청구법인이 제조업을 영위하는 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2019.5.14. 서울특별시 OOO호를 본점 소재지로 하고, 건강기능식품 제조업 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2020.12.3. 벤처기업으로 확인을 받았고, 2022.6.7. 중소벤처기업부장관으로부터 창업기업(주업종 : OOO제조업)으로 확인받았다.

나. 청구법인은 2022.5.31. 서울특별시 OOO토지 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)한 후, 「지방세법」제13조 제2항에 따른 세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 쟁점부동산의 취득을 「지방세특례제한법」 제58조의3 제2항 제1호에서 규정하고 있는 벤처기업이 해당 사업을 계속하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 감면(75%) 대상에 해당한다고 주장하면서, 2022.6.16. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.7.5. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였다.

라. 처분청은 청구법인이 창업감면업종인 제조업을 영위하지 아니한 것으로 보아, 2025.10.23. 청구법인에게 기 감면한 취득세 등 합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인은 2019년 창업 당시 최초 도소매업으로 사업자등록을 하였지만 이는 실무적으로 위탁제조(OEM)계약서를 제출하여야 제조업으로 사업자등록이 가능하기 때문에 영업상 필요에 의해 불가피하게 별도의 제출서류가 필요 없는 업종으로 먼저 등록한 것에 불과하다.청구법인이 경정청구를 신청하면서 제출한 창업기업 확인서를 보면 청구법인이 실제 영위하는 업종과 동일하게 건강기능식품 제조업이라고 명시되어 있다.청구법인의 회계장부상 2019년 발생한 매출이 ‘상품매출’ 계정으로 작성된 내용과 2019년 법인세 신고서상 업종구분을 도소매로 기재하여 신고된 내용은 법인 설립 초기에 세무사무소에 외부기장의 형태로 회계장부를 작성하였기 때문에 발생한 단순 착오이다.청구법인의 회계장부상 매출이 2019년에는 상품매출의 계정으로 기록되어 있고, 2020년에는 제품매출로 계정을 기록되어 있지만 실제로 청구법인은 양사업연도 모두

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○이라는 제품을 동일하게 제조 및 판매하였다.청구법인은 해당 제품을 위탁제조하기 위해서 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에게 생산을 의뢰하였기 때문에 2019년과 2020년의 회계장부상 매입내역을 비교해보면 계정과목의 변경(상품계정 → 원재료계정)에도 불구하고 동일한 생산처와 품목으로 구성되어 있음을 확인할 수 있다.실제 영위하는 업종과 사업자등록증 등 공부상 업종이 다른 경우에 회사가 감면 대상업종에 따라 창업하였는지 여부는 실질에 따라 사실판단한 사항으로, 청구법인은 2019년 창업 시점부터 건강기능식품을 기획 및 생산하여 D2C방식(Direct to Consumer)으로 판매하는 제조업을 실제 영위해 왔으므로 사업자등록증 상의 업종 및 회계장부상 계정과목이 형식적으로 미비하더라도 취득세 감면 대상 업종인 제조업으로 창업했다고 볼 수 있다.

(2) 청구법인은 특정 제품을 직접 제조하지 않더라도 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하는 과정에서 그 제품을 고안하고 디자인하는 등 생산할 제품을 직접 기획하고, 이를 인수하여 판매하는 위탁생산방식(OEM)으로 제품을 생산한다. 이러한 경우는 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-2845, 2020.11.30.)에서도 취득세 감면대상인 제조업의 범위에 포함된다고 해석한바 있다.청구법인은 설립일 전부터 창업 준비를 위하여 청구법인의 제품인

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○의 성능 및 기능 수준, 원재료의 구성을 직접 기획하였고, 창업 이후에는 청구법인은

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○이라는 명칭에 대한 상표권 뿐만 아니라 고함량 아르기닌을 포함하는 피로회복 및 성기능 개선용 조성물(특허번호10-OOO)에 대한 특허권을 취득하였는바, 이는 청구법인이

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○ 제품을 직접 기획하였음을 의미한다.

(3) 청구법인은 기획한

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○ 제품의 제조가 가능한 수탁제조업체로 A를 선정하였고, A는「건강기능식품에 관한 법률」에 따라 건강기능식품 제조시설, 작업장 등 별도의 시설기준을 갖추고 식품의약안전처장의 허가를 받은 건강기능식품 전문제조업자이다.당시 청구법인은 영업소와 위탁생산시설(전문제조업자의 제조시설) 및 보관시설 기준을 갖춰서 신고한 건강기능식품 유통전문판매업자로서 전문제조업자에게 의뢰하여 생산된 건강기능식품을 자신의 상표로 합법적으로 유통·판매할 수 있는 자격을 보유하고 있었다.따라서, 건강기능식품 유통전문판매업자가 전문제조업자에게 제품 제조를 의뢰하는 경우, 실제 제조행위는 전문제조업자가 유통전문판매업자를 대신하여 수행하게 되므로, 해당 제품에 대한 인허가를 전문제조업자가 받는 것은 법령상 당연한 절차라 할 것이다.청구법인은 생산처에 세부 원재료 성분 및 배합비율을 제공하며 생산을 의뢰하였고, 창업 당시 청구법인의 구성원이 직접

