1 쟁점매입금액(4,377백만원)을 청구법인의 공사원가로 인정해야 한다는 청구주장의 당부2 쟁점금액(537백만원)은 쟁점매입처가 청구법인에게 실제 공사용역을 제공한 정상거래이므로 이 건 부과처분에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

1 쟁점매입처로부터 재하도급받은 쟁점외법인들은 공사용역을 수행했다고 보기 어려워 청구법인→쟁점매입처→쟁점외법인들 순서의 하도급 거래 형식에 따라 수수한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보임2 다만, 청구법인이 쟁점매입처에게 하도급한 공사 중 쟁점매입처가 직영공사한 부분은 정상거래로 볼 여지도 있으므로 쟁점매입처의 공사현장 중 청구법인으로부터 실제 하도급받아 쟁점매입처가 직접 공사한 현장 및 그에 소요된 공사금액 등을 재조사할 필요가 있음

1 쟁점매입금액(4,377백만원)을 청구법인의 공사원가로 인정해야 한다는 청구주장의 당부2…

이유

1. 처분개요가. 청구법인은 2020.5.7. 개업하여 경기도 안산시 OOO를 본점소재지로 하여 토목공사업을 운영하는 법인으로, 2020～2021년 기간 동안 주식회사 BBB(대표자 CCC, 이하 “쟁점매입처”라 한다) 외 5개 매입처로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다.

나. 처분청은 2024.11.8.～2025.5.6. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인의 직원 AAA은 쟁점매입처로부터 수익을 배분받기로 하고 청구법인이 수주한 공사용역을 다시 쟁점매입처에게 하도급하는 내용의 형식적인 계약서를 작성하였으며, 청구법인이 쟁점매입처로부터 공급가액 OOO원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다) 상당의 매입세금계산서 및 자료상 업체로 확인된 다른 5개 매입처로부터 수취한 공급가액 OOO원 상당의 매입세금계산서를 실제 용역의 제공 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아,2025.7.7. 청구법인에게 2020～2021사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도분 447,429,060원, 2021사업연도분 OOO원), 2020년 제1기～2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2020년 제1기분 12,088,010원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원)을 각각 경정·고지하고, 실행위자인 AAA에게 2020～2021년 귀속 소득금액 합계 OOO원(2020년 OOO원, 2021년 OOO원)을 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 각각 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입금액(OOO원)은 청구법인이 쟁점매입처에 하도급한 공사와 관련된 것이므로 청구법인의 공사원가로 인정되어야 한다.(가) 청구법인은 2020～2021년 기간 동안 수주한 공사를 일부는 직영 공사하고, 일부는 쟁점매입처와 5개 업체에게 하도급하였다. 쟁점매입처는 청구법인으로부터 공사용역을 하도급받은 후 일부는 주식회사 EEE, 주식회사 DDD, 주식회사 GGG건설(3개 업체를 합하여 이하 “쟁점외법인들”이라 한다)에게 재하도급하거나 직접 공사하였다.즉, 청구법인의 총 매입금액 중 쟁점매입금액은 쟁점매입처가 청구법인으로부터 하도급받은 공사를 직영공사하거나 쟁점외법인들에게 재하도급한 것이므로 청구법인의 공사원가에 해당한다.(나) 쟁점매입금액의 구체적인 내역은 쟁점매입처의 직영공사에 관한 매입금액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다), 쟁점매입처가 쟁점외법인들에게 재하도급한 금액 OOO원, 쟁점매입처가 청구법인으로부터 하도급받은 공사를 수행하면서 지출한 일용직 인건비 중 신고분 OOO원, 미신고분 OOO원, 공사관련 장비대 등 미신고 지급액 OOO원, 직원 급여 OOO원, 공과금(국세, 지방세, 보헙료 등) OOO원, 기타 미정산 지출비용(18개월) OOO원, 대표이사 가지급금(지출금) OOO원의 합계이다.(다) 쟁점매입금액 중 인건비는 근로일수가 7일을 초과하면 4대 보험료를 부담해야 하기 때문에 정상적으로 회계처리하지 않고 별도로 지급할 수밖에 없는 사정이 있었으나 실제 공사를 수행하면서 지출한 것이 확실하다.(라) 청구법인은 다른 경쟁업체보다 저렴하게 수주하다 보니 세금계산서 없이 현금으로 거래하는 공사(현금공사)를 수행한 것이 많아 기록이 남아있지 않아 제출하지 못하였으나, 청구법인이 제출한 ‘매출매입 세금계산서 현장별 내역’ 및 ‘직영 및 하도급 공사표’에는 공사현장별 매출·매입 내역이 기재되어 있고, 관련 세금계산서를 발행하였으며, 금융거래 내역이 있으므로 청구법인의 공사원가로 인정되어야 한다.

