청구인이 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주가 되었다고 보아 과점주주에 따른 취득세 등을 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 청구인이 2022.5.3. 주식회사 A(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 12,000주(20%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여, 종전부터 소유하던 주식 24,000주(40%)를 포함해서, 최초로 이 건 법인의 과점주주(60%)가 되었음에도 그 취득세 등을 신고·납부하지 아니하였다고 보아, 2025.12.10. 청구인에게 이 건 법인의 취득세 과세물건의 장부가액의 100분의 60인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 2020.12.9. 이 건 법인을 설립할 당시 이 건 법인의 자본금 OOO원을 전부 납입한 실질적인 과점주주였으나, 이 건 법인이 서울특별시 강동구 OOO 일대에서 시행하는 주택건설사업에 대해 a·b·c·d·e·f로부터 OOO원(각 OOO원)을 투자받으면서 그 담보로 이 건 법인의 주식 36,000주(60%)를 a 등 6명(각 6,000주)에게 명의신탁하고, 청구인은 24,000주(40%)만을 소유하는 것으로 하였다.

(2) 이 건 법인은 2020.12.18. 주택건설사업자등록을 하고, 서울특별시 강동구 OOO 외 2건의 주택을 취득한 후 그 지상 건축물을 철거하고 정상적인 사업을 진행하고자 하였으나, 갑자기 불어닥친 부동산 경기 침체로, 주택 분양사업의 성패가 불확실하여 부득이 주택건설사업을 중단하였다.

(3) 이 건 법인이 시행하는 주택신축사업이 불투명해 짐에 따라 a·b·c 등 3명이 투자금 반환을 요구하였고, 청구인은 a 등 3명에게 투자금을 반환하고, a와 b으로부터 쟁점주식(12,000주)을 환원받아 기존에 가지고 있던 24,000주를 포함하여 36,000주를 소유하게 되었다. (c의 주식 6,000주는 d과 f에게 각 3,000주씩 배당되었다)(4) 청구인은 이 건 법인을 설립할 당시 그 자본금 OOO원을 전부 납입한 사실이 청구인의 예금계좌에서 전부 입증되고, a 등 6명은 청구인이 건설업을 하면서 알게 된 지인들로서 주주명부에만 주주로 기재한 것이다.

(5) 청구인과 a·b이 작성한 주식양수도계약서는 증권거래세를 납부하기 위해 형식적으로 작성한 것으로서 실제 거래가 아니라는 사실은 a 등 6명이 작성한 확인서에서 입증된다.

(6) 이 건 법인은 2025년 12월 주택을 신축하여 한국토지주택공사에 매각하였으나, 토지 취득을 위한 차입금에 대한 금융비용과 종합부동산세 등의 부담으로 매우 어려운 형편이다.

(7) 따라서, 청구인은 a 등에게 투자금의 담보로 명의신탁한 쟁점주식을 환원받은 것에 불과하다고 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합하므로, 청구인이 2022.5.3. 쟁점주식을 취득하였다고 보아 처분청이 부과한 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 명의상 주주가 아닌 제3자에 의하여 주주권이 실질적으로 행사되었는지 여부는 해당 주식 취득자금의 출처뿐만 아니라 명의상 주주와 제3자 사이의 관계, 그 주식이 주주명부 등에 명의상 주주 앞으로 등재된 경위 및 목적, 주주로서의 권리행사에 있어서 의사결정과정 등 여러 사정을 종합하여 엄격하게 판단하여야 하므로(대법원 2017.7.11. 선고 2017두38058 판결), 명의상 주주가 실제 주주가 아니라고 하는 경우 그 사실은 주장하는 사람이 입증하여야 한다.

(2) 청구인은 이 건 법인의 설립 자본금을 전부 자신이 납입하였고, a 등의 투자금을 담보하기 위해 쟁점주식을 명의신탁한 것이라고 주장하나, 청구인의 주장만으로 a 등이 이 건 법인의 자본금을 부담하였을 가능성이 전혀 없다고 할 수 없으며, 청구인과 a·b이 작성한 쟁점주식의 양도양수계약서는 전형적인 매매계약서의 형태를 갖추고 있는바, 이는 청구인이 유상거래로 쟁점주식을 취득하였다는 사실을 입증하는 것이다.

(3) 또한, a와 b이 제출한 확인서는 c·d·e·f가 제출한 것과 동일한 내용으로 객관적 증거에 입각한 것으로 볼 수 없어, 청구인이 쟁점주식을 a 등에게 명의신탁한 것이라는 사실을 입증할 만한 근거가 될 수 없다.

(4) 따라서, 청구인은 2022.5.3. 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주(60%)가 되었다고 할 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주가 되었다고 보아 과점주주에 따른 취득세 등을 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 지방세법제7조[납세의무자 등] ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다.

(이하 생략)(2) 지방세법 시행령제11조[과점주주의 취득 등] ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 이 건 법인은 2020.12.9. 본점소재지를 서울특별시 송파구 OOO로 하고, 목적사업을 부동산 매매업 등으로 하여 설립되었으며, 설립 당시 자본금은 OOO원(1주당 OOO원)이고, 이 건 법인의 설립 당시 발행주식 60,000주는 청구인 24,000주(40%)과 a·d·b·c·f·e이 각 6,000주(10%)를 소유하는 것으로 나타난다.(나) 이 건 법인은 2021.5.10. 서울특별시 강동구 OOO 외 2필지 부동산을 OOO원에 취득하였다.(다) 청구인은 2022.5.3. a·g과 쟁점주식(12,000주)에 대해 매매가격을 OOO원(1주당 OOO원)으로 하는 양도·양수계약을 체결한 후, 같은 날 a·g에게 투자금 명목의 OOO원을 반환하고, 쟁점주식에 대한 소유권을 이전받았다.(라) 청구인에게 쟁점주식을 양도한 a·b은 증권거래세 OOO원을 신고·납부하였는데, 청구인은 해당 증권거래세는 이 건 법인이 대납한 것이라고 주장한다.(마) 처분청은 청구인이 2022.5.3. 최초로 이 건 법인의 과점주주(60%)가 되었음에도 그 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아, 2025.12.10. 청구인에게 OOO원(이 건 법인의 취득세 과세대상물건의 장부가액의 100분의 60)을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.(바) 쟁점주식을 청구인에게 양도한 a·b이 작성한 쟁점주식의 취득 관련 확인서는 아래와 같다.

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○(사) 또한, 청구인은 이 건 법인의 설립 당시 자본금 OOO원을 청구인이 납입하였다는 사실을 입증하기 위하여 청구인의 잔액증명서(OOO은행, 2020.12.8. 기업자유예금, 100*-3**-446***)를 제출하였는데, 이를 보면, OOO원이 예치된 사실이 나타난다.(2)「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구인의 2020.12.8.자 잔액증명서(OOO원 예치)만으로 청구인이 이 건 법인의 설립 당시 자본금 OOO원을 전부 납입하였다는 사실이 입증되는 것은 아니라고 보이는 점,청구인은 2022.5.3. a·g과 쟁점주식(12,000주)에 대한 양도·양수계약을 체결하였고, a와 g은 쟁점주식의 양도에 따른 증권거래세를 신고·납부한 것으로 나타나는 점,청구인은 쟁점주식을 a 등에게 명의신탁한 것이라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 만한 구체적인 자료는 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어,청구인은 2022.5.3. 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주가 되었다고 할 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.