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○ 제품을 기획하였기 때문에 관련 비용은 회계장부상 외주비용이 아닌 자체 인건비로 반영되었으며, 계약상 원재료와 관련된 위험을 부담하면서 관련 비용을 제품 가격에 포함하여 지출하였다.청구법인의 경우 생산처와의 계약조건에 따라 정해진 가격으로 제품을 공급받기로 하였는바, 해당 가격은 견적서에 구체적으로 열거된 원재료, 부재료 및 제조가공비로 구성되어 있고, 견적서상에는 원부자재 잔량 발생시 이를 매입한다는 점과 부자재의 단가가 변동될 수 있다는 점이 명시되어 있어 청구법인이 원재료 매입에 대한 비용을 부담한다는 것이 분명히 규정되어 있다.이와 같이 청구법인이 원재료의 품명, 성분비, 용량이 구체적으로 기재된 원재료 명세서를 생산처에 제공하였고, 원재료에 대한 비용을 전부 부담할 것을 조건으로 제품을 매입한바, 원재료를 직접 제공한 경우와 동일한 손익 효과를 가지므로, 한국표준산업분류상 위탁제조업의 요건을 충족한 것이다.

(4) 청구법인은 생산처에 의뢰하여 제조한 제품을 인수하여, 크라우드 펀딩 플랫폼

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○를 통해 일반 소비자들에게

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○이라는 청구법인의 상표를 사용하여 판매하였으며, 정산서에도 그 내용 및 금액이 확인된다.또한 청구법인과 생산처가 2019년 5월에 체결한 OEM 계약서 제4조에서는 갑(회사)의 위탁 의뢰에 의해 을(생산처)이 생산한 제품을 “을”은 계약기간 동안 “갑”의 동의없이 직접, 또는 제3자에게 위탁·판매할 수 없다고 규정하고 있고, 제9조에서도 “제품명은 “갑”이 독자적으로 선정한 상표를 사용하며 “을”은 위 상표가 “갑”의 소유 자산임을 인정하며, 본 계약기간 중 및 종료 후에도 “을”은 위 상표 또는 그와 유사한 상표를 “갑”의 승인 없이 사용할 수 없다”라고 표시하며 제품 판매 및 상표에 대해 그 권한이 청구법인에 있음을 명시하고 있다.따라서, 청구법인이 생산처로부터 인수한 제품을 실질적으로 청구법인의 명의로 판매한 것이 명확한 점, OEM계약서에 청구법인의 판매 및 상표권을 보호하는 조항이 규정되어 있는 점을 비추어 볼 때, 청구법인이 위탁제조하여 인수한 제품에 대한 온전한 판매권을 가지고 자기책임 아래 직접 시장에 판매한 것으로 볼 수 있으므로 청구법인은 창업감면업종인 제조업을 영위한 것으로 보아야 한다.

(5) 처분청 의견에 대한 청구법인 항변(가) 청구법인이 제출한 아르기닌 건강음료 기획안은 남성건강기능식품으로서 아르기닌을 주원료로 하고, 그 외에 AA, 비타민C 등을 부원료로 한다는 제품의 초장기 방향성에 대한 내용을 담고 있다.AA이라는 물질은 주원료인 아르기닌의 효과를 증강시키기 때문에 고함량 아르기닌이라는

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○의 컨셉에 부합하도록 제품의 부원료에 포함시킬 계획이었으나, 최초

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○ 론칭 당시에는 제대로 효과를 발휘할 수 있는 원하는 함량의 L-시트룰린이 포함된 수박껍질추출물을 수급할 수가 없는 현실적인 제약으로 L-시트룰린을 포함하지 못했다. 하지만 이후에 L-시트룰린 비율이 높은 수박껍질추출물을 수급할 수 있게 되었고, AA 이외에도 L-오르니틴, L-아스파르트산을 추가하여 아르기닌의 활력을 기존보다 극대화하는

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○ 플러스라는 제품을 출시하여 판매하고 있다.(나) 청구법인은 아르기닌의 섭취를 위해 고함량이면서도 섭취가 용이한 맛과 액상 형태라는 컨셉의

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○ 제품을 직접 기획하였고, 이를 구현할 수 있는 제조업체에 생산만을 위탁하여 제품을 제조한 것이다. 청구법인의 창업과 동시에 A와 체결한 OEM 계약서에서도, A가 청구법인의 동의 없이 해당 제품을 직접 판매하거나 제3자에게 위탁판매할 수 없도록 규정함으로써, 청구법인이 기획한

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○ 제품에 대한 독점적인 권한이 청구법인에게 귀속됨을 명확히 하고 있다. 30년 이상의 업력을 보유한 식품 제조업체인 A가 스스로 기획한 신규 제품에 대하여, 아무런 이력도 없는 창업 초기 회사에 독점적인 권한을 부여한다는 것은 특수관계가 아닌 이상 현실적으로 성립하기 어려운 주장이다.A가 아니라 청구법인이 직접

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○을 기획하였기 때문에 청구법인은

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○이라는 명칭에 대한 상표권(상표출원공고 40-*******)을 획득하였으며, 아르기닌을 포함하는 피로회복 및 성기능 개선용 조성물(특허번호 10-********)에 대한 특허권까지도 취득하였다. 따라서 청구법인이

