청구인은 동업계약을 체결하고 체납법인을 공동경영하였으므로 과점주주에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)는 2020.6.15. 온라인광고대행업을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 아래 ＜표1＞과 같이 2023년 제2기 부가가치세 등 합계 OOO원(이하 “쟁점체납세액”이라 한다)을 체납한 후 2024.7.1. 폐업하였으며, 청구인은 체납법인의 대표이사로 체납법인의 발행주식 OOO주(지분율 OOO%)를 보유하고 있었다.＜표1＞ 쟁점체납세액 및 납부고지 금액OOO나. 처분청은 체납법인의 재산으로는 쟁점체납세액을 징수할 수 없다고 판단하고 2025.12.15. 청구인을 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점체납세액을 납부고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 청구인은 체납법인의 주주명부상 발행주식의 전부를 보유한 것으로 되어 있으나, 2023.1.2. 체납법인의 사내이사 a과 동업계약을 체결한 이후 체납법인의 지분 OOO%를 양도하였으므로 실제 보유지분은 OOO%에 불과하다.청구인이 체납법인의 과점주주가 아님을 뒷받침하는 객관적인 증거는 다음과 같다.OOO(2) 「국세기본법」 제14조 제1항은 과세 대상의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다는 실질과세 원칙을 규정하고 있고, 과점주주의 제2차 납세의무는 실질과세의 원칙을 구현하려는 것으로서, 형식적으로는 제3자에게 재산이 귀속되어 있으나 실질적으로는 주된 납세의무자와 동일한 책임을 인정하더라도 공평을 잃지 않을 특별한 관계에 있는 제3자를 제2차 납세의무자로 하여 보충적인 납세의무를 지게 하는 제도(대법원 2004.10.27. 선고 OOO판결 참조)이므로 체납법인의 주식 소유 여부는 형식적 명의가 아닌 실질적 귀속에 의하여 판단하여야 한다.체납법인의 자본금은 OOO원(1주당 OOO원, 총 발행주식 OOO주)에 불과하여 청구인과 a은 주주명부 변경의 중요성을 인식하지 못하였으므로 주주명부의 형식적 기재에 실질적 의미를 부여할 수 없다.또한 체납법인이 주식변동상황을 신고하지 않은 것은 세무행정절차의 해태에 불과한 것일 뿐 실질적인 지분변동이 없었다는 증거가 될 수 없으며, 청구인이 처분청의 제2차 납세의무자 지정 이후 주식 양도소득세를 신고한 것은 동업계약 체결 시점일(2023.1.2.)부터 이미 존재하였던 실질적 지분 관계를 사후적으로 정비한 것이다.

(3) 처분청은 답변서에서 ‘청구인의 주장과 같이 동일한 기여도로 체납법인을 운영한 동업인이 있다는 사실이 양립 가능하다’고 스스로 인정하면서도, 청구인이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당한다는 의견을 제시하였는데, ‘동일한 기여도의 공동경영’과 ‘지배적인 영향력 행사’는 논리적으로 양립할 수 없는 개념이다.법원은 주주명의만 대여한 형식상의 주주에 불과하고 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사할 여지가 없는 경우 제2차 납세의무의 성립을 부인하였고, 과점주주의 주식 소유 정도 및 실질적인 권리 행사 여부와 법인 경영에 대한 사실상의 지배 여부 등 실질적인 요소에 대한 고려 없이 일률적으로 납세의무를 인정하면 조세법률주의에 위반된다고 판결(대법원 2004.10.27. 선고 OOO판결 참조)한 바 있으므로, 청구인이 주주명부상 체납법인의 지분 OOO%를 보유하고 있다는 형식적 외관만을 근거로 체납법인의 과점주주로 지정한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나.처분청 의견(1) 청구인은 체납법인의 대표이사로 설립 당시부터 폐업일까지 체납법인의 발행주식 전부를 보유한 과점주주였던 사실이 주식등변동상황명세서 및 법인등기부등본에 의하여 확인되는바, 청구인을 제2차 납세의무자로 지정한 이 건 처분은 적법하다.주식회사는 소유와 경영이 분리되므로 청구인이 체납법인의 지분 100%를 보유하고 있다는 사실과 청구인이 a과 동일한 기여도로 체납법인을 운영하였다는 사실은 양립가능하다.

