청구법인이 택지개발사업의 준공 전 한국지적개발원에서 받은 필지별 면적산정 자료를 근거로 지방세관계법령에 따른 취득세 비과세, 감면 등을 적용할 수 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2019.12.21.부터 2024.7.3.까지 경기도 OOO 필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 처분청에 「지방세법」제11조 제1항 제7호에 따른 유상승계취득세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이후 쟁점토지 중 각 해당 부분에 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세, 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 취득세 감면, 같은 법 제31조 제1항에 따른 취득세 감면, 같은 법 제32조 제1항에 따른 취득세 감면, 「농어촌특별세법」제4조 제9호 및 제12호에 따른 농어촌특별세 감면이 적용되어야 한다고 주장하며, 2024.10.4. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.12.3. 이를 거부(이하 “이 건 경정청구 거부처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.4. 이의신청을 거쳐 2025.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 과거부터 대규모 택지개발 사업의 진행 시, 그 사업지구 내 취득세 비과세, 면제, 경감 대상이 혼재되어 있어, 개별 토지의 면적을 정확히 용도별로 구적(면적산정)하는 것이 행정력의 낭비, 구적비용의 과다 지출에 해당한다고 보아, 과세관청과 사전에 협의하여 과세비율을 산정하고 이에 따라 취득세를 먼저 납부한 후 최종 사업 준공 시 정산하는 방식으로 취득세 신고·납부 업무를 처리하여 왔다.

(2) 청구법인은 공공주택사업 지구인 OOO지구(이하 “이 건 사업지구”라 한다)의 취득세 등의 납부에 있어서도 위와 같은 방식으로 각 해당 부분에 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세, 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 취득세 감면, 같은 법 제31조 제1항에 따른 취득세 감면, 같은 법 제32조 제1항에 따른 취득세 감면, 「농어촌특별세법」제4조 제9호 및 제12호에 따른 농어촌특별세 감면을 적용받고자 하였으나, 처분청이 과세비율의 협의 요청을 거부하여 부득이 쟁점토지에 대하여 일단 감면 적용 없이 취득세 등을 신고·납부하였다.

(3) 최근의 조세심판례에서는 청구인과 과세권자가 과세비율을 협의하여 취득세를 납부한 경우, 이는 조세법률주의를 위반한 법률의 근거 없는 부과 및 징수 방법으로 원칙적으로 인정할 수 없고, 취득세의 납부는 확정된 토지의 용도에 따라 면적을 정확히 구적하여 과세하는 것이 법률에 근거한 과세라고 결정한바,이에 청구법인은 주식회사 A에 이 건 사업지구의 필지별 토지이용계획 면적산정을 요청하여, 쟁점토지를 실제 구적 면적에 따라 산정한 필지별 용도별 감면율을 적용한 정확한 취득세를 계산하였으므로, 위 계산 결과를 토대로 청구법인이 과다 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 바이다.

