핵심 요약
요지청구법인은 쟁점물품에 대하여 최초 납세신고일(19.5.15.~21.1.20.)로부터 5년이 경과하여 경정청구를 제기하였고, 이 건은 「관세법」 제38조의3 제3항 및 같은 법 시행령 제34조 제2항에 따라 인정되는 후발적 경정청구에 해당한다고 보이지 아니함
청구법인은 쟁점물품에 대하여 최초 납세신고일(19.5.15.~21.1.20.)로부터 5년이 경과하여 경정청구를 제기하였고, 이 건은 「관세법」 제38조의3 제3항 및 같은 법 시행령 제34조 제2항에 따라 인정되는 후발적 경정청구에 해당한다고 보이지 아니함
1. 처분개요가. 청구법인은 2019.5.15.부터 2021.1.20.까지 인도네시아 소재 AAA로부터 MERANTI DAUN LEBAR PLYWOOD(목재합판, 이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입신고번호 OOO호 등 39건 수입신고하면서, 그 품목번호를 관세·통계통합품목분류표(이하 “HSK”라 한다) 제4412.31-4019호로 분류하고 기본세율 8%를 적용하였고, 처분청은 이를 수리하였다.
나. 청구법인은 <별지1> 중 연번 1·2는 2020.5.14. 및 2020.5.23. 각각 협정관세 적용 신청을 하여, 「대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정하의 상품무역에 관한 협정」(이하 “한-아세안 FTA”라 한다)에 따른 협정관세율 5%를 적용받았다.
다. 또한, 청구법인은 <별지1> 중 연번 3부터 34까지에 대하여, 한-아세안 FTA에 따른 협정관세의 적용 신청 없이 HSK 제4412.31-4019호(기본세율 8%)로 수입신고하였고, 처분청은 2020.11.18. 청구법인에게 해당 세번은 조정관세 10%가 우선 적용되어야 한다는 내용의 ‘수정신고 대상 통지’(OOO)를 하였다.
라. 청구법인은 2020.11.25. <별지1> 중 연번 1부터 34까지에 대하여 HSK 제4412.31-4011호(기본세율 8%)로 품목분류 번호 정정 및 수정신고를 하였다.
마. 한편, 처분청은 쟁점물품과 같은 물품(이하 “동종물품”이라 한다)을 HSK OOO호로 수입신고하면서, 한-아세안 FTA에 따른 협정관세율 5%를 적용하여 수입신고를 한 주식회사 BBB(이하 “청구외업체”라 한다)에 대하여 동종물품의 품목번호를 HSK 제4412.31-4011호(기본관세율 8%)로 변경하고 경정·고지하였으나, 행정소송(대법원 OOO 판결, 이하 “목재합판 판결”이라 한다)에서 처분청이 패소하여 납부세액을 환급하였다.
바. 청구법인은 목재합판 판결을 근거로 2026.2.23. 쟁점물품을 HSK 제4412.31-4019호로 분류하고 한-아세안 FTA 협정관세 5%를 적용하여 <별지1>과 같이 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 경정청구(이하 “쟁점청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2026.3.11. 이를 거부(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.
사. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 후발적 경정청구에 해당하여 본안심리 대상이다.(가) 쟁점처분은 자기구속원칙에 위배된다.자기구속원칙은 재량 행위에서 일정한 처분 관행이 형성된 경우, 행정청이 동일한 사안에 대해 이전의 선행처분과 같은 결정을 상대방에게도 하도록 스스로 구속된다는 행정법 원칙이다.주로 재량통제와 연결되며, 평등의 원칙 또는 신뢰보호원칙을 근거로 설명된다.(나) 쟁점처분은 행정기관의 일탈·남용이다.행정기관의 재량권 일탈 남용은 행정청이 재량 행위를 하면서 법이 정한 한계를 넘거나(일탈), 조리상 한계인 비례·평등·공익원칙 등을 무시해(남용) 위법이 되는 경우이다.(다) 행정법상 평등의 원칙에도 위배된다.처분청은 청구외업체가 수입신고한 동종물품(목재합판)에 대해서만 HSK 제4412.31-4019호(한-아세안 FTA 5%)로 적용하고, 청구법인 등 기타 수입업체가 수입한 동종·동일한 합판에 대해서는 HSK 제4412.31-4019호(기본관세 8%)를 적용한다는 의견은 과세원칙에도 위배되고 품목분류 원칙에도 위배된다.(라) 처분청은 쟁점청구가 「관세법」 제38조의3 제3항의 후발적 경정청구에 해당되지 아니하고, 경정청구 기간(5년)을 도과하여 각하되어야 한다는 의견이나,행정청의 자기구속원칙, 일탈남용 방지 및 평등의 원칙에 따라 법령에서 납세자가 스스로 발견할 수 없는 외부적인 요인에 의하여 납세자의 권리구제를 확대하려는 것이 후발적 경정청구이므로(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 다수, 같은 뜻임), 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우라면 특별한 사정이 없는 한 경정청구 사유에 해당한다.따라서 납세의무자가 그 판결에서 확정된 내용을 「관세법」 제38조의3 제2항에서 정한 통상의 경정청구 사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제된다고 할 수 없다.참고로 처분청이 후발적 경정청구 대상이 아니라는 의견의 대법원 판례(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결)는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생한 사건이 아니라, 일부 회원들의 회원 가입 계약에 관한 건으로, 회원가입비와 연회비를 받아 범칙금을 대납하는 행위는 무효이므로 이미 납부한 가입비 반환을 구하는 부당이득금 반환 청구소송이다.(마) 동종물품에 대하여 HSK 제4412.31-4019호로 분류하여야 한다는 목재합판 판결이 있으므로, 공급자가 동일하고 선적서류 및 원산지증명서에서 동일한 품명으로 기재된 쟁점물품은 HSK 제4412.31-4019호로 분류되어야 한다.처분청은 청구외업체가 제기한 목재합판 판결 건에 대해서 청구외업체의 해당 소송 건만 후발적 경정청구 대상이라는 의견이나, 동일 쟁점 건으로 대법원에서 처분청이 패소한 경우에도 환급을 한 사례가 있다.「관세법 시행령」 제34조 제2항 제1호에서 “판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위”라 함은 확정판결과 동일하게 과세표준 및 세액 산정의 법적 근거를 변경시키는 공권력적 확정행위를 의미하는바, 동종물품에 대한 대법원 확정판결 및 그 판결을 근거로 한 쟁점청구는 후발적 경정청구에 해당한다.동종물품에 대한 대법원 확정판결은 과세관청의 품목분류 기준 자체가 법률적으로 잘못되었음을 밝힌 사건으로 청구법인이 청구외업체에 해당하지 않는다는 이유로 잘못된 법령을 계속 적용해도 된다는 처분청 의견은 과세형평과 행정의 자기구속 원칙에 반하는 위법·부당한 행위이다.
(2) 쟁점물품은 동종물품과 같이 HSK 제4412.31-4019호로 분류되며, 협정관세 사후적용 신청대상이다.(가) 수입자는 원칙적으로 수입신고의 수리 전까지 협정관세를 신청하여야 하나, 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(이하 “FTA 관세법”이라 한다) 제9조 제1항에서 수입신고 수리일부터 1년 이내에 예외적으로 협정관세 사후적용 신청을 허용하고 있다.FTA 관세법 제9조 제2항에서 세관장이 수입자가 신고한 품목분류와 다른 품목분류를 적용하여 품목분류가 변경된 경우에 협정관세 사후적용 신청을 수입신고 수리일부터 1년 이후에도 허용하고 있다.관세청장이 「관세법」 제87조 제1항에 따라 품목분류를 변경하는 경우에 같은 법 시행령 제107조 제1항 제4호 및 제5호의 규정에 따라 동일 또는 유사한 물품에 대하여 서로 다른 품목분류가 있는 경우도 포함한다.이 건과 관련하여 2019.9.11. 이후 수입신고된 합판에 대하여는 한-아세안 FTA에 따른 협정관세율(5%)이 적용되고, 청구법인이 쟁점물품 수입신고 시 기본세율을 적용하고 신고한 것을 수입신고 수리한 처분청의 오류 및 조세심판원의 품목분류 결정 오류로 인하여 실체적·객관적으로 납부한 세액이 과다한 점은 다툼의 여지가 없으므로 협정관세 사후적용 신청 및 경정청구를 허용하는 것이 적법하다.(나) 청구법인은 이 건 수입신고 시부터 유효한 원산지증명서를 갖추었고, 처분청에 이를 제출하였다.쟁점물품이 한-아세안 FTA에 따른 협정관세율 적용대상이라는 점은 수입신고 시부터 명확한 상태였다.
