1 완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 2 청구법인이 납부한 장애인고용부담금의 손금산입 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 1996.8.1. 설립되어 토목 및 건축공사업 등을 영위하는 회사로서, 주식회사 A(이하 “합병법인”이라 한다)와 주식회사 B(이하 “피합병법인”이라 한다)의 지분 100%를 소유한 완전모회사이다.나. ① 2019.2.28. 합병법인이 피합병법인을 무증자합병하자, 청구법인은 본인이 소유하던 피합병법인 주식의 장부가액을 감액하고 유보를 추인한 후 합병법인 주식의 장부가액 및 유보에 가산하여 2019사업연도 법인세를 신고하였다.

또한 ② 청구법인은 2019사업연도부터 2023사업연도까지 「장애인 고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다)에 따른 부담금(이하 “장애인 고용부담금”이라 한다)을 납부한 후 이를 손금에 산입하지 않고 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

다. 이후 청구법인은 ① 완전자회사 간 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸한 경우 그 취득가액을 손금으로 보아야 하며, ② 장애인 고용부담금은 제재로서 부과되는 공과금이 아니므로 손금으로 보아야 한다며 아래 ＜표1＞과 같이 과다신고한 법인세액(「조세특례제한법」 제100조의32의 과세특례에 따른 법인세 증감 등을 포함한다) 총 OOO원에 대한 경정청구를 2025.3.26. 제기하였으나 처분청은 2025.10.13. 이를 거부하였다.＜표1＞ 청구법인의 경정청구 내역

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○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 무증자합병으로 완전모회사인 청구법인이 소유한 피합병법인 주식이 소멸하는바, 그 취득가액은 합병등기일이 속하는 시점에 손금으로 산입해야 한다.(가) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호는 합병에 따라 새로이 주식을 취득했을 때 그 취득가액을 어떻게 산정할 것인지를 규정하고 있는바, 문리해석과 확장·유추해석 금지원칙에 따라 이 건 무증자합병과 같이 취득한 주식 자체가 존재하지 않을 경우에는 해당 규정을 적용할 수 없으므로 처분청의 의견대로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산할 「법인세법」 상 근거는 없다.(나) 다음과 같은 유권해석 등을 참조하면 무증자합병으로 피합병법인이 소멸하는 경우 완전모회사가 보유한 피합병법인 주식의 취득가액은 합병 시점에 손금으로 확정된다고 보아야 한다.1) 국세청은 투자주식의 전부가 무상감자되는 경우 그 장부가액을 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있고(국세청 사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16. 참조), 기획재정부는 투자주식의 전부가 무상감자된 후 피투자법인에 대한 채권이 출자전환됨에 따라 주주의 지위가 계속 유지되는 경우에도 무상감자한 주식의 가액을 손금에 산입하는 것으로 해석한 바 있다(기획재정부 재법인-87, 2004.2.5. 참조). 이 건 무증자합병으로 청구법인이 소유한 피합병법인 주식은 감자되는 것인바, 청구법인의 피합병법인 주식 취득가액을 손금으로 처리함이 타당하다.2) 기획재정부는 모법인이 연결자법인 주식을 다른 연결자법인에게 양도하여 발생한 양도손실에 대해 내부거래로서 과세를 이연한 상황에서 두 연결자법인이 무증자합병하여 피합병법인 주식이 소각되는 경우 이연된 양도손실을 합병시점에 환입하도록 해석하였다(기획재정부 법인세제과-130, 2021.3.4. 참조). 무증자합병은 과세이연된 소득이 실현되는 사건에 해당하며, 그 소득은 피합병법인 주식의 소멸과 떼어서 판단할 수 없는 점에서 청구법인이 소유한 피합병법인 주식가액은 무증자합병으로 실현되었다고 보아야 한다.반면 연결자법인이 주식의 전부를 소유한 다른 연결자법인의 주식을 모법인에 양도하고 그 차익을 과세이연한 경우로서 연결자법인 간 합병이 이루어지고 모법인이 피합병법인의 주식을 반납하고 합병법인의 주식으로 교부 받는 등 무증자합병이 아닌 경우에는 이연된 양도손익을 환입하지 않는다고 해석하였다(기획재정부 서면-2015-법령해석법인-2397, 2016.4.6. 참조). 이는 양도손익이연자산인 모법인이 소유한 피합병법인의 주식이 합병으로 소멸되더라도 합병법인의 주식의 신주가액이 되어 멸실되지 않았다고 판단한 것이다.