(2) 쟁점금액(OOO원)은 청구법인으로부터 하도급받은 공사를 쟁점매입처가 직접 수행하여 청구법인에게 공사용역을 제공한 것이므로 가공거래로 볼 수 없다.(가) 종로세무서장은 2023.4.26.～2023.7.2. 기간 동안 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시하였고, 쟁점매입처의 매출액 OOO원 중 OOO원, 매입액 OOO원 중 OOO원을 가공거래로 보아 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. 쟁점매입처의 매입세금계산서 중 123매, 공급가액 합계 OOO원 상당은 정상거래라고 판단하였는바, 이는 쟁점매입처의 직영공사와 관련된 매입세금계산서로서 직영공사에 관한 매입거래를 정상거래로 본 것이므로 그에 대응하는 매출거래인 청구법인이 쟁점매입처에게 하도급한 부분도 정상거래로 보아야 한다.(나) 종로세무서장의 쟁점매입처에 대한 조사시 쟁점매입처 대표자 CCC가 진술하였으나 조사담당자는 쟁점매입처의 현장관리자 AAA과 전화통화만 하였을 뿐 청구법인과 쟁점매입처의 거래에 관한 사실관계 조사를 제대로 하지 않았다.AAA은 당시 청구법인 대표자 III과 지인 관계로 공사수주를 해오는 조건으로 청구법인의 현장소장 및 자금담당 업무를 수행하였다.

또한 AAA은 쟁점매입처의 현장소장으로서 대부분의 공사 현장을 관리하면서 쟁점금액을 직접 집행하였고, 관련 장부를 작성하였다. 이와 같이 AAA은 쟁점매입처가 청구법인으로부터 하도급받은 공사 중 실제 공사를 수행한 내용에 대해 잘 알고 있는바, 이 건 세무조사시 쟁점매입처의 직영공사 내용에 대해 제대로 조사되지 않았다.(다) 처분청은 청구법인의 공사매출은 정상 거래로 보았고, 대응원가인 쟁점금액은 쟁점매입처가 직영공사를 하면서 지출한 비용으로 확인됨에도 청구법인의 매입금액 및 공사원가로 인정하지 않는 것은 부당하고, 마찬가지로 AAA의 소득금액에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점매입처와 4개 매입처(주식회사 DDD, 주식회사 EEE, 주식회사 FFF, 주식회사 GGG건설)의 관할 세무서장의 세무조사 결과 가공거래로 확인되었고, 처분청의 이 건 세무조사 결과, 청구법인이 수취한 매입세금계산서 중 공급가액 합계 OOO원 상당은 사실과 다른 세금계산서로 확인되고, 실행위자가 AAA으로 확인되었다.(가) AAA은 청구법인으로부터 월 OOO원 상당의 급여를 받는 직원이고, 쟁점매입처 대표자 CCC와 쟁점매입처의 수익에 대해 반반씩 나눠 갖기로 하는 구두계약을 체결하여 청구법인과 쟁점매입처의 공사 현장 관리 업무를 수행하였으며, 청구법인과 쟁점매입처의 전자세금계산서를 발급한 자이다.(나) AAA은 청구법인이 수주한 공사용역을 다시 쟁점매입처에게 하도급하는 형식적 계약서를 작성한 후 쟁점매입처는 다시 쟁점외법인들에게 하도급 하는 형식적 계약서를 작성하였다.