이 건 경정청구권 행사는 수입신고 시부터 잘못 적용된 세율의 오류를 법원의 판결에 의하여 바로 잡은 것이므로 협정관세 사후적용 신청 기한(수입신고 수리일부터 1년 이내) 및 경정청구 기한(최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내)의 도과를 이유로 경정청구권의 제한을 받아서는 안 된다.협정관세 사후적용 신청제도는 간이한 절차로 수입신고 시 원산지증명서 분실 등으로 협정관세 적용신청을 하지 못한 수입자의 권리를 구제하기 위해 도입한 규정이다.이를 통해 일반적인 관세 경정청구 절차보다 신속·간편하게 협정관세율을 적용받아 관세의 환급이 가능하게 됨으로써 일반 국민이 보다 신속하게 권리를 구제받을 수 있게 된다.국세의 경우 별도의 불복절차가 존재한다는 점만으로 「국세기본법」상의 통상 경정청구 기한이 단축되거나 제한된다고 볼 수 없는데, 이는 관세의 경우에도 마찬가지이다.FTA 관세법에서 세율 적용이 잘못된 경우의 경정청구권에 대하여 협정관세 적용을 신청하였을 것을 그 요건으로 하는 제9조 외에 달리 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 FTA 관세법은 협정관세를 포함한 일반적인 수단으로서의 “관세 경정청구”에 대해서는 아무런 규정이 없다.따라서 「관세법」상의 경정청구권은 FTA 관세법이 적용되는 경우에도 독자적인 불복수단이다.
(3) 쟁점처분은 신의성실원칙에 위배된다.일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2000.8.18. 선고 98두2713 판결 등, 같은 뜻임).청구법인은 2019년 9월부터 2024년 5월까지 수입되는 열대산 목재 합판에 대하여 기본관세율(8%) 적용이 타당하다고 본 처분청의 행정지도를 당연히 신뢰할 수밖에 없었고, 조세심판원 결정도 공적인 견해표명에 해당한다.청구법인은 쟁점물품의 수입신고 시 협정관세 적용신청 및 경정청구를 계획하였으나, 처분청의 잘못된 행정지도로 인하여 경정청구 등의 절차를 지연(부작위)하게 되었는바, 처분청의 공적 견해와 청구법인의 신뢰 사이에 인과관계가 인정된다.국내에 수입되는 합판의 협정관세율 적용 여부에 대하여는 품목분류 지도를 한 처분청 담당 직원뿐만 아니라, 관세청, 산업자원부, 기획재정부 및 조세심판원 등에서 논란이 되고 있었는바, 처분청의 수정신고 지시를 신뢰한 청구법인에게 귀책사유가 있다고 보기는 곤란하다.처분청은 청구외업체가 2019.1.7. 수입신고한 동종물품 세번을 HSK 제4412.31-4011호로 분류한 분석결과 안내문을 2019.1.22. 발송하였고, 청구법인은 이를 신뢰하였다.이와 같은 처분청의 분석결과를 신뢰하여 2019년부터 2025년까지 수입신고한 쟁점물품의 품목분류를 HSK 제4412.31-4011호(기본관세율 8%)로 신고하여 3%의 관세 차액이 발생하였다.청구법인이 경정청구 기한 및 협정관세 사후적용 기한을 준수하지 못한 이유는 청구법인의 태만이 아니라 쟁점물품의 외면에 사용된 목재가 열대산 목재로 HSK 제4412.31-4011호에 해당한다는 처분청의 공적 견해표명(행정지도)을 전적으로 신뢰했기 때문이다.또한, 청구법인이 수입신고 시 협정관세 적용 신청을 하지 않은 것이 아니라 처분청의 지시로 하지 못하였고, 수입신고 시부터 원산지증명서 및 V-legal 문서도 선적서류(B/L, 송품장, 포장명세서)와 함께 이미 제출되어 있었다.처분청은 자신들의 품목분류 오류를 감추기 위해 절차적 기한만을 내세워 청구법인의 권리 구제를 외면하는 것은 과세형평의 원칙과 신의성실 원칙에 위배된다.
