쟁점비용(공동사업운영비)을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함시킨 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2023.6.28. 경기도 수원특례시 OOO 소재 건축물(259,370.8㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득(원시취득)한 후, 같은 날 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세법」(2023.3.14. 법률 제19230호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 817,482,330원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 건 건축물의 취득세 과세표준이 과소신고·납부되었다는 이유로 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 산정하여 2024.10.15. 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 공동사업운영비 등 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)의 경우 이익분배금 성격에 해당하므로, 이 건 건축물 취득세 과세표준에 포함되지 않는다는 취지로 2025.1.10. 이의신청을 거쳐, 2025.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 주식회사 A(이하 “A”이라고 한다)과 관리형토지신탁계약을 체결한 신탁사이고, A은 경기도 수원시 OOO 일대에 민간공원을 조성하는 ‘수원시 OOO사업’(이하 “이 건 조성사업”이라 한다)을 시행하기 위해 설립된 특수목적법인이다.A은 이 건 조성사업 시행을 위해 2016.8.3. 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)과 공동사업 약정을 체결하였고, 그 약정서에 따르면 A과 B은 이 건 조성사업의 이익 및 손실(이하 “이익분배금”이라 한다)을 5:5로, 사업운영비도 5:5로 배분하는 것으로 하였는바, A이 B에게 지급한 쟁점비용은 이익분배금에 해당하는 금액이므로, 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

(2) 이익분배금은 건축물의 신축을 위한 공사대금이라기 보다는 일반분양가 상승에 따른 것으로서 건축물 자체의 가격은 물론 건축물 취득을 위한 간접비용이라고도 보기 어렵다(조심 2023지835, 2023.4.3., 같은 뜻임).조세심판원에서 이익분배금의 경우 건축물의 취득가격이 아니라 초과이익금 발생에 따른 인센티브의 성격으로 보는 것이 타당하다고 결정(조심2025지457, 2025.9.18.)하는 등 일관되게 이익분배금을 건축물의 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단하고 있다.따라서, 쟁점비용이 이익분배금 성격의 금액인 이상, 쟁점비용은 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함될 여지가 없다 할 것이다.

