공통매입세액으로 보아 당기 과세기간의 과·면세 공급가액을 안분하여 매입세액을 계산하여야 하고,「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따르면, 공통매입세액 안분계산시 당해 사업장에 대한 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 한해 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율을 우선 적용하여 공제가능한 매입세액을 계산하며,감가상각대상 자산의 경우에는 「부가가치세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제83조에서 규정되어 있는 납부세액 또는 환급세액의 재계산 규정에 따라 안분계산하고, 이후 과세기간의 과세사업과 면세사업 등 비율(면적)이 변동되는 경우 재계산하는 규정을 별도로 두고 있으며, 건물 또는 구축물과 그 밖의 감가상각자산을 구분하여 규정하고 있다.(나) 청구법인이 제시한 ‘부가가치세법 집행기준’ 40-81-6은 과세·면세 사용면적이 있는 건축물의 매입세액 계산방법은 ‘건축물 취득 및 신축관련 매입세액’에 한정하여 과세사업과 면세사업 등에 사용될 면적과 과세사업과 면세사업등에 사용할 면적이 객관적으로 구분되는 경우에 적용되는 세액계산방법을 규정한 것으로서 이 건에 적용할 수 없다.

(5) 청구법인은 층별효용도만으로 평가한 소급 감정평가서에 의해 전체 임대료를 층별 임대료로 배분하여 실지귀속에 따라 쟁점매입세액을 안분한 것은 정당하다고 주장하나,(가) 당해 임차료에 대한 감정평가는 수년이 지난 시점에 소급평가가 이뤄진 것으로 실지귀속 구분시 사용당시 뿐만 아니라 매입당시 까지 고려해야 한다는 대법원 판례에 반할 뿐만 아니라 부가가치세가 각 과세기간별로 확정되어 과세되어야 하는 점에 비추어 보아도 수년이 지난 시점에 소급 감정평가에 의한 사후적인 구분은 합리적이라고 할 수 없다.(나) 청구법인의 층별효용도에 의한 감정평가 방법의 합리성 여부를 살펴보면, 「감정평가에 관한 규칙」 제22조에서는 임대사례비교법을 적용하여 감정평가하도록 규정하고 있고, 임대사례비교법을 적용하기 어려운 경우는 통상 적산법(건물의 원가와 기대수익을 고려하는 평가), 수익분석법(부동산이 창출할 수 있는 수익을 기반으로 평가)을 사용하고 있음에도 불구하고 해당 감정평가는 층별효용도만을 고려하였을 뿐, 개별 물건의 입지 등 특이사항을 고려한 보충적 조정은 이뤄지지 않았다.쟁점사업장의 경우 서울지하철 OOO역과 연결되어 있어서 지하층이라고 하더라도 접근성이 좋은 사정을 감안하면, 단순히 층별효용도(2018년 기준 1층 100, 지하1층 28)만으로 구분한 것이 타당한지 의문이고, 쟁점부동산은 당초부터 청구법인이 판매점으로 사용하던 것으로서 당해 임대차계약은 세일앤리스백으로 체결된 특수성이 있어 임대차계약 체결 당시 이미 지하층에서 매출이 주로 발생하는 특성이 반영된 임대료가 산정되었을 것으로 보이는데도 위 감정평가는 이와 같은 개별 물건의 특성을 고려하지 아니하고 있다.(다) 따라서 청구법인이 제시한 감정평가는 사후에 이루어진 소급 감정평가라는 점, 감정평가는 평가자와 평가방법에 따라 달라질 수 있다는 점, 법령상 임차료의 귀속을 감정평가에 의한 방법으로 할 수 있는 근거는 없는 점, 층별효용도만으로 이루어진 감정평가가 합리적인지 의문인 점 등을 고려하면, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵고 오히려 사후적으로 감정평가에 의해 귀속을 구분하였다는 청구주장은 쟁점매입세액의 실지귀속이 불분명하다는 것을 더욱 명확히 보여주는 반증이라 하겠다.

