사실과 다른 세금계산서를 수취하여 가공자산을 계상한 것으로 보아 부가가치세 가산세 및 법인세 등을 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인 A 주식회사(이하 “A”이라 한다)는 이동통신사업을 영위하는 사업자로서, 청구법인 B 주식회사(구 C 주식회사, 이하 “D”라 하고, A과 합하여 “청구법인들”이라 한다)로부터 2013∼2015년 세금계산서[정보통신시스템의 운영·유지보수(OOO) 및 개발(OOO) 용역 관련]를 수취하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.12.16.∼2025.4.30. 기간 동안 A에 대해 2020~2023사업년도 법인세 통합조사(조세범칙) 및 2013∼2019 사업연도 법인세 부분조사(조세범칙)를, 같은 기간에 D에 대하여 2013년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 부분조사(조세범칙)를 실시한 결과, 청구법인들이 ‘선개발 후정산’ 방식으로 이루어진 용역(이하 “쟁점용역”이라 하고, 쟁점용역과 관련한 거래를 “쟁점거래”라 한다)과 관련하여 실물거래 없이 또는 공급가액을 과다기재하여 사실과 다른 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)로 보아 관련 자료를 청구법인들을 관할하는 남대문·종로세무서장(이하 “처분청들”이라 한다)에게 통보하였고, 관련 자료를 수보한 처분청들은 청구법인들에 대하여 아래 ＜표1＞과 같이 부가가치세 및 법인세 등을 경정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.＜표1＞청구법인들에 대한 제세 부과처분 내역다. 청구법인들은 이에 불복하여 위 ＜표1＞과 같이 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청들 의견가. 청구법인들 주장(1) A은 D로부터 실제 개발 용역을 제공받았으므로, 쟁점용역에 따른 쟁점세금계산서와 취득 자산은 허위세금계산서와 가공의 또는 과다계상한 무형자산 매입에 해당하지 않는다.(가) 쟁점용역을 선개발 후정산 방식으로 제공받을 필요성과 합리성 존재1) 쟁점용역의 선개발은 청구법인들 사이 OOO 위탁 계약서(이하 “쟁점계약” 또는 “쟁점계약서”라 한다) 제9조 제2항에 근거한다.

OOO 위탁 계약서 제9조 제2항 본문은 ‘위탁인(A)의 요청에 따라 서비스 범위가 변경되거나 추가되는 경우 쌍방간의 별도 합의에 의하여 서비스 범위를 확정하며, 이에 따른 대가는 별도 합의한다’고 정하고 있으며, ‘위탁인(A)은 수탁인(D)에게 서비스 범위 및 대가 확정 전에 변경 또는 추가되는 서비스 범위의 업무수행을 요청할 수 있고, 수탁인(D)은 이에 응해야 한다’고 정하고 있다.즉, 위 조항은 OOO 개발용역의 범위나 대가가 확정되기 이전에도 A은 본건 OOO 개발용역을 요청할 수 있고, D는 이에 응해야 함을 명확하게 정하고 있는바, 쟁점용역은 OOO 위탁 계약에서 정하고 있는 A과 D의 계약상 권리·의무에 따라 정당하게 제공되었다.2) 또한, 쟁점용역과 같은 소프트웨어 개발은 요구사항이 가변적이기 때문에 개발범위와 난이도가 민감하게 변동하며, 특히 통신업은 서비스가 24시간 상시 운영되기에 긴급하고 다변적 과제가 빈번하여 계약서 확정 이전에 작업 착수가 일상적인 산업이다.특히 쟁점용역이 있었던 10여 년 전 소프트웨어 개발 업계에서 “선개발 후계약” 형태의 업무 절차는 S/W 개발 산업의 일상적인 업무 관행이었다.

그에 따라 선개발 후에 이루어진 수행내역의 취합, 계약 단위 묶음, 업무수행자 기재 등이 실제 제공된 개발용역의 세부사항과 일치하지 않는 경우들이 발생하였는데, 이는 사실관계를 조작한 것이 아니라 다수의 개발 건을 일괄 정산하는 과정에서 발생한 행정 처리상의 한계였다.3) 쟁점용역의 경우도 수천 건의 개발용역을 개별 계약으로 체결하는 것은 불필요한 행정력 낭비이므로 A과 D는 사후적으로 여러 개의 개발 건을 하나로 묶어서 그 대가의 합계를 계약 금액으로 정하되 다만 계약 체결은 그 중 ‘대표 개발 건’만을 기준으로 하였다.(나) 용역의 실재성은 용역 결과물(OOO)을 통하여 확인된다.

(2) 장기 부과제척기간 적용의 전제인 부정행위가 존재하지 않는다.(가) 처분청은 쟁점계약서, 견적서 및 세금계산서가 일부 사실과 다르게 작성되었다는 이유로 이를 허위 문서 또는 허위 세금계산서로 보아 10년의 장기 부과제척기간 적용 대상인 부정행위에 해당한다고 판단하였다. 그러나 쟁점계약은 이동통신사업의 특성상 긴급한 개발 수요에 대응하기 위하여 이루어진 선개발·후정산 방식의 거래에 기초한 것으로, 계약서 및 견적서의 일부 기재가 실제 개발내역과 완전히 일치하지 않는 사정은 다수의 개발건을 사후 일괄 정산하는 과정에서 발생한 실무상 한계에 불과하다.(나) 쟁점계약서는 실제 존재하는 개발용역을 사후에 정산하기 위해 체결된 것으로 거래의 성격, 거래금액 및 거래당사자가 모두 실제와 일치하고, 산출물 배포대장을 통해 개발 결과물의 존재 역시 확인된다.

