이 건 부동산 취득 후 반환받은 쟁점금액을 취득세 과세표준에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 2021.12.17. 서울특별시 강남구 OOO(이하 네 개 호수를 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 A 주식회사(이하 “매도인”이라 한다)와 분양대금을 OOO원으로 하는 분양계약을 체결하였다.

나. 청구인은 2025.2.7. 잔금을 지급하고 이 건 부동산을 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으며 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 청구인은 2025.1.20. 매도인에게 이의를 제기하여 2025.5.14. 분양대금 정산 합의서를 작성하고, 2025.9.12. 매도인으로부터 전용면적 부족분에 대하여 돌려받은 분양대금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 취지로 2025.11.21. 처분청에 경정청구 하였으나, 2026.1.6. 처분청은 청구인이 2021.12.17. 계약을 체결하여 2025.2.7. 이 건 부동산을 적법하게 취득하였으므로 이미 성립한 조세채권의 행사에는 아무런 영향을 줄 수 없다고 보아 경정청구를 거부(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 2021.12.17. 이 건 부동산에 대하여 매도인과 그 분양대금을 OOO원으로 하는 분양계약을 체결하였는데, 당시 매도인은 청구인에게 전용면적과 발코니(테라스) 서비스 면적이 구분되어 있음을 안내하였다.그런데 2024.11.15. 이 건 부동산 완공 후 확인한 결과, 매도인은 청구인과 분양계약 후에 이 건 부동산을 설계변경하여 아래와 같이 발코니 면적(16.62평, 54.942㎡)이 감소되어 실사용면적이 감소되었다.＜분양계약 면적과 완공 면적 비교(청구인 제출)＞

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○따라서 발코니 면적만큼 분양대금이 과도하게 계약된바, 2025.1.20. 청구인은 매도인에게 이의를 제기하여 부족한 전용면적에 대한 분양대금 환불을 요청하였고, 매도인은 분양계약이 잘못된 사실과 전용면적 부족을 인정하고 2025.5.14. 분양대금 정산 합의서를 작성하였으며, 2025.9.12. 전용면적 부족 면적분에 대한 분양대금 OOO원(쟁점금액)을 청구인에게 지급하였다.이 건 부동산은 2024.11.26. 매도인 명의로 소유권 보존등기된 상태였고, 분양대금 잔금 납부는 2025.1.31.까지로 기간이 지정되어 있었다.