나. 처분청 의견(1) 이 건 심판청구는 본안심리 대상이 아니다.「관세법」 제38조의3 제2항은 “납세의무자는 신고납부한 세액, 제38조의2 제1항에 따라 보정신청한 세액 및 이 조 제1항에 따라 수정신고한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날로부터 5년 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다”고 규정하고 있다. 즉, 5년이 경과하면 납세의무자의 경정청구권은 법률상 당연히 소멸되는 것으로, 이를 도과한 청구는 적법하지 않다.경정청구를 할 수 있는 5년은 제척기간(除斥其間)으로, 어떤 권리에 대하여 법률이 예정하는 존속기간이며 법정기간이 경과하면 당연히 권리가 소멸되는 것이다.
이 기간은 국가가 세금을 부과할 수 있는 기간(부과제척기간)에 대응하여 납세자의 권리를 보호하는 의미의 기간으로, 법적 형평성 및 안정성을 위한 강행규정의 성격을 갖는다.이 건의 경우 「관세법」에 따른 경정청구 제척기간 5년을 모두 도과하였다. 또한, 청구법인은 쟁점물품에 대하여 저세율인 협정세율을 적용하기 위하여 처분청에 경정청구를 하면서도 법령에서 정한 ‘협정관세 적용신청서’를 제출하지 않았다.따라서 법정 신청기한 도과 및 신청 절차 미준수로 인한 부적법한 경정청구에 대한 처분청의 거부 통지는 정당하므로 이 건 심판청구는 마땅히 각하되어야 한다.
(2) 후발적 경정청구 대상이 아니다.「관세법」 제38조의3 제3항에 규정된 후발적 경정청구는 최초 신고·결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률 효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 경우를 의미한다. 즉, 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 인하여 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우가 있다면 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리 구제를 확대하려는 데 그 취지가 있다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결, 같은 뜻임).청구외업체는 후발적 사유에 해당하는 행정소송(목재합판 판결)의 결과로 처분청의 세액계산의 근거, 즉 경정처분의 법률적 효과가 상실되어 당해 소송과 관련된 처분의 효력이 사라진 것이지만, 청구법인에게는 그와 같은 후발적 사유 자체가 존재하지 않는다.또한, 대법원은 소송당사자가 아닌 자들에 대하여는 후발적 경정청구를 허용하지 않는다는 판결(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결)을 하였는데, 이는 행정청이 특정 납세자에게 내린 처분이 판결로 취소되었다고 해서 동일한 사안의 다른 납세자에게까지 후발적 경정청구권이 부여되지 않는다는 점과 행정소송의 판결 효력은 그 소송의 당사자에게만 기판력이 있음을 분명히 한 것이다.만일 판결의 효력이 소송에 참여하지 않은 자들에게도 무조건 미치게 된다면 재판 결과로 인하여 오히려 권리를 제한받는 경우도 얼마든지 발생할 수 있게 된다.
소송 비참가자들은 해당 소송에 참여하지 않았기 때문에 자신들의 주장을 펼치거나 증거를 제출할 기회가 없었음에도 타인의 재판 결과가 그대로 적용됨으로 헌법상 재판을 받을 권리를 잃게 되는 것이다. 또한, 수 많은 사람들의 이해관계가 얽힌 사안에서 단 하나의 판결로 모든 사람의 법률관계가 자동적으로 변경된다면 이로 인해 걷잡을 수 없는 사회적 혼란이 발생할 것이다.따라서 청구외업체의 소송 결과는 청구법인에게 경정청구권을 보장해 주는 것이 아니므로 청구법인의 경정청구를 거부한 쟁점처분은 적법·타당하다.