또한 견적서상 투입인력이 실제 투입인력과 상이하게 기재된 것은 선개발 후정산 방식의 거래구조와 다수 프로젝트의 일괄 정산 과정에서 발생한 것으로, 소스코드별 투입인력 추적의 실익이 크지 않았고, 일괄 정산에 대한 공급대가는 사전에 합의되어 있어 인력 기재에 따른 분쟁 가능성이 없었으며, OOO상 요구되는 서비스 수준만 충족하면 되는 용역계약의 구조상 실제 투입인력을 정확히 기재할 필요성도 크지 않았다는 점에 기인한 것으로, 이를 조세의 부과·징수를 곤란하게 하려는 목적의 허위 문서 작성으로 보기 어렵다.(다) 아울러 쟁점세금계산서는 쟁점계약에 근거한 구속력 있는 용역 공급 합의에 따라 발급된 것으로, 앞서 본 바와 같이 산출물 배포대장을 통해 해당 용역의 실재성이 객관적으로 확인된다.

따라서 설령 일부 서류의 기재가 부실하다고 하더라도 이는 형식상 미비에 불과할 뿐이고, 「국세기본법」상 부정행위에 해당한다고 볼 수 없으므로 장기 부과제척기간(10년)을 적용할 수 없다.

(3) 자료보관 기간이 경과한 거래에 대하여 객관적·합리적 근거없이 가공거래로 단정할 수 없다.(가) 쟁점용역 거래에 대한 조사 및 처분은 대상 거래 있었던 2013∼2015년으로부터 「국세기본법」상 자료보관의무 기간인 5년이 이미 경과된 시점에 이루어졌다. 그럼에도 불구하고, A에게 일반적인 자료보관기간 내 거래와 동일한 수준의 소명을 요구하는 것은 부당하다.조세심판원 역시 보존기간이 경과한 거래에 대해서는 과세관청이 가공거래임을 인정하는 확인서나 금융자료 등 객관적인 과세 근거자료를 확보하지 않는 한 가공거래로 단정할 수 없다고 판단하고 있다(조심 OOO 등).(나) 그러나 이 사건에서는 청구법인들이 가공거래를 인정한 사실이 없고, 오히려 당시 선개발·후정산 방식으로 OOO 용역이 실제 제공되었다는 임직원들의 진술이 존재한다.

또한 청구법인들은 산출물 배포대장(OOO) 등을 통해 실제 용역 수행 사실을 충분히 소명하였다. 그럼에도 처분청은 전체 거래를 가공거래로 보아 10년의 장기 부과제척기간을 적용하였는바, 이는 조세심판원 선결정례에 비추어 보더라도 타당하지 않다.따라서 청구법인들이 쟁점용역을 수수한지 약 10년이 경과한 현시점에서 청구법인들에게 소명을 요구하는 것은 부당하다.

(4) 처분청 의견과 같이 하나의 계약에 대하여 발급된 두 개의 세금계산서 중 첫 번째 세금계산서를 인정하면서도 두 번째 세금계산서만을 가공으로 판단한 처분은 부당하다.(가) 처분청은 하나의 프로젝트 계약에 순차적으로 2개의 세금계산서가 발급되었으나, 두 번째 세금계산서를 가공으로 판단한 계약에 대하여 설명하며 ① 프로젝트 배포 예정일과 세금계산서 발행일을 비교하여 선행 세금계산서 발행 이후 용역의 공급이 없었다면 두 번째 세금계산서를 가공으로 판단하였다거나, ② 실재성이 인정된 용역의 공급가액이 첫 번째 세금계산서의 기재 공급가액에 미달하는 경우 두 번째 세금계산서를 가공으로 판단하는 방식을 사용하였다고 한다.(나) 그러나, 동일한 계약에 대하여 금액을 나누어 발행한 것에 불과한 2개의 세금계산서를 이러한 기준으로 가공 또는 과다로 각각 판단하는 것은 법적인 근거가 없는 자의적인 판단이며, 먼저 발행된(대표 개발 건만을 기준으로 과다 세금계산서로 인정된) 세금계산서와 그 이후 같은 계약에 대하여 발행된(가공 세금계산서로 판단된) 세금계산서를 달리 볼 이유가 없다.(다) 따라서, 동일한 계약에 대하여 한 건의 세금계산서는 과다한 세금계산서라 보면서 또 다른 세금계산서만을 허위로 보는 처분청의 의견은 그 자체로 모순되는바 쟁점처분은 타당하지 않다.