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○을 직접 기획하지 않았다는 처분청의 주장은 사실과 다른 내용이다.(다) 청구법인의 주재형 대표는 서울대학교에서 약학을 전공한 자로, 전문적인 식품성분 및 조합에 대한 배경지식을 가지고 창업 당시

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○이라는 제품의 컨셉 및 기능, 원·부자재 성분 및 배합비율 등을 직접 개발하였고, 이를 실물 제품으로 구현하기 위해서 A에 제조를 위탁했던 것이다.청구법인이 개발한

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○ 제품의 제조를 A에 위탁하기 위해 체결한 OEM(주문자위탁생산) 계약에 따르면, 제품의 범위와 사양은 별첨 견적서를 통해 정해져 있으며, 해당 견적서에는 발주물량에 대한 원·부자재의 품명, 배합비율, 용량 및 단가가 구체적으로 기재되어 있으므로, 원재료 명세서를 제공한 것으로 보는 것이 타당하다.(라) 청구법인은 최초 창업 당시 A에 위탁제조를 의뢰하여

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○ 펀딩을 통해

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○ 제품을 판매하였으며, 해당 제품 1포당 성분은 아르기닌 5,000mg, 비타민C 200mg, 비타민B12 2.4μg, 비타민B1 1.2mg, 엽산 400μg, 셀레늄 55μg, 아연 8.5mg 등으로 구성되어 있다. 이는 청구법인이 특허 등록한 아르기닌 조성물의 에너지 음료 구성 및 함량과 동일한 것으로,

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○ 제품에 관한 기초적인 제조방법 및 원재료 명세서를 청구법인이 직접 개발하여 생산처에 제공하였음을 뒷받침하는 실질적인 입증자료에 해당한다.(마)「식품위생법」제36조 및 동법 시행령 제21조는 식품 또는 식품첨가물에 관한 영업을 제조업, 가공업, 운반업, 판매업, 보존업 등으로 구분하고, 각 영업의 세부 종류에 따라 별도의 요건과 의무를 부여하고 있다. 이 중 「식품위생법」 상 식품소분·판매업의 하위 유형인 “유통전문판매업”은 “식품제조·가공업자 등에게 의뢰하여 제조·가공한 식품을 자신의 상표로 유통·판매하는 영업”으로 정의되어 있다.처분청은 크라우드펀딩 판매화면의 상세정보에 생산자가 A로 기재된 점을 지적하나,「식품 등의 표시·광고에 관한 법률」 제4조에서 식품에 대하여 제품명, 원재료명, 영업소의 명칭 및 소재지 등을 표시하도록 하고 있으며, 이에 대한 세부사항을 규정한 「식품등의 표시기준」은 “유통전문판매업자”의 경우 자신의 영업소 명칭·소재지를 표시하는 동시에, 해당 식품을 실제 제조한 제조업자의 명칭 및 소재지를 함께 표시하여야 한다고 명확히 규정하고 있다.「식품위생법」 제37조에 따르면, 해당 영업허가를 득한 제조업ㆍ가공업자가 식품 또는 식품첨가물을 제조ㆍ가공하는 경우 그 사실을 보고를 하도록 되어 있으며, 식품안전나라에는 이러한 품목제조보고를 이행한 식품 등이 등록된다.

즉, 품목제조보고는 제조시설을 보유하고 직접 생산하는 제조업자만 이행할 수 있으므로, 위탁제조 구조에서는 유통전문판매업자를 위하여 수탁 제조업체가 자기 명의로 품목제조보고를 하는 것이 법이 정한 정상적인 절차이다.따라서,

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○의 품목제조보고가 A 명의로 이루어지고, 그 결과 식품안전나라에 A가 인허가업체로 표시되는 것은 관련 법령에 따른 필연적 결과일 뿐, 해당 제품의 실질적 기획, 제조 및 유통의 주체를 의미하지 않는다.

나. 처분청 의견(1)「지방세특례제한법」제58조의3 제4항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 「한국표준산업분류」에 따른 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다고 규정하면서, 그 제2호에서 제조업을 규정하고 있다.청구법인의 기획안에는 AA이 제품 특징으로 기재되어 있는 반면, 제조사 A를 통해 생산된 제품의 정보에는 해당 성분이 포함되어 있지 않았고, 이를 뒷받침할 연구개발비 지출 내역이나 전문 연구 인력의 현황 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 단순히 제품의 콘셉트를 제시한 것만으로는 고안 및 디자인, 원재료 구성 설계 등 제조의 본질적 기능을 수행했다고 볼 수 없기에 제조업의 요건을 충족한다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인의 경우, 설립 당시 등기사항증명서에 제조업이 아닌 식품 유통 및 판매업, 상품 종합 도소매업 등이 목적사업으로 등기되어 있고, 2019년도 손익계산서에 제품이 아닌 상품 계정과목으로 표시한 것이 확인되었으며, 제조 공정을 통제할 수 있는 구체적인 원가 데이터(BOM 등) 없이 단순히 완제품을 공급받은 것에 불과하므로 청구법인이 원재료를 자기계정으로 구입하였다고 보기 어렵다.

(3) 청구법인은 제조사에 원재료비를 포함한 완제품 대금을 지급하였을 뿐 자기계산과 책임으로 원재료를 별도 구입하여 제공한 사실이 없고 계약서상 비용 증가시 협의 조항은 일반적인 납품 단가 조정 약정일 뿐, 원재료의 가격 변동 위험을 청구법인이 전적으로 부담하는 자기계정 제공으로 볼 수 없어 제조업이 아닌 전형적인 도소매업의 사업 형태일 뿐이다.