(3) 쟁점처분은 신의성실원칙이 적용되지 않는다.(가) 법원 판결에 따른 후속 조치에 행정의 자기구속 원칙을 적용할 수 없다.청구법인은 처분청이 청구외업체에 대한 관세부과 처분을 취소하였음에도 청구법인의 경정청구는 거부한 것에 대하여 ‘행정의 자기구속 원칙’에 위배된다고 주장하나,행정의 자기구속 원칙이란 ‘행정청이 과거에 하여 온 적법하고 정당한 관행이 있다면 동등한 조건의 다른 사람에게도 똑같이 정당하게 처분해야 한다’는 원칙으로, 상급행정기관이 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석 적용에 관한 기준을 정하여 발하는 이른바 행정규칙이나 내부지침이 있는 경우 이는 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적인 구속력을 갖는 것은 아니므로 행정처분이 그에 위반하였다고 하여 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니지만, 다만 재량권 행사의 준칙인 그 행정규칙이 그 정한 바에 따라 되풀이 시행되어 행정관행이 이루어지게 되면 평등의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 따라 행정기관은 그 상대방에 대한 관계에서 그 규칙에 따라야 할 자기구속을 받게 된다(대법원 2009.3.26. 선고 2007다88828, 88835 판결, 같은 뜻임).그러나, 처분청이 청구외업체에게 처분을 취소하고 세금을 환급한 것은 처분청의 자발적인 관행이나 재량에 의한 선택이 아니라, 「행정소송법」 제30조에 따른 법원 판결의 기속력을 이행한 것이다.법원의 판결 확정으로 처분청에 집행 의무가 부과된 이상 여기에는 재량권의 행사를 전제로 하는 ‘행정의 자기구속 원칙’이 적용될 여지가 없으며, 청구외업체에 대한 판결(목재합판 판결)의 기속력은 오직 소송 당사자에게만 미치는 것이다.이처럼 법적 상황이 전혀 다른 목재합판 판결 집행 결과를 두고, 쟁점처분에 대하여 평등원칙이나 신뢰보호원칙을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 법리적으로 성립할 수 없다.(나) 세율 적용 오류를 안내한 수정신고 통지와 청구법인의 수정신고는 인과관계가 없다.신의성실원칙이 성립하려면 처분청의 견해 표명과 이를 신뢰한 청구인의 행위 사이에 인과관계가 있어야 한다.그런데, 처분청의 수정신고 통지의 내용은 ‘청구법인의 세율적용 오류’를 지적한 것인데, 청구법인의 수정신고 내용은 해당 안내에 따른 적용 세율의 오류 정정이 아닌, 자의적인 품목번호 정정이었다.
즉, 청구법인은 처분청의 수정신고 통지를 신뢰하여 그에 따른 행동을 한 것이 아니다.또한, 처분청이 세율적용 오류를 통지한 내용과 반하는 처분은 존재하지도 않았으므로 이로 인하여 청구법인의 이익이 침해된 사실도 없다.청구법인은 처분청의 수정신고 통지를 신뢰하여 한-아세안 FTA 특혜세율 신청 기회를 박탈당하였다고도 주장하나, 청구법인은 세번 정정 사유서에서 청구법인 스스로 협정 신청을 유보하고, 오히려 쟁점물품의 HSK를 협정세율 5%가 적용되지 않는 번호로 정정하겠다는 의사를 표시하였다.청구법인은 권리 구제 절차를 법정 기한 내 행사하지 않았고, 결과적으로 쟁점물품에 대한 경정청구 제척기간과 FTA 협정세율 신청 기간이 도과되었으나, 이 역시 청구법인의 판단에 따른 것이지 처분청의 안내와는 인과관계가 없다.따라서, 설령 처분청의 수정신고 안내가 공적인 견해 표명에 해당하여 청구법인이 이를 신뢰하였다 하더라도 기간 도과의 책임은 납세자인 청구법인에게 있으며, 처분청이 청구외업체에 대한 처분을 취소한 것은 판결 취지에 따른 의무 이행일 뿐, 청구법인의 신뢰를 저버리는 행위에는 해당하지 않는다.덧붙여 신의성실원칙은 조세법률주의에 따른 명문의 규정까지 무력화할 수는 없다.
