1. 처분개요가. 청구인은 2021.12.16. 광주광역시 북구 OOO 전 717㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 공공용지 협의 수용을 원인으로 광주광역시도시공사에 양도(양도가액 OOO원)한 후 8년 자경농지에 대한 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 2022.2.23. 2021년 귀속 양도소득세를 신고(납부할세액 OOO원)하였고,이후, 2022.12.26. 같은 동 OOO 전 1,286㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다)도 광주광역시도시공사에 양도(양도가액 OOO원)한 후 8년 자경농지에 대한 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 2023.2.20. 2022년 귀속 양도소득세를 신고·납부(납부할세액 OOO원)하였다.
나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 신고 내용을 검토한 결과, 쟁점토지의 양도에 대하여 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 과세기간을 달리하여 2개의 거래로 나누어 자경농지 감면세액을 각각 적용하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 청구인에게 수정신고 안내를 하였고, 이에 따라 청구인은 2023.4.7. 2022년 귀속 양도소득세를 수정신고·납부하였다.
다. 이후, 청구인은 2025.4.22. 쟁점토지의 양도는 각각 별개의 거래임에도 하나의 거래로 보아 관련 양도소득세를 과다신고·납부하였다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.9. 이를 거부하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.2. 이의신청을 거쳐 2026.1.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점토지는 청구인이 상속받은 1988년부터 별도의 필지로 구분되어 있던 토지로서, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “토지보상법”이라 한다)에 따라 광주광역시도시공사로부터 쟁점토지의 보상금을 각각 수령(2021.12.21., 2022.12.28.)한 후, 소유권이전등기를 하였으므로 쟁점토지의 양도시기는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호에 따라 소유권이전등기 접수일로 보아야 한다.(가) 청구인의 의사와 무관하게 협의 수용된 쟁점토지 중 쟁점토지①은 이의 없이 보상금을 수령하였고, 쟁점토지②는 협의매수가 1년여간 지연된 토지로서 토지수용위원회의 이의재결을 거쳐 보상금 수령(1차 증액분), 손실보상금 소송보상금 수령(2차 증액분)으로 최종 마무리가 되었다.쟁점토지의 등기사항전부증명서상 등기원인은 ‘공공용지의 협의취득’으로 기재되어 있으나, 쟁점토지①은 매매계약서에 따른 자발적 양도이고, 쟁점토지②는 비자발적 강제수용 절차에 따른 양도로 소유권이전 원인이 다르다.(나) 다수의 심판례에서는 양도자가 기존에 분필되어 있는 토지를 양도하거나 양수인의 자금 사정 등 정당한 사유로 2개 연도에 걸쳐 잔금을 수취할 수밖에 없는 경우 등과 같이 결과적으로 조세부담이 감소하였다 하더라도 실제 거래에 해당할 경우, 독립된 거래로 인정하였다.(다) 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 성실하게 신고·납부하였고, 「소득세법 시행령」에 따라 쟁점토지①·②의 양도시기가 달라 각각 감면을 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 접수한 것인바, 쟁점토지를 2회에 걸쳐 나누어 양도함으로써 감면 한도를 추가로 받아 조세회피를 하였다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다.(라) 사인간의 매매계약 시 거래 당사자들은 법률이 정한 규정 내에서 합법적으로 본인에게 가장 유리한 조건으로 거래할 자유가 있고, 청구인에게 낮은 조세부담이 발생하였다고 하여 처분청이 조세회피 목적에 대한 구체적인 입증 없이 사적자치의 원리에 따라 적법하게 이루어진 계약과 세법에서 규정된 기간과세 원칙을 무시하는 것은 실질과세 원칙에도 위배된다.
(2) 쟁점토지①·②는 서로 연접해 있으나, 각각 구분등기 되어 있고 재산세 등이 별도 부과되고 있다.(가) 청구인은 쟁점토지에서 평생 농사를 지었으나, 본인 의사와 무관하게 쟁점토지①이 광주광역시도시공사에 협의 수용된 상황에서 쟁점토지②에 대하여 수용재결 및 증액 소송 절차를 통해 쟁점토지의 가치를 높게 평가받고자 하는 것은 토지소유자로서 할 수 있는 최소한의 행위이고 수용과정의 하나이다.(나) 합법적인 절세행위는 가장행위나 부당한 행위가 구별되어야 하고, 청구인은 부당한 세법의 혜택을 받기 위하여 광주광역시도시공사와 부당한 행위를 모의하거나 강제한 사실이 없다.