(4) 청구법인은 식품소분판매업, 통신판매업, 건강기능식품판매업에 대한 허가만을 보유한 상태에서 A로부터 공급받은

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○을 크라우드펀딩 사이트를 통해 판매하면서 상세정보에 생산자를 A로 기재하였고, 식품안전나라에서 제공하는

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○의 인허가 업체명은 A로 조회되므로

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○을 청구법인의 명의로 제조하기 어려운 점 등을 보면 제조업의 조건을 충족한 것으로 볼 수 없다.따라서, 청구법인은 창업벤처중소기업의 제조업 업종요건을 충족하지 못하였으므로 청구법인의 설립은「지방세특례제한법」제58조의3에서 규정한 창업에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 제조업(OEM)을 영위하는 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2019.5.14. 상품 종합 도소매업 및 건강기능식품 유통 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2020.11.12. 건강기능식품 제조업 등을 목적사업에 추가하였다.(나) 청구법인은 2020.12.3. 중소벤처기업부장관으로부터 벤처기업으로 확인을 받았고, 2022.6.7. 창업기업(주업종 : 건강기능식품 제조업)으로 확인받았다.(다) 청구법인은 2022.5.31. 쟁점부동산을 취득(매매)한 후, 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.(라) 청구법인은 쟁점부동산의 취득을 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제2호에서 규정하고 있는 벤처기업이 해당 사업을 계속하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 감면(75%) 대상에 해당한다고 주장하면서, 2022.6.16. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.7.5. 청구법인에게 취득세 등을 환급하였다.(마) 처분청은 청구법인이 창업감면업종인 제조업을 영위하지 아니한 것으로 보아, 2025.10.23. 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였다.(바)「지방세특례제한법」제58조의4 제4항 제2호에서 취득세 감면 대상인 창업벤처중소기업의 감면대상업종을 제조업으로 규정하고 있고, 해당 업종은「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다고 규정하고 있다.＜한국표준산업분류 내용＞

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○(사) 청구법인은 아래와 같이 창업 당시부터 현재까지 창업감면업종인 제조업을 영위하고 있다고 주장하고 있다.1) 청구법인은 2019년 창업 당시 최초 도소매업으로 사업자등록을 하였지만, 이는 실무적으로 위탁제조(OEM)계약서를 제출하여야 제조업으로 사업자등록이 가능하기 때문에 영업상 필요에 의해 불가피하게 별도의 제출서류가 필요 없는 업종으로 먼저 등록한 것에 불과하다.2) 청구법인의 회계장부상 2019년 발생한 매출이 ‘상품매출’ 계정으로 작성된 내용과 2019년 법인세 신고서상 업종구분을 도소매로 기재하여 신고된 내용은 법인 설립 초기에 세무사무소에 외부기장의 형태로 회계장부를 작성하였기 때문에 발생한 단순 착오이다.3) 청구법인의 회계장부상 매출이 2019년에는 상품매출의 계정으로 기록되어 있고, 2020년에는 제품매출로 계정을 기록되어 있지만, 청구법인은 양 사업연도 모두

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○이라는 제품을 동일하게 제조 및 판매하였으며, 해당 제품을 위탁제조하기 위해서 A에게 생산을 의뢰하였기 때문에 2019년과 2020년 회계장부상 매입내역을 계정과목의 변경(상품계정 → 원재료계정)에도 불구하고 동일한 생산처와 품목으로 구성되어 있음을 확인할 수 있다.＜2019년 및 2020년(주)A 매입내역＞

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○4) 청구법인은 2019년 창업 시점부터 건강기능식품을 기획 및 생산하여 D2C방식(Direct to Consumer)으로 판매하는 제조업을 실제 영위해 왔으므로 사업자등록증 상의 업종 및 회계장부상 계정과목이 형식적으로 미비하더라도 취득세 감면 대상 업종인 제조업으로 창업했다고 볼 수 있다.5) (생산할 제품 직접 기획) 청구법인은 설립일 전부터 창업 준비를 위하여 청구법인의 제품인 ‘

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○’의 성능 및 기능 수준, 원재료의 구성을 직접 기획하였고, 창업 이후에는 ‘

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○’이라는 명칭에 대한 상표권 뿐만 아니라 고함량 아르기닌을 포함하는 피로회복 및 성기능 개선용 조성물에 대한 특허권을 취득하였는바, 이는 청구법인이

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○ 제품을 직접 기획하였음을 의미한다.6) 청구법인이 제출한 아르기닌 건강음료 기획안은 남성건강기능식품으로서 아르기닌을 주원료로 하고, 그 외에 AA, 비타민C 등을 부원료로 한다는 제품의 초장기 방향성에 대한 내용을 담고 있다.7) (자기계정으로 구입한 원재료 제공) 한국표준산업분류에는 원재료 명세서를 제공하고 그 비용을 자기계정으로 부담하는 경우 포함한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 생산처에 세부 원재료 성분 및 배합비율을 제공하며 생산을 의뢰하였고, 청구법인의 구성원이 직접

