과세시가표준액에 따라 건물가액을 안분계산하여과세한 처분의 당부(취소)

1. 원처분 개요청구인 OOO외 3인(이하 “청구인들”이라 한다)은 90.8.16 서울특별시 도봉구 O동 OOOOOO 대지 562㎡를 취득한 후 91.9.27 동 지상에 근린생활시설 2,658㎡(지하 2층 지상 6층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 분양하면서 분양계약서상 분양가액 중 토지 및 건물가액을 토지 취득가액(800,000,000원)과 건물공사도급가액(1,485,000,000원)의 비율(토지가액:건물가액 = 45%:65%)에 따라 안분계산하여 구분하고 계약금 등을 수령할 때 마다 건물공급에 대한 부가가치세를 징수하고 세금계산서를 교부한 후 부가가치세를 신고·납부하였다.처분청은 쟁점부동산중 OOO협동조합에게 분양가액 850,000,000원에 분양한 1층점포(이하 “쟁점점포”라 한다)를 제외한 점포는 준공후 분양하였으므로 분양가액중 토지·건물가액의 구분이 확인된다고 보아 건물공급분에 대한 부가가치세를 당초 신고내용대로 인정하고, 쟁점점포는 준공전에 분양하였으므로 분양가액중 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 보고 쟁점점포 분양가액을 지방세법상 토지·건물 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 건물공급가액을 산출한 후 이에 대하여 93.9.11 청구인들에게 91년 제2기 과세기간분 부가가치세 24,253,080원을 과세하였다.청구인들은 이에 불복하여 93.11.3 심사청구를 거쳐 94.2.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견청구인들은 쟁점점포 분양가액중 토지·건물가액을 토지취득가액과 건물공사도급액의 비율에 따라 안분계산하여 구분하였으므로 이는 건물 준공전에 분양한 경우의 합리적인 토지 및 건물가액의 산출방법이고 이에 의거 산출된 토지 및 건물가액은 실질적인 실지거래가액이라 할 수 있으며 이에 따라 세금계산서까지 발행교부하고 부가가치세를 신고 납부한 후 비치 기장한 장부에 의하여 종합소득세 실지조사결정을 받은 이 건의 경우는 토지 및 건물의 가액이 구분되어 토지와 건물의 실지거래가액이 확인되는 경우임에도 불구하고 처분청은 단지 건물 준공전에 쟁점점포를 분양하였다는 사실만 가지고 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 건물공급가액을 지방세법상 과세시가표준액에 따라 안분계산 하여 과세한 것은 부당하다는 주장이다.국세청장은 이 건의 경우는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 건물신축중에 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우이므로부가가치세법시행령 제48조의2제4항 제2호 및 제3항 본문을 적용할 수 없는 건물실지거래가액이 불분명한 경우이고, 청구인들이 면세(토지)와 과세(건물) 공급분을 구분한 후 과세분 공급에 대하여 세금계산서를 발행하였다 하더라도 실지거래가액이 불분명한 경우라 할 것이므로 처분청이 준공검사일 이전에 분양한 쟁점점포에 대하여 건물 실지거래가액이 불분명한 경우로 보아 분양가액을 지방세법상 과세시가 표준액으로 안분계산한 건물가액을 건물공급가액으로 보고 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점이 건의 다툼은 쟁점점포 분양가액중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 건물가액을 안분계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령①부가가치세법시행령 제48조의2제3항의 규정에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다고 규정하고 있고같은조 제4항 제2호(90.12.31 신설된 것)의 규정에서는 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 안분계산한 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있다.② 위 규정은 건물공급에 대한 부가가치세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하고, 다만 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 한하여 예외적으로 지방세법상 과세시가표준액에 따라 안분계산할 수 있는 것임을 규정한 것이고 이때 실지거래가액이라 함은 납세자가 비치하고 있는 장부나 증빙서류에 의하여 확인될 수 있는 합리적인 가격을 의미하는 것으로 해석되며 이를 분명하게 하기 위하여 90.12.31 같은법 같은조 제4항을 신설하여 입법화한 것으로 보아야 할 것이다(국심 91서2294, 92.2.27 같은뜻임).다.

위 다툼에 대하여 본다.첫째, 청구인들이 쟁점점포에 대한 매매계약을 체결하면서 작성한 매매계약서를 보면 매매대금 850,000,000원중 토지·건물가액을 토지취득금액(800,000,000원)과 건물신축예정금액(1,485,000,000원)의 비율(토지:건물=45%:65%)에 따라 안분계산하여 매매대금 850,000,000원(부가가치세 별도)중 토지가액 297,500,000원, 건물가액 552,500,000원으로 구분표시하였음을 알 수 있고 계약금, 잔금 수령시 건물공급가액에 대한 부가가치세를 각각 징수하고 세금계산서를 교부한 후 이를 장부에 기장하고 부가가치세를 신고·납부하였음이 청구인이 제시한 세금계산서와 부가가치세신고서에 의하여 확인되고 있으며 또한 위의 사실에 대하여는 서로 다툼이 없다.둘째, 토지취득과 동시에 건물신축도급계약을 체결하고 즉시 분양계약을 체결하는 현행 건물분양의 특성과 분양 후 계약금, 중도금 수령시마다 건물가액에 대한 세금계산서를 교부, 신고·납부하여야 하는 부득이한 사정등을 종합하여 볼 때, 청구인들이 쟁점점포 실지분양가액중 토지 및 건물가액의 산출시 토지가액은 분양당시의 취득가액에 의거, 건물가액은 신축예정가액에 의거 안분계산하였으므로, 이는 분양당시로서는 합리적인 토지 및 건물가액의 산출방법이며, 이에 의거 산출된 토지 및 건물가액은 당초 분양시의 분양가액과 마찬가지로 실질적인 실지거래가액으로 볼 수 있으며, 이에 따라 세금계산서까지 교부, 신고·납부한 이 건의 경우는 토지 및 건물가액에 대한 실지거래가액이 구분되는 경우임에도 불구하고 처분청이 단순히 쟁점부동산중 쟁점점포는 준공전에 분양되었으므로 분양계약일 현재 건물에 대한 장부가액이 있다고 보기 어렵다는 이유로 쟁점점포 분양가액중 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 지방세법상의 과세시가표준액으로 안분계산하여 산출된 건물가액을 건물공급가액으로 보아 과세한 것은 잘못된 것으로 판단된다(국심 90서2514, 91.4.10 같은뜻임).따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

노원세무서장이 93.9.11 청구인들에게 과세한 91년 제2기 과세기간분 부가가치세 24,253,080원의 과세처분은 이를 취소한다.

「부가가치세법시행령」 제48조의2 【안분계산】