청구법인이 창업일 현재 감면 대상 업종과 감면 대상 제외업종을 겸업하고 있는 경우, 이 건 부동산의 취득이 「지방세특례제한법」 제58조의3에 따른 감면 대상에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2024.7.5. 인천광역시 연수구 OOO(토지 15.35㎡, 건축물 45.04㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가격(OOO원)을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.3.21. 이 건 부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 제1호에 따른 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 100분의 75 경감대상에 해당하므로 기 납부한 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.5.21. 청구법인 창업연도(2020년도) 전체 매출 중 감면대상 업종 매출액 비율(8.14%)에 해당하는 부분에 대하여는 수용하고, 나머지 부분에 대하여는 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 감면대상 업종 해당 여부(가) 국제물류주선업「지방세특례제한법」제58조의3 제4항에서 감면대상 업종 중 하나로 물류산업을 규정하고 있고, 국제물류주선업은 대표적인 물류산업 업종 중 하나에 해당한다.「물류정책기본법」제2조 제6호에 따르면, 국제물류주선업이란 타인의 수요에 따라 자기의 명의와 계산으로 물류시설·장비 등을 이용하여 수출입 화물의 물류를 주선하는 사업을 의미한다.

또한, 같은 법 시행령 제30조의2 및 같은 법 시행규칙 제5조에 따라 국제물류주선업을 영위하려는 자는 관할 시·도지사에게 등록을 하여야 하며 청구법인은 2020.9.4. 인천광역시장에게 국제물류주선업 등록을 하였다.(나) 운송주선인의 지위 및 사업의 실질「상법」제113조에 따르면, 자기 명의로 물건 운송의 주선을 영업으로 하는 자를 ‘운송주선인’으로 정의하고 있으며, 같은 법 제116조에서는 “운송주선인은 다른 약정이 없는 한 직접 운송할 수 있으며, 이 경우 운송인과 동일한 권리와 의무를 가진다”고 규정하고 있다.

따라서 국제물류주선업자는 단순 주선업무 외에도 실질적인 직접 운송을 수행할 수 있으며, 이에 따라 발생하는 주선수수료뿐 아니라 운송료 역시 국제물류주선업 매출에 해당한다.(다) 수입금액의 업종 구분과 실질 판단법인세 신고서상의 조정후수입금액명세서에는 청구법인의 업종이 “기타 자동차 신품부품 및 내장품 판매업”으로 구분되어 있으나, 이는 업종 코드 선택과정에서의 오류로 인한 형식적 표기에 불과하다.반면, 법인 등기부와 사업자등록증상 업종은 국제물류주선업으로 명확히 기재되어 있으며, 매출자료에 따르면, 청구법인의 최근 5년간 주된 매출은 운송 관련 수입이 대부분이다.청구법인 창업연도인 2020년도는 창업 초기 단계로 운송매출 비중이 낮았으나, 2021년부터 2024년까지는 전체 매출의 87% 이상을 운송 관련 매출이 차지하고 있고, 이 건 부동산을 취득한 2024년도에는 운송매출 비중이 96.32%에 이르는 것을 확인할 수 있다.이는 청구법인의 매출구조가 국제물류주선업 중심으로 명확히 형성되어 있음을 보여 주며, ‘주된 업종 판단시 주된 업종 외 매출 비율이 50% 미만이면 주된 업종을 계속 영위하는 것으로 본다’는 유권해석(서면 인터넷방문상담 2팀-1058호) 등을 종합할때 청구법인은 감면대상 업종인 국제물류주선업을 계속 영위하고 있음을 확인할 수 있다.

(2) 창업감면대상 요건 충족여부(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항은 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업 당시 업종의 사업에 사용하기 위하여 취득하는 사업용 부동산에 대하여 취득세를 감면한다고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 2020.8.27. 법인을 설립하였으며, 그 이전에는 사업자등록이 없었다는 점은 사실증명원으로 확인할 수 있다. 또한, 청구법인이 2024.7.5. 취득한 이 건 부동산은 2020.8.27.로부터 4년 이내에 취득한 것으로, 취득세 감면 요건을 충족한다.

(3) 따라서 청구법인이 2024.7.5. 취득한 이 건 부동산은 창업 당시 업종인 감면대상 업종을 계속 영위하기 위한 부동산으로 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 요건을 충족하였으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일로부터 4년이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제4항에 따르면 창업중소기업의 범위는 해당 법에서 나열하고 있는 업종의 중소기업으로 한정하고 있다.