「법인세법 시행령」 제120조의18 제5항에 따르면 연결납세 적용 법인 간의 내부거래 손익은 양도손익이연자산이 감가상각, 양도, 소각 등에 따라 장부에서 제거되는 시점에 환입되는바, 기획재정부는 연결자회사 간 무증자합병을 내부거래 손익이 확정되는 거래로 판단한 것으로 이해된다.3) 기획재정부는 자회사가 다른 자회사에 무증자합병 되어 모회사가 보유한 피합병법인 주식이 전부 소멸된 경우 합병등기일이 속하는 사업연도에 모회사의 피합병법인 주식가액을 손금산입하는 것으로 해석(기획재정부 법인세과-344, 2022.8.29. 참조)했으며, 국세청은 완전자회사 간 합병을 하는 경우로서 합병법인이 합병신주를 교부하지 않는 방식으로 피합병법인을 흡수합병하는 경우 합병 전 완전모회사이 피합병법인 주식의 손상평가와 관련하여 손금불산입한 금액은 완전모회사의 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금산입하는 것으로 해석(국세청 사전-2020-법령해석법인-170, 2020.3.30. 참조)하였다.(다) 이상을 종합하면, 무증자합병이 있는 경우 청구법인이 피합병법인의 주주로서 가지는 권리가 사실상 소멸하므로 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식가액은 손실로서 실현되었다고 봄이 상당하며, 동 금액은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 「법인세법」에서 규정한 손금불산입 항목에 해당하지 않으므로 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금으로 산입되어야 한다.

(2) 장애인 고용부담금은 법령상 의무 불이행에 대한 ‘제재’가 아니므로 구 「법인세법」(2024.12.31. 법률 제20613호로 일부 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 “구 법인세법”이라 한다) 제21조 제5호가 적용되지 않아 손금에 해당한다.(가) 「법인세법」 상 손금이란 자본의 환금, 잉여금의 처분 및 법령에서 규정한 손금불산입 항목을 제외하고 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비이며, 손비는 법률에서 달리 정하는 것을 제외하고는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이다.「법인세법 시행령」에서 제세공과금은 원칙적으로 손비에 해당하는 것으로 정하고 있고, 예외적으로 손금에 산입하지 않는 항목으로서 구 법인세법은 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금을 들고 있다.

즉, 공과금이 손금불산입 대상이 되기 위해서는 법령에 따른 의무 불이행과 이에 대한 제재라는 두 가지 요건을 모두 만족해야 한다. 판례 역시 공과금은 사업경비의 성격을 띠는 것이므로 손금에 산입됨이 원칙이며, 예외적으로 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것이 「법인세법」의 본질 및 구조에 부합하고(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결 등 참조), 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 해당 규정의 문언에 따라 엄격하게 해석할 필요가 있다(서울행정법원 2023.5.23. 선고 2022구합65757 판결 참조)라고 판시하였다.

따라서 장애인 고용부담금이 ‘제재’의 성격을 갖는지 여부는 그 목적, 성격, 부과요건 등을 면밀히 따져 판단해야 한다.(나) 「국세기본법」은 “공과금이란 「국세징수법」에서 규정하는 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세등 및 이에 관계되는 가산금 및 체납처분비를 제외한 것”으로 규정하고 있고, 장애인고용법 제37조는 “고용노동부장관은 부담금등을 납부의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다”, “제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부기한까지 부담금등을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다”고 규정하고 있다.

따라서 장애인 고용부담금은 「국세기본법」 및 「법인세법」 상의 ‘공과금’에 해당한다.장애인 고용부담금은 사업주가 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용한 경우 장애인고용법 제33조에 따라 산출된 금액을 납부하도록 한 것으로서, 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 특별부담금’에 해당한다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2003.7.24. 전원재판부 결정 참조). 즉 장애인 고용부담금은 사회연대책임에 따라 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 사업주 간에 평등하게 조정하기 위한 공동 갹출금의 성격으로서, 의무 위반에 대한 국가의 ‘제재’보다는 각 사업주의 사업경비 조정에 가깝다.최근 다수의 판례도 장애인 고용부담금은 ‘제재’와 독립적으로 부과되는 금전지급의무 성격이 강하고, 사업에 수반되는 사업경비의 성격을 가지며, 제재처분의 일반적 부과요건인 책임요건을 고려하고 있지 않다는 점에서, 의무위반에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 단정하기 어렵다고 판시하였다(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809 판결 등 참조).(다) 장애인 고용부담금은 ‘제재’의 본질적인 요소인 귀책사유에 대한 고려가 없다.