(6) 청구법인이 제시한 판결들은 아래와 같이 사실관계 등이 달라 청구이유를 뒷받침한다고 볼 수 없다.(가) 조세심판원 결정례(조심 2021서885, 2021.7.2.)는 ① 쟁점 매입세액 관련 비용이 면적에 비례하여 발생하였고 ② 페이퍼컴퍼니로 운영되면서 극히 일부분을 사용하였으며(지하6층∼지상19층 건물 중 11층의 1/2사용) ③ 관리비를 임차인에게 면적에 대응하여 책정하고 있어 관리비용 등을 면적에 따라 안분하는 것으로, 이 건과 같이 임대면적을 전차하면서 임대매장에서 발생한 매출의 일정 비율로 전차료(수수료)를 책정하여 수수한 것과 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.(나) 서울고등법원(OOO) 판결(서울고등법원 2024.2.1. 선고 OOO판결)은 카지노업과 호텔업을 영위하는 사업자가 일반관리비 명목으로 매입한 여러 항목들에 대하여 공통매입세액도 존재하고 실지 귀속을 밝힐 수 있는 매입세액(호텔부문 신규 근무복 재고 구매비용, 객실 슬리퍼 비용, 객실용 캡슐커피 비용 등)도 다수 존재하고 있으므로 실질 귀속을 밝혀야 한다고 판시한 것으로 단일 건의 임대료 매입세액이 쟁점인 이 건과는 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점사업장의 임차료에 대하여 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 과·면세 공급가액 비율로 안분하여 매입세액 불공제액을 산정해야 한다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인의 부가가치세 경정청구 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 공통매입세액, 불공제매입세액 및 경정청구 세액OOO(나) 청구법인의 2018년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액 공제대상은 아래와 같이 계산되었다.1) 청구법인은 각 사용면적을 기준으로 각 영역에 실지귀속되는 매입세액을 계산한 뒤, 그 중 과세사업인 임대사업 관련 매입세액은 전액 공제하고(＜표2＞), 면세사업인 문화센터사업 관련 매입세액은 전액 불공제하였다(＜표3＞).＜표2＞ 2018년 제2기 임대사업 매입세액(전액 공제)OOO＜표3＞ 2018년 제2기 문화센터사업 매입세액(전액 불공제)OOO2) 청구법인은 과ㆍ면세 겸영사업인 판매사업 관련 쟁점매입세액은 판매사업의 과ㆍ면세 공급가액의 비율로 안분계산하여 불공제액을 계산하고(＜표4＞), 공용구역에 대한 쟁점매입세액은 쟁점사업장 전체의 과ㆍ면세 공급가액의 비율로 안분계산하여 불공제액을 계산(＜표5＞)하였다.＜표4＞ 2018년 제2기 판매사업 매입세액(판매사업 면세공급가액 비율로 안분)OOO＜표5＞ 2018년 제2기 공용구역 매입세액(공통매입세액 : 기존과 동일)OOO(다) 청구법인이 제출한 쟁점사업장 면적 구분 내역은 아래와 같다.1) 청구법인이 제출한 쟁점사업장 Space Program 관리내역에 따른 과·면세 면적 구분은 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 쟁점사업장의 과·면세 구분(요약)OOO2) 청구법인은 쟁점사업장의 각 사업부문은 구획별로 구분되어 독립적이고 상호 배타적으로 사용되고 있다고 주장하면서 쟁점사업장 사업현황 및 면적을 관리하는 층별 배치 변경(refit history) 내역을 아래 ＜표7＞과 같이 제출하였다.＜표7＞ 배치 변경 내역(2019.6.17.자 지하1층)OOO(라) ㈜감정평가법인 C가 2024.1.15. 작성한 쟁점사업장 부동산 감정평가표에 의하면, 쟁점사업장 임대료를 층별 효용비율(층간 가격격차 비율)으로 배분하였고, 층별 효용비율 기준은 ‘한국부동산원 부동산통계정보시스템(R-ONE) 상업용부동산 임대동향조사’ 결과에 따라 OOO역 중대형상가의 층별 효용비율(아래 ＜표8＞)을 2018년 3분기부터 2023년 2분기까지 조사한 결과를 반영(아래 ＜표9＞)한 것으로 나타난다.＜표8＞ 층별 효용비율(2018년 3분기~2023년 2분기)OOO＜표9＞ 층별 효율비율에 따른 임대료 배분내역(2018년 3분기 예시)OOO(마) 쟁점사업장 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 2012년 8월경 D 주식회사로부터 쟁점사업장 건물을 임차하면서 임대차보증금은 12개월분의 임대료를 지급하고, 월 임대료는 연간 임대료를 12로 나눈 금액으로 한다고 정하였으며, 구체적인 면적이나 면적에 비례하여 임대료를 산정한 사실은 확인되지 아니한다.(바) 처분청은 2024.3.25. 쟁점사업장의 임차료는 과·면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구별할 수 없는 공통매입세액에 해당하고 당초 청구법인이 과·면세 공급가액 비율로 안분하여 매입세액 불공제액을 계산한 것은 타당하다고 보아 이 건 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.청구법인은 쟁점부동산의 층별 효용성을 고려하여 쟁점사업장의 과세, 면세 및 과·면세 겸용 사용면적을 기준으로 각 사업에 실지 귀속되는 임차료 및 매입세액을 재계산하여야 한다고 주장하나,「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따라 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 원칙적으로 실지귀속에 따라 구분하여 계산하는 것으로, 그 발생 건별, 금액별로 세분하여 과세사업에 실지귀속되면 매출세액에서 전액공제하고, 면세사업에 실지귀속되면 면세 관련 매입세액으로 전액불공제하는 것이 실지귀속에 부합하는 점, 다만, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공통매입세액으로 보아 이 중 면세사업 등에 관련된 매입세액을 공통매입세액 중 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분하는 방법 등에 의하여 계산하도록 규정하고 있는 점,청구법인은 하나의 계약으로 쟁점부동산 전체를 임차하여 하나의 점포로 활용하면서 판매사업, 임대사업, 문화센터사업을 영위하고 있고, 이 경우 그 실지귀속이 구분되려면 과·면세분 면적의 결정과 면적에 대한 임차료 및 과·면세 공통분에 대한 임차료가 사전에 확정되어야 하며, 그 산정기준이 불명확하다면 실지귀속이 불분명한 것으로 보아야 할 것인 점, 쟁점부동산의 임대차계약서상 임대료의 산정기준이 확인되지 않고, 쟁점부동산의 각 층수, 위치, 면적 등에 따라 임대부분의 가치평가가 달라질 수 있으므로 쟁점부동산의 임대료가 전용면적의 넓이에 비례하여 산정하였다고 단정하기 어렵고, 청구법인이 제시한 쟁점부동산의 감정평가표는 사후적으로 소급작성된 것으로, 쟁점부동산의 임대료 산정 당시부터 이를 기준하여 각 사업에 귀속되는 임대료를 책정하였다고 보기도 어려운 점,이에 따라 청구법인이 각 사업별 사용한 면적의 구분이 가능하더라도 해당 면적에 귀속되는 임차료 상당액을 구분하는 것이 사실상 불가능하여 결국 그 실지귀속이 분명하게 구분된다고 보기 어렵다고 봄이 상당하므로 쟁점매입세액에 대하여 실지귀속을 구별할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 부가가치세법(2022.12.31. 법률 제19194호로 개정된 것)제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12 대통령령 제29535호로 개정된 것)제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다.

