1 신설법인의 자본금이 소멸사업장의 순자산가액 이상인 것으로 보아 「지방세특례제한법」 제57조의2 제4항에 따른 취득세 감면을 적용할 수 있는지 여부 2 법인전환 시 현물출자한 부동산이 소멸사업장의 업종과 다른 업종에 사용된 경우, 「지방세특례제한법」 제57조의2 제4항에 따른 취득세 감면 대상인 사업용 고정자산으로 볼 수 있는지 여부

1. 처분개요가. a과 b(이하 합하여 “이 건 개인사업자”라 한다)는 2024.3.29. 각자 운영하던 사업장인 OOO과 OOO(이하 합하여 “소멸사업장”이라 한다)의 사업용 고정자산인 서울특별시 관악구 OOO 토지 및 각 토지 지상의 건축물(이하 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 현물출자하여 청구법인을 설립하였고, 청구법인은 2024.5.29. 처분청에 이 건 부동산의 취득에 대한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이후 쟁점부동산이 「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 해당하므로, 「지방세특례제한법」(2024.12.31., 법률 제20617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조의2 제4항에 따라 취득세의 100분의 75가 경감되어야 한다고 주장하며, 2025.2.3. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.2.21. 이를 거부(이하 “이 건 경정청구 거부처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 이의신청을 거쳐, 2025.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 신설법인인 청구법인의 자본금이 소멸사업장의 순자산가액 이상이므로, 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에 따른 취득세 감면이 적용되어야 한다.(가) 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문은 “「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수에 따라 2024년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다”고 규정하고 있고,「조세특례제한법」제32조 제1항 본문은 “거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 “제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다”고 규정하고 있다.「조세특례제한법 시행령」제29조 제5항은 「조세특례제한법」제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 “사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호는 “순자산가액”을 “통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액”으로 정의하고 있다.(나) 이 건 개인사업자는 소멸사업장의 사업용 자산이었던 쟁점부동산을 현물출자 하여 신설법인을 설립하기로 결정하고, 2023.12.14. 법원에 공인된 감정인이 감정한 쟁점부동산의 현물출자 관련 보고서를 제출하면서 소멸사업장의 순자산가액을 OOO원(= 자산 OOO원 - 부채 OOO원)으로 기재한바, 당시 쟁점부동산에 채권자를 A으로, 채무자를 ㈜B로 하여 설정되어 있던 근저당권의 피담보채무 OOO원(이하 “쟁점물상보증채무”라 한다)을 부채에 포함시키지 않았다.이와 같은 회계처리는 물상보증채무는 우발채무로서 원칙적으로 부채에 해당하지 않고, 타인의 채무를 담보하기 위하여 설정된 근저당권의 피담보채무는 소멸사업장의 당초 채무가 아니므로, 소멸사업장의 순자산가액을 산정할 때 그 채무를 소멸사업장의 부채로 볼 수 없다고 해석한 조세심판원(조심 2021지2320, 2021.12.8., 조심 2019지1704, 2019.5.29., 참조)의 결정례를 존중하여 이루어진 것이다.(다) 그러나 법원은 2024.1.31. 쟁점물상보증채무가 소멸사업장의 부채에 포함되어야 한다는 취지로 보정명령을 하였고, 이에 공인된 감정인은 쟁점물상보증채무를 소멸사업장의 부채에 포함하여 산정한 순자산가액 OOO원(= 자산 OOO원 - 부채 OOO원)을 기재한 보고서를 다시 제출하였으며, 법원이 2024.3.26. 해당 보고서에 따른 신설법인의 설립을 인가하였다.(라) 청구법인은 2024.3.29. 법원의 위 인가결정에 따른 법인 설립등기를 하며 자본금을 OOO원(= 발행주식 총수 3,260,516주 × 액면가 OOO원)으로 기재하였으나, 같은 날 작성한 재무상태표에는 여전히 쟁점물상보증채무를 부채로 보지 아니함에 따라 자본금을 OOO원으로 기재하였다.(마) 청구법인은 외부감사에 관한 법령에 따라 추후 회계감사 시 법인의 설립일 기준 법인 등기부등본에 기재된 자본금과 재무상태표상의 자본금이 일치하지 않는 것이 문제될 우려가 있다고 판단하여, 형식적인 무상증자 절차를 통해 이를 일치시키기로 결정하였고, 이에 법인의 설립등기일과 같은 날인 2024.3.29. 