벌금, 과태료 등 일반적인 ‘제재’는 행위자의 고의 또는 과실 등의 책임을 부과 요건으로 하나, 장애인 고용부담금은 사업주가 장애인 고용을 위해 최선의 노력을 했음에도 결과적으로 의무 고용률을 달성하지 못한 경우처럼 귀책사유가 없어도 일률적으로 부과되는바, 이는 제재가 아니라는 방증이다. 또한 장애인고용법 제86조는 부담금 신고·납부 의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우 과태료를 부과하는 규정을 별도로 두고 있는바, 이는 부담금 납부의무 자체와 그 불이행에 대한 제재를 명확히 구분하고 있는 것이므로 장애인 고용부담금 자체는 제재가 아니라는 점을 확인한 것이다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인이 보유한 피합병법인 주식의 취득가액은 청구법인이 보유한 합병법인 주식의 장부가액에 가산해야 한다.(가) 청구법인은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호가 적용되지 않으므로 법적 근거가 없다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호의3(이하 “쟁점신설규정”이라 한다)을 근거로 볼 수 있다.무증자합병이든 증자합병이든 간에, 피합병법인의 주주가 아닌 합병법인의 주주라는 관점에서 청구법인이 기존부터 보유하던 합병법인 주식의 가치가 합병으로 인해 어떻게 변경되었는지 평가해 보아야 한다.

「법인세법」 제44조 제3항 제2호는 동일한 내국법인의 완전자회사 간 합병을 적격합병으로 간주하고 있으며, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 가목은 적격합병으로 취득한 자산의 경우 장부가액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 따라서 청구법인이 기존에 보유하던 합병법인 주식의 가액을 평가하는 쟁점신설규정이 적법한 법적 근거가 될 수 있다.쟁점신설규정은 완전자회사 간 합병으로서 합병대가로 취득하는 주식 등이 없는 경우, 모회사가 보유한 피합병법인 주식의 취득가액을 합병법인 주식에 가산하도록 규정하고 있는바, 이는 입법 이전부터 있던 예규(기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.)를 명문화한 것이다.

또한 ‘2024년 개정세법 해설’에 따르면, 완전자회사 간 무증자합병으로 소각된 피합병법인 주식가액이 합병법인의 자산 취득가액임을 명확히 하는 것이 개정 취지이다. 이러한 명확화 규정은 창설적 규정이 아닌 확인적 규정에 해당하며, 이에 적용시기에 관한 부칙이 존재하지 않는다. 따라서 이 건에 쟁점신설규정을 적용하더라도 소급과세 금지원칙에 위배되지 않으며, 처분청 역시 같은 뜻의 회신(법규과-1049, 2025.5.21. 참조)에 따라 경정청구를 거부한 것이다.(나) 청구법인이 제시한 기획재정부 및 국세청 예규는 이 건과 사실관계가 다르므로 적용될 수 없다.1) 청구법인이 제시한 주식의 무상감자를 손금으로 본 예규(국세청 사전-2017-법령해석법인-666, 2018.3.16. 및 기획재정부 재법인-87, 2004.2.5.)는 주식발행법인의 결손금 보전이나 기업회생 도모를 위해 대가 없이 주식을 소각하여 주식의 의결권이나 자산가치가 소멸한 경우이므로 소각된 주식의 장부가액이 손금에 해당한다.

반면에 이 건과 같은 완전자회사 간 무증자합병은 모회사가 각각 가지고 있던 두 개의 자회사 주식이 하나의 자회사 주식으로 합쳐지는 과정에서 피합병법인의 주식을 소각시키는 것인바, 피합병법인 주식이 소멸하더라도 모회사의 지배가 유지되고 보유한 순자산의 변동이 없어 무상감자로 인한 주식 소각과 실질이 다르다.2) 청구법인이 제시한 무증자합병에 대한 예규(기획재정부 법인세과-344, 2022.8.29.)는 모법인이 100% 지분을 소유하지 않은 자회사 간의 합병에 대한 것으로, 이 건에 적용될 수 없다.

동 예규의 경우 완전자회사가 아닌 자회사가 다른 완전자회사를 무증자합병하여 모회사가 보유한 완전자회사의 주식이 소멸한 사례로, 모회사가 100% 소유하다가 합병 이후 자회사를 통해 80% 지배하는 것으로 변동된 사례이다.반면에 다른 예규(기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.)를 살펴보면, 완전자회사 간 무증자합병의 경우 모회사는 합병으로 주식이 소멸되었어도 합병 전후 지배력이 100%로 변동이 없는바, 이 경우에는 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산하도록 해석하였으며, 이를 명문화한 것이 쟁점신설규정이다.