나. 처분청들 의견(1) A이 D로부터 “실제 용역을 제공받았다”는 주장에 대하여(가) OOO 위탁계약 제9조 제2항과 업계 ‘관행’은 개별 거래의 실재성을 입증하지 못한다.1) 청구법인들은 쟁점계약서 제9조 제2항과 공정거래위원회 정책브리핑(2012.4.17.)을 들어 선개발·후계약이 정당한 거래방식이었다고 주장한다.그러나 계약 조항이나 업계 관행의 존재는 “그러한 방식의 거래가 있을 수 있다”는 추상적 가능성을 말할 뿐, “이 사건 각 세금계산서에 대응하는 용역이 실제로 공급되었다”는 사실을 전혀 입증하지 못한다.2) 처분청들이 문제 삼는 것은 계약서가 사후에 작성되었다는 사정 자체가 아니라, 그 계약서·견적서·내부기록의 내용이 허위라는 점이다.나아가 청구법인들이 원용한 공정거래위원회 자료는 하도급 거래에서 계약서 ‘사전 교부’가 지연되는 관행의 개선을 다룬 것일 뿐이다.

실제 수행하지 않은 인력을 투입인력으로 기재하고, 세무조사에 대비하여 증빙을 사후 제작하며, 책임자를 임의로 바꿔 기재하고, 가상의 부서를 만들어 가공매출을 은닉하는 행위까지 “업계 관행”으로 정당화하는 자료가 아님은 명백하다. 계약서 작성이 다소 늦어지는 관행과, 처음부터 실물 없는 거래를 꾸미는 행위는 전혀 다른 차원의 문제이다.3) A은 국내 최대 이동통신사업자로서 OOO 체계와 산출물 배포대장(OOO)을 통해 용역계약과 결과물을 체계적으로 관리하여 왔다.

실제로 A은 2007년부터 OOO을 운영하며 배포 일정·프로그램 본수까지 기록하여 왔다. 그러한 A이 OOO원이 넘는 규모의 거래에 관하여 “일일이 계약을 체결할 시간과 인력이 부족했다”고 변명하는 것은 그 자체로 납득하기 어렵다.(나) 총액 비교(OOO원 대 OOO원)는 객관성과 구체성을 결여하여 증거가치가 없다.1) 청구법인들은 산출물 배포대장상 개발 결과물의 산정가액(OOO)이 개발 계약금액(OOO원)을 상회하므로 가공거래가 아니라고 주장한다.2) 그러나 이 비교는 다음과 같은 이유로 신뢰할 수 없다.첫째, 비교의 양쪽 수치 모두 임의로 구분·집계한 것으로 보이다.

계약금액 OOO원은 2013∼2015년 전체 계약 OOO원에서 운영·컨설팅 용역 등을 제외하여 산출한 것이고, OOO원 역시 배포대장상 총 OOO건의 변경내역에서 운영과 개발을 임의 구분한 뒤 “본수 × M/M”이라는 청구법인 측 내부 산식으로 환산한 추정치에 불과하다. 어느 쪽도 제3자가 검증할 수 있는 객관적 기준에 따라 산정된 것이 아니다.둘째, 부가가치세와 세금계산서 가산세는 거래(공급) 단위로 판단하는 것이지 기간 전체의 총액으로 판단하는 것이 아니다.

개별 세금계산서에 대응하는 용역이 무엇인지 특정하지 못한 채 총액이 비슷하다는 사정만으로는, 각 세금계산서가 실물거래에 기초하였다는 점이 입증되지 않는다.셋째, 처분청은 청구법인들이 산출물 배포대장으로 실재성을 소명한 부분은 이미 모두 과세대상에서 제외하였다. 즉 처분청은 “소명된 것은 인정하고, 소명되지 못한 것만 부인”하는 일관된 기준을 적용하였을 뿐이며, 대표 개발 건의 실재성 인정이 나머지 미소명 부분의 실재성까지 담보하는 것은 아니다.(2) “부정행위가 없어 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없다”는 주장에 대하여(가) 구 「국세기본법」(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는“부정한 행위”로 조세를 포탈한 경우 10년의 부과제척기간을 적용하도록 정하였고, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항은 그 ‘부정한 행위’를 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 행위로 규정하고 있다.

그 제2호는 “거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취”를 그 대표적 유형으로 명시하고 있다.(나) 대법원 역시 허위 계약서의 작성과 대금의 허위 지급, 허위 회계장부의 작성 등 적극적 행위가 부가된 경우 부정행위에 해당한다는 점을 일관되게 확인하고 있다(대법원 OOO 판결, 같은 취지 조심 OOO).(다) 청구법인들의 행위는 단순한 ‘형식상 미비’가 아니다. 앞서 본 바와 같이 ① 실제 수행하지 않은 인력을 투입인력으로 기재한 견적서, ② 실제 개발내역과 다른 계약서, ③ 개발을 수행하지 않은 자를 OOO으로 기재한 내부시스템, ④ 가공 매출을 은닉하기 위한 가상 부서의 설정, ⑤ 세무조사에 대비한 증빙의 사후 제작과 OOO 변경까지 이루어졌는바, 이는 과세관청의 추적을 곤란하게 하는 적극적 은닉행위 그 자체로서 위 법리의 전형적인 적용 대상이다.(라) 청구법인들은 “OOO상 서비스 수준만 충족하면 되므로 투입인력을 정확히 기재할 필요가 없었다”고도 주장하다.

