「지방세특례제한법」 제11조 제2항에 따라 이 건 부동산에 대해 취득세를 경감받은 청구법인(농업법인)이 일반법인으로 법인을 변경한 경우 같은 조 제3항 제2호에 따른 취득세 추징 대상에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2018.5.14. 농산물의 생산·유통·가공·판매 등을 목적으로 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인(이하 “농업법인”이라 한다)을 설립하여 2020.9.24. 경상남도 남해군 OOO 외 1필지 토지 6,130㎡, 건물 6,617.46㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세특례제한법」 제11조 제2항의 규정에 따른 ‘농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 취득세 100분의 50 감면율을 적용하여, 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “종전 취득세 등”이라 한다)를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2021.9.5. 법인 형태를 농업법인에서 일반법인인 주식회사 A으로 변경하고, 목적사업 중 태양광 발전사업 등을 추가하였으며, 처분청은 이를 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제2호 규정에 의거 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’로 보아, 2025.9.17. 감면받은 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)를 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.19. 이의신청을 거쳐 2026.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 2018.5.14. 설립된 농업법인으로서, 종전 사업장이 2013년 기업회생을 거쳐 2016년 경매절차에 회부되자, 2020.6.15. 법원 경매를 통하여 이 건 부동산을 낙찰받아 매수한 후 종전과 동일한 농산물 저온창고·집하장·선별장·판매장 등 산지유통사업을 계속하여 추진해왔다.이 건 부동산은 준공 후 10년이 경과하여 건물 옥상에 누수가 발생하였고, 이를 위한 방수공사와 함께 건물 옥상(770평, 400kW로 월 수익 일천만원이 발생하여 경영에 결정적 역할 가능)을 태양광발전사업으로 활용하고자 하였으나, 농림축산식품부의 지침에 따라 직영은 불가능하였으며, 이에 따라 청구법인은 우기 전 방수공사를 시행하는 것을 전제로 2020년 12월 건물 옥상을 태양광 발전사업자에게 임대하였고, 그 임차사업자가 2021년 8월 무렵까지도 사업을 개시하지 아니하자, 부득이 직영으로 전환하기 위하여 2021.9.5. 법인 형태를 농업법인에서 일반법인으로 변경하게 된 것이며, 이는 당초부터 해당 건물을 다른 용도로 사용할 목적이 있었던 것이 아닌 임차인의 채무불이행이라는 외부 사정에 기인한 것이었다.농림축산식품부는 농업법인의 태양광 발전사업 영위를 금지하는 지침을 시행하면서도 축산농가의 축사 지붕 태양광 발전사업은 허용하는 등 지침을 일관되도록 시행하지 아니하였고, 청구법인은 이 건 부동산에서 태양광 발전사업을 직접 수행하기 위하여 일반법인으로 전환하는 것 외에 다른 선택지가 없었던 것이므로, 이러한 부득이한 사정을 고려하지 아니한 채 법인 형태의 변경 그 자체만을 이유로 추징사유가 발생하였다고 보는 것은 실질과세의 원칙에 반한다.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」이 그 명칭에서부터 농업경영체에 대한 지원을 예정하고 있고, 같은 법 제2조 제3호는 농업경영체를 농업인과 농업법인으로 정의하고 있음에도, 정작 태양광 발전사업에 있어서는 축사를 소유한 농업인의 지붕에는 이를 허용하면서 유독 농업법인이 소유한 사업장의 옥상에 대하여는 이를 금지하는 등 지원의 대상과 실제 규제의 적용에 있어 일관성을 결여하고 있는바, 이 건 부동산 옥상은 그 면적이 770평에 이르러 상당한 규모의 태양광 발전사업이 가능하여 청구법인의 경영상 어려움을 해소하는 데 결정적인 도움이 될 수 있었던 시설임에도 이를 활용하지 못하도록 하는 행정의 모순으로 인하여 부득이 법인의 형태를 변경하게 된 것일 뿐, 청구법인이 이 건 부동산을 그 설립 목적인 산지유통사업 외의 용도로 사용하고자 하는 의도는 전혀 없었다.