나. 처분청 의견(1) 쟁점토지는 자연녹지지역 내 사다리꼴 형태의 과수원(전)으로 서로 연접해 있고, 지번상으로는 2필지이나, 카카오맵 스카이뷰 등 항공사진으로 고랑의 흔적 등을 보면 필지 구분 없이 하나의 필지로 이용되고 있다.(가) 쟁점토지①은 광주광역시도시공사 보상금 결정내역(2021.12.9.)에 따라 2021.12.16. 소유권이전등기 되면서 2021.12.21. 보상금이 지급되었고, 쟁점토지②는 청구인 등 279명이 실거래가격 수준 보상을 요구하여 2022.11.10. ‘중앙토지수용위원회의 재결’에 따라 2022.12.26. 소유권이전등기 되면서 2022.12.28. 보상금이 지급되었다.(나) 쟁점토지는 모두 공시지가 대비 3.4배 수준으로 보상받은 것으로서, 쟁점토지②는 ‘중앙토지수용위원회의 재결’ 이후에도 쟁점토지①과 유사한 비율로 보상단가가 결정되었다.＜표1＞ 쟁점토지 보상내역(단위 : ㎡, 원, %)
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○(2) 청구인은 쟁점토지①이 2021.12.16. 협의매수 계약으로 소유권이전(보상금 지급일 : 2021.12.21.)되었고, 쟁점토지②는 2022.12.26. 토지수용위원회의 재결을 통해 소유권이전(보상금 지급일 : 2022.12.28.)이 이루어진 별개의 거래이므로 귀속 연도를 달리하여 각각 감면세액을 계산하여야 한다고 주장하나,(가) 쟁점토지①·②는 당초부터 하나의 사업구역에 소재한 일괄 협의취득 대상으로 사업시행자가 쟁점토지 전부를 하나의 사업부지로 사용할 것이 확정되어 있던 상황에서 토지별 보상이 아닌 개인별 보상을 통해 신속한 사업시행을 원하는 사업시행자가 굳이 쟁점토지①·②를 분리하여 취득할 특별한 사정이 없고, 쟁점토지②는 청구인이 보상가액 등 재결신청으로 연도를 달리하여 수용된 것일 뿐, 사업시행자의 보상금 지급여력 문제 등 부득이한 사정도 존재하지 아니한바,쟁점토지 거래의 실질은 쟁점토지②의 보상가액에 대한 재결로 보상금만 나누어 지급되었을 뿐 각각 별개의 거래로 볼 수 없고, 동일한 공익사업을 지향하는 연속된 하나의 거래로 보는 것이 타당하며, 이때 쟁점토지①·②의 양도시기는 쟁점토지②의 소유권이전등기 접수일인 2022.12.26.이다.(나) 쟁점토지①·②는 AAA 사업구역에 소재한 연접토지로 하나의 필지처럼 이용되어 사업인정고시와 열람공고(2020.12.31.) 등이 함께 이루어진 일괄 협의취득 대상 토지로, 사업시행자가 쟁점토지①·② 전부를 하나의 사업부지로 사용할 것이 확정되어 있던 상황에서 신속한 사업시행을 원하는 시행자가 굳이 두 토지를 분리하여 취득할 특별한 사정이 없고,쟁점토지②의 경우 보상가액에 대한 청구인 등의 재결신청으로 연도를 달리하여 수용된 것일 뿐, 사업시행자의 보상금 지급여력의 문제 등 부득이한 사정도 존재하지 아니한바, 위 거래의 실질은 협의 수용과정에서 보상가액에 대한 이견으로 소유권이전이 2회로 나누어져 있을 뿐, 각각 별개의 거래로 볼 수 없고 동일한 공익사업을 지향하는 연속된 하나의 거래로 보는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점토지①·②의 양도시기를 연속된 하나의 거래로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인은 2021.12.16. 쟁점토지①을 공공용지의 협의수용을 원인으로 광주광역시도시공사에 양도(양도가액 OOO원)한 후 자경농지에 대한 양도소득세의 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 2022.2.23. 2021년 귀속 양도소득세를 신고(납부할세액 OOO원)하였고,2022.12.26. 쟁점토지②에 대하여 광주광역시도시공사에 양도(양도가액 OOO원)한 후 자경농지에 대한 양도소득세의 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 2023.2.20. 2022년 귀속 양도소득세를 신고·납부(납부할세액 OOO원)하였다.한편, 청구인은 2023.4.7. 쟁점토지①·②의 양도에 대하여 하나의 거래로 하여 2022년 귀속 양도소득세를 수정신고·납부하였다가 2025.4.22. 쟁점토지의 양도는 각각 별개의 거래임에도 하나의 거래로 보아 관련 양도소득세를 과다하게 납부하였다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.9. 이를 거부하였다.＜표2＞ 쟁점토지의 양도소득세 신고내역(단위 : 천원)