그러나 OOO는 OOO ‘운영용역’의 품질 수준에 관한 약정일 뿐, 별도 대가가 지급된 ‘OOO 개발용역’의 실재와 규모를 입증하는 자료가 아니다.오히려 청구법인들의 주장대로 OOO 운영인력이 OOO 개발에 투입되어도 무방한 구조였다면, 이미 연 단위 OOO 대가로 보상받는 인력의 업무에 대하여 별도의 OOO 개발용역 대가를 중복 지급할 이유가 없으므로, 쟁점세금계산서상 용역대가가 실제 용역의 대가가 아니라는 처분청의 판단과 정확히 부합한다.(마) 또한 견적서의 투입인력 기재는 대가 산정의 근거가 되는 핵심 기재사항이다.

“분쟁 가능성이 없어 정확히 기재할 필요가 없었다”는 주장은, 견적서가 대가 산정 기능을 수행하지 않는 형식적 문서였음을 자인하는 것이며, 허위 기재를 정당화하지 못한다.

(3) 자료보관기간 경과 거래를 “가공거래로 단정할 수 없다”는 주장에 대하여(가) 청구법인들이 주장하는 바와 같이 쟁점거래가 2013∼2015년에 이루어졌고, 조사 시점에는 국세기본법상 일반적인 장부보존기간 5년이 경과하였다고 하더라도, 이는 어디까지나 납세자의 장부·증빙 보존의무 기간을 정한 것에 불과하며, 그 기간 경과만으로 과세관청의 과세권 행사가 배제되거나 납세자의 실거래 소명 필요가 당연히 면제되는 것은 아니다.(나) 「국세기본법」 제85조의3은 장부 등의 보존기간을 정할 뿐 장기 부과제척기간의 적용을 제한하는 규정이 아니다.

즉, 자료보관기간의 경과는 부정행위로 인하여 10년의 부과제척기간이 적용되는 사안에서 납세자의 소명책임을 면제하는 사유가 될 수 없다.장기 부과제척기간 제도는 부정행위로 과세관청의 적시 검증을 곤란하게 한 납세자에 대하여 과세권의 행사기간을 연장하는 제도인바, 그 부정행위의 당사자가 “시간이 흘러 자료가 없다”는 사정을 들어 오히려 보호받는다면 제도의 취지는 형해화된다. 거짓 증빙의 사후 제작이라는 은닉행위로 발각을 지연시킨 자가 그 지연의 이익까지 누리는 결과는 허용될 수 없다.(다) 조세심판원 역시 장부보존기간 경과 및 증빙 폐기만으로는 부족하고, 거래상대방 조사 등을 통해 가공세금계산서 수수 정황이 상당히 확인된 경우에는 납세자에게 최소한의 입증 노력이 필요하다고 보고 있다(조심 OOO).(라) 처분청은 단순히 보관기간 경과를 이유로 쟁점거래를 가공으로 본 것이 아니다.

청구법인들 및 거래상대방이 제출한 계약서·견적서·투입인력 자료의 사후 작성 정황, 실제 수행 여부가 불분명한 OOO 기재, 내부 이메일, 비용 구조의 비정상성, 검사조서 첨부자료의 부실 등 다수의 객관적 정황을 종합하여, 쟁점세금계산서 관련 증빙의 허위성과 거래 실재성의 결여를 상당한 정도로 확인하였다.(마) 따라서 “선개발·후정산 방식으로 용역이 실제 제공되었다는 임직원들의 진술이 존재한다”는 주장 역시, 견적서·ERP에 기재된 OOO들이 해당 용역을 수행하지 않았다고 진술하고, 세무조사 대비 증빙 제작을 논의한 이메일이 확인된 이 사건 증거관계 앞에서는 설득력이 없다.요컨대 본건은 허위 증빙을 통한 거래 외관 형성으로 과세관청의 정확한 과세요건 파악을 현저히 곤란하게 한 사안으로 보아야 하다.

이와 같은 부정행위가 인정되는 이상 10년의 부과제척기간을 적용할 수 있다.(4) “두 개의 세금계산서 중 두 번째만 가공으로 본 것은 모순”이라는 주장에 대하여(가) 처분청은 세 계약 모두에 동일한 하나의 기준을 적용하였다.청구법인들의 이 부분 주장은 처분청의 판단 구조를 오해한 것이다.1) 처분청은 “첫 번째는 인정, 두 번째는 부인”이라는 기계적 기준을 적용한 것이 아니라, 청구법인 A이 소명자료로 제출한 계획서와 산출물 배포대장(OOO)상 각 개발건의 배포예정일이 어느 세금계산서 작성일 구간에 귀속되는지를 확인하고, 그 구간에 귀속되는 소명인정금액과 해당 세금계산서 공급가액을 대비하는 방식으로 개별 세금계산서 단위의 실재성을 검증하였다.2) 처분청은 청구법인들이 소명한 금액 중 인정되는 금액이 공급가액에 미달하면 “과다”로, 귀속되는 개발건이 전혀 없으면 “가공”으로 판단하였다.