청구법인은 법인 전환 이후에도 이 건 부동산을 농산물 저온창고·선별장·집하장·가공시설 등 그 설립 목적에 맞는 용도로 계속 사용하였고, 태양광 발전시설은 위와 같은 사업장의 목적에 직접 제공되지 아니하는 건물 옥상의 일부에 설치된 것에 불과하여 오히려 옥상 보호에 유익할 뿐 사업장의 본래 용도 수행에 어떠한 지장도 초래하지 아니하는바, 이처럼 사업 목적과 무관한 옥상의 일부 사용만을 근거로 이 건 부동산 전체를 다른 용도로 사용한 것으로 보아 감면세액 전액을 추징하는 것은 비례의 원칙에 반하고, 이 건 부동산은 2010년 국비 등 보조금 OOO원이 투입되어 건립된 산지유통시설로서 그 관리·감독의 대상은 개별 사업자가 아니라 그 시설물 자체에 있다고 봄이 타당함에도, 처분청은 이 건 부동산 취득 이후 시설의 정상적인 가동을 위한 어떠한 지원이나 조치도 취하지 아니한 채 세액 추징에만 나아간 것으로서 부당하다.더욱이 정부의 농산물 유통구조 개선 정책이 거듭 실패하면서 청구법인이 상당한 경제적 어려움을 겪고 있는 점, 이 건 부동산이 소재한 경상남도 남해군 일대의 부동산 가격이 수도권과의 격차가 극심하게 벌어져 온 지역경제 여건에 비추어 이 건 부동산은 이미 재산적 가치를 사실상 상실한 시설물에 해당한다고 볼 수 있는 점까지 아울러 고려한다면, 이 사건 감면세액 추징에 있어서는 비례의 원칙이 한층 더 엄격하게 적용되어야 함에도 처분청이 이러한 사정을 전혀 반영하지 아니한 채 감면세액 전액을 추징한 것은 부당하다.이 건 부동산의 취득일은 2020.9.24.이고, 태양광 발전사업의 사업개시(준공)일은 3년이 경과한 2024.5.2.(실제 사업개시일은 2024.10.30.)이며, 태양광발전사업의 수익은 2027년 10월까지 옥상방수공사비로 대체하고, 이를 통한 실질적인 수익은 이후 발생할 예정인바, 설령 태양광 발전사업을 다른 용도로 사용한 것으로 보더라도 이는 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제2호가 정하는 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우”에 해당하지 아니하므로, 이를 근거로 처분청이 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 더욱 엄격하게 해석함이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조).「지방세특례제한법」 제11조 제2항은 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 100분의 50을 감면하도록 하고, 같은 조 제3항은 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나(제1호), 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호) 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 여기서 ‘해당 용도로 직접 사용’이란 그 부동산의 소유자 또는 사실상의 취득자 지위에서 현실적으로 이를 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하고, 면제 조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결).감면추징 유예기간 내에 농업법인에서 일반법인으로 그 형태가 변경된 경우에는 그 법인이 감면대상 물건을 취득한 후 이를 영농·유통·가공이라는 감면대상 용도에 계속 사용하고 있다고 하더라도 그 법인 자체가 유예기간 내에 ‘해당 용도’에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하여 추징대상이 되는바(행정안전부 지방세운영과-1448, 2010.4.9.), 이는 농업법인이 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 농업의 경영 및 그 관련 사업으로 사업범위가 제한적으로 인정되는 등 일반법인과 그 설립목적·출자한도·부대사업 등에서 구별되고, 예외적인 농지 소유 허용 및 조세감면 등의 혜택을 부여받는 특수법인이라는 점을 고려할 때 더욱 그러하다.따라서, 청구법인은 농업법인의 지위를 상실한 이후에는 이 건 부동산이 청구인의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 추징 유예기간 내 추징 사유가 발생하였다고 봄이 타당하며, 이 건 부동산이 영농·유통·가공에 필요한 농산물 유통시설로 사용되고 있다고 하여 달리 보기는 어렵다고 판단된다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점「지방세특례제한법」 제11조 제2항에 따라 이 건 부동산에 대해 취득세를 경감받은 청구법인(농업법인)이 일반법인으로 법인을 변경한 경우 같은 조 제3항 제2호에 따른 취득세 추징 대상에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 종전 취득세 등 신고 당시 청구법인이 제출한 등기사항전부증명서, 정관 등에 따르면, 2018.5.14. 농산물의 생산·유통·가공·판매 등 사업을 위해 농업회사법인 주식회사 A으로 설립등기된 사실이 확인된다.＜ 종전 취득세 등 신고시 청구법인 등기사항전부증명서 ＞