(2) 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인은 「법인세법」 제119조 제1항에 따라 정해진 신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 주식등변동상황명세서를 제출하여야 하는데, 체납법인은 2023사업연도 법인세 신고 시 주식변동이 없는 것으로 신고하였고 2024사업연도 법인세는 무신고 상태이며, 그 외 체납법인의 주주변동을 확인할 수 있는 다른 자료가 존재하지 않는다.청구인은 2023.1.2. a에게 체납법인의 지분 OOO%를 양도하였다고 주장하며, 양도소득세 기한후신고서를 제출하였으나, 위 신고서는 2026.3.4. 작성ㆍ제출된 것으로, 납세의무 성립일 이전에 쟁점주식을 양도하였다는 것을 증명하지 못한다.따라서 청구인을 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점체납세액을 납부고지한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인은 동업계약을 체결하고 체납법인을 공동경영하였으므로 과점주주에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 체납법인은 2020.6.15. 서울특별시 강남구 OOO동에서 온라인광고대행업을 영위할 목적으로 설립되었으며, 청구인은 체납법인의 발기인으로서 체납법인의 주식 OOO주(지분율 OOO%)를 보유한 것으로 확인된다.(나) 체납법인의 주주명부 및 주식변동상황명세서에 의하면 체납법인 설립 이후 주주 및 지분 변동은 없는 것으로 확인된다.＜체납법인 주주명부＞OOO(다) 청구인은 2023.1.2. a과 체납법인을 공동으로 경영하기로 약정하였다며 아래와 같은 동업계약서를 제출하였다.＜청구인과 a이 작성한 동업계약서 발췌＞OOO(라) 청구인은 2026.3.6. 주식양도일자를 2023.1.2.로 하여 a에게 체납법인의 주식 OOO주를 OOO원에 양도하는 주식양수도계약서를 작성한 후 이 건 심판청구서와 함께 제출하였다.＜체납법인 주식양수도계약서＞OOO(마) 청구인은 체납법인의 주식 양도와 관련하여 2026.3.4. 별도의 양도차익이 발생하지 않은 것으로 양도소득세 기한후신고를 하였다.(바) 청구인이 제출한 체납법인의 급여대장과 법인계좌 거래내역에 의하면 청구인과 a은 동일한 액수의 급여를 지급받은 것으로 확인된다.(사) 청구인은 체납법인의 수익금액을 a과 OOO대 OOO으로 정산했다고 주장하며 아래와 같은 체납법인의 OOO은행 계좌 거래내역을 제출하였는데, 해당 거래내역에 의하면 체납법인의 다른 계좌에서 체납법인의 해당 계좌로 자금이 이체된 후 해당 금액의 OOO%를 주식회사 B(a이 운영하는 법인)로 이체한 것으로 나타난다.＜체납법인의 기업은행 계좌 거래내역 발췌＞OOO(아) 청구인은 체납법인의 직원들이 청구인과 a을 대표라고 호칭하고, a은 직원들에게 세무ㆍ인사 등의 업무지시를 하였다며 카카오톡 대화내역을 제출하였다.(자) a은 청구인과 동업자로서 체납법인의 지분 OOO%를 보유하며 체납법인을 공동경영하였다는 취지로 아래와 같은 사실확인서를 작성ㆍ제출하였다.＜a이 작성한 사실확인서 발췌＞OOO(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 체납법인의 지분 OOO%를 양도한 후 체납법인을 공동경영하였으므로 과점주주에 해당하지 않는다고 주장하나, 체납법인의 주주명부, 주식등변동상황명세서, 법인등기사항전부명세서에 의하면 청구인은 체납법인의 설립일부터 쟁점체납세액 납세의무 성립일까지 체납법인의 대표이사이자 발행주식 전부(OOO%)를 보유하고 있었던 것으로 확인되는 점, 청구인은 2023.1.2. 체납법인의 지분 OOO%를 a에게 양도하였다며 주식양수도계약서를 제출하였으나 위 계약서는 제2차 납세의무 지정일 이후 작성되었으며, 청구인이 a으로부터 지분양도의 대가를 수령한 사실이 확인되지 않는 점, 청구인과 a이 체납법인으로부터 동일한 급여를 지급받았다거나 직원들이 대표라는 호칭을 사용하였다는 사정 등이 청구인과 a이 체납법인의 지분을 각 OOO%씩 보유하였다는 사실을 입증하는 것은 아닌 점 등에 비추어, 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점체납세액을 납부고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)가. 합자회사의 유한책임사원나. 유한책임회사의 사원다. 유한회사의 사원(2) 국세기본법 시행령제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ② 법 제39조 제2호 각 목 외의 부분에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

(3) 국세징수법제7조(제2차 납세의무자 등에 대한 납부고지) ① 관할 세무서장은 납세자의 체납액을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "제2차 납세의무자등"이라 한다)로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다), 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다.

1. 제2차 납세의무자2. 보증인3. 「국세기본법」 및 세법에 따라 물적납세의무를 부담하는 자(이하 "물적납세의무를 부담하는 자"라 한다)② 관할 세무서장은 제1항에 따라 제2차 납세의무자등에게 납부고지서를 발급하는 경우 납세자에게 그 사실을 통지하여야 하고, 물적납세의무를 부담하는 자로부터 납세자의 체납액을 징수하는 경우 물적납세의무를 부담하는 자의 주소 또는 거소를 관할하는 세무서장에게도 그 사실을 통지하여야 한다.