즉, 결과가 갈린 것은 기준이 달라서가 아니라, 청구법인들이 제출한 소명자료의 내용이 계약마다 달랐기 때문이다. 특히 “세금계산서 전액 인정 사례”로 제시한 계약OOO조차 실제로는 두 건 모두 ‘과다’로 판단된 것으로서(소명인정률 10.3%), 청구법인들 주장은 그 전제부터 성립하지 않는다.3) 처분청이 후행 세금계산서를 배척한 것은 “두 번째이기 때문”이 아니라 “대응할 용역이 없기 때문”이다. 선행 세금계산서 발행 이후 추가 용역이 실제로 공급되었다면, 그 배포내역을 제시하는 것만으로 간단히 반증할 수 있으나, 청구법인들은 지금까지 이를 제시하지 못하고 있다.(나) 가공과 과다의 구분은 자의가 아니라 법령의 요구이며, 오히려 청구법인들에게 유리한 처리이다.1) 가공세금계산서(대응하는 실물거래가 전혀 없는 경우)와 과다 세금계산서(실물거래 일부가 존재하나 공급가액이 과다기재된 경우)는 「부가가치세법」상 가산세율과 「국세기본법」상 부과제척기간의 적용을 달리하는 별개의 개념이다.

처분청이 소명 여하에 따라 양자를 구분한 것은 재량적 선택이 아니라 법령이 요구하는 판단이며, 소명된 범위만큼을 최대한 실재 거래로 인정한, 청구법인들에게 유리한 처리이다.2) 실제로 처분청은 이러한 구분에 따라 2014년 제2기분 중 과다 세금계산서로 확인된 부분의 가산세를 직권으로 경정·감액한 바 있으며, 이는 처분청이 증거에 따라 공정하게 판단하여 왔음을 보여준다.(다) 세금계산서 금액은 실제 공급된 용역의 대가가 아니라, 계약 체결 시점에 이미 확정되어 있던 숫자이다.1) 세 계약 모두 계약서 지급조건란에 “[용역] 중도금(기성) 80% 잔금 20%”로 기재되어 있고, 실제 발행된 세금계산서 금액도 아래 ＜표2＞와 같이 계약금액의 정확히 80%와 20%에 일치한다＜표2＞ 계약금액 분할비율과 소명인정률의 괴리2) 이 사실은 두 가지를 보여준다.첫째, 세금계산서 금액은 개별 개발건의 대가를 합산한 결과가 아니다.

청구법인들은 이미 수행된 개발건들의 대가를 사후에 합산하여 정산하였다고 주장한다. 그러나 그와 같이 산정된 금액이 서로 다른 세 계약 모두에서 계약금액의 정확히 80.0%와 20.0%로 떨어질 이유가 없다. 위 ＜표2＞에서 보듯 각 계약의 소명인정률은 10.3%, 11.5%, 43.7%로 편차가 크다. 실제 확인되는 개발건의 규모는 계약마다 이처럼 크게 다른데도, 세금계산서 분할 비율만은 세 계약이 소수점까지 동일하다. 세금계산서 금액이 실제 공급된 용역의 양과 아무런 상관관계가 없음을 보여주는 것이다.

쟁점세금계산서의 공급가액은 개별 개발건의 대가를 합산한 결과가 아니라, 계약금액을 미리 정해진 비율로 분할한 숫자이다.둘째, “중도금(기성)”이라는 지급조건 자체가 ‘선개발·후정산’ 서사와 배치된다. ‘중도금(기성)’은 계약 체결 이후 용역이 진행되고, 그 진척도(기성고)에 따라 대금을 나누어 지급하는 것을 전제로 하는 조건이다. 개발이 이미 완료된 뒤 그 대가를 사후에 정산한 것이라면, 애초에 ‘중도금’과‘잔금’을 나눌 이유가 없다.(라) 계약서상 일자의 배열은 쟁점세금계산서가 용역의 결과물이 아님을 다시 확인시켜 준다.1) 1차 세금계산서는 세 계약 모두 계약 체결 당일에 발행되었다.

계약 체결 당일에 계약금액의 80%가 청구되었다. ‘기성(旣成)’에 따른 중도금이라면 그 전제로 기성고의 확인 절차가 선행되어야 한다. 그러나 계약 체결과 세금계산서 발행 사이에는 그러한 절차가 존재할 시간적 여지가 전혀 없다. 계약서와 세금계산서가 용역의 진행과 무관하게 같은 시점에 일괄 생성된 서류임을 보여주는 정황이다.2) 계약기간의 개시일은 계약 체결일보다 4개월 내지 8개월 소급되어 있다. 계약 OOO의 경우 계약서에 기재된 계약기간은 2014.2.1.에 개시하는 것으로 되어 있으나, 전자서명에 의한 실제 계약 체결일은 2014.9.29.이다.

약 8개월의 간극이 있다. 계약 OOO은 약 6개월, 계약 OOO는 약 4개월이 각각 소급되어 있다.청구법인들은 이를 두고 “선개발·후정산 방식이므로 계약기간이 소급되는 것은 당연하다”고 설명할 것으로 예상된다. 그러나 그러한 설명은 앞서 본 “중도금(기성) 80% 잔금 20%”라는 지급조건과 양립할 수 없다. 개발이 이미 끝났다면 기성에 따른 중도금이라는 개념이 성립하지 않고, 반대로 기성에 따라 대금을 나눈 것이라면 개발이 계약 이후에 진행되었다는 뜻이 되어 ‘선개발’ 주장이 무너지기 때문이다.3) 잔금 세금계산서의 발행 시점도 검수·인수 절차와 연동되어 있지 않다.