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○＜ 청구법인 정관 일부 발췌 ＞

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○(나) 청구법인은 2020.6.15. 창원지방법원 진주지원으로부터 이 건 부동산을 경락받아 2020.9.24. 이 건 부동산을 취득한 후, 「지방세특례제한법」 제11조 제2항의 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세 100분의 50 감면율을 적용하여 종전 취득세OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 신고·납부한 사실이 확인된다.＜ 창원지방법원 진주지원 매각허가결정(창원지방법원 2017타경5616 등, 2020.6.15.) ＞

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○＜ 이 건 부동산 취득 영수증 ＞

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○＜ 이 건 부동산 취득세 기한 내 신고서＞

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○＜ 지방세 비과세(감면) 통지서 ＞

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○(다) 2019.3.26. 청구법인이 농업법인의 태양광발전 사업 허용 여부에 대해 농림축산식품부로부터 회신받은 내용에 따르면 농업법인은 태양광발전 사업이 허용되지 아니한다는 사실이 확인된다.＜ 농림축산식품부 민원 처리결과 안내 공문 ＞

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○(라) 청구법인의 변경된 등기사항일부증명서에 따르면, 청구법인은 2021.9.5. 상호를 ‘농업회사법인 주식회사 A’에서 ‘주식회사 A’으로 변경하였고, 기타 농업회사 법인의 제2조의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업 등 일부를 삭제하였으며, 태양광 발전사업 및 매전업 등을 목적사업으로 추가하여, 2021.9.16. 등기한 사실이 확인된다.＜ 청구법인 등기사항일부증명서(말소사항 포함) ＞

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○(마) 청구법인은 2024.10.30. 이 건 건축물 옥상 태양광발전시설과 관련하여 임차인 OOO, OOO, OOO 등과 임대차 계약을 체결하였던 사실이 확인된다.＜ 청구법인 옥상 임대 계약서 ＞

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○(바) 처분청은 2025년 경상남도 비과세·감면 실태조사 결과 청구법인에게 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제2호에 따른 취득세 추징사유가 발생하였다고 보아 2025.6.16. 과세예고통지하였고, 청구법인은 2025.7.14. 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청은 2025.9.15. 불채택결정을 하였으며, 처분청은 2025.9.17. 취득세 OOO원 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함) 이 건 취득세 등을 부과하였다.＜ 처분청 출장보고서 현장사진(2025.11.25.) ＞

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」 제11조 제2항은 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제2항에 따른 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 하면서, 같은 항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를, 같은 항 제2호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를, 같은 항 제3호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우를 각 규정하고 있다.(나) 한편, 농업법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따라 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자 또는 농업인의 농작업을 대행하는 등의 목적으로 설립되는 특수법인으로서, 같은 법 시행령 제18조에 따라 농업인 등 이외의 자의 출자에 한도가 있는 등 일반법인과는 그 설립목적·출자한도 등에서 구별되는바,이러한 농업법인이 어느 부동산을 ‘해당 용도로 직접 사용’한다고 함은 그 부동산의 소유자 또는 사실상의 취득자 지위에서 현실적으로 이를 농업법인으로서의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하고, 「지방세특례제한법」 제11조에서 규정하는 농업법인의 취득세 감면요건의 구비 여부나 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결, 같은 뜻임).(다) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 2020.9.24.부터 3년이 경과하지 아니한 2021.9.5. 농업법인에서 일반회사로 법인이 전환된 이후에도 여전히 농산물 저온창고·선별장·집하장 등 설립 목적대로 이용되고 있으므로, 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제2호에서 규정하는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하지 아니한다고 주장하나,청구법인은 이 건 부동산의 취득 당시의 취득자 지위인 ‘농업법인’의 지위에서 이를 영농·유통·가공이라는 고유업무에 직접 사용하는 상태를 유지하지 못하게 되었고, 이는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 ‘다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다고 판단되는바, 같은 법 제11조 제3항 제2호에 따른 취득세 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하다.(라) 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법 (2020.8.12. 제17474호로 일부 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2020년 12월 31일까지 경감한다.1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우(2) 지방세특례제한법 시행령 (2020.1.15. 제30355호로 일부개정된 것)제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조제 1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 “농업경영정보 등록”이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.

② 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 농지, 임야 및 농업용 시설의 소재지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다) 외의 지역인 것을 말한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 (2020.2.11. 제16965호로 일부개정된 것)제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령제18조(농어업인 등이 아닌 자의 출자한도) ① 법 제19조제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다.

1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 902. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액② 법 제19조제4항에 따라 어업인 또는 어업생산자단체가 아닌 자가 어업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다.

1. 어업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 902. 어업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액