피합병법인(대도시 내 법인 설립 후 5년 경과)의 자산비율 부분에 대하여 중과세를 제외하여 달라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 주식회사 AAA그룹(이하 “AAA그룹”이라 한다)은 2021.4.16. 본점소재지를 서울특별시 종로구 OOO으로, 목적사업을 의약품 개발, 제조, 판매업 등으로 하여 설립되었다가, 2021.9.9. 주식회사 AAA코리아(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 건 합병’이라 한다)한 후, 2022.4.1. 상호는 청구법인으로, 2023.4.11. 본점소재지를 서울특별시 영등포구 OOO으로 변경하였다.＜ 흡수합병(2021.9.9.) 현황 ＞

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○나. 이후 청구법인은 2024.5.24. 서울특별시 구로구 OOO 토지 32,787.4㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2024.11.15. 이 건 합병이 「지방세법 시행령」 제27조 제5항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 기존법인이 대도시에서 설립 후 5년이 경과하지 아니한 법인과 합병하여 기존법인 외의 법인이 합병 후 존속하는 법인이 된 경우로 이 건 부동산 중 피합병법인의 자산비율에 해당하는 부분에 대하여는 중과세 대상에 해당하지 않는다고 보아, 기 신고·납부한 취득세 등을 환급하여야 한다며 경정청구 하였고, 처분청은 2025.1.10. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장피합병법인은 등기부등본상 본점 소재지를 경기도 과천시(이하 “과천사업장”이라 한다)로 이전하였으나, 본점 이전 이후에도 회사의 인적·물적 설비와 주요 업무기능은 종전 본점 소재지인 서울특별시 영등포구(이하 “영등포사업장”이라 한다)에 그대로 유지되었고, 종업원분 주민세 신고, 법인지방소득세 신고, 이사회 개최장소, 임대차계약, 급여대장상 근무지 및 각종 설치계약 등 제반 사정에 비추어 볼 때 실질적인 본점은 계속하여 서울특별시 영등포구에 존재하였다고 보아야 한다.또한, 쟁점규정은 합병법인이 신설법인일지라도, 피합병법인이 대도시 내에서 5년 이상 영업을 지속해온 경우, 해당 법인의 자산비율에 해당하는 부동산 신규 취득에 대해 중과세를 제외하여야 한다.따라서 이 건 부동산 중 피합병법인의 자산비율에 해당하는 부분에 대하여 취득세 중과세를 적용한 처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견법인의 분할이나 합병에 관한 특례는 이미 대도시 내에서 5년 이상 계속하여 영업해 온 기존 법인이 분리되거나 다른 법인과 합쳐져 존속하는 경우, 그로 인한 새로운 인구 유입이나 경제력 집중의 우려가 크지 않음에도 불구하고 취득세를 중과함으로써 기업의 자유로운 구조개선과 투자 효율화를 저해하는 것을 방지하려는 데 그 취지가 있다(대법원 2004.9.24. 선고 2003두7293 판결 참조).이 건의 경우, 청구법인은 대도시 내인 서울특별시에서 2021.4.16. 설립된 후 아직 5년이 경과하지 않은 법인에 해당한다.

또한 청구법인과 피합병법인의 합병은 존속법인을 기준으로 이루어진 것으로, 합병등기일인 2021.9.9. 이후 5년 이내인 2024.5.24. 이 건 부동산을 취득하였다. 따라서 이 건 부동산 취득은 합병 자체를 원인으로 한 취득이라기보다, 대도시 내 설립된 법인이 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득한 경우로 보는 것이 타당하다.아울러 쟁점규정은 대도시 내 법인의 취득세 중과 관련 규정을 적용함에 있어 기존 법인이 다른 기존 법인과 합병하는 경우에는 이를 중과 대상으로 보지 않는다고 규정하고 있다.