계약 OOO의 잔금 세금계산서 작성일은 2014.11.27.로 계약서상 납품기한(2014.11.15.)을 12일 초과하였다. 계약서는 납품기한 초과 1일당 계약금액의 0.15%를 지체상금으로 정하고 있으나, 지체상금이 부과·정산된 사실은 확인되지 않는다. 반대로 계약 OOO의 잔금 세금계산서 작성일은 2014.7.23.로, 계약서상 납품기한(2014.7.29.)보다 오히려 6일 앞선다. 잔금은 통상 최종 인수 이후에 청구되는 것인데, 인수 이전에 이미 청구된 것이다.이는 이 사건 계약에서 세금계산서 발행이 검수·인수와 전혀 연동되지 않았음을 보여줍니다. 세금계산서가 용역의 완성이라는 실체적 사건이 아니라, 미리 정해진 일정에 따라 발행된 서류였기 때문이다.

(5) 무형자산 감가상각비 손금부인의 적법성(법인세 부과처분 관련)(가) 실물거래 없이 또는 실제 용역의 가치를 초과하여 취득가액이 계상된 무형자산은 가공(과다)자산이고, 이에 터 잡아 계상된 감가상각비는 손금으로 인정될 수 없다. 가공자산을 장부에 계상하고 내용연수에 걸쳐 감가상각비를 손금산입하는 행위가 그 자체로 조세포탈의 결과로 이어지는 부정행위에 해당한다는 점은 판례상 확립되어 있다(대법원 OOO 판결).위 판결의 사안, 즉 가공자산을 프로젝트별로 분할하여 실재하는 자산처럼 관리시스템에 등재하고 내용연수에 걸쳐 감가상각한 구조는, 가공 프로젝트를 건별로 나누어 계약서·견적서를 갖추고 무형자산으로 계상한 이 사건과 그 실질이 동일하다.

무형자산은 일단 자산화되면 세법상 내용연수 기간 동안 결산조정을 통해 자동적으로 손금에 반영된다. 따라서 2013∼2015년의 과다계상은 그 이후 사업연도 법인세에 순차로 영향을 미쳤고, 제2차·제3차 처분은 그 각 사업연도의 감가상각비 중 가공(과다) 부분을 부인한 것이다.(나) 처분청은 그 범위를 산정함에 있어서도 청구법인 A이 산출물 배포대장으로 실재성을 소명한 금액을 전부 공제한 나머지 부분에 한하여 감가상각비를 부인하였는바, 그 산정 방식과 범위는 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 가공자산을 계상한 것으로 보아 부가가치세 가산세 및 법인세 등을 부과한 처분의 당부② 10년의 장기 부과제척기간을 적용한 처분의 당부나. 관련 법률(1) 국세기본법제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다.

이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. ＜개정 2019.12.31＞② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다. ＜신설 2019.12.31＞1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년가. 「소득세법」제81조의10 제1항 제4호나. 「법인세법」제75조의8 제1항 제4호다. 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항(2) 부가가치세법제60조【가산세】① 사업자 또는 국외사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

＜개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2023.12.31, 2024.12.31＞1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트1의2. 제53조의2 제1항 및 제2항에 따른 기한까지 등록을 하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트2. 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 2퍼센트② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다. ＜개정 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.31, 2019.12.31＞1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.

가. 제32조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우나. 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 사업장 명의로 세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 자신의 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급한 경우3. 제32조 제3항에 따른 기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송하는 경우 그 공급가액의 0.3퍼센트4. 제32조 제3항에 따른 기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 그 공급가액의 0.5퍼센트5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트.

다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. ＜개정 2016.12.20, 2017.12.19, 2019.12.31＞1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트제60조【가산세】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

＜개정 2014.1.1.＞1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액2. 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 세금계산서를 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간[제34조 제3항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 과세기간 말의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일)] 내에 발급하는 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액2. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간[제34조 제3항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 과세기간 말의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일)]이 끝나는 날까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에는 그 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액3. 제32조 제3항에 따른 기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 11일까지 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송하는 경우 그 공급가액에 0.5퍼센트를 곱한 금액.

다만, 법인사업자에 대하여는 2010년 12월 31일까지는 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 0.1퍼센트를 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대하여는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지는 0.1퍼센트를 적용한다.

4. 제32조 제3항에 따른 기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 11일까지 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액. 다만, 법인사업자에 대하여는 2010년 12월 31일까지는 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 0.3퍼센트를 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대하여는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지는 0.3퍼센트를 적용한다.

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액을 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 사업자등록증을 발급한 세무서장이 가산세로 징수한다. 이 경우 제37조제2항에 따른 납부세액은 0으로 본다.

(3) 조세범 처벌법제3조【조세 포탈 등】⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. ＜개정 2015.12.29＞1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취3. 장부와 기록의 파기4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작6. 「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위제10조【세금계산서의 발급의무 위반 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

＜개정 2018.12.31＞1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위2. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산서(전자계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위3. 「부가가치세법」에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 매출처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

＜개정 2018.12.31＞1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위2. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 계산서를 발급받은 행위3. 「부가가치세법」에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따라 매입처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

＜개정 2012.1.26, 2018.12.31＞1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위2. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위4. 「소득세법」 및 「법인세법」에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위④ 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 자도 제3항과 같은 형에 처한다.