매도인은 청구인이 해당일자까지 잔금을 납부하지 않을 경우 납부지연에 따른 연체이자를 청구한다고 하였고, 또한 청구인의 이의제기에 대하여 면밀히 검토 후 문제를 해결할 것을 약속하면서 그 사실관계 확인 등에 여러 달의 시일이 걸릴 수 있다며 양해를 구하였다.청구인은 정산 후 분양대금으로 처분청에 취득세 등을 신고하고자 하였으나 만약 매도인과 분양대금 정산이 되지 않을 경우 취득세 등 가산세 부담이 있고, 이 건 부동산을 미등기 상태로 두기에도 불안하여, 어쩔 수 없이 당초 계약서상 분양대금으로 2025.2.7. 취득세 등을 신고·납부한 것이다.처분청은 2025.2.7. 청구인이 잔금 지급 및 소유권 이전등기를 완료함으로써 이 건 부동산을 적법하게 취득하였고 취득세 납세의무가 성립하였다고 주장하나, 청구인이 그 이전인 2025.1.20. 매도인에게 이의제기를 한 상태였던 점, 위에서 기술한 연체이자에 대한 부담·쟁점금액을 제외하여 취득세를 신고한 후 분양대금 정산이 안될 시 취득세 가산세에 대한 부담·부동산을 미등기 상태로 방치하는 것에 대한 부담 등의 사유로 부득이 취득세 등을 신고하고 소유권이전등기 한 점, 취득세 납세의무 성립은 분양대금 정산 합의서를 작성한 2025.5.14.으로 보아야 하는 점, 조심 2017지882, 2017.10.30. 결정 및 조심 2018지216, 2018.5.1. 결정 등을 고려하면, 쟁점금액을 이 건 부동산 과세표준에 포함하지 않아야 하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견청구인은 잔금을 지급하고 소유권이전등기를 완료한 2025.2.7. 이전인 2025.1.20. 청구인이 매도인에게 이의제기를 한 상태였던 점, 매도인이 분양대금 문제 해결의 여러 달의 시일이 걸릴 수 있다며 양해를 구한바, 부득이 당초 분양대금으로 취득세 등을 신고하고 소유권 이전등기를 하여야 했던 점, 취득세 납세의무 성립은 분양대금 정산 합의서를 작성한 2025.5.14.으로 보아야 하는 점, 조심 2017지0882, 2017.10.30. 결정 및 조심 2018지216, 2018.5.1. 결정 등을 고려하면, 쟁점금액을 이 건 부동산 과세표준에 포함하지 않아야 하므로 이 사건 처분은 부당하다고 주장한다.살피건대 부동산 취득세는 부동산의 취득 행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로, 그에 대한 조세채권은 그 취득 행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생하며, 일단 적법하게 취득한 다음에는 부동산을 취득하는 데에 중대하고 명백한 흠결이 있어 취득 행위가 당연무효에 해당하지 아니하는 이상, 그 후 합의에 의하여 계약 내용을 변경하더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다고 할 것(조심 2013지525, 2013.11.21. 결정, 조심 2018지817, 2018.8.29. 결정 참조)이고,취득세의 성격과 본질 등에 비추어 보면, 매매계약에 따른 소유권이전등기가 마쳐진 이후 매매계약에서 정한 조건이 사후에 성취되어 대금 감액이 이루어졌다 하더라도, 당초의 취득가액을 기준으로 한 적법한 취득행위가 존재하는 이상 위와 같은 사유는 특별한 사정이 없는 한 취득행위 당시의 과세표준을 기준으로 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다 할 것(대법원 2018.9.13. 선고 2015두57345 판결, 행정안전부 부동산세제과-3439호, 2020.12.9. 등 참조)이다.청구인의 경우 2021.12.17. 매도인과 이 건 부동산에 대한 분양계약을 체결하고, 2025.2.7. 그 분양대금을 모두 지급하였으며 그 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고·납부한 후 소유권 이전등기를 마친바, 그 잔금지급일 및 등기일에 이 건 부동산을 적법하게 취득한 것이며, 「지방세기본법」 제34조 제1항 제1호에 따라 그 납세의무가 성립한 것이다.비록 청구인이 이 건 부동산에 대한 취득세 납세의무가 성립한 이후 쟁점금액을 돌려받았다고 하더라도 당초의 취득가액을 기준으로 한 적법한 취득행위가 존재하는 이상, 거래당사자 간의 약정에 따라 취득가액이 변경되었다 하여 취득행위 당시의 과세표준을 기준으로 성립한 조세채권의 행사에는 영향을 줄 수 없다고 할 것(조심 2020지0615, 2020.12.23. 결정 참조)이며,청구인이 2025.2.7. 쟁점금액을 포함한 당초 분양대금을 취득가액으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였고, 청구인의 매도인에 대한 이의제기 시점과 내용 등이 객관적으로 입증되지 않았으며, 이 건 부동산의 당초 취득가액을 감액하는 것으로 하여 계약서를 재작성하는 등 공적인 서류에 대한 경정이 없는 사실 등을 종합적으로 고려하면,이미 취득이 완료된 부동산으로서 취득 이후에 취득가액이 감소하였다 하더라도 해당 금액을 취득세 과세표준에서 제외할 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건 부동산 취득 후 반환받은 쟁점금액을 취득세 과세표준에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인은 2021.12.17. 이 건 부동산에 대하여 매도인과 그 분양대금을 OOO원으로 하는 분양계약을 체결한 후, 2025.2.7. 잔금을 지급하고 이 건 부동산을 취득하여, 그 취득가액 */11,717,100,000*/원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으며 같은 날 소유권 이전등기를 경료하였다.(나) 청구인은 2025.1.20. 매도인에게 이의를 제기하여 2025.5.14. 분양대금 정산 합의서를 작성하고 2025.9.12. 매도인으로부터 전용면적 부족분에 대하여 돌려받은 쟁점금액을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구 하였으나, 2026.1.6. 처분청은 청구인이 2021.12.17. 계약을 체결하여 2025.2.7. 이 건 부동산을 적법하게 취득하였으므로 이미 성립한 조세채권의 행사에는 아무런 영향을 줄 수 없다고 판단하여 이 건 처분을 하였다.(다) 청구인이 제출한 매도인의 경위서는 아래와 같다.＜ 청구인이 제출한 경위서 발췌내용 ＞