그러나 이는 합병에 따라 직접 취득하는 부동산에 관한 규정으로 보아야 하고, 그 적용 범위를 피합병법인의 자산비율에 따라 확장하는 별도의 단서나 예외 규정은 존재하지 않는다. 또한 위 규정의 입법취지는 합병으로 인한 부동산 취득에 대해서만 취득세 중과 부담을 완화하여 기업 구조조정을 촉진하려는 데 있다(대법원 2013.7.11. 선고 2011두12726 판결 참조).또한, 피합병법인은 회사의 사정으로 등기부등본상 본점 주소만 경기도 과천시로 변경되었을 뿐, 실제 모든 업무는 본점 이전과 무관하게 서울특별시 내 지점(종전 본점)에서 계속 수행하였다고 주장한다.

그러나 청구법인이 자유로운 의사에 따라 등기부등본상 본점을 과천으로 이전하여 이를 대외적으로 공시한 이상, 인원의 상주 여부, 이사회 개최 장소, 비품 설치 등 내부적 운영 편의를 근거로 본점의 법적 지위를 부인하면서 중과세를 회피하려는 주장은 받아들이기 어렵다. 이러한 주장을 인정하는 것은 조세행정의 일관성과 법적 안정성을 해칠 우려가 있기 때문이다.따라서 이 건 부동산은 대도시 내에서 설립된 법인이 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산에 해당하므로 취득세 중과 대상에서 제외된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점대도시 내 설립 후 5년이 경과한 피합병법인의 장부가액비율만큼 중과세를 제외하여 달라는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) AAA그룹은 2021.4.16. 본점소재지를 서울특별시 종로구 OOO으로, 목적사업을 의약품 개발, 제조, 판매업 등으로 하여 설립하였고, 피합병법인은 2009.4.24. 본점소재지를 서울특별시 강남구 OOO로, 목적사업을 의료기기판매업, 의약외품 판매업 등으로 하여 설립된 후 수차례에 걸쳐 상호 및 본점소재지를 변경등기하였는데, 본점소재지를 2016.4.18. 경상북도 칠곡군 OOO에서 서울특별시 영등포구 OOO으로, 2019.7.30. 경기도 과천시 OOO로 이전하였다.(나) AAA그룹은 2021.9.9. 피합병법인을 흡수합병한 후, 2022.4.1. 상호는 청구법인으로, 2023.4.11. 본점소재지는 서울특별시 영등포구 OOO으로 변경하였다.(다) 청구법인이 제출한 합병에 따른 의제사업연도 법인세 신고서에 따르면, 피합병법인의 자산총계는 유동자산 OOO원과 비유동자산 OOO원을 합한 OOO원으로 전체 자산의 64.85%를 차지하고, AAA그룹의 자산총계는 유동자산 OOO원과 비유동자산 OOO원을 합한 OOO원으로 전체 자산의 35.15%를 차지하여, 전체 자산총계 OOO원인 것으로 나탄난다.

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 피합병법인이 대도시 내에서 설립된 후 5년이 경과하지 않은 법인이라는 의견이나,피합병법인이 경기도 과천시로 본점을 이전한 사실을 고려하더라도, 과천시는 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에 해당하여 대도시로 분류되므로 피합병법인은 여전히 대도시 내 법인으로서 설립 후 5년이 경과한 법인에 해당한다고 볼 수 있는 점, 또한, 처분청은 쟁점규정이 합병과 관련된 부동산 취득에 한정된다는 의견이나, 쟁점규정은 대도시 내에서 안정적으로 영업을 해온 기존 기업의 조직 재편에 대해 단지 형식적인 법인 구조 변경이 있었다는 이유로 중과세 부담을 부과하지 않으려는 목적을 가지고 있다고 보이므로, 기존법인과의 합병 이후 존속법인이 취득한 부동산에 대해 존속법인이 신설 후 5년이 경과하지 않았다는 이유만으로 중과세를 그대로 유지하는 것은 쟁점규정의 목적에 반하는 결과를 초래하는 점, 이에 따라 합병 후 존속법인이 취득한 부동산에 대해서는 기존법인의 자산비율에 상응하는 범위 내에서 중과세 적용을 배제하는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 지방세법제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다.

다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.⑤ 법 제13조 제2항 제1호를 적용할 때 대도시에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 “기존법인”이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하여 기존법인 외의 법인이 합병 후 존속하는 법인이 되거나 새로운 법인을 신설하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다.

이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병 당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다.

서울특별시 구로구청장이 2025.1.10. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.