(3) 쟁점비용은 이익분배금에 해당한다.(가) 처분청은 공동사업약정서 상 이 건 조성사업에 대하여 A과 B이 모든 업무를 공동수행하는 것으로 규정되어 있으므로, 쟁점비용도 사업운영비의 명목으로 지급된 것이라는 의견이다.그러나, A과 B이 2016.8.3. 작성한 공동사업약정서에 따르면, 제4조에서 사업수익 및 운영비의 배분에 대하여 규정하고 있고, 제6조에서 이익분배금의 배분방법 및 시기를, 제7조에서 사업운영비의 배분방법 및 시기를 규정하고 있다.위와 같이 A이 B에게 지급한 이익분배금과 사업운영비는 공동사업약정서 제6조 및 7조에 따라 명확하게 구분되어 있고, 사업운영비에 해당하는 금액은 이미 취득세 과세표준에 포함되어 있는 점을 볼 때, 쟁점비용은 사업운영비와 별개로 이 건 조성사업 준공 후 이익분배금 정산과 관련된 금액에 해당한다.(나) 처분청은 A이 쟁점비용을 용역비로 회계처리 하였으므로, 이는 공동사업운영비에 해당한다는 의견이다.A은 2022∼2023년도 말에 쟁점비용을 분양제조원가(지급수수료)로 회계처리하였으나, 이는 일반기업회계기준에 따라 회계처리한 것으로서 해당 회계처리로 인해 이익분배금의 성격이 바뀌는 것도 아니고, 오히려 A은 법인세 신고서 상 쟁점비용을 이익분배금으로 보아 손금불산입의 세무조정(기타사외유출)을 한 점을 볼 때, 쟁점비용이 사업운영비 명목으로 지급되지 않았다는 반증이 될 것이다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점비용은 이익분배금이 아닌 사업운영비에 해당하므로, 이 건 건축물 취득세 과세표준에 포함되어야 한다.(가) 공동사업약정서 제3조 제1항에 따르면, A은 이 건 조성사업 주체로서 부지확보 및 사업의 인허가를 득하는 업무를 수행하고, 같은 조 제2항에서 B은 ① 이 건 조성사업 주체로서 행하는 모든 업무의 공동 수행, ② Bridge Loan, PF대출 등 자금 조달, ③ 제안서 작성(설계, 재정능력평가 등), ④ 사업타당성 분석, ⑤ 대관업무 지원 ⑥ 사업의 기본설계 및 실시설계, ⑦ 분양가 산출, ⑧ 계약자 관리, 입주 관리, ⑨ 공사도급협약, 공사도급계약 적정성 검토, ⑩ 법률 검토 등 업무 일체를 수행한다고 되어있으며, 이익(및 손실) 배분시기는 금융기관의 대출금 및 시공사의 공사비 상환이 완료된 시점에 정산하여 배분한다고 하고 있다.또한, 같은 약정서 제7조 제1항에서 A은 PF대출 실행 시점부터 제4조 및 제6조에 따른 이익 및 손실의 배분이 완료되는 시점까지 이 건 조성사업의 사업비에서 매월 지급받는 사업운영비의 50%를 B에게 매월 현금으로 지급한다고 기재되어 있다.(나) 위의 공동사업약정서를 종합하여 볼 때, A은 B에게 약정서 제3조에 따른 업무를 수행하는 조건으로 제7조에 따라 사업운영비의 50%를 매월 지급하여 온 것으로 보이는 점,A의 계정별원장에서 2022년말 용역비계정 차변에 “기말수정분개 공동사업운영비”로 OOO원을 기재하였다가 분양제조로 대체하고, 2023년말 용역비계정 차변에 “기말수정분개 공동사업운영비” OOO원 기재하였다가 분양제조로 대체한 것이 확인되므로, 쟁점비용은 A이 이 건 건축물의 신축과 관련하여 필요한 용역을 제공받는 대가로 B에게 지급하는 용역비에 해당하는 것으로 보이는 점,쟁점금액의 지급시기 또한 매월 지급하는 방식이어서 대출금 상환 및 공사비 상환이 완료되기 전에 지급한 이익배분금에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점금액을 사업운영비로 보아 이 건 건축물 취득세 과세표준에 포함한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점비용을 이익분배금이 아닌 공동사업운영비로 보아 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함시킨 처분은 부당하다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 이 건 취득세 등의 부과처분과 관련된 사실관계는 아래와 같다.(가) 처분청은 2024.7.15.∼8.3. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후, 2024.10.2. 그 결과를 통보하였고, 2024.10.10. 이 건 취득세 등을 부과·고지하였으며, 청구법인은 2024.10.15. 위 취득세 납부고지서를 수령한 사실이 확인된다.(나) 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과처분에 대하여 2025.1.10. 경기도지사에 이의신청을 하였고, 경기도지사는 2025.2.27. 청구법인의 이의신청을 기각하는 결정 통지를 하였으며, 청구법인은 2025.3.6. 이의신청 결정서를 수령한 것으로 확인된다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) A은 이 건 조성사업 시행을 목적으로 2016.7.27. 설립된 특수목적법인으로서, 2017년 1월 이 건 조성사업의 사업시행자로 지정된 후 2018.1.5. 청구법인과 관리형토지신탁계약을 체결하였고, 청구법인은 해당 관리형토지신탁계약에 따라 2023.6.28. 경기도 수원시 OOO소재 토지 지상에 이 건 건축물을 신축하였으며, 같은 날 이 건 건축물에 대한 취득세를 신고·납부하였다.(나) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후, 취득세 과세표준 신고누락분을 아래 ＜표1＞과 같이 산출하였고, 해당 차인과표 OOO원에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 산출하여 취득세를 부과·고지하였다.＜표1＞ 처분청의 세무조사 결과표(단위 : 원)

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○＜표2＞ 취득세 부과내역(단위 : 원)

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○(다) 쟁점비용 외 과표누락금액에 대하여는 청구법인도 별도로 다투고 있지 아니하다.(라) A은 2016.8.3. B과 공동사업약정을 체결하였고, 그 주요 내용은 다음과 같다.

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○(다) 청구법인이 제출한 A의 회계자료에 따르면, 아래와 같은 사실이 확인된다.1) A은 2018년∼2023년까지 B에 용역비 명목으로 OOO원을 지급한 것으로 기재되어 있고, 반대계정에는 보통예금으로 기재되어 있다.2) A은 청구법인으로부터 사업운영비를 수령하면 그 금액의 50%를 공동사업비 명목으로 B에게 계좌이체 하였다는 증빙으로 아래와 같은 자료를 제출하였다.

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○3) A의 분개장을 보면, 2022.12.31. OOO원을, 2023.12.31. OOO원을 용역비로 인식한 사실이 확인되고, 그 반대계정은 미지급비용으로 기재되어 있으며, 적요란에는 기말수정분개 공동사업운영비로 기재되어 있다.(라) 청구법인은 A이 2022년도에 용역비로 인식한 OOO원은 이익분배금에 해당한다고 주장하면서, 해당 금액에 대한 산정내역을 아래 ＜표3＞과 같이 제출하였다.＜표3＞ A의 손익계산서를 기초로 한 이익분배금 산정내역