(2) 청구법인의 업종이 「지방세특례제한법」제58조의3 제4항 제9호에 해당하는 ‘대통령령으로 정하는 물류산업’에 해당하지만, 청구법인이 제출한 매출장을 확인한 결과, 해당 업종 외에 도·소매업도 함께 영위하고 있는 것으로 확인된다.조세심판원 결정례에 따르면, 지식산업센터에 입주할 수 없는 업종과 입주 업종이 겸업하는 경우로서 지식산업센터 감면 규정 대상 면적을 그 사용 현황에 따라 명확하게 구분할 수 없으므로 해당 감면 규정을 적용함에 있어 처분청이 청구법인의 업종별 매출액을 기준으로 이 건 건축물을 구분한 것은 잘못이 없다고 판단하였다(조심 2015지1826, 2016.1.29. 참조).또한, 감면대상 업종과 감면대상 제외업종을 동시에 영위하는 경우에는 세액을 업종별로 구분하여 합리적으로 배분해야 함을 시사하는 유사사례로, 감사원 심사청구 결정(감심 2016-584, 2017.12.7. 참조)에서도 감면대상 업종과 감면대상 제외업종을 겸업하고 있는 것이 확인될 경우, 사용 면적이나 매출액 등 합리적인 기준에 따라 감면대상 업종에 해당하는 세액을 안분하여 감액 경정하여야 한다고 결정한 바 있다.청구법인은 2020년부터 2024년까지 국제물류주선업 매출이 87%이상을 차지하고 있으며, 이는 국제물류주선업을 주된 업종으로서 영위하고 있다고 보아, 업종 전체를 감면대상 업종에 해당하는 것으로 보아야 하며, 이 건 부동산 전체에 대하여 감면을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.그러나, 현행 법령상 주업에 대한 별도의 규정이 없으며, 주업 여부와 감면 적용 여부는 직접적인 관련이 있다고 볼 수 없다.

위 사례등에 비추어 볼 때, 감면대상 업종과 감면대상 제외업종을 구분하여 감면세액을 안분 적용하는 것이 타당하므로, 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.또한, 청구법인의 2020년도부터 2024년도까지 조정후수입금액명세서에는 업태가 일관되게 ‘도·소매업’으로 기재되어 있으며, 이는 청구법인이 창업일 당시 스스로 도·소매업을 주요업종으로 인정하여 신고하였음을 의미한다.아울러, 감면 세액 안분에 관한 구체적인 산정 방식 역시 지방세관계법에 명시되어 있지는 않으나, 부동산이 겸업으로 사용되는 경우 사용 면적의 구분이 명확하지 않다면 업종별 매출액을 기준으로 감면 세액을 산정하는 것이 합리적이다(조심 2015지1826, 2016.1.29. 참조).(3) 「지방세특례제한법」제58조의3 제4항에서 ‘창업 당시의 업종을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산’이라 명시되어 있다.

법문을 문언대로 해석하면 ‘창업 당시의 업종’이라 함은 창업연도인 2020년도를 기준으로 해야한다. 또한 해당 규정은 특정 업종을 영위하는 창업중소기업의 초기부담을 경감하기 위한 제도이다. 이에 따라 감면 요건은 각 사업연도별 매출 수치를 기준으로 판단할 것이 아니라, 창업 당시의 업종 구성비를 기준으로 판단해야 한다.따라서 창업연도인 2020년의 감면대상 업종(국제물류주선업) 매출 비율인 8.14% 비율만큼 감면을 적용하는 것이 타당하다.아울러 창업연도가 아닌 다른 연도를 기준으로 감면 적용 여부를 판단할 경우, 경정청구 제기 시점이나 해당 부동산의 취득 시기에 따라 감면 대상 여부가 달라질 수 있어 동일한 사실관계임에도 과세 결과가 상이하게 나타날 우려가 있다.

이는 납세자로 하여금 법 적용의 예측 가능성과 일관성을 기대하기 어렵게 하여, 조세법률주의의 핵심 원칙인 법적 안정성과 예측 가능성을 중대하게 침해하는 결과를 초래한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점청구법인이 창업일 현재 감면대상 업종과 감면대상 제외업종을 겸업하고 있는 경우, 이 건 부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제58조의3에 따른 감면대상에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.(가) 청구법인의 법인등기를 보면 2020.8.27. 국제물류주선업, 화물운송주선업, 복합운송주선업, 화물운송업, 자동차 도·소매업, 자동차 부품·소모품 도·소매업 및 식품·생활용품·잡화 도·소매업 및 수출입업 등을 목적사업으로, 인천광역시 연수구 OOO를 본점소재지로 하여 설립된 것으로 확인된다.(나) 청구법인의 사업자등록증 및 사실증명 등을 보면 2020.8.27. 업종은 국제물류주선업, 도·소매업 업태는 자동차 부품·소모품 도·소매업 등으로, 사업장은 인천광역시 연수구 OOO로 개업한 것으로 기재되어 있다.(다) 청구법인은 2024.7.5. 이 건 부동산을 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가격(OOO원)을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.(라) 행정안전부 공공데이터센터가 2025년 12월말 기준으로 제공한 전국 국제물류주선업 등록현황 중 청구법인 관련자료를 보면 청구법인은 2020.9.4. 인천광역시장으로부터 국제물류주선업 허가를 받은 것으로, 사업장소재지는 이 건 부동산으로 기재되어 있는 것으로 확인된다.(마) 청구법인은 2020년도부터 2024년도까지 매출현황을 아래와 같이 제출하였고, 그 세부내용으로 그 기간 조정후수입금액명세서 및 매출장을 증빙자료로 제출하였다.