즉, 청구법인이 제시한 예규는 경제적 실질의 변동이 있는 경우인 반면, 쟁점신설규정 등은 경제적 실질이 같은 완전자회사 간의 무증자합병에 대한 것으로 적용대상이 다르다.3) 청구법인은 연결자회사 간 무증자합병 시 내부거래 손익이 실현된다고 주장하나, 연결재무제표 작성대상에는 완전자회사 외에 일부 지분을 소유한 자회사도 포함되어 있으며, 자산양도손익의 이연 조항은 모회사와 자회사 간의 주식양도손익이 내부거래 손익이기 때문에 귀속 시기를 별도로 정한 것이므로, 완전자회사 간 무증자합병으로 인한 자산 거래에 대해, 자회사가 포함되어 적용대상이 더 넓은 연결법인 관련 조항과 손익거래 귀속시기 관련 세법해석을 확대적용할 수 없다.(다) 「법인세법」 제19조는 손금을 ‘손금불산입으로 규정한 것을 제외하고 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실과 비용의 금액’으로 규정하고 있으나, 완전자회사 간 무증자합병의 경우 피합병법인의 순자산이 합병법인에게 승계되는 것이므로 피합병법인의 주식 자체가 소멸하더라도 청구법인 입장에서는 실질적인 순자산의 감소가 없다.

즉, 완전자회사 간 무증자합병 시 피합병법인의 순자산은 합병법인의 순자산에 합쳐져 합병 전 두 법인의 순자산 합계와 합병 후 합병법인의 순자산 가액은 동일하다. 따라서 완전모회사의 입장에서는 합병 전후 순자산의 변동이 없는바, 손금의 정의에 부합하지 않으므로 피합병법인 주식의 장부가액은 합병법인 주식의 장부가액에 가산되어야 한다.

(2) 장애인 고용부담금은 구 법인세법 상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로서 손금불산입 대상이다.(가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고, 의무고용률인 3.1%에 미달하는 경우 부담금을 부과하며, 장애인 고용부담금 산정의 중요한 요소인 부담기초액은 최저임금법 상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 중한 정도에 따라 가산되어 있으며, 특히 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 않은 달이 있는 경우의 부담기초액은 최저임금법 상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있어 징벌적 성격이 있는 것을 보여준다.

또한 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인 고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있다.(나) 장애인 고용부담금은 장애인고용법 상 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 의무 이행을 강제하고 있고, 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 부담금 납부의무를 부과하고 있다.기획재정부 또한 유권해석을 통하여 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면, 장애인 고용부담금을 구 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다.

또한 장애인 고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금으로 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되어, 당초 정책 목적의 달성이 저해될 우려도 함께 감안해야 한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 완전자회사 간 무증자합병으로 청구법인이 보유한 피합병법인 주식이 소멸할 경우 손금인지 여부② 청구법인이 납부한 장애인 고용부담금이 손금인지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인이 소유한 피합병법인의 주식 장부가액은 아래 ＜표2＞와 같고, 합병 당시 피합병법인의 재무상태는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표2＞ 청구법인이 소유한 피합병법인의 장부가액 등

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○＜표3＞ 합병 당시 피합병법인의 재무상태

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○(2) 이 건 무증자합병은 2018.9.28.을 합병등기일로 하여 이루어졌으며, 청구법인이 보유한 피합병법인의 주식이 소멸하자 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 회계처리하였다.＜표4＞ 이 건 무증자합병에 대한 청구법인의 회계처리