위 형식적 계약관계에 따라 청구법인이 쟁점매입처에게 공사대금을 지급하고, 쟁점매입처는 쟁점외법인들에게 공사대금을 지급하였는바, 공사대금을 수령한 후 당일 내에 이를 현금으로 인출하거나 AAA의 아들인 JJJ 명의 계좌로 입금된 사실을 확인하였다.청구법인은 쟁점매입처 외 5개 매입처에게 하도급하는 형식적 계약서를 작성한 후 공사대금을 지급하고, 이후 비정상적인 금융거래를 통해 실행위자인 AAA에게 거래대금이 귀속된 사실을 확인하였다.이와 같이 청구법인은 쟁점매입처 및 5개 매입처로부터 실제 용역의 제공 없이 사실과 다른 세금계산서를 수취하였으므로 이 건 처분은 타당하다.(다) 이 건 세무조사에서 청구법인의 금융거래 내역에 의하면 인건비, 장비대여료 등이 지급된 사실이 일부 확인되었으나, AAA은 관련 증빙 자료들이 남아있지 않다고 진술하여 기준경비율을 적용한 추계의 방법으로 이 건 법인세 부과처분을 하였다.청구법인은 쟁점매입금액을 공사원가로 인정되어야 한다고 주장하나, 쟁점매입금액은 위에서 살펴본 바와 같이 가공거래에 해당하고, 실제 공사원가로 인정할 수 있는 증빙이 없으므로 추계의 방법으로 경정한 이 건 처분은 타당하다.

(2) 청구법인은 쟁점매입처의 직영공사와 관련된 쟁점금액(OOO원)을 정상거래라고 주장하나, 이 건 세무조사에서 확보한 자료에 의하면 쟁점매입처가 수취한 매입세금계산서는 거래처별로 구분할 수 있을 뿐 직영공사한 현장과 쟁점외법인들에게 재하도급한 현장으로 구분할 수 없다.(가) 종로세무서장의 조사내용에 따르면 쟁점매입처는 청구법인 이외에 다른 매출처가 있었기 때문에 청구법인과 관련없이 쟁점매입처가 별도로 수주한 공사와 관련되었을 여지가 있고, 쟁점매입처가 청구법인으로부터 수주한 공사와 관련된 매입거래인지 확인할 수 없다.또한 종로세무서장이 쟁점매입처에 대한 세무조사시 정상거래로 본 매입금액 OOO원을 쟁점매입처의 매입금액으로 반영하여 과세처분을 하였기 때문에 청구법인의 비용으로 볼 수 없다.쟁점금액의 세부내역을 살펴보면 쟁점매입처가 지출한 것으로 이를 청구법인의 공사원가로 인정하기 어렵다.(나) 쟁점금액 중 청구법인이 제출한 ‘매출매입 세금계산서 현장별 내역’에서 ‘미신고분(별도지급)’이라고 기재하고, 금융증빙을 제출하지 않은 금액을 청구법인의 비용으로 인정하기 어렵다.

(3) 가공거래의 실행위자인 AAA에게 비정상적인 금융거래를 통해 공사대금이 귀속된 사실이 확인되므로, 처분청은 각 사업연도의 과세표준에서 가공매입세액을 손금불산입하면서 기준경비율을 적용하여 실행위자인 AAA에게 상여로 소득처분한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점매입금액(OOO원)을 청구법인의 공사원가로 인정해야 한다는 청구주장의 당부② 쟁점금액(OOO원)은 쟁점매입처가 청구법인에게 실제 공사용역을 제공한 정상거래이므로 이 건 부과처분에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 부가가치세법제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 납세지 관할 세무서장이 가산세로 징수한다. 이 경우 제37조 제2항에 따른 납부세액은 0으로 본다.