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○(나) 쟁점토지①·②는 AAA 조성사업구역 내에 소재하고 보상 대상 토지로서, 광주광역시도시공사로부터 토지보상법 제15조에 따라 사업인정고시(2020.12.31.), 보상계획 열람공고(2021.5.7.) 후 협의취득(쟁점토지①, 2021.12.21.) 및 수용재결(쟁점토지②, 2022.12.26.)을 통하여 보상이 이루어진 것으로 나타난다.＜표3＞ 쟁점토지 양도내역(단위 : ㎡, 천원)
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○(다) 쟁점토지의 지적도 및 2022년 1월 현재 카카오맵의 항공사진을 보면, 쟁점토지①과 쟁점토지②는 서로 연접되어 있는 것으로 나타나고, 토지분할 이력은 확인되지 아니한다.
(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이며, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인 규정이 마련되어야 하는 것(대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결, 같은 뜻임)인바,쟁점토지①(협의매수)과는 달리 쟁점토지②에 대해서는 청구인이 적정가격 보상을 요구하면서 (수용)협의가 성립되지 아니한 채 토지보상법에 따른 토지수용위원회의 재결 절차를 거쳐 2022.12.26. 비로소 수용(소유권이전)된 것으로 나타나므로, 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피 목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 채택한 계약 형식을 부인하고 세법상 기간과세의 원칙에 반하는 과세처분을 하는 것은 실질과세의 원칙에 위배되어 부당한 것으로 보이는 점(조심 2026전1426, 2026.6.18. 같은 뜻임), 청구인은 쟁점토지①·②를 ‘1988.3.14. 협의분할에 인한 재산상속’을 원인으로 취득한 이후 양도시까지 계속 자경하였고, 취득 당시부터 별도의 필지로 구분되어 있던 농지로 확인되는 점, 청구인은 거래형식과 달리 조세회피 목적으로 쟁점토지①·②를 2개 연도로 분리해서 양도하기 위하여 매수자와 공모하거나 부정행위를 하였다는 사실도 확인되지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 양도를 하나의 거래로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ : 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 소득세법제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
(3) 소득세법 시행령제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.
(4) 조세특례제한법제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.가.
5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제30조(재결 신청의 청구) ① 사업인정고시가 된 후 협의가 성립되지 아니하였을 때에는 토지소유자와 관계인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 사업시행자에게 재결을 신청할 것을 청구할 수 있다.② 사업시행자는 제1항에 따른 청구를 받았을 때에는 그 청구를 받은 날부터 60일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 재결을 신청하여야 한다.
이 경우 수수료에 관하여는 제28조제2항을 준용한다.③ 사업시행자가 제2항에 따른 기간을 넘겨서 재결을 신청하였을 때에는 그 지연된 기간에 대하여 「소송촉진 등에 관한 특례법」 제3조에 따른 법정이율을 적용하여 산정한 금액을 관할 토지수용위원회에서 재결한 보상금에 가산(加算)하여 지급하여야 한다.제64조(개인별 보상) 손실보상은 토지소유자나 관계인에게 개인별로 하여야 한다. 다만, 개인별로 보상액을 산정할 수 없을 때에는 그러하지 아니하다.제65조(일괄보상) 사업시행자는 동일한 사업지역에 보상시기를 달리하는 동일인 소유의 토지등이 여러 개 있는 경우 토지소유자나 관계인이 요구할 때에는 한꺼번에 보상금을 지급하도록 하여야 한다.