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○(라) 청구인이 제출한 분양대금 정산 합의서(체결일 2025.5.14.)는 아래와 같다.＜청구인이 제출한 분양대금 정산 합의서 일부 발췌＞

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○(마) 청구인의 금융거래내역서를 보면 2025.9.12. 쟁점금액을 입금받은 것으로 확인되고, 매도인은 2025.9.24. 쟁점금액에 대한 부의 세금계산서(품목 : 이 건 부동산 정산금)를 청구인에게 발급한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.처분청은 쟁점금액을 이 건 부동산의 취득세 등 과세표준에서 제외할 수 없다는 의견이다.그러나, 청구인이 제출한 경위서 분양 대금 정산 합의서를 보면, 청구인은 이 건 부동산 준공 이후 실제 실측된 전용면적이 분양계약서에 기재된 전용면적보다 작다고 매도인에게 이의제기를 하였고, 공급계약서상 전용면적에는 발코니면적이 포함되어 있어 실제 매수한 전용면적이 54.942㎡이 부족하여 매도인은 부족면적에 대한 정산금인 쟁점금액에 지급지연이자를 포함하여 반환한 것으로 나타나는바,이는 매매계약에 따른 소유권이전등기가 마쳐진 이후 매매계약에서 정한 조건이 사후에 성취되어 대금감액이 이루어진 것이 아니라 이 건 부동산의 분양계약 당시 면적의 기재 착오로 인해 취득 당시의 취득물 자체의 면적이 감소하여 발생한 것으로 보이는 점(즉 분양대금을 청구인이 취득한 면적보다 과다하게 지급한 것으로 보이는 점),쟁점금액을 반환받은 사실이 금융거래내역서 등에 의하여 확인되고 매도인은 쟁점금액에 대하여 분양대금 정산의 품목으로 부의 세금계산서를 청구인에게 발급한 점 등에 비추어,처분청이 쟁점금액이 이 건 부동산의 취득세 등 과세표준에 포함되어야 한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20629호로 개정된 것)제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때제35조(납세의무의 확정) ① 지방세는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 세액이 확정된다.

1. 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세 : 신고하는 때. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 지방세관계법에 어긋나는 경우에는 지방자치단체가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때로 한다.

(2) 지방세법(2024.12.31. 법률 제20630호로 개정된 것)제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.제10조(과세표준의 기준) 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.

다만, 연부로 취득하는 경우 취득세의 과세표준은 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)으로 한다.제10조의3(유상승계취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 다음 각 호의 자가 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하 “사실상취득가격”이라 한다)으로 한다.

1. 납세의무자제10조의7(취득의 시기) 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정을 적용하는 경우 취득물건의 취득유형별 취득시기 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다) 또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(2) 지방세법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제35177호로 개정된 것)제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 하고, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 제1호, 제2호 또는 제7호의 금액을 제외한 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조 제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료(건축 및 토지조성공사로 수탁자가 취득하는 경우 위탁자가 수탁자에게 지급하는 신탁수수료를 포함한다)5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.

이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용4. 부가가치세5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.

1. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)4. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일 부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)⑭ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

서울특별시 강남구청장이 2026.1.6. 청구인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.