쟁점물상보증채무 상당액인 OOO원을 주식발행초과금으로 기재한 재무상태표를 작성한 후, 무상증자를 통해 해당 금액을 자본금으로 전입하였다.(바) 청구법인은 2024.5.24. 유상증자를 실시하여 액면가 OOO원의 신주 815,130주를 발행하였고, 이에 2025년도 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 당시 자본금을 OOO원[= 유상증자 전 자본금 OOO원 + (신주 815,130주 × 액면가 OOO원)]으로 기재하였다.(사) 대법원은 현물출자 되는 사업용 재산에 대한 취득세 감면의 취지를 “실질적으로는 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있다”고 설명하고 있다(대법원 2003.3.14. 선고 2002두12182 판결, 참조).이 건 개인사업자는 소멸사업장의 사업용 자산의 전부인 쟁점부동산을 현물출자 하여 신설법인인 청구법인을 설립하였으므로 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 경우에 해당하고, 이에 청구법인의 설립 당시 재무상태표에 소멸사업장의 순자산가액(OOO원)과 동일한 금액의 자본금(OOO원)이 기재되었으며, 청구법인의 설립 이후 실행된 유상증자 관련 서류에서도 같은 취지의 기재가 확인되는 점,청구법인의 설립등기일 기준 법인 등기부등본에 자본금이 달리 기재(OOO원)된 것은, 이 건 개인사업자가 출자하는 쟁점부동산의 평가에 관한 법원의 보정명령으로 인해 쟁점물상보증채무를 부득이 소멸사업장의 부채로 기재함에 따른 형식적 결과에 불과한 점,청구법인이 당초부터 쟁점물상보증채무를 법인의 부채로 기재하지 아니한 것은, 타인의 채무를 담보하기 위하여 소멸사업장 소유의 부동산에 설정된 물상보증채무를 그 소멸사업장의 부채로 볼 수 없다고 해석한 조세심판원의 결정례를 존중하였기 때문인 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에 따른 취득세 감면이 적용되어야 한다.

(2) 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에 따른 취득세 감면 대상인 “사업용 고정자산”에 해당한다.(가) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 이 건 개인사업자가 소멸사업장에서 영위하던 업종인 ‘부동산 임대업’이 아닌 ‘관광숙박업(관광호텔업)’에 사업용으로 제공하였으므로, 해당 부동산을 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에 따른 취득세 감면 대상인 “사업용 고정자산”으로 볼 수 없다는 의견이다.(나) 그러나 위 감면 조항은 ‘「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 취득세를 경감한다’고 규정하고 있고, 「조세특례제한법」제32조 또한 거주자가 사업용고정자산을 현물출자 하는 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하며, 신설법인의 자본금이 일정 금액 이상일 것을 요구하고 있을 뿐, 처분청의 의견과 같이 ‘업종의 동일성’ 요건을 두고 있지 않다.따라서 앞서 서술한 바와 같이 청구법인이 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자에 따라 사업용 고정자산인 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 그 취득세를 경감하여야 한다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점부동산의 현물출자 당시 청구법인의 자본금이 소멸사업장의 순자산가액 미만이므로, 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에 따른 취득세 감면을 적용할 수 없다.(가) 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자함에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지는, 개인이 권리의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 것에 불과하므로, 재산 이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적다는 데에 있는바(대법원 2012.12.13. 선고 2012두17865 판결, 참조),그 요건인 「조세특례제한법」제32조의 이월과세 대상 해당여부를 판단하기 위해 소멸사업장의 ‘순자산가액’, 즉, ‘현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 계산함에 있어서 그 자산이나 부채는 해당 사업장의 사업에 직접 사용하는 고정자산과 사업과 직접 관련하여 발생하여 승계된 부채로 한정하는 것이 상당하다 할 것이다(서울고등법원 2017.12.15. 선고 2017누42363 판결, 참조).