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○(3) 청구법인이 제출한 각 사업연도별 납입영수증을 통해 장애인 고용부담금 납부 사실 및 금액이 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 완전자회사 간 무증자합병으로 청구법인이 보유한 피합병법인 주식이 소멸할 경우 그 장부가액은 모회사의 손금에 해당하지 않는다고 주장하나,완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금 산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」 상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨이 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보이는 점,무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없어 보이므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식가액에 가산하여 증액하는 것은 임의평가증에 해당하는 것으로 보이고, 이는 「법인세법」 상 허용되지 아니한다고 할 것인바, 이에 대하여 처분청은 이러한 증액이 자산의 대체라는 의견이나, 합병법인의 주식 수가 변동이 없는 상황에서 그 장부가액을 증가시키는 것을 평가(임의평가증)가 아니라고 보기 어려운 점,2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에서 쟁점신설규정을 신설한 것은 ‘무증자합병의 경우 신주 발행이 없어 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호의 적용대상에 해당하지 아니하여 무증자합병 시 합병법인 주식의 평가를 할 근거가 없고, 피합병법인의 장부가액이 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 손금으로 되는 문제가 발생함에 따라 이를 정책적 목적에서 방지하기 위해’ 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산할 수 있도록 근거를 마련한 것으로 보이는 점 등에 비추어,완전자회사 간 무증자합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액이 모회사의 손금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2024구546, 2026.4.9. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 장애인 고용부담금이 ‘제재’로서 구 법인세법 상 손금불산입 대상이라고 주장하나,공과금이 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 하는바, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적(특별) 부담금’의 성격이 강하다고 볼 수 있으므로(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정 참조) 장애인 고용부담금은 본질적으로 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닌다고 볼 수밖에 없고,기본적으로 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과되는 대표적인 경우인 벌금 및 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임 요건의 존재를 그 부과요건으로 하고 있으나, 장애인 고용부담금은 요건에 해당하기만 하면 고의 또는 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 그 납부의무가 발생하는 것일뿐더러, 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이를 처벌하는 규정이 별도로 존재하지 않고, 아울러 사업주가 장애인고용법 상 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용하였다면 장애인 고용부담금의 발생이 문제되지만 그렇다고 하여 모든 사업주가 일률적으로 장애인 고용부담금을 납부하여야 하는 것도 아닌바,이는 장애인 고용부담금 자체는 비록 법령에 따른 장애인 고용의무의 불이행에 따른 결과로서 발생하는 것이지만, 법적 비난가능성이 전제된 ‘제재’로서의 속성까지 반드시 지니는 것이 아니라 단지 장애인고용법에 따라 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 납부되는 금전지급의무에 그친다고 보여지는 점(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809 판결, 같은 뜻임),재정경제부는 “장애인고용법 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 공과금에 해당하지 않으나, 구 법인세법 제21조 제5호에 따른 공과금에는 해당하는 것”이라는 해석하고 있는 점(재정경제부 법인세제과-415, 2026.5.29. 참조), 최근 다수의 장애인 고용부담금을 손금에 산입해야 한다는 경정청구에 대한 거부처분에 대하여 과세관청 스스로 직권으로 감액 경정하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인의 장애인 고용부담금을 ‘제재’로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 법인세법 제19조 (손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 가소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 “손비”라 한다)의 금액으로 한다.② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.제41조 (자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액제42조 (자산·부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.1. 「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)2. 재고자산 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가제44조 (합병 시 피합병법인에 대한 과세) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우(2) 법인세법(2024.12.31. 법률 제20613호로 일부 개정되기 전의 것) 제21조 (세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금(3) 장애인고용촉진 및 직업재활법 제28조 (사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.제33조 (사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.제37조 (독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다.

이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.제86조 (과태료) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과한다.

1. 제33조제5항에 따른 신고를 하지 아니하였거나 거짓된 신고를 한 때(4) 법인세법 시행령 제19조 (손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용(이하 “손비”라 한다)은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액10. 제세공과금(법 제18조의4에 따른 익금불산입과 법 제57조 제1항에 따른 세액공제를 모두 적용하지 않는 경우의 외국법인세액을 포함한다)제72조 (자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제18조 제8호에 따른 배당을 받은 경우에는 그 금액을 차감(내국법인이 보유한 주식의 장부가액을 한도로 한다)한 금액1의2. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액1의3. 법 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액제120조의18 (연결법인 간 자산양도손익의 이연 등) ② 법 제76조의14 제1항 제3호를 적용할 때 양도손익이연자산을 다른 연결법인(이하 이 조에서 “양수법인”이라 한다)에 양도함에 따라 발생한 연결법인(이하 이 조에서 “양도법인”이라 한다)의 양도소득 또는 양도손실은 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고, 양수법인에게 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액을 양도법인의 익금 또는 손금에 산입한다. 다만, 해당 양도손익이연자산의 양도에 대하여 법 제52조 제1항이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 양도손익이연자산을 「상법」 제343조에 따라 소각하는 경우(산식 생략)(5) 법인세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 일부개정되기 전의 것) 제72조 (자산의 취득가액 등) ⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

서초세무서장이 2025.10.13. 청구법인에게 한 2019사업연도부터 2023사업연도까지 법인세 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

「법인세법」 제19조,「조세특례제한법」 제100조의32