(2) 법인세법제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제66조(결정 및 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.

다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2020년 제1기～2021년 제2기 기간 동안 부가가치세를 아래 ＜표1＞과 같이 신고하였고, 처분청은 쟁점매입처 및 5개 매입처(주식회사 DDD, 주식회사 EEE, 주식회사 FFF, 주식회사 GGG건설, HHH 주식회사)로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입세금계산서를 가공거래로 판단하였으며, 공급가액 OOO원 상당의 매입세금계산서를 정상거래로 판단하였다.

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○(나) 청구법인은 2020～2021사업연도 법인세를 아래 ＜표2＞와 같이 신고하였고, 처분청은 가공거래로 판단한 매입세금계산서를 손금불산입하였으며, 기준경비율을 적용하여 추계 경정하였다.

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○(다) 처분청은 2020～2021사업연도 익금산입 금액(2020년 OOO원, 2021년 OOO원)을 사실과 다른 세금계산서 수수의 실행위자 AAA에게 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.(라) 처분청은 2024.11.8.～2025.5.6. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고 다음과 같이 조사한 것으로 나타난다.1) 청구법인은 2023.4.12. 철거공사를 마지막으로 매출이 발생하지 않고, 2024.12.31. 폐업하였다.2) 2022년 1월까지 청구법인의 대표자는 III이고, 이후에는 KKK으로 변경되었으며, 전 대표자 III은 자금관리만 하였고, AAA이 거래처 확보 및 구체적인 공사용역 수행을 담당하였다고 진술하였다.3) AAA은 청구법인의 매출처 확보, 공사용역 수행, 공사 관련 인력 모집, 세금계산서 발급 등 전반적인 업무를 수행하였고, 청구법인과는 월 OOO원 정도 급여를 받는 조건이었지만, 쟁점매입처와는 순수익의 절반씩 나누기로 하여 청구법인이 수주한 공사를 쟁점매입처에게 하도급하였으며, 공사대금을 현금으로 인출하여 공사비용을 현금으로 지출한 것이라고 진술하였다.

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○4) 청구법인 명의 계좌에서 5개 매입처(주식회사 DDD, 주식회사 EEE, 주식회사 FFF, 주식회사 GGG, HHH 주식회사)에 공사대금을 지급한 후 공사대금이 현금으로 출금되었으며 출금된 현금 중 부가가치세 상당액을 제외한 금액이 AAA의 아들 JJJ 명의 OOO은행 계좌로 입금된 것으로 나타난다.청구법인은 쟁점매입처에게 하도급을 주는 내용의 계약서를 작성하고, 쟁점매입처가 쟁점외법인들에게 다시 하도급을 주는 내용의 계약서를 작성하였으며, 쟁점매입처가 쟁점외법인들에게 공사대금을 지급한 후 공사대금이 현금으로 출금되었고, 출금된 현금 중 부가가치세 상당액을 제외한 금액이 AAA의 아들 JJJ 명의 계좌로 입금된 것으로 나타난다.5) 전자세금계산서 IP 발급 내역에 의하면, 청구법인과 쟁점매입처의 IP주소, 랜카드 고유번호, CPU 고유번호, 저장매체 고유번호가 동일한 것으로 나타난다.6) 종로세무서장의 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과, 쟁점매입처는 2020년 제1기～2021년 제2기 기간 동안 사실과 다른 세금계산서(매출 OOO원, 매입 OOO원)를 수수한 것으로 확정되었고, 실행위자는 AAA으로 확인되었다.4개 매입처(주식회사 DDD, 주식회사 EEE, 주식회사 FFF, 주식회사 GGG건설)의 관할 세무서장의 세무조사 결과, 해당 매입처는 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 확정된 것으로 나타난다.(마) 종로세무서장은 2023.4.26.～2023.7.2. 기간 동안 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시하였고 다음과 같이 조사한 것으로 나타난다.

