대표이사가 사택으로 사용하고 있는 부동산이 벤처기업의 사업용재산에 해당되는지 여부(기각)

1. 원처분의 요지 청구인은 유전자이용물질 제조 및 연구개발업체로서

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○지방중소기업청장으로부터 2000.3.22. 벤처기업확인을 받고, 2000.6.13. 대도시내인

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○도

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○시에 법인을 설립하였으며, 2002.3.8. 취득·등기한

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○도

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○시

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○구

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○동

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○트리폴리스1 B-

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○호(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)의 법인등기에 따른 등록세를 표준세율로 적용하여 신고·납부한 후 2002.3.22. 청구인의 본점을 이 사건 부동산으로 이전하였으나, 청구인이 이 사건 부동산을 대도시내 법인 중과세의 예외 업종에 사용하지 아니하고 대표이사의 사택으로 사용중인 사실이 확인되어, 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 차감하고 등록세 16,131,000원, 지방교육세 2,957,350원, 합계 19,088,350원(가산세 포함)을 2005.5.9. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 조세특례제한법 제119조 (등록세의 면제)제3항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다라고 규정하고 있고, 그 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용 자산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 부동산에 대하여 지방세법 제138조 제1항제3호 규정 의 등록세 중과(3배)규정을 적용하여 부과한 처분은 부당하고, 설사 등록세 등의 과세대상이 된다고 하더라도 이 사건 부동산은 청구인이 사무실용도로 사업자등록이 되어 있으므로 사무실면적과 사택면적을 안분하여 등록세 등이 경정·고지되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 벤처기업의 대표이사가 사택으로 사용하고 있는 부동산이 벤처기업의 사업용재산에 해당되는지 여부와 이러한 부동산등기가 대도시내 법인등기의 등록세 중과대상이 되는지 여 부에 관한 것이라 하겠 다. 먼저 관계법령을 보면, 조세특례제한법 제119조 제3항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다라고 규정하면서, 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기라고 규정하고 있으며, 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다라고 규정하고, 그 제3호에서는 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제102조 제2항에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로 의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 유전자이용물질 제조 및 연구개발업체로서

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○지방중소기업청장으로부터 2000.3.22. 벤처기업확인을 받고, 대도시지역인

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○시에 법인을 설립하였으며, 2002.3.8. 취득·등기한 이 사건 부동산의 등록세를 표준세율로 적용하여 신고·납부한 후 2002.3.22. 청구법인의 본점을 대도시지역인

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○도

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○시의 이 사건 부동산으로 이전하였으나, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 대도시내 법인중과세의 예외 업종에 사용하지 아니하고 대표이사의 사택으로 사용중인 사실을 확인하고, 등록세의 중과세율을 적용하여 추징한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 조세특례제한법 제119조 (등록세의 면제)제3항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다라고 규정하고 있고, 그 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용 자산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 이 사건 부동산에 대하여 지방세법 제138조 제1항제3호 규정 의 등록세 중과(3배)규정을 적용하여 부과한 처분은 부당하고, 설사 등록세 등의 과세대상이 된다고 하더라도 이 사건 부동산은 청구인이 사무실용도로 사업자등록이 되어 있으므로 사무실면적과 사택면적을 안분하여 등록세 등이 경정·고지되어야 한다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제119조 제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세 감면대상으로 규정하면서 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추 징하도록 규정하고 있는 바, 청구인은

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○ 지방중소기업청장으로부터 2003.3.22. 벤처기업확인을 받은 사실은 제출된 자료에서 확인되지만, 청구인이 2002.3.8. 취득·등기한 이 사건 부동산에는 청구인의 대표이사 및 가족〔처, 자(3인)〕이 2002.1.25. 전입하여 거주하고 있음이 주민등록표에 의해 확인되고 있고, 처분청의 담당공무원이 2005.1.31. 현지 출장한 후 작성한 출장복명서 및 사진에 의해서도 청구인의 대표이사 사택으로 사용중인 사실이 확인되었으므로, 이 사건 부동산이 창업벤처중소기업의 사업용재산으로 감면대상이 아님은 물론 청구인은 2000.6.13. 설립된 대도시지역내 신설법인으로서 이 사건 부동산이 법인 설립 이후 5년 이내인 2002.3.8. 취득하여 등록한 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 해당되므로 등록세의 중과대상에 해당되고, 이 사건 부동산은 지방세법시행령 제101조 에서 규정하고 있는 대도시내 법인중과세의 예외업종에 사용되지 아니하고 청구인의 대표이사 사택으로 사용하고 있음이 분명하므로, 처분청에서 이 사건 부동산에 대하여 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2005. 9. 26. 행 정 자 치 부 장 관

「조세특례제한법」 제119조 【등록세의 면제 등】 / 「조세특례제한법」 제120조 【취득세의 면제 등】 / 「지방세법」 제138조 【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과】