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○ 제품을 기획하였기 때문에 관련 비용은 회계장부상 외주비용이 아닌 자체 인건비로 반영되었으며, 계약상 원재료와 관련된 위험을 부담하면서 관련 비용을 제품 가격에 포함하여 지출하였다.8) 청구법인이 개발한

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○ 제품의 제조를 A에 위탁하기 위해 체결한 OEM(주문자위탁생산) 계약에 의하면, 제품의 범위와 사양은 별첨 견적서를 통해 정해져 있으며, 해당 견적서에는 발주물량에 대한 원·부자재의 품명, 배합비율, 용량 및 단가가 구체적으로 기재되어 있으므로, 원재료 명세서를 제공한 것으로 보는 것이 타당하다.＜OEM계약서 별첨(원재료 명세서) 발췌＞

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○9) 청구법인은 최초 창업 당시 A에 위탁제조를 의뢰하여

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○ 펀딩을 통해

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○ 제품을 판매하였으며, 해당 제품 1포당 성분은 아르기닌 5,000mg, 비타민C 200mg, 비타민B12 2.4μg, 비타민B1 1.2mg, 엽산 400μg, 셀레늄 55μg, 아연 8.5mg 등으로 구성되어 있다. 이는 청구법인이 특허 등록한 아르기닌 조성물의 에너지 음료 구성 및 함량과 동일한 것으로,

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○

○ 제품에 관한 기초적인 제조방법 및 원재료 명세서를 청구법인이 직접 개발하여 생산처에 제공하였음을 뒷받침하는 실질적인 입증자료에 해당한다.＜

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○ 판매정보 발췌 ＞

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○＜청구법인이 취득한

○

○

○에 대한 특허내용 발췌＞

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○10) 이와 같이 청구법인이 원재료의 품명, 성분비, 용량이 구체적으로 기재된 원재료 명세서를 생산처에 제공하였고, 원재료에 대한 비용을 전부 부담할 것을 조건으로 제품을 매입한바, 원재료를 직접 제공한 경우와 동일한 손익 효과를 가지므로, 한국표준산업분류상 위탁제조업의 요건을 충족한 것이다.11) (자기명의로 제조 및 자기책임 아래 판매) 「식품위생법」제36조 및 동법 시행령 제21조는 식품 또는 식품첨가물에 관한 영업을 제조업, 가공업, 운반업, 판매업, 보존업 등으로 구분하고, 각 영업의 세부 종류에 따라 별도의 요건과 의무를 부여하고 있다.

이 중 「식품위생법」 상 식품소분·판매업의 하위 유형인 “유통전문판매업”은 “식품제조·가공업자 등에게 의뢰하여 제조·가공한 식품을 자신의 상표로 유통·판매하는 영업”으로 정의되어 있다.12)「식품 등의 표시·광고에 관한 법률」제4조에서 식품에 대하여 제품명, 원재료명, 영업소의 명칭 및 소재지 등을 표시하도록 하고 있고, 이에 대한 세부사항을 규정한 식품등의 표시기준은 “유통전문판매업자”의 경우 자신의 영업소 명칭·소재지를 표시하는 동시에, 해당 식품을 실제 제조한 제조업자의 명칭 및 소재지를 함께 표시하여야 한다고 명확히 규정하고 있다.13)「식품위생법」제37조에 따르면, 해당 영업허가를 득한 제조업ㆍ가공업자가 식품 또는 식품첨가물을 제조ㆍ가공하는 경우 그 사실을 보고를 하도록 되어 있으며, 식품안전나라에는 이러한 품목제조보고를 이행한 식품 등이 등록된다.

즉, 품목제조보고는 제조시설을 보유하고 직접 생산하는 제조업자만 이행할 수 있으므로, 위탁제조 구조에서는 유통전문판매업자를 위하여 수탁 제조업체가 자기 명의로 품목제조보고를 하는 것이 법이 정한 정상적인 절차이다.14) 따라서,

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○

○의 품목제조보고가 A 명의로 이루어지고, 그 결과 식품안전나라에 A가 인허가업체로 표시되는 것은 관련 법령에 따른 필연적 결과일 뿐, 해당 제품의 실질적 기획, 제조 및 유통의 주체를 의미하지 않는다.15) AA이라는 물질은 주원료인 아르기닌의 효과를 증강시키기 때문에 고함량 아르기닌이라는

○

○

○의 컨셉에 부합하도록 제품의 부원료에 포함시킬 계획이었으나, 최초

○

○

○ 론칭 당시에는 제대로 효과를 발휘할 수 있는 원하는 함량의 L-시트룰린이 포함된 수박껍질추출물을 수급할 수가 없는 현실적인 제약으로 L-시트룰린을 포함하지 못했다. 하지만 이후에 L-시트룰린 비율이 높은 수박껍질추출물을 수급할 수 있게 되었고, AA 이외에도 L-오르니틴, L-아스파르트산을 추가하여 아르기닌의 활력을 기존보다 극대화하는