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○1) 쟁점매입처는 2022.4.21. 폐업신고하였고, 2020～2021년 기간 동안 상시근로자 및 인적용역 사업자에게 소득을 지급한 이력은 없으며, 일용근로자 58명의 일용근로소득을 신고하였고, 일용근로자 58명 중 45명은 매출처인 청구법인의 신고내용과 중복되는 것으로 나타난다.2) 쟁점매입처 대표자 CCC는 2021년경 뇌졸중으로 매출·매입 세금계산서 관련 공사용역에 대해 대부분 기억나지 않고, 증빙자료를 모두 폐기하여 제출할 수 없으며, AAA의 아들 JJJ 명의 계좌로 이체한 경위에 대해서 모른다고 진술하였다.3) 쟁점매입처 명의 계좌 내역에 의하면, 청구법인으로 수령한 매출대금을 당일 혹은 수일 내 현금 출금되고, AAA의 아들 JJJ 명의 계좌로 이체되며, 쟁점외법인들 명의 계좌로 이체된 후 현금 출금된 것으로 나타난다.

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○4) 쟁점매입처 대표자는 매출처인 청구법인과 거래한 것은 기억나지만 공사현장이나 공사 용역을 수행하는 과정에 대해 잘 모르겠다고 진술하며 관련 공사 계약서 및 증빙 자료를 전혀 제출하지 아니한 점, 쟁점매입처와 청구법인의 세금계산서 발급 IP가 동일한 점, 쟁점매입처는 청구법인으로부터 거래대금을 이체받으면 즉시 현금 출금하거나 JJJ 계좌 및 가공거래처에 재이체하여 현금 출금하는 등 비정상적인 금융거래흐름을 보이는 점, 이와 같은 금융거래가 당일에 이루어지는 점 등을 종합하면 쟁점매입처가 실제 공사용역을 수행했다고 볼 수 없으므로 청구법인과의 거래를 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.5) 쟁점매입처는 OOO 아파텔 공사와 관련하여 청구법인과 LLL에 매출세금계산서를 발급하고, 거래대금을 수령하였으며, 다시 DDD에 재하도급하였으나 DDD은 장비 및 자재 매입이 없어 토목공사를 할 수 없는 업체이다.쟁점매입처의 계좌거래 내역에 의하면, LLL은 MMM과 NNN로부터 자금을 이체받고 당일 쟁점매입처와 청구법인에 동일 금액을 이체하였다.

청구법인은 현금 출금 및 쟁점매입처에 이체하고, 쟁점매입처는 DDD 계좌 및 JJJ 계좌, 현금 출금하고, DDD은 이체받은 즉시 현금 출금하는 등의 비정상적인 금융거래 흐름이 나타난다.

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○6) 쟁점매입처의 매출·매입거래처에 거래사실 조회요청한바, 거래사실확인서, 세금계산서, 거래처원장, 거래명세서, 금융자료 등을 제출한 거래는 정상거래로 판단한 것으로 나타난다.(바) 청구법인은 청구주장을 입증하기 위하여 제출한 쟁점매입처의 ‘매출매입 세금계산서 현장별 내역’에는 다음과 같이 기재되어 있다.1) 공사현장과 공사명, 공사기간, 거래처, 매출·매입금액이 기재되어 있으며, 쟁점매입처가 2020년 6월부터 2021년 11월까지 수행한 공사현장은 64개로 나타난다.2) 인건비 항목에는 ‘신고분 지급액’과 ‘미신고분(별도지급)’으로 구분되어 있는바, ‘신고분 지급액’에는 공사인원과 임금대장 목록번호가 기재되어 있으며, 임금대장에는 인적사항, 근무기간, 지급액, 송금일자, 계좌번호가 기재되어 있다.