이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.<img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2024서3666.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2024tj3666_PIC4A5C.png"></img>② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 부가가치세법 시행규칙(2018.3.19 기획재정부령 제662호로 개정된 것)제54조(공통매입세액 안분 계산) ① 영 제81조 제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다.② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 계산한다.

※ 부가가가치세법 집행기준40-81-2(실지귀속의 원칙) 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 발생된 매입세액이더라도 발생된 모든 매입세액이 안분계산대상이 되는 것이 아니라 그 발생 건별, 금액으로 세분하여 과세사업에 실지귀속되면 자기의 매출세액에서 전액 공제하고, 면세사업에 실지귀속되면 면세사업 관련 매입세액으로 전액 불공제한다.40-81-3(공통매입세액 안분계산의 요건) 공통매입세액의 안분계산규정을 적용하여야 할 사업자는 다음의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자일 것2. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되거나 사용될 것3. 실지귀속이 불분명한 매입세액일 것4. 불공제대상 매입세액이 아닐 것40-81-6(과세·면세 사용면적이 있는 건축물의 매입세액 계산방법) 매입세액의 계산은 먼저 실지귀속에 따라 산정하며, 사업자가 건축물을 취득하거나 신축하면서 발생된 매입세액과 관련하여 과세사업과 면세사업등에 사용될 면적 및 과세·면세사업에 공통으로 사용될 면적이 객관적으로 구분되어 있는 경우 다음과 같이 매입세액을 안분계산한다.

1. 건축물의 취득관련 매입세액에 대하여 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 전체 면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 공제하고, 면세 사업에만 전적으로 사용되는 면적이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 불공제한다.

2. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액에 대하여는 그 사업부문에서 발생된 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분 계산한 가액을 불공제한다.

3. 해당 건축물에서 운영하는 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실, 관리사무실 등)에 관련된 매입세액이 있는 경우 불공제되는 매입세액의 계산은 전체 사업에서 발생된 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한다.