○

○

○ 플러스라는 제품을 출시하여 판매하고 있다.＜

○

○

○플러스 판매정보 발췌＞

○

○

○16) 청구법인은 생산처에 의뢰하여 제조한 제품을 인수(매입세금계산서)하여, 크라우드 펀딩 플랫폼

○

○

○를 통해 일반 소비자들에게 ‘

○

○

○’이라는 청구법인의 상표를 사용하여 판매하였으며, 정산서(

○

○

○ 정산 내역서)에도 그 내용 및 금액이 확인된다.17) 또한, 청구법인과 생산처가 2019년 5월에 체결한 OEM 계약서 제4조에서는 ““갑(회사)”의 위탁 의뢰에 의해 “을(생산처)”이 생산한 제품을 “을”은 계약기간 동안 “갑”의 동의없이 직접, 또는 제3자에게 위탁·판매할 수 없다”라고 규정하고 있고, 제9조에서도 “제품명은 “갑”이 독자적으로 선정한 상표를 사용하며“을”은 위 상표가 “갑”의 소유 자산임을 인정하며, 본 계약기간 중 및 종료 후에도 “을”은 위 상표 또는 그와 유사한 상표를 “갑”의 승인 없이 사용할 수 없다”라고 표시하며 제품 판매 및 상표에 대해 그 권한이 청구법인에 있음을 명시하고 있다.따라서, 청구법인이 생산처로부터 인수한 제품을 실질적으로 청구법인의 명의로 판매한 것이 명확하고, OEM계약서에 청구법인의 판매 및 상표권을 보호하는 조항이 규정되어 있는 점을 비추어 볼 때, 청구법인이 위탁제조하여 인수한 제품에 대한 온전한 판매권을 가지고 자기책임 아래 직접 시장에 판매한 것이다.(아) 처분청은 청구법인이 창업 당시 창업감면업종인 제조업을 영위하지 아니하였다는 의견이다.1) 청구법인의 2019년 귀속 법인세 및 부가가치세 신고내역에 의하면, 주 수입금액은 상품매출로 계상되어 있고, 재무제표상 제품매출이나 제조원가명세서는 존재하지 않는다.

○

○

○2) 청구법인과 A이 2019.5.10. 체결한 OEM계약서에 의하면, 상품 공급계약을 체결하면서 제품 ‘

○

○

○’의 제조 및 관련 업무를 의뢰하고 정해진 납품 가격으로 제품을 공급받기로 하였다.

○

○

○3) 청구법인은 2019년 8월 크라우드펀딩 사이트를 통하여

○

○

○을 판매하였고, 상세정보에 의하면 생산자는 제조사인 ‘A’로 나타난다.

○

○

○4) 제조사 A가 2019.5.15. 본점 소재지인 강원도 횡성군에 제출한

○

○

○의 식품·식품첨가물 품목제조보고서에 의하면, 영업소는 A이고, 원재료명 또는 성분명 및 배합비율에 청구법인이 기획하였던 ‘L-시트룰린’은 포함되지 않은 것으로 나타난다.

○

○

○5) 강원도 횡성군의 등록면허세(면허) 과세자료에 의하면, 청구법인은 2019년 5월 식품소분판매업(유통전문판매업), 2019년 9월 통신판매업, 2019년 10월 건강기능식품판매업에 대한 허가을 받은 것으로 확인되고, 통합식품안전정보망 ‘식품안전나라’에 의하면, 청구법인의 해당 영업인허가 종류는 유통전문판매업 및 건강기능식품 유통전문판매업으로 나타나고,

○

○

○의 인허가 업체는 A로 나타난다.

○

○

○6) 청구법인의 재무제표에 의하면, 2019년도부터 2021년도까지 재고자산 잔액이 0원으로 제품 및 원재료는 없고, 2022회계장부상 경상연구개발비 등 제품 기획 및 개발을 위한 비용지출 내역이나 연구전담 인력의 존재가 확인되지 않는다.7) 청구법인의 손익계산서에 의하면, 2019년도에는 상품매출이 OOO원, 2020년도에는 제품매출이OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원으로 나타난다.8) 청구법인의 제조원가명세서에 의하면, 원재료비가 2019년도 0원, 2020년도 OOO원, 2021년도 OOO원, 2022년도 OOO원으로 나타난다.9) (생산할 제품 직접 기획) 청구법인의 기획안에는 AA이 제품 특징으로 기재되어 있는 반면, 제조사 A를 통해 생산된 제품의 정보에는 해당 성분이 포함되어 있지 않았고, 이를 뒷받침할 연구개발비 지출 내역이나 전문 연구 인력의 현황 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 단순히 제품의 콘셉트를 제시한 것만으로는 고안 및 디자인, 원재료 구성 설계 등 제조의 본질적 기능을 수행했다고 볼 수 없기에 제조업의 요건을 충족한다고 볼 수 없다.10) (자기계정으로 원재료 구입) 청구법인의 경우, 설립 당시 등기사항증명서에 제조업이 아닌 식품 유통 및 판매업, 상품 종합 도소매업 등이 목적사업으로 등기되어 있고, 2019년도 손익계산서에 제품이 아닌 상품 계정과목으로 표시한 것이 확인되었으며, 제조 공정을 통제할 수 있는 구체적인 원가 데이터(BOM 등) 없이 단순히 완제품을 공급받은 것에 불과하므로 청구법인이 원재료를 자기계정으로 구입하였다고 보기 어렵다.