(나) 청구법인의 경우 소멸사업장의 법인전환을 위한 현물출자 자산의 산정보고서에서 소멸사업장의 순자산액은 OOO원이지만, 현물출자 자산인 쟁점부동산에 타인의 채무를 담보하기 위하여 설정된 근저당권, 즉, 쟁점물상보증채무는 이 건 개인사업자의 당초 채무가 아니므로 재무제표상 부채로 기재하지 아니하였고, 이에 쟁점물상보증채무는 청구법인의 발기 설립시 자본금이 아닌 주식발행초과금으로 계상된 점,청구법인의 등기사항전부증명서, 주주명부 및 재무상태표 등에 따르면, 청구법인이 설립 시 발행하는 주식의 총수는 3,260,516주(1주당 OOO원)로서 전액 발기인인 이 건 개인사업자에 의해 인수되었고, 청구법인이 자본금 총액을 OOO원으로 하여 설립 등기(2024.3.29.)한 이후, 해당 주식발행초과금을 2025.4.9. 자본금으로 전입하는 변경 등기를 하여 자본금 총액을 변경한 것으로 나타나는 점,청구법인의 설립을 적법한 현물출자로 판단한 법원의 인가는 부동산 감정 평가 결과나 근저당 채무의 반영 여부, 현물출자의 이행 여부 등과 같은 외형적·형식적 사항에 대한 승인으로, 「조세특례제한법 시행령」제28조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 순자산가액 산출과 관련한 산식과 같은 취득세 감면대상인 사업용 고정자산의 요건(순자산가액 산출에 관한 요건)까지 심사하여 승인한 것으로 보기 어려운 점,국세는 개인사업자가 법인으로 전환하면서 주식발행초과금으로 계상된 물상보증채무를 사후에 무상증자 또는 매각하여 처분하는 경우 과세이연 제도를 통해 사후에 주주 또는 법인에게 양도소득세를 과세할 수 있는 반면, 취득세는 취득 당시의 가액을 기준으로 직접 감면 여부를 결정하게 되므로 그 감면요건을 더욱 엄격하게 해석하여 적용하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것인 점 등에 비추어,소멸사업장의 순자산가액은 쟁점부동산의 감정가액 등 OOO원에서 단기차입금 등 부채 OOO원을 차감한 OOO원이고, 쟁점부동산 취득 당시 이 건 개인사업자가 법인전환 하면서 취득한 주식의 가액, 즉, 청구법인의 설립 당시 자본금은 OOO원이므로,이 건 개인사업자의 법인전환은 「조세특례제한법」제32조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호의 요건을 충족하지 못하였고, 따라서 청구법인의 쟁점부동산 취득은 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에 따른 취득세 감면 대상에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다(조심 2021지2320, 2021.12.8., 참조).(다) 청구법인이 종전의 주식발행초과금을 자본금으로 전입하는 무상증자를 실시하고, 2025.4.9. 자본금 총액을 변경 등기하면서 그 변경연월일을 설립등기일로 하였다고 하더라도, 설립등기일 이후 한차례 유상증자를 실시한 점과, 이 건 경정청구 및 이의신청을 제기한 이후 자본금이 변경 등기된 일련의 절차와 사정을 감안하면, 쟁점부동산에 대한 취득세 납세의무 성립 당시 이 건 개인사업자가 취득한 주식의 가액과 청구법인의 자본금이 OOO원임이 더욱 명백하다 할 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 법인전환 전 업종(부동산 임대업)이 아닌 다른 업종(관광숙박업)에 제공하였으므로, 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에 따른 취득세 감면대상이 되는 “사업용 고정자산”에 해당하지 않는다.(가) 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에서 「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대해서 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 「조세특례제한법」제32조 제1항에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하는 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서 이월과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제28조 제2항에서 사업용 고정자산은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산으로서 법인의 업무와 관련이 없는 자산을 제외하도록 규정하고 있다.(나) 위 각 규정에 따라 취득세 감면 대상인 사업용 고정자산에 해당하기 위해서는 사업을 양도한 개인사업자가 해당 자산을 그 사업에 직접 사용하였어야 하고, 그로부터 사업을 양수한 법인 역시 그 사업에 직접 사용하는 자산이어야 할 것인바,부동산임대업 등을 고유목적사업으로 영위하던 이 건 개인사업자가 쟁점부동산을 현물출자 함으로써 법인전환을 한 후, 청구법인이 이를 관광숙박업(관광호텔업) 등의 사업용으로 제공한 이 건의 경우, 법인전환으로 사업의 운영형태만 개인사업자에서 법인으로 변경함으로써 사업의 동일성이 유지되는 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 해당 사업을 폐지한 것으로 볼 수 있으며,이는 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 법인전환에 관하여 취득세 등을 감면하는 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항의 취지에 어긋나므로, 쟁점부동산은 해당 규정에 따라 취득세가 감면되는 