5년의 부과제척기간과 FTA 사후 신청 기한 1년은 법적 안정성을 위한 강행규정이다.비용 부담 등을 감수하고 법령을 준수하여 기한 내 불복을 제기하였던 청구외업체들과 절차적 권리를 행사할 법정 기한을 넘긴 청구법인을 동일하게 대우한다면 조세법률주의를 정면으로 위반하고, 형평성 및 법적 안정성을 심각하게 훼손하게 될 것이다.이와 같이 법정기한을 도과한 경정청구를 거부한 쟁점처분은 그 자체로도 적법하며, 처분청의 견해 표명과 청구법인의 행동 사이에 인과관계도 없고, 오히려 기간 도과에 대한 귀책사유는 청구법인에게 있으므로 쟁점처분에 대하여 신의성실 원칙을 적용할 수 없다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점① 부적법한 청구인지 여부(경정청구 기간 도과)② 후발적 경정청구 대상인지 여부③ 신의성실원칙에 위배되는지 여부나. 관련 법령 등 : <별지2> 기재다. 사실관계 및 판단(1) 쟁점물품의 수입신고 및 경정청구와 관련한 주요 내용은 아래 <표1>과 같다.<표1> 수입신고 및 경정청구와 관련한 주요 내용
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○(2) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.(가) 처분청은 2020.11.18. <별지1> 연번 3부터 연번 34까지에 대하여 아래와 같이 청구법인에게 수정신고 대상 통지를 하였다.
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○(나) 청구법인은 위 수정신고 대상 통지에 대하여 2020.11.25. 아래와 같이 사유서를 제출하였다.
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○(3) 청구법인은 2026.8.13. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 쟁점처분이 신의성실원칙에 위배된다는 기존 청구주장을 철회하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「관세법」 제38조의3 제2항에서 납세의무자는 신고납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때 최초 납세신고일로부터 5년 이내에 세관장에게 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있다.청구법인은 쟁점물품에 대하여 최초 납세신고일(2019.5.15.~2021.1.20.)로부터 5년이 경과한 2026.2.23. 경정청구를 제기하였을 뿐만 아니라, 「관세법」 제38조의3 제3항 및 같은 법 시행령 제34조 제2항에 따라 인정되는 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보이지 아니하므로, 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.(나) 쟁점②·③은 쟁점①에서 이 건 심판청구를 부적법한 것으로 판단하였으므로 그 심리를 생략한다.
4. 결론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「관세법」제131조 및 제128조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.<별지1> 청구법인 경정청구 내역 등(단위 : %, 원)
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○<별지2> 관련 법령 등(1) 관세법제38조의3(수정 및 경정) ① 납세의무자는 신고납부한 세액이 부족한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고(보정기간이 지난 날부터 제21조 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지로 한정한다)를 할 수 있다. 이 경우 납세의무자는 수정신고한 날의 다음 날까지 해당 관세를 납부하여야 한다.② 납세의무자는 신고납부한 세액, 제38조의2 제1항에 따라 보정신청한 세액 및 이 조 제1항에 따라 수정신고한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다.③ 납세의무자는 최초의 신고 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되는 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 제2항에 따른 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다.④ 세관장은 제2항 또는 제3항에 따른 경정의 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.⑤ 제2항 또는 제3항에 따라 경정을 청구한 자가 제4항에 따라 2개월 이내에 통지를 받지 못한 경우에는 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제5장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.⑥ 세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항 및 제3항에 따라 경정청구한 세액을 심사한 결과 과부족하다는 것을 알게 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하여야 한다.제50조(세율 적용의 우선순위) ① 기본세율과 잠정세율은 별표 관세율표에 따르되, 잠정세율을 기본세율에 우선하여 적용한다.② 제49조 제3호의 세율은 다음 각 호의 순서에 따라 별표 관세율표의 세율에 우선하여 적용한다.