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○(바) 처분청은 청구법인이 제출한 위 사실관계 (마)의 조정후수입금액명세서상의 업태가 도매 및 소매업으로, 종목이 기타 자동차 신품 부품 및 내장품 판매업으로 등록되어 있고, 창업당시인 2020년도 매출 중 「지방세특례제한법」제58조의3 제4항 등의 창업중소기업 감면대상 제외업종에 해당하는 도·소매업에서 91.86% 매출이 발생한 것으로 보아 그 비율에 해당하는 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 등에 따른 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 하면서 그 제1호에서 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제2호에서 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우라고 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구법인의 이 건 부동산의 취득 중 2020사업연도 감면대상 업종(국제물류조선업) 매출비율(8.14%)을 초과하는 부분은 「지방세특례제한법」 제58조의3에 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 않는다는 의견이나,「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업의 감면대상은 창업중소기업이 창업일(2020.8.27.) 당시 창업 감면대상 업종에 사용하기 위하여 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 경우에는 감면대상에 해당하고(조심 2023지3635, 2024.3.12. 결정, 다수), 청구법인은 창업당시 사업자등록증 등에 감면대상 업종(국제물류주선업)이 기재되어 있었고, 청구법인은 감면대상 업종(국제물류주선업) 등에 사용하기 위하여 이 건 부동산을 취득(2024.7.5.)한 것으로 볼 수 있는 점,「지방세특례제한법」 제58조의3 제7항 제2호의 규정은 감면용도로 사용하기 위하여 취득하여 처분청으로부터 감면받은 후, 감면유예기간(3년) 중 감면용도 이외의 용도로 사용하는 경우 그 기간 중 감면용도 이외의 용도로 최고 사용한 면적을 추징하겠다는 규정으로(조심 2024지1843, 2025.10.22. 참조), 취득시점에 감면대상 업종에 사용할 목적으로 전체에 대한 감면을 받았더라도, 감면유예기간(3년) 내 감면 용도 이외 용도로 사용하는 경우 결국 그 부분에 대해 추징이 가능한 점,청구법인과 같이 부동산을 감면대상 업종과 감면대상 제외업종에 겸용으로 사용하고 있어, 그 각 사용면적을 구분하기가 어려울 경우에는 각 사업별 매출액 비율로 안분하는 것이 합리적이라고 볼 수 있으며(조심 2015지1826, 2016.1.29. 같은 뜻임),청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 부동산을 감면대상 업종(국제물류주선업)과 감면대상 제외업종(도·소매업)에 겸용으로 사용한 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대한 취득세 등에서 2024사업년도 매출액 중 감면대상 업종(국제물류주선업) 매출액 비율(96.32%)에 상당하는 부분에 대하여는 감면대상에 해당한다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 창업연도(2020년도) 감면대상 업종(국제물류주선) 매출액 비율(8.14%)로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2023.8.8. 법률 제19590호로 개정된 것)제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감한다.④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

1. 광업2. 제조업3. 건설업4. 정보통신업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다.

가. 비디오물 감상실 운영업나. 뉴스 제공업다. 가상자산 매매 및 중개업5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)가. 연구개발업나. 광고업다. 기타 과학기술서비스업라. 전문 디자인업마. 시장조사 및 여론조사업6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업가. 사업시설 관리 및 조경 서비스업나. 고용알선 및 인력공급업다.

경비 및 경호 서비스업라. 보안시스템 서비스업마. 전시, 컨벤션 및 행사대행업7. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업9. 대통령령으로 정하는 물류산업10. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우로 한정한다)11. 「관광진흥법」에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 또는 대통령령으로 정하는 관광객이용시설업12. 「전시산업발전법」에 따른 전시산업⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 창업중소기업으로 지방세를 감면받은 경우에는 창업벤처중소기업에 대한 감면은 적용하지 아니한다.⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다.

다만, 「조세특례제한법」 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 "중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 "법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령(2024.6.4. 대통령령 제34550호로 개정된 것)제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ⑦ 법 제58조의3 제4항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조 제7항에 따른 물류산업을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2024.6.4. 대통령령 제34550호로 개정된 것)제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑦ 법 제6조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 업종(이하 “물류산업” 이라 한다)을 말한다.

5. 화물운송 중개ㆍ대리 및 관련 서비스업

인천광역시 연수구청장이 2025.5.21. 청구법인에게 한 취득세 등에 대한 경정청구 거부처분은 인천광역시 연수구 OOO의 100분의 96.32에 대하여 취득세의 100분의 75를 경감하는 것으로 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.