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○(마) A의 2022년도 및 2023년도 법인세 신고서(소득금액조정합계표)에 따르면, A은 2022년도 용역비 중 OOO원을, 2023년도 용역비 중 OOO원을 각각 손금불산입하고 기타사외유출로 세무조정한 것으로 확인된다.(바) A의 감사보고서 상의 손익계산서를 보면, 쟁점금액은 분양원가에 포함되어 매출원가를 구성하고 있는 것으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」제10조의4에서 부동산 등을 원시취득하는 경우 취득당시가액은 사실상 취득가격으로 한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제18조 제1항에서 사실상 취득가격이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다고 규정하면서 제4호에 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료를 명시하고 있다.또한 위탁자가 수탁자에게 관리형토지신탁 등의 형태로 토지를 신탁하고 수탁자가 그 토지상에 건축물을 신축하는 경우 그 취득자는 수탁자가 될 것이므로, 수탁자가 해당 건축물을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 간접비용의 합계액이 사실상 취득가격이 될 것이고, 여기에는 수탁자가 신탁계좌를 통해 위탁자에게 지급하는 건축물의 신축을 위한 금액은 물론, 위탁자가 건축물의 신축을 위해 별도로 지급하는 금액도 포함된다 할 것이다.(나) 먼저, 쟁점비용 중 건축공사비, 영덕초등학교 증축공사비, 에너지효율등급 본인증 비용에 대한 차인과표가 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여 살펴보면, 해당 비용은 이 건 건축물 신축을 위한 직접비용 및 간접비용에 해당하고, 청구법인도 이를 인정하고 있으므로, 처분청이 해당 비용을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(다) 다음으로, 쟁점비용 중 공동사업운영비가 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인은 해당 공동사업운영비로 기재된 비용은 사업운영비가 아닌 이익분배금이라고 주장하고, 처분청은 A이 B에게 해당 비용을 지급하면서 용역비로 회계처리하였으므로, 해당 비용은 이 건 건축물 신축을 위한 간접비용에 해당한다는 의견이다.A과 B이 작성한 공동사업약정서 제4조에서 사업운영비와 청구법인이 이익분배금이라 주장하는 사업이익 및 손실의 배분비율을, 제6조에서 사업운영비의 배분방법 및 시기를, 제7조에서 사업이익 및 손실의 배분방법 및 시기를 각각 규정하고 있고, A은 해당 약정서 제6조에 따라 B에게 사업운영비를 매달 배분하고 있으며, 해당 금액을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함하여 취득세를 신고·납부한 점,공동사업약정서 제4조 제1항을 보면, 이 건 조성사업으로 인하여 발생하는 현금, 부동산 등 일체의 잔여재산을 5:5로 동일하게 배분하되(제1호), 손실 발생 시에도 해당 손실을 5:5로 동일하게 부담(제4호)하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 사업이익 및 손실은 법인세차감전손익을 기준으로 한다고 규정하고 있는바, A은 위 규정에 따라 2022.12.31. 및 2023.12.31.에 각 사업연도 법인세차감전순이익의 50%를 공동사업운영비로 회계처리한 것으로 보이는 점,A의 2022년도 및 2023년도 법인세 신고서(소득금액조정합계표)에 따르면, A은 2022년도 용역비 중 OOO원을, 2023년도 용역비 중 OOO원을 각각 손금불산입한 후 기타사외유출로 세무조정한 것이 확인되고, 위 금액을 합한 금액이 처분청이 세무조사를 통해 정당과표로 산출한 금액과 일치하는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점비용 중 공동사업운영비는 이 건 건축물 신축을 위한 용역비라기보다는 이익분배금 성격인 것으로 보이고, 이러한 이익분배금은 이 건 건축물 자체의 가격은 물론 이 건 건축물 취득을 위한 간접비용이라고도 보기 어려우므로(조심 2025지457, 2025.9.18.), 해당 비용을 이 건 건축물 취득세 과세표준에 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.(라) 다만, 청구법인은 쟁점비용을 과세표준으로 한 이 건 취득세 등의 부과처분에 대하여 심판청구를 제기하였는바, 처분청이 차인과표로 산출한 공동사업운영비가 이 건 취득세 등 부과를 위해 산출한 취득세 과세표준을 초과한다 하더라도, 이 건 취득세 등의 부과처분을 한도로 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법(2023.3.14., 법률 제19230호로 일부개정된 것)제10조의4(원시취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 원시취득하는 경우 취득당시가액은 사실상취득가격으로 한다.② 제1항에도 불구하고 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우의 취득당시가액은 제4조에 따른 시가표준액으로 한다.

(2) 지방세법 시행령(2023.5.30., 대통령령 제33489호로 일부개정된 것)제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 하고, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 제1호, 제2호 또는 제7호의 금액을 제외한 금액으로 한다.

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료(건축 및 토지조성공사로 수탁자가 취득하는 경우 위탁자가 수탁자에게 지급하는 신탁수수료를 포함한다)② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용4. 부가가치세5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

경기도 수원시장(OOO청장)이 2024.10.15. 청구법인에게 한 취득세 등의 부과처분은 이를 취소한다.