(4) 처분청은 대규모 택지개발사업의 경우 여러 차례 사업승인 변경 예정 등의 사유로 토지 취득 시에는 토지별 면적이 100% 확정되지 아니하므로, 최종 면적이 확정되는 사업준공 시점에 취득세 경정청구를 하라는 의견이나,이 건 사업지구의 5차에 걸친 사업계획승인 변경의 사례를 보면 최초 사업승인 면적과 변경 후 면적 사이에는 1∼2%의 변화가 있을 뿐이고, 대규모 택지개발사업의 경우 토지의 취득일부터 사업 준공시까지 7년∼10년이 걸리는 경우가 대부분인 점을 감안할 때, 추후 쟁점토지의 면적이 확정되는 때는 일반적 경정청구가 가능한 5년의 기간이 지나 기 납부한 취득세 등을 환급받지 못할 가능성이 높다고 할 것이므로, 처분청의 의견은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」제9조 제2항은 본문에서 국가등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하면서, 그 단서에서 다음 각 호(1. 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우, 2. 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우)의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에서는 「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 감면한다고 규정하고 있으며,「지방세법 시행령」제13조에서는 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다고 규정하면서, 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 따라 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 조세법률주의에 따라 국가는 법률의 근거 없이 조세를 부과·징수할 수 없고 처분청은 원칙적으로 확정된 토지의 용도에 따라 법률에 근거하여 부과처분을 하여야 할 것인바, 대규모 택지개발사업을 추진함에 있어 보다 합리적인 과세를 위해 협의를 거쳐 당초 과세비율을 정하였다 하더라도 이는 원칙적으로 법률에 근거한 과세라고 할 수 없고, 토지이용계획이 확정되지 아니한 이상 처분청이 과세비율을 정정한 경우에도 마찬가지로 변경된 과세비율 역시 임의적인 비율에 불과할 뿐이다(조심 2023지230, 2024.2.22., 참조).(3) 청구법인은 주식회사 A에서 실시한 용역 결과에 따라 필지별로 감면을 적용하여 구분한 데이터를 근거로 기 납부한 취득세 등이 환급되어야 한다고 주장하나,이 건 사업지구는 2028년 준공예정으로, 그 준공일까지 실시계획승인이 수시로 변경될 수 있으며, 현재의 토지이용계획상으로는 서민주택용지 공급면적 및 무상귀속되는 기반시설 등의 면적에 대하여 확정된 면적을 판단할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 택지개발사업의 준공 전 A에서 받은 필지별 면적산정 자료를 근거로 지방세 관계 법령에 따른 취득세 비과세, 감면 등을 적용할 수 있는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 경기도 OOO 일원에서 「공공주택 특별법」제2조에 따른 공공주택지구 조성사업인 이 건 사업지구의 조성사업을 시행하고 있는 사업시행자로, 2019.12.20. 실시계획승인을 받았고, 이 건 심판청구의 심리일 현재 위 택지 조성사업이 준공되지 아니한 것으로 확인된다.(나) 청구법인과 처분청이 쟁점토지의 취득세 비과세, 감면 적용 등을 위한 과세비율을 따로 협의하지 아니하였다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.(다) 청구법인은 주식회사 A에 의뢰하여 쟁점토지의 필지별 토지이용계획 면적산정을 받았다고 주장하며, 쟁점토지의 토지이용계획에 따른 필지별 구분(공동주택, 일반도로, 완충녹지, 근린생활시설 등), 면적, 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세 감면율을 각 기재한 목록을 제출하였으나,당해 자료의 정확한 작성 주체 및 경위, 필지별 면적산정의 근거, 각 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세 감면율 적용의 근거가 되는 적용법령과 사실관계, 각 필지가 국가등에 무상 귀속되는지 여부 등을 확인할 수 있는 자료는 제출되지 않았다.(라) 청구법인은 처분청에 수차례 과세비율 협의를 요청하였음을 입증하는 취지로 청구법인이 처분청에 2019.11.20. 및 2024.10.4. 발송한 과세비율 협의 요청 문서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.(가) 청구법인은 쟁점토지의 각 해당 부분에 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세, 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 취득세 감면, 같은 법 제31조 제1항에 따른 취득세 감면, 같은 법 제32조 제1항에 따른 취득세 감면, 「농어촌특별세법」제4조 제9호 및 제12호에 따른 농어촌특별세 감면이 적용되어야 한다고 주장하나,비과세 요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 이를 주장하는 납세의무자에게 있는바(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 조심 2019중703, 2019.7.25. 등 다수, 같은 뜻임),청구법인이 제출한 쟁점토지의 토지이용계획에 따른 필지별 구분, 면적, 취득세 등의 감면율 기재 자료는 그 작성 주체 및 경위가 불분명하고, 필지별 면적 산정의 근거, 취득세 등의 감면율 적용 근거가 되는 법령과 사실관계, 국가등에 무상 귀속되는지 여부 등을 확인할 수 없어, 위 각 규정에 따른 취득세 등의 감면을 위한 입증이 이루어졌다고 볼 수 없다.(나) 납세의무자와 처분청이 대규모 택지개발사업을 추진함에 있어 보다 합리적인 과세를 위해 협의를 거쳐 과세비율을 정하였다고 하더라도 이는 원칙적으로 법률에 근거한 과세라고 할 수 없고, 조세법률주의에 따라 국가는 법률의 근거 없이 조세를 부과·징수할 수 없으며, 처분청은 원칙적으로 확정된 토지의 용도에 따라 법률에 근거한 부과처분을 하여야 할 것이므로(조심 2023지230, 2024.2.22.),처분청에서 이 건 사업지구의 조성사업이 준공된 후 확정된 쟁점토지의 면적에 따라 취득세 등의 감면이 적용되어야 한다는 취지로 한 이 건 경정청구 거부처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법룰(1) 지방세법제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 지방세특례제한법제31조(공공임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)가 임대할 목적으로 임대형기숙사[「주택법」 제2조 제4호에 따른 준주택 중 임대형기숙사로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 임대형기숙사(그 부속토지를 포함하며, 전용면적 40제곱미터 이하인 호수 등 대통령령으로 정하는 부분으로 한정한다)를 말한다.

이하 이 조 및 제31조의3에서 같다] 또는 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조 및 제31조의3에서 같다)을 건축하기 위하여 취득하는 토지와 임대할 목적으로 건축하여 취득하는 임대형기숙사 또는 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 2027년 12월 31일까지 감면한다.

1. 다음 각 목의 경우에는 취득세를 면제한다.

가. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우나. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하여 취득하는 경우2. 다음 각 목의 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.가. 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우나.

장기임대주택을 20호 이상 건축하여 취득하는 경우다. 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 공공주택사업자가 추가로 장기임대주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 건축하기 위한 토지를 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 건축하기 위한 토지를 포함한다)라. 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 공공주택사업자가 추가로 장기임대주택을 건축하여 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)제32조(한국토지주택공사의 소규모 공동주택 취득에 대한 감면 등) ① 한국토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(이하 이 조에서 “소규모 공동주택”이라 한다)용 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 25을 각각 2027년 12월 31일까지 경감한다.제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.2. 2021년 1월 1일부터 2027년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

(3) 농어촌특별세법제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것