(11) 청구법인은 제조사에 원재료비를 포함한 완제품 대금을 지급하였을 뿐 자기계산과 책임으로 원재료를 별도 구입하여 제공한 사실이 없고 계약서상 비용 증가시 협의 조항은 일반적인 납품 단가 조정 약정일 뿐, 원재료의 가격 변동 위험을 청구법인이 전적으로 부담하는 자기계정 제공으로 볼 수 없어 제조업이 아닌 전형적인 도소매업의 사업 형태일 뿐이다.(12) (자기명의로 제조 및 자기 책임 아래 판매) 청구법인은 식품소분판매업, 통신판매업, 건강기능식품판매업에 대한 허가만을 보유한 상태에서 A로부터 공급받은

○

○

○을 크라우드펀딩 사이트를 통해 판매하면서 상세정보에 생산자를 A로 기재하였고, 식품안전나라에서 제공하는

○

○

○의 인허가 업체명은 A로 조회되므로

○

○

○을 청구법인의 명의로 제조하기 어려운 점 등을 보면 제조업의 조건을 충족한 것으로 볼 수 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 쟁점부동산 취득에 대하여「지방세특례제한법」제58조의3 제2항 제1호의 취득세 감면이 적용되기 위해서는, 청구법인이 같은 조 제4항에서 열거하고 있는 업종 중 하나를 경영하는 중소기업이자, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업으로서 창업일, 즉 설립등기일부터 3년 이내에 동법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 “창업벤처중소기업”이어야 하고, 최초로 벤처기업으로 확인받은 날부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 경우에 해당하여야 한다.(나) 여기서「지방세특례제한법」제58조의3 제4항 각 호의 업종을 경영하는지 여부는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따라 판단하여야 하는 것으로, 제조업을 “원재료(물질 또는 구성요소)에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동”으로, “단순히 상품을 선별·정리·분할·포장·재포장하는 경우 등과 같이 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않는 처리활동은 제조활동으로 보지 않는다”고 규정하고 있고, 자기가 특정 제품을 직접 제조하지 않고 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 한 후 이를 인수하여 판매하는 경우, ① 생산할 제품을 직접 기획(성능 및 기능 수준, 고안 및 디자인, 원재료 구성 설계, 견본 제작 등) 하고 ② 자기계정으로 구입한 원재료를 계약 사업체에 제공(원재료 명세서를 제공하고 그 비용을 자기계정으로 부담하는 경우 포함)하여 ③ 그 제품을 자기명의로 제조하게 하며 ④ 이를 인수하여 자기책임 아래 직접 시장에 판매한다면 제조업을 영위하는 것으로 볼 수 있다고 규정하고 있다.(다) 처분청은 청구법인이 제조업(OEM)을 영위하지 아나하여 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인은 창업시부터 심판청구일 현재까지

○

○

○이라는 제품을 동일한 생산처와 품목으로 위탁제조하고 있으며, 청구법인이 2019년도에 발생한 매출을 상품매출로 장부상에 계상하여 이를 법인세 신고시 업종구분을 도소매로 기재하여 신고하였으나 이는 단순 착오에 해당하고, 2020년부터는 이를 제품매출로 하여 장부상에 계상하여 법인세를 신고하고 있으며, 2023년 외부 회계감사 통해 회계기준에 따른 원부재료(재고), 제품매출 회계처리가 적정하다고 인정받은 점, 청구법인은 설립일 전부터 창업 준비를 위하여 청구법인의 제품인

○

○

○의 성능 및 기능 수준, 원재료의 구성을 직접 기획하였고, 청구법인의 제품인

○

○

○의 주원료는 아르기닌이며, AA, 비타민C 등은 부원료이고,

○

○

○ 출시 당시에 일시적으로 수박추출물 수급 문제가 있었으나, 이후 AA을 추가하였으며, 청구법인이

○

○

○ 상표권 및 피로회복 및 성기능 개선용 조성물 특허권을 소유하고 있어 청구법인이

○

○

○ 제품을 직접 기획한 것으로 보아야 하는 점, 서울대학교 약대 출신인 대표이사가 원부재료 성분, 배합비율 등을 직접 연구개발하였고, 원부재료 품명, 배합비율, 단가, 용량을 구체적으로 기재하였으며, 청구법인이

○

○

○을 생산하는 과정에서 원재료 가격변동분, 미판매분 등 재고 위험을 모두 부담하였고, 청구법인은 생산처에 세부 원재료 성분 및 배합비율을 제공하여 생산을 의뢰하였으며, 창업 당시 직접

○

○

○ 제품을 기획하였기 때문에 관련 비용은 회계장부상 외주비용이 아닌 자체 인건비로 반영되었고, 계약상 원재료 및 부재료, 제조가공비 등과 관련된 위험을 부담하면서 관련 비용을 제품 가격에 포함하여 지출한 점, 청구법인은 건강기능성 제품인

○

○

○을 청구법인 명의로 제조하였고, 생산자를 생산업체로 기재한 것은 식품등 표시 법률, 식품등 표시기준 등 관련 법규에 따라 기재한 것으로, 한국표준산업분류상 OEM 제조업 요건과 무관하고, 식품안전나라에

○

○

○ 인허가업체를 생산업체로 기재한 것은 식품위생법상 표시 규정에 따른 것으로 청구법인으로 기재하는 경우 관련 법령에 저촉되는 점, 청구법인이

○

○

○ 상표권 및 피로회복 및 성기능 개선용 조성물 특허권을 소유하고 있고, OEM계약서에서 청구법인의 동의 없이 직접·위탁판매가 불가능하여 청구법인이 생산된 제품의 독점적 권한을 소유하고 있는 점, 청구법인은 생산처에 의뢰하여 제조한 제품을 인수하여, 크라우드 펀딩 플랫폼