1. 제51조, 제57조, 제63조, 제65조, 제67조의2, 제68조 및 제69조 제2호에 따른 세율2. 제73조 및 제74조에 따른 세율3. 제69조 제1호ㆍ제3호ㆍ제4호, 제71조 및 제72조에 따른 세율4. 제76조에 따른 세율③ 제2항에도 불구하고 제2항 제2호의 세율은 기본세율, 잠정세율, 제2항 제3호 및 제4호의 세율보다 낮은 경우에만 우선하여 적용하고, 제2항 제3호의 세율 중 제71조에 따른 세율은 제2항 제4호의 세율보다 낮은 경우에만 우선하여 적용한다.(단서 이하 생략)제85조(품목분류의 적용기준 등) ① 기획재정부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 품목분류를 적용하는 데에 필요한 기준을 정할 수 있다.제87조(특정물품에 적용되는 품목분류의 변경 및 적용) ① 관세청장은 제86조에 따라 사전심사 또는 재심사한 품목분류를 변경하여야 할 필요가 있거나 그 밖에 관세청장이 직권으로 한 품목분류를 변경하여야 할 부득이한 사유가 생겼을 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 물품에 적용할 품목분류를 변경할 수 있다.제121조(심사청구기간) ① 심사청구는 해당 처분을 한 것을 안 날(처분하였다는 통지를 받았을 때에는 통지를 받은 날을 말한다)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.제128조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 그 청구를 각하하는 결정가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우나. 제121조에 따른 심사청구 기간이 지난 후에 심사청구를 제기한 경우다. 제123조에 따른 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 경우라. 적법하지 아니한 심사청구를 제기한 경우마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우2. 심사청구가 이유 없다고 인정되는 경우 : 그 청구를 기각하는 결정3. 심사청구가 이유 있다고 인정되는 경우 : 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분의 결정.
이 경우 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.② 제1항에 따른 결정은 심사청구를 받은 날부터 90일 이내에 하여야 한다. 다만, 부득이한 사유가 있을 때에는 그러하지 아니하다.③ 제1항에 따른 결정을 하였을 때에는 제2항의 결정기간 내에 그 이유를 적은 결정서를 심사청구인에게 통지하여야 한다.④ 제123조에 따른 보정기간은 제2항에 따른 결정기간에 산입하지 아니한다.⑤ 제1항 제3호 후단에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다.
이 경우 처분청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 조사를 연기 또는 중지하거나 조사기간을 연장할 수 있다.⑥ 제1항 제3호 후단 및 제5항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 관세법 시행령제34조(세액의 경정) ① 법 제38조의3 제2항의 규정에 의하여 경정의 청구를 하고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 경정청구서를 세관장에게 제출하여야 한다.
1. 당해 물품의 수입신고번호와 품명ㆍ규격 및 수량2. 경정전의 당해 물품의 품목분류ㆍ과세표준ㆍ세율 및 세액3. 경정후의 당해 물품의 품목분류ㆍ과세표준ㆍ세율 및 세액4. 경정사유5. 기타 참고사항② 법 제38조의3 제3항에서 “최초의 신고 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우2. 최초의 신고 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우3. 법 제233조 제1항 후단에 따라 원산지증명서 등의 진위 여부 등을 회신받은 세관장으로부터 그 회신 내용을 통보받은 경우(3) 국세기본법제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(4) 국세기본법 시행령제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우(5) 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률제6조(협정관세 적용요건) 협정관세는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 수입물품에 대하여 적용한다.
1. 해당 수입물품이 협정에 따른 협정관세의 적용대상일 것2. 제7조에 따라 결정된 해당 수입물품의 원산지가 해당 체약상대국일 것3. 해당 수입물품에 대하여 제8조 또는 제9조에 따라 협정관세의 적용을 신청할 것제8조(협정관세의 적용신청 등) ① 협정관세를 적용받으려는 자(이하 “수입자”라 한다)는 수입신고의 수리 전까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 협정관세의 적용을 신청하여야 한다.② 제1항에 따라 협정관세의 적용을 신청할 때에 수입자는 원산지증빙서류를 갖추고 있어야 하며, 세관장이 요구하면 제출하여야 한다.
다만, 세관장은 대통령령으로 정하는 물품에 대해서는 관세 탈루의 우려가 있는 경우를 제외하고는 원산지증빙서류 제출을 요구할 수 없다.③ 세관장은 수입자가 제2항 본문에 따라 요구받은 원산지증빙서류를 제출하지 아니하거나 수입자가 제출한 원산지증빙서류만으로 해당 물품의 원산지를 인정하기가 곤란한 경우에는 제35조에 따라 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다.④ 세관장은 제1항에 따른 협정관세의 적용신청을 받은 경우에는 수입신고를 수리한 후에 심사한다.