이 경우 세무를 대리하는 세무사ㆍ공인회계사 및 변호사가 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 때에는 「세무사법」제22조제2항에도 불구하고 해당 형의 2분의 1을 가중한다.⑤ 제3항의 죄를 범한 자에 대해서는 정상(情狀)에 따라 징역형과 벌금형을 병과할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인들과 처분청들이 제출한 심리자료 등에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.(가) 쟁점처분을 구체적으로 보면 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같다.＜표3＞ A 법인세 경정내역＜표4＞ 청구법인들 부가가치세 경정내역(각각 동일)(나) 처분청이 제시한 조사청의 A에 대한 조사결과보고서를 보면 아래 ＜표5＞와 같은 내용이 기재되어 있다.＜표5＞ 조사결과 보고서 일부 발췌(다) 처분청은 A이 2026.1.2. 제출한 항변서에서 원용한 계약서, 각 계약서의 기재내용에 따르면 청구법인들이 주장하는 용역이 실제로 제공되지 않았다는 점을 확인할 수 있다며 아래 ＜표6＞의 계약서 3부를 증빙으로 제출하였고, 조사 당시 A이 소명자료로 제출한 계획서와 산출물 배포대장(OOO)상 각 개발건의 배포예정일이 어느 세금계산서 작성일 구간에 귀속되는지를 확인하고, 그 구간에 귀속되는 소명인정금액과 해당 세금계산서 공급가액을 대비하는 방식으로 개별 세금계산서 단위의 실재성을 검증하였으며, 그에 따라 소명인정금액이 공급가액에 미달하면 “과다”로, 귀속되는 개발건이 전혀 없으면 “가공”으로 판단하였다며 그 결과를 아래 ＜표7＞과 같이 제시하였다.＜표6＞ 청구법인들간 수시계약서 1부 예시＜표7＞ 계약별 처분청 조사결과 정리(예시)(라) 처분청은 쟁점세금계산서상 공급가액은 공급된 용역의 대가가 아니라, 계약 체결 시점에 이미 확정되어 있던 금액이었다며 아래 ＜표8＞을 제시하였고, 계약서상 일자의 배열을 보면 쟁점세금계산서가 가공 또는 과다기재 세금계산서임을 알 수 있다며 아래 ＜표9＞를 제시하였다.＜표8＞ 계약금액 분할 비율과 소명 인정률＜표9＞ 계약 체결일·계약기간·세금계산서 작성일의 배열(마) 처분청은 쟁점세금계산서가 가공 또는 과다기재 세금계산서라는 의견을 입증하기 위해 청구법인들의 직원들이 작성한 이메일, 참고인 심문조서 등 43건의 증빙을 제출하였고, 그 내용을 정리하면 아래 ＜표10＞과 같다.＜표10＞ 처분청 제시 증빙 내용 요약＜행정 지원 및 사후 보완 관련 입증 자료＞＜주요 의사결정권자 및 관리자 심문조서＞＜실무진 및 OOO 등록 대상자 진술서＞(바) 한편, 청구법인은 쟁점계약 체결 형태를 아래 ＜표11＞과 같이도식화하여 제시하였다.＜표11＞ 쟁점계약 체결형태(도식화)(사) 청구법인들은 쟁점용역에 대하여 다음과 같이 설명한다.1) OOO(정보통신시스템 관리·운영) 계약가) A이 수천만명의 고객에게 높은 수준의 서비스를 중단 없이 제공하기 위해서는 수많은 정보통신시스템의 유기적 작동이 전제되어야 하는데 이에, 청구법인은 사업에 필요한 정보통신시스템 관리·운영 중 소스코드가 변경되지 않거나 기능이 추가되지 않는 범위의 업무, 즉 OOO를 IT 아웃소싱 전문업체인 D에 위탁하고 있으며, 업무 범위를 위탁계약서에서 확인하면 아래 ＜표12＞와 같다.＜표12＞ OOO 위탁 계약서 일부발췌나) 위 ＜표12＞의 제9조 1)이 일반적인 IT시스템의 관리 및 운영 서비스(OOO)를 의미하며, 해당 서비스 수행 지침에는 아래 ＜표13＞ 및 ＜표14＞와 같은 업무가 열거되어 있고, 구체적으로 IT 서비스 요청 처리는 다음과 같이 소스코드를 변경하지 않거나 새로운 기능을 추가하지 않는 수준의 운영 업무를 의미한다.＜표13＞　OOO 서비스 수행 지침＜표14＞　위 ＜표13＞ 중 ‘OOO 서비스 요청처리’ 수행 지침 상세2) OOO 용역가) 위에서 살펴본 바와 같이 OOO 계약의 업무 범위상 소스코드를 변경하거나 새로운 기능을 추가하는 업무는 포함되지 않는다.하지만, 청구법인이 영위하는 이동통신사업의 경우 고객 수가 상당하고, 상품 조합이 매우 복잡·다양한 업종의 특성에 따라 영업 시스템 등의 관리가 매우 중요한 동시에 동종업계 내 치열한 경쟁에 따른 빠른 시간 내 상품 대응 등이 사업의 성패를 좌우하는 특성이 존재한다.