사업용 고정자산에 해당되지 않는다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 신설법인의 자본금이 소멸사업장의 순자산가액 이상인 것으로 보아 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에 따른 취득세 감면을 적용할 수 있는지 여부② 법인전환 시 현물출자한 부동산이 소멸사업장의 업종과 다른 업종에 사용된 경우, 이를 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에 따른 취득세 감면 대상인 사업용 고정자산으로 볼 수 있는지 여부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 이 건 개인사업자는 소멸사업장을 통해 부동산 임대업을 영위하던 개인사업자로, 2023.10.31. 설립중인 회사인 청구법인과 ‘사업의 포괄적인 현물출자계약’을 체결하고, 해당 법인에게 계약체결일 현재 소멸사업장의 장부상 자산 및 부채 일체를 현물출자하며 토지, 건물 등은 감정평가법인의 감정가액으로 수정 평가하기로 약정하였다.(나) 이 건 개인사업자는 2023.12.14. 수원지방법원에 현물출자에 따른 청구법인의 발기설립을 위한 인가를 신청하며, ＜표1＞과 같이 공인된 감정인이 2023.10.31.자 기준으로 감정한 쟁점부동산의 현물출자 관련 보고서를 제출하였다.해당 보고서에 따르면 당시 이 건 개인사업자가 공동으로 소유하는 쟁점부동산에 채권자를 A으로, 채무자를 ㈜B로, 채권최고액을 OOO원으로 하는 근저당권이 설정되어 있었고, 그 피담보채무인 쟁점물상보증채무의 금액이 OOO원이었으며, 쟁점물상보증채무는 소멸사업장이 현물출자하는 자산에 포함되어 있지 않았던 것으로 나타난다.＜표1＞ 소멸사업장의 현물출자기준가액(순자산가액) 산정보고서 내역(C 2023.12.7. 작성)

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○수원지방법원은 2024.1.31. 쟁점물상보증채무가 소멸사업장의 부채에 포함되어야 한다는 취지의 보정명령을 하였고, 이에 공인된 감정인은 쟁점물상보증채무를 소멸사업장의 부채에 포함하여 산정한 순자산가액 OOO원(= 자산 OOO원 - 부채 OOO원)을 ‘현물출자 순자산액’으로 기재한 보고서를 ＜표2＞와 같이 제출하였으며, 법원이 2024.3.26. 해당 보고서에 따른 신설법인의 설립을 인가하였다.＜표2＞ 소멸사업장의 현물출자기준가액(순자산가액) 산정보고서 내역(C 2024.2.5. 작성)

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○(다) 이 건 개인사업자는 2024.2.6. 청구법인과 ＜표3＞과 같이 ‘사업의 포괄적인 현물출자계약(추가약정)’을 체결하고, 이 건 개인사업자가 현물출자하는 OOO원 상당의 재산에 대하여 액면가 OOO원의 신주 3,260,516주를 발행하기로 약정하였다.＜표3＞ 사업의 포괄적인 현물출자계약(추가약정) 내역

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○(라) 청구법인의 법인 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 2024.3.29. 수원지방법원의 발기설립 인가결정에 따라 법인 설립등기를 하며 자본금을 OOO원(= 발행주식 총수 3,260,516주 × 액면가 OOO원)으로 기재한 것으로 나타난다.청구법인은 법인 설립등기일과 같은 날 작성한 재무상태표에서는 쟁점물상보증채무를 당해 법인의 부채로 보지 아니함에 따라 자본금을 OOO원으로 기재하였다고 주장하며, ＜표4＞의 재무상태표를 제출하였다.＜표4＞ 청구법인의 재무상태표(2024.3.29. 기준)

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○(마) 청구법인이 처분청에 제출한 등록면허세 등 신고서류에 따르면, 청구법인의 주주총회에서 2024.3.29. 주식발행초과금 OOO원을 자본금에 전입하고 신주 2,000,000주를 발행하는 무상증자를 결의한 것으로 확인된다.청구법인은 회계감사를 대비해 법인의 등기사항전부증명서에 기재된 자본금과 재무상태표상의 자본금을 일치시키기 위하여 법인의 설립등기일과 같은 날(2024.3.29.) 쟁점물상보증채무 상당액(OOO원)을 일시적으로 주식발행초과금으로 기재한 재무상태표를 작성한 후, 무상증자를 통해 해당 금액을 자본금으로 전입한 것이라고 주장하며, ＜표5＞의 재무상태표를 제출하였다.＜표5＞ 청구법인의 재무상태표(2024.3.29. 기준)