○

○

○를 통해 일반 소비자들에게

○

○

○이라는 청구법인의 상표를 사용하여 판매하였고, 정산서에도 그 내용 및 금액이 나타나므로 청구법인이 위탁제조하여 인수한 제품에 대한 온전한 판매권을 가지고 자기책임 아래 직접 시장에 판매한 점 등에 비추어 청구법인은 창업당시부터 심판청구일 현재까지 제조업(OEM)을 영위하는 창업벤처중소기업에 해당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ② 2023년 12월 31일까지 창업하는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

2. 제조업(2) 지방세특례제한법 시행령제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일④ 법 제58조의3 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)(3) 벤처기업육성에 관한 특별법제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.1.「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것다.

벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4 제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 “벤처기업확인위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다.

이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

(4) 한국표준산업분류1. 정의제조업이란 원재료(물질 또는 구성요소)에 물리적, 화학적 작용을 가하여 투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동을 말한다. 따라서 단순히 상품을 선별·정리·분할·포장·재포장하는 경우 등과 같이 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않는 처리활동은 제조활동으로 보지 않는다. 이러한 제조활동은 공장이나 가내에서 동력기계 및 수공으로 이루어질 수 있으며, 생산된 제품은 도매나 소매 형태로 판매될 수도 있다.

3. 타산업과 관계자. 자기가 특정 제품을 직접 제조하지 않고, 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하고, 이를 인수하여 판매하는 경우에는 다음 4가지 조건이 모두 충족되면 제조업으로 분류한다.1) 생산할 제품을 직접 기획(성능 및 기능 수준, 고안 및 디자인, 원재료 구성 설계, 견본 제작 등) 하고,2) 자기계정으로 구입한 원재료를 계약 사업체에 제공(원재료 명세서를 제공하고 그 비용을 자기계정으로 부담하는 경우 포함)3) 그 제품을 자기명의로 제조하게 하고,4) 이를 인수하여 자기책임 아래 직접 시장에 판매하는 경우(5) 식품위생법제36조(시설기준) ② 제1항 각 호에 따른 영업의 세부 종류와 그 범위는 대통령령으로 정한다.④ 다음의 영업을 하려는 자는 총리령으로 정하는 시설기준에 맞는 시설을 갖추어야 한다.

1. 식품 또는 식품첨가물의 제조업, 가공업, 운반업, 판매업 및 보존업제37조(영업허가 등) ⑥ 제1항, 제4항 또는 제5항에 따라 식품 또는 식품첨가물의 제조업ㆍ가공업의 허가를 받거나 신고 또는 등록을 한 자가 식품 또는 식품첨가물을 제조ㆍ가공하는 경우에는 총리령으로 정하는바에 따라 식품의약품안전처장 또는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 그 사실을 보고하여야 한다. 보고한 사항 중 총리령으로 정하는 중요한 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

(6) 식품위생법 시행령제21조(영업의 종류) 법 제36조 제2항 각 호에 따른 영업의 세부 종류와 그 범위는 다음 각 호와 같다.

1. 식품제조ㆍ가공업: 식품을 제조ㆍ가공하는 영업5. 식품소분ㆍ판매업가. 식품소분업: 총리령으로 정하는 식품 또는 식품첨가물의 완제품을 나누어 유통할 목적으로 재포장ㆍ판매하는 영업나. 식품판매업3) 유통전문판매업: 식품 또는 식품첨가물을 스스로 제조ㆍ가공하지 아니하고 제1호의 식품제조ㆍ가공업자 또는 제3호의 식품첨가물제조업자에게 의뢰하여 제조ㆍ가공한 식품 또는 식품첨가물을 자신의 상표로 유통ㆍ판매하는 영업(7) 식품 등의 표시ㆍ광고에 관한 법률제4조(표시의 기준) ① 식품등에는 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 표시하여야 한다. 다만, 총리령으로 정하는 경우에는 그 일부만을 표시할 수 있다.

1. 식품, 식품첨가물 또는 축산물가. 제품명, 내용량 및 원재료명나. 영업소 명칭 및 소재지다. 소비자 안전을 위한 주의사항라. 제조연월일, 유통기한 또는 품질유지기한마. 그 밖에 소비자에게 해당 식품, 식품첨가물 또는 축산물에 관한 정보를 제공하기 위하여 필요한 사항으로서 총리령으로 정하는 사항(8) 식품등의 표시기준[별지1] 표시사항별 세부표시기준나. 업소명 및 소재지1) 업종별 업소명 및 소재지의 표시사항은 다음과 같다.나) 유통전문판매업: 영업신고 시 신고관청에 제출한 업소명 및 소재지(또는 반품교환업무를 대표하는 소재지)를 표시하고 해당 식품의 제조ㆍ가공업의 업소명 및 소재지를 함께 표시하여야 한다.(예시)- 유통전문판매업소: 업소명, 소재지- 제조업소: 업소명, 소재지

서울특별시 강남구청장이 2025.10.23. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

「지방세특례제한법」 제58조의3,「지방세특례제한법 시행령」 제29조의2