즉, 청구법인은 추가적인 정보통신시스템 개발이 필요한 시점에 빠르게 소스코드 변경 또는 기능추가 등 OOO 용역을 제공받을 필요가 있으며, 오랜 기간 당사의 정보통신시스템의 유지관리 업무를 수행하여 전체 시스템을 구조적으로 이해하고 있는 D가 청구법인의 OOO 업무를 수행하는 것이 시스템 개발의 적시성과 품질을 높일 수 있다.나) 이에 따라 청구법인은 다음과 같이 OOO 위탁계약서에 제9조 2)를 두어 OOO 용역 수행자에게 OOO 용역을 추가로 별도 위탁할 수 있도록 하면서, 긴급성 등을 이유로 구체적인 범위 및 대가 확정 이전이라도 업무수행을 요청할 수 있도록 하였다.

즉, 청구법인은 업무 긴급성 등에 따라 개발 등이 먼저 이루어진 다음 나중에 대가를 정산하는 방식으로 용역을 제공받을 수 있다.(아) 청구법인들은 OOO 용역 공급 이후 10년이 지나오는 과정에서 그 산출물(해당 프로그램 및 관련 소스코드 등) 자체는 대부분 변경·삭제된 상태로, 현재 남아있는 관련 자료는 업무 일지인 산출물 배포대장이 유일한 상황인바, 청구법인은 조사 과정 중 산출물 배포대장에 대한 모든 제반 자료를 조사청에 제출한 바 있다며 아래 ＜표15＞의 OOO 산출물대장을 제시하였다.＜표15＞ OOO(산출물 배포대장)에서 추출한 data 예시(자) 청구법인은 쟁점 계약을 포함하여 산출물 배포대장을 통해 배포되었어야 할 개발 관련 ‘계약의 총 금액’과 산출물 배포대장상 확인되는 개발 관련 ‘산출물 총액’을 비교하면 적어도 청구법인은 D가 공급한 개발용역에 대한 가치(OOO원)에 부합하는 대가(OOO원)를 지급하였음을 확인할 수 있다며 아래 ＜표16＞을 제시하였다.＜표16＞ 쟁점용역 대가와 산출물 배포대장상 개발업무 시가 비교(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.(가) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인들은 A이 D로부터 실제 개발 용역을 제공받았으므로, 쟁점용역에 따른 쟁점세금계산서와 취득 자산은 허위세금계산서와 가공의 또는 과다계상한 무형자산 매입에 해당하지 않는다고 주장하나,납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는바(대법원 OOO 판결, 같은 뜻임), 청구법인들간 체결한 쟁점계약 내용을 보면, 쟁점계약은 용역제공 기간 개시일로부터 수십일에서 많게는 수백일 이후에 실제 계약이 체결된 것으로 보이고, 이는 계약 체결 이후에 용역 또는 재화가 공급되는 일반적인 상거래 관행에 어긋나 보이는 점, 또한 A이 쟁점세금계산서를 발급한 일자 및 공급가액을 보면 계약서상의 납품기한과 맞지 않아 보이고, 기성고 대금의 수취일로 보기에도 그 근거가 전혀 없어 보이며, 쟁점세금계산서상의 공급가액 역시 전체 계약금액의 특정 비율(1차 세금계산서 80%, 2차 세금계산서 20%)을 공급가액으로 정하고 있어 이를 실제 용역 제공에 따른 세금계산서로 보기 어려운 점, 특히 처분청이 제시한 청구법인들의 임직원 등 관련인들이 주고 받은 이메일의 내용 또는 진술 내용을 보면, 다수의 관련인들이 쟁점계약상의 프로젝트에 대하여 ‘실제 수행된 업무가 전혀 없는 가공의 프로젝트였다거나, 해당 프로젝트를 수행한 적이 전혀 없다’고 진술하는 등의 내용이 확인되는 점 등에 비추어, 이와 관련한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점② 대하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점세금계산서가 쟁점계약에 근거한 구속력 있는 용역 공급 합의에 따라 발급된 것으로, 앞서 본 바와 같이 산출물 배포대장(OOO)을 통해 해당 용역의 실재성이 객관적으로 확인되며, 설령 일부 서류의 기재가 부실하다고 하더라도 이는 형식상 미비에 불과할 뿐이므로, 「국세기본법」상 부정행위에 해당한다고 볼 수 없어 장기 부과제척기간(10년)을 적용할 수 없다고 주장한다.「국세기본법」 제26조의2 제1항에 의하면, 국세 부과제척기간은 원칙적으로 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이나(제3호), 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(제1호)으로 정하고 있고, 한편 「조세범 처벌법」 제3조 제6항은 “거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취”를 “사기나 그 밖의 부정한 행위”라 정의하고 있는바, 청구법인들이 수수한 쟁점세금계산서는 위 쟁점①에서 살펴보았듯이 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보이고, 이의 전제가 된 쟁점계약서 역시 실제 용역의 제공 없이 체결한 거짓 계약서로 보이는바, 이는 “거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취”에 해당한다고 할 것이어서, 그렇다면 청구법인들의 행위는 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 이와 관련한 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.