청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2021.1.20. 인천광역시 강화군 불은면 OOO 임야 3,888㎡(4,860분의 3,888, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 50을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 2026.2.12. 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 인천광역시 강화군 불은면 OOO 임야 4,860㎡(쟁점토지를 포함하여 이하 “이 건 토지”라 한다)의 소유자들은 2016.7.18. 처분청으로부터 이 건 토지의 분할 허가를 받아 2020.5.8. 경계복원측량을 마쳤고, 그 비용은 청구법인에게 쟁점토지를 매각한 A 주식회사(청구법인의 관계회사, 이하 “A”라 한다)가 부담하였다.

(2) 쟁점토지의 종전 소유자인 A는 2010.2.10. B 주식회사를 가등기권자로 하여, 쟁점토지에 대한 매매예약등기(이하 “이 건 가등기”라 한다)를 하였다.

(3) 쟁점토지에 B 명의의 가등기권이 설정되어 있었으나 그 소유자인 A는 2016.3.3. 쟁점토지 중 991㎡(이하 “쟁점지분”이라 한다)를 a에게 매도하였고, a은 2016.3.4. 쟁점지분에 대하여 소유권이전등기를 하였다.

(4) 쟁점토지의 가등기권자인 B는 2020.12.29. 청구법인에게 이 건 가등기에 대한 권리를 이전하였고, 청구법인은 2021.1.20. 쟁점토지를 A로부터 취득한 후 2021.3.10. 소유권이전등기를 하면서, a이 쟁점지분에 대하여 한 소유권이전등기를 말소하였다.

(5) 청구법인은 쟁점토지에 b 등을 식재하고자 이를 취득하였으나 당초 이 건 토지의 분할에 동의하였던 C가 갑자기 이 건 토지의 분할에 반대함에 따라 이 건 토지를 분할하여 쟁점토지를 단독으로 소유할 수 없게 되었다.

(6) 또한, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 a은 쟁점지분의 말소 등기에 대해 그 부당성을 계속 주장하면서 2025.2.12. 청구법인을 상대로 쟁점지분의 소유권 회복을 위한 소유권이전등기말소 소송을 제기하였다.

(7) 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 C의 토지 분할 거부, a의 소송 제기와 같은 외부적 사유가 있었다고 할 것이고, 이와 같은 사유는 청구법인이 쟁점토지를 영농 등에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.

(8) 또한, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 내에 영농 등에 직접 사용하기 위해 토지 분할을 진행하는 등 진지한 노력을 하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라고 볼 수 있고, 이는 정당한 사유 중 내부적 사유에 해당한다고 할 것이므로 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 공유 상태인 쟁점토지를 취득할 당시 다른 공유권자들과 합의가 이루어지 않을 경우 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하는데 장애가 발생할 가능성을 충분히 예측할 수 있었다 할 것이고, C의 토지 분할 반대는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 존재하던 장애 사유이므로 이는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(2) 처분청이 2016.7.18. 이 건 토지의 분할을 허가하였다 하더라도 그 자체로 공유 관계가 해소되는 것은 아니고, 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것으로 볼 수도 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도(영농)에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부나. 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.8. “직접 사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.제11조[농업법인에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령제5조의2 [농업법인의 기준 등] ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 법인(설립등기일부터 90일 이내에 등록한 법인을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2019.12.26. 상호를 농업회사법인 D 주식회사로, 본점소재지를 전라남도 여수시 돌산읍 OOO로, 목적사업을 농산물의 유통, 가공, 판매 등으로 하여 설립된 농업법인이다.(나) 청구법인은 2023.6.19. 상호를 현재의 상호인 농업회사법인 E 주식회사로 변경하였다.(다) 이 건 토지와 쟁점토지의 취득과 관련한 진행 과정은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 이 건 토지와 쟁점토지의 취득 관련 진행

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○(라) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 내에 쟁점토지를 영농에 직접 사용하지 않았다는 사실은 다툼이 없다.(2)「지방세특례제한법」제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2023.12.31.까지 경감한다고 규정하고 있고, 제3항 본문 및 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 위의 규정에서 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득 목적에 비추어 고유 업무에 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 그 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책 사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내 영농에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 하나 청구법인은 임야인 쟁점토지를 영농에 사용하기 위한 어떠한 노력도 하지 않은 것으로 보이는 점,이 건 토지의 공유자인 C의 거부로 이 건 토지를 분할할 수 없었다고 하더라도 그 분할 여부가 쟁점토지를 영농 등에 사용하는 데에 장애사유가 될 수 없을 뿐만 아니라 a과 쟁점지분에 다툼이 있었다고 하여 그 사용이 제한되는 것도 아닌 점,청구법인이 쟁점토지를 영농에 직접 사용할 수 없는 데에 처분청 등의 금지나 제한이 있었다고 볼 수는 없는 점,청구법인이 쟁점토지를 영농 등에 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어청구법인에게 쟁점토지를 유예기간 내 영농 등에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.