‘미신고분(별도지급)’에는 공사인원과 장비대라고 기재되어 있다.3) 쟁점매입처의 공사현장별 매입금액 중 청구법인 외 거래처로부터 매입금액은 OOO원으로 아래 ＜표4＞와 같다.

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○(사) 청구법인이 제출한 ‘직영 및 하도급 공사표’는 아래 ＜표5＞, ＜표6＞, ＜표7＞과 같다.1) 2020년 제1기～2021년 제2기 기간 동안 쟁점매입처의 총 매출금액은 OOO원이고, 이 중 청구법인에 대한 매출금액은 OOO원(쟁점매입금액)이며, 다른 거래처에 대한 매출금액은 OOO원이다.2) 쟁점매입처의 총 매입금액 OOO원인바, 이 중 청구법인으로부터 하도급받은 공사현장에 관한 매입금액은 총 매입금액 OOO원에서 OOO원(＜표4＞)을 제외한 OOO원이다.3) 위 매입금액 OOO원 중 쟁점외법인들에게 재하도급한 금액 OOO원(EEE OOO원, DDD OOO원, GGG OOO원)을 제외한 OOO원(쟁점금액)이 직영공사금액이라고 기재되어 있다.

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점 ①·②에 대하여 살펴보건대,청구법인은 수주한 공사의 일부를 쟁점매입처에게 하도급하였고, 쟁점매입처는 이를 직영공사 하거나 재하도급하는 방법으로 공사용역을 제공하였으므로 쟁점매입금액(OOO원)을 청구법인의 공사원가로 인정하여야 한다고 주장하나,처분청 및 종로세무서장의 조사 내용에 의하면, 청구법인의 공사 매출은 정상거래이고, 청구법인이 수주한 공사를 쟁점매입처에 하도급한 매입금액(OOO원)과 다른 매입처에 하도급한 매입금액(OOO원)은 전자세금계산서 IP 발급 내역이 동일한 점, 청구법인이 매입처들에 지급한 공사대금이 대부분 현금으로 출금되거나 AAA의 아들 명의 계좌로 이체되는 것으로 나타나고 AAA은 청구법인과 쟁점매입처의 현장소장으로서 대체로 현금으로 공사비용을 지출하여 객관적 지출 증빙을 남기지 않아 실질적으로 공사 용역을 청구법인 또는 쟁점매입처가 수행한 것인지 명확히 구분되지 않은 점, 청구법인이 쟁점매입처 외 다른 매입처에게 하도급한 거래는 형식적 거래로서 가공으로 확정된 점, 종로세무서장은 쟁점매입처의 청구법인과의 매출거래(OOO원)를 가공으로 확정하여 부가가치세 등을 경정·고지하였고, 쟁점매입처는 이에 대한 불복을 제기하지 않았던 점, 쟁점매입처로부터 재하도급받은 쟁점외법인들은 공사용역을 수행했다고 보기 어려워 청구법인 → 쟁점매입처 → 쟁점외법인들 순서의 하도급 거래 형식에 따라 수수한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보이는 점 등에 비추어 쟁점매입세액을 그대로 청구법인의 공사원가로 인정하기는 어려워 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.다만, 종로세무서장의 조사 결과, 쟁점매입처의 매입거래 중 정상거래로 확인된 금액(OOO원)이 있고, ‘매출매입 세금계산서 현장별 내역’ 및 임금대장 등에 의하면 쟁점매입처가 공사 관련 매입금액 외에 인건비, 공사용역에 필요한 기계 대여료 등을 지출한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점매입처에게 하도급한 공사 중 쟁점매입처가 직영공사한 부분은 정상거래로 볼 여지도 있으므로 쟁점매입처의 공사현장 중 청구법인으로부터 실제 하도급받아 쟁점매입처가 직접 공사한 현장 및 그에 소요된 공사금액 등을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세 등의 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지를 각각 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

핵심 요약

이유

주문

조세특례제한법을 다룬 다른 기관의 판단