다만, 관세채권을 확보하기가 곤란하거나 수입신고를 수리한 후 원산지 및 협정관세 적용의 적정 여부를 심사하는 것이 부적당하다고 인정하여 재정경제부령으로 정하는 물품은 수입신고를 수리하기 전에 심사한다.제9조(협정관세 사후적용의 신청) ① 수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있다.② 수입자(제8조 및 이 조 제1항에 따라 협정관세 적용을 신청한 수입자는 제외한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정한 날부터 3개월 이내로서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 협정관세의 사후적용을 신청할 수 있다.
1. 수입자가 「관세법」 제87조에 따라 품목분류가 변경되어 같은 제38조의3제 1항 전단에 따라 수정신고를 하는 경우: 수입자가 수정신고를 한 날2. 세관장이 수입자가 신고한 품목분류와 다른 품목분류를 적용하여 「관세법」 제38조의3 제6항 또는 제39조 제2항에 따라 관세를 징수하는 경우 : 수입자가 「관세법」 제39조 제3항에 따른 납부고지를 받은 날③ 수입자는 제1항 또는 제2항에 따른 신청을 할 때에 원산지증빙서류를 제출하여야 한다.
다만, 제33조 제2항 제4호에 따른 원산지 정보교환 시스템을 구축ㆍ운영하고 있는 체약상대국으로부터 물품을 수입하는 경우로서 원산지증명서에 포함된 정보가 전자적으로 교환된 경우에는 원산지증빙서류 중 원산지증명서를 제출하지 아니할 수 있다.④ 세관장은 제3항 단서에 따라 원산지증명서를 제출하지 아니하는 수입자에 대하여 원산지증명서의 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 원산지증명서의 제출을 요구할 수 있다.⑤ 제1항 또는 제2항에 따라 협정관세의 적용을 신청한 수입자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 물품에 대하여 이미 납부한 세액의 경정(更正)을 청구할 수 있다.
이 경우 경정청구를 받은 세관장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 협정관세의 적용 및 세액의 경정 여부를 청구인에게 통지하여야 한다.⑥ 세관장은 제5항에 따라 경정을 청구한 세액을 심사한 결과 타당하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하고 납부한 세액과 납부하여야 할 세액의 차액을 환급하여야 한다.⑦ 제5항 및 제6항에 따른 세액의 경정 및 환급에 관하여는 「관세법」 제38조의3 제3항부터 제6항까지, 제46조, 제47조 및 제48조를 준용한다.
(6) 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령제6조(협정관세 사후적용의 신청 등) ① 법 제9조 제1항 또는 같은 조 제2항 각 호 외의 부분에 따라 수입신고를 수리한 이후에 협정관세의 적용을 신청하려는 자는 협정관세 적용신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.
1. 원산지증빙서류2. 「관세법 시행령」 제34조 제1항에 따른 경정청구서② 제1항에 따라 수입자가 협정관세의 적용을 신청할 당시에 갖추어야 할 원산지증빙서류 중 원산지증명서는 수입신고일 또는 협정관세 적용신청일을 기준으로 유효기간 이내의 것이어야 한다. 이 경우 다음 각 호의 구분에 따른 기간은 유효기간을 계산할 때 제외한다.
1. 유효기간이 지나기 전에 물품이 수입항에 도착한 경우 : 물품이 수입항에 도착한 날의 다음 날부터 해당 물품에 대한 협정관세 적용을 신청한 날까지의 기간2. 천재지변 등 불가항력에 따른 운송지연, 그 밖에 이에 준하는 사유가 발생한 경우 : 그 사유가 발생한 날의 다음 날부터 소멸된 날까지의 기간③ 법 제9조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 45일을 말한다.④ 법 제9조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 법 제17조에 따른 원산지에 관한 조사를 위하여 필요한 경우2. 법 제37조 제1항에 따른 협정관세 적용제한자가 수출하거나 생산한 물품을 수입하려는 경우3. 그 밖에 세관장이 관세탈루의 우려가 있다고 인정하는 경우⑤ 법 제9조 제5항에 따라 세액의 경정청구를 받은 세관장은 협정관세 적용신청서 및 원산지증빙서류의 기재사항을 확인하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 인정하는 경우에는 세액을 경정해야 한다.⑥ 수입자는 제1항 제1호의 원산지증빙서류 중 원산지증명서를 제출할 때에는 제4조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 사본을 제출할 수 있다.
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