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○(바) 청구법인이 처분청에 제출한 등록면허세 등 신고서류에 따르면, 청구법인의 이사회에서 2024.5.23. 제3자 배정방식의 유상증자를 결의하여 액면가 OOO원의 신주 815,130주를 발행한 것으로 확인된다.청구법인은 쟁점물상보증채무를 법인의 부채로 보지 않고 계산한 자본금(OOO원)을 기준으로 위 유상증자가 실시되었음을 입증하는 취지로, 용인세무서장에게 2025.4.24. 2025년도 법인세 과세표준 및 세액의 신고 시 접수한 표준재무상태표를 제출한바, 해당 재무상태표상 청구법인의 자본금은 OOO원[= OOO원 + (신주 815,130주 × 액면가 OOO원)]으로 기재된 것으로 나타난다.(사) 청구법인의 등기사항전부증명서에서 확인되는 자본금의 변동 내역은 ＜표6＞과 같다.청구법인은 2026.6.17. 조세심판관회의에 출석하여 무상증자(2024.3.29.)를 유상증자(2024.5.24.)보다 먼저 결의하였으나, 무상증자가 법인의 등기사항전부증명서에 기재된 자본금과 재무상태표상의 자본금을 일치시키기 위해 형식적으로 이루어진 것이어서, 무상증자를 하지 아니한 것으로 처리하고 유상증자만 할 것인지 여부에 대한 고민이 있었기에 법정기한 내 무상증자 등기를 경료하지 않았고, 유상증자에 관한 등기를 먼저 경료(2024.5.24.)하였으며,법인의 등기사항전부증명서에 기재된 자본금과 재무상태표상의 자본금이 일치하지 아니할 경우 청구법인 명의의 은행 대출을 받기 어렵다는 사실을 알게 된 후, 무상증자 결의일로부터 1년여가 경과한 2025.4.9. 그 등기 지연에 따른 과태료를 납부하고 무상증자 등기를 경료하였다고 진술하였다.청구법인의 유상증자 등기가 무상증자 등기보다 선행됨에 따라, 등기사항전부증명서에는 위 유상증자 실시 후의 자본금이 OOO원[= 등기부상 최초 자본금 OOO원 + (신주 815,130주 × 액면가 OOO원)]으로 기재된 것으로 확인된다.＜표6＞ 청구법인의 등기사항전부증명서 내역

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○(아) 청구법인은 2024.5.24. 처분청에 같은 날 실시된 유상증자에 따른 등록면허세 등을 신고·납부하며, 이 건 개인사업자가 액면가 OOO원의 주식 3,260,516주(납입금액 OOO원)를 소유한 것으로 기재된 2024.5.23.자 주주명부와, 위 유상증자 실시 이후 c, d에게 액면가 OOO원의 신주 815,130주가 발행된 것으로 기재된 2024.5.24.자 주주명부(납입금액 OOO원 = 이 건 개인사업자의 납입금액 OOO원 + c, d의 납입금액 OOO원)를 제출하였다.청구법인은 2025.4.7. 처분청에 2024.3.29.자 무상증자에 따른 등록면허세 등을 신고·납부하며, 이 건 개인사업자가 액면가 OOO원의 주식 3,260,516주(납입금액 OOO원)를 소유한 것으로 기재된 2024.3.29.자 주주명부와, 위 무상증자 실시 이후 이 건 개인사업자에게 액면가 OOO원의 신주 2,000,000주가 발행된 것으로 기재된 2024.3.29.자 주주명부(납입금액 OOO원 = 이 건 개인사업자의 기존 납입금액 OOO원 + 신주발행에 따른 납입금액 OOO원)를 제출하였다.(자) 청구법인은 2024.5.13. 처분청으로부터 관광숙박업(관광호텔업)경영을 위한 관광사업계획을 승인받고, 2024.5.20. 사업의 종류를 숙박시설운영업(관광호텔), 경영컨설팅(호텔컨설팅)으로 하는 사업자등록을 마쳤으며, 이 건 심판청구일 현재 쟁점부동산에 관광호텔을 건축 중인 것으로 확인된다.이 건 개인사업자가 부동산 임대업에 제공하던 쟁점부동산을 현물출자하여 청구법인을 발기 설립하였고, 청구법인이 취득한 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문의 괄호 부분에 따른 ‘부동산 임대 및 공급업에 사용되는 사업용 고정자산’ 또는 「조세특례제한법」제32조 제1항 단서에 따른 ‘주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리’에 해당하지 아니하며, 청구법인이 같은 항 본문 괄호 부분에 따른 ‘대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인’에 해당하지 않고, 소멸사업장의 순자산가액이 OOO원이라는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.(차) 이 건 개인사업자는 「조세특례제한법」제32조 제3항 및 같은 법 시행령 제29조 제4항에 따라 관악세무서장에게 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 신청하였고, 관악세무서장이 이를 신고시인한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 본문에서 “「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2024년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다”고 규정하고 있고,「조세특례제한법」제32조 제1항 본문에서 “거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 “제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다”고 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제29조 제5항에서 “법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호에서 “순자산가액”을 “통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액”으로 규정하고 있다.(나) 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대하여 취득세를 경감하는 취지는, 개인이 권리·의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인과 독립된 법인이 권리·의무의 주체가 되어 경영하도록 조직 형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하여, 실질과세 측면에서 재산의 이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적다는 데에 있고,이와 같이 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 현물출자 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 하며, 신설법인의 자본금이 소멸되는 개인기업의 순자산 가액 이상일 것을 요구하는 것은 법인전환 과정에서 기업의 규모가 축소되는 것을 방지하려는 데 있다 할 것이다(대법원 2003.3.14. 선고 2002두12182 판결, 같은 뜻임).(다) 이 건 개인사업자가 2023.10.31. 및 2024.2.6. 설립중인 회사였던 청구법인과 체결한 현물출자계약, 수원지방법원에 제출한 현물출자기준가액 산정보고서 등에 따르면, 이 건 개인사업자는 소멸사업장의 부동산 임대업에 제공하고 있던 일체의 사업용 자산 및 부채를 현물출자하여 청구법인을 설립한 것으로 확인되는 점,청구법인의 설립 당시 등기된 자본금(OOO원)이 소멸사업장의 순자산가액(OOO원)에 미달한 것은, 이 건 개인사업자가 현물출자하는 자산의 가액 산정 시 쟁점물상보증채무를 부채로 공제하도록 한 수원지방법원의 보정명령에 따른 회계처리의 결과일 뿐이고, 소멸사업장의 자산 및 부채 일체가 청구법인에게 이전된 이상, 청구법인의 자본금과 소멸사업장의 순자산가액이 일치한다고 볼 수 있는 점,청구법인이 설립 등기일(2024.3.29.)에 작성한 재무제표상 자본금이 OOO원으로 기재되어 있고, 용인세무서장에게 제출한 2025년도 법인세 신고서의 첨부 재무상태표에서도 위 자본금을 기초로 2024.5.24.자 유상증자를 거쳐 확정된 자본금이 청구법인의 자본금으로 기재된 것으로 나타나는 점,관악세무서장이 이 건 개인사업자의 현물출자에 대하여 「조세특례제한법」제32조 제1항 본문에 따른 이월과세 요건을 갖추었다고 보아 청구법인의 신청에 따른 신고시인을 한 점 등에 비추어, 처분청에서 위 현물출자 당시 청구법인의 자본금이 소멸사업장의 순자산가액에 미달한다고 보아 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」제57조의2 제4항은 「조세특례제한법」제32조에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대해 취득세를 경감한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 이 건 개인사업자가 부동산 임대업에 제공하던 쟁점부동산이 현물출자된 이후 청구법인이 이를 부동산 임대업이 아닌 관광숙박업(관광호텔업)에 사업용으로 제공하였으므로, 이를 이월과세 대상인 ‘사업용 고정자산’으로 볼 수 없다는 의견이나,「지방세특례제한법」제57조의2 제4항 및 「조세특례제한법」제32조 제1항은 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 해당하기 위한 요건으로 당해 자산이 법인전환 이후 소멸하는 사업장의 업종과 동일한 업종에 사용될 것을 요구하고 있지 아니한 점,이 건 개인사업자의 현물출자 당시 쟁점부동산이 당해 사업자의 부동산 임대업에 제공되던 사업용 고정자산에 해당한다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는 점 등에 비추어, 처분청의 위 의견은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세특례제한법(2024.12.31., 법률 제20617호로 개정되기 전의 것)제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2024년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우(3) 조세특례제한법 시행령제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다.

이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것② 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우2. 전환법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우3. 삭제4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우(4) 조세특례제한법 시행규칙제15조(이월과세 적용대상자산의 취득가액) ③ 영 제28조 제2항에서 “재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산”이라 함은 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산(이하 이 항에서 “업무무관부동산”이라 한다)을 말한다. 이 경우 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한다.

서울특별시 관악구청장이 2025.2.21. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.