청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 정당한 사유 없이 6개월 이내에 직접 그 용도로 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2007.5.23. 경기도 수원시 OOO을 본점 소재지로 하고, 의약품 등 분석 및 대행 연구, 임상시험 위탁연구, 의약품 품질검사 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 본점을 이전하고자 2021.11.15.∼2022.6.20. 경기도 용인시 OOO에 소재한 건축물 중 4층과 5층, 32층, 지하 2층(연구시설, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)한 후, 그 취득가액 OOO원을 취득세 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점부동산의 취득을「지방세특례제한법」제79조 제1항에서 규정하는 법인의 지방이전에 대한 감면 대상에 해당하여 취득세를 면제하여야 한다고 주장하면서, 2025.4.16. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득(2022.6.20.)한 날부터 정당한 사유 없이 6개월 이내에 직접 그 용도에 사용하지 않은 것으로 보아, 2025.6.10. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장청구법인은 쟁점부동산 취득 이후에 본점 이전의 전제조건인 「약사법」상 임상시험검체분석기관 변경 지정을 받기 위한 부단한 노력을 기울였던바, 본점 이전까지 6개월 이상 소요된 것에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다.청구법인은 본점 이전을 위해 쟁점부동산을 순차적으로 취득하다가 임상시험기관의 필수시설인 폐수처리장치를 설치할 수 있는 지하 2층 부분을 마지막으로 취득하였으며, 2022.6.27. 비로소 처분청에 건축물 용도 변경(건축법상 ‘영업시설군’에서 ‘산업 등의 시설군’으로) 신청을 하여 2022.7.18. 이를 허가받았다.업종 특성상 청구법인이 본점을 이전하기 위해서는 「약사법」제34조의2에 따라 반드시 식품의약품안전처로부터 임상시험검체분석기관으로 변경지정(허가)을 받아야 하고, 이를 위해서는 쟁점부동산이 소재한 빌딩 내에 폐수처리장치를 새롭게 설치한 후 분석시험을 통한 분석법밸리데이션 보고서의 작성 및 제출이 필수적으로 선행되어야 하는바, 청구법인은 2022.8.1. 밸리데이션용 분석기기를 기존 본점으로부터 쟁점부동산으로 이전하고 그로부터 약 2개월간 분석법밸리데이션 테스트(37건)를 수행한 후, 2022.10.5. 밸리데이션 분석보고서를 발행하였다.청구법인은 2022.10.10. 식품의약품안전처에 임상시험검체분석기관 변경지정을 신청하여 2022.11.23. 식품의약품안전처의 실태 조사를 받았으며, 2022.12.12. 분석기기 제조사 검증을 거쳐 2022.12.20. 식품의약품안전처로부터 임상시험검체분석기관 변경지정서를 교부받았다.또한, 청구법인은 모든 분석기기의 이전 및 검증이 완료된 후 2022.12.21. 이사회를 열어 본점 이전의 안건을 결의하는 한편, 2023.1.5. 본점 이전 등기를 하고 2023.1.17. 사업자등록 정정신고를 한 후 사업을 개시하였다.‘정당한 사유’는 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것으로서(대법원 1995.12.8. 선고 95누5257 판결, 같은 뜻임), 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임),청구법인이 2022.6.20. 쟁점부동산을 취득한 후 6개월 내 이를 직접 사용하기 위해 쉬지 않고 부단히 노력하였으나 약 15일 정도를 넘겨 본점 이전을 완료했다고 하더라도, 이는 본점 이전의 전제가 되는 「약사법」상의 요건을 충족하기 위함이었던바, 그 일련의 과정을 고려할 때 청구법인이 6개월 이내에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다.아울러, 조세심판원은 ‘정당한 사유’로서 행정기관의 승인이 필요한 기간과 국토교통부장관이 권고 고시하는 설계기간 등을 회피불가능한 기간으로 보아 부동산 취득 후 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 않은 것에 대하여 정당한 사유를 인정한 바도 있다(조심 2024지488, 2025.5.27.).나.

처분청 의견조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세 감면 요건을 막론하고 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27.선고 97누20090 판결 등 참조)할 것이다.「지방세특례제한법」등에 의한 “정당한 사유”에는 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이며, “정당한 사유”의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 시간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참착하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임)이다.청구법인은 쟁점부동산을 2022.6.20.(마지막 취득일) 취득한 후 유예기간(6개월)이 지난 2023.1.5. 본점을 이전한 사실이 확인되므로, 이는 관계법령에서 규정하고 있는 추징대상에 해당한다.기존 임차인의 퇴거 지연 등으로 유예기간에 해당용도에 사용하지 못한 정당한 사유를 주장하나, 이는 청구법인과 임차인의 내부적인 사유에 그 원인이 있는 것으로 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보기 어렵다 할 것(조심2023지4787, 2024.6.26. 참고)이다.청구법인은 업종 특성상 이를 준비하기 위해 상당한 기간이 소요된다는 주장은 관련 지정에 대해 청구법인은 사전에 충분히 예측할 수 있었고, 이는 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간내 사용하기 위해 진지한 노력을 다했다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산 취득일로부터 6개월이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 쟁점부동산을 취득(2022.6.20.)한 날부터 정당한 사유 없이 6개월 이내에 직접 그 용도에 사용하지 아니한 것으로 보아, 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2007.5.23. 경기도 수원시OOO을 본점 소재지로 하고 위탁연구기관으로서 제네릭 의약품의 생물학적 동등성시험, 개량신약의 제1상 임상시험, 허가용 임상시험, 면역분석 그리고 의약품 품질검사 사업 등을 영위하고자 설립된 법인으로서, 2023.1.5. 본점을 경기도 용인시로 이전하였다.＜본점 이전 과정＞

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○(나) 청구법인은 경기도 수원시에 소재한던 본점을 이전하고자 2021.11.15.∼2022.6.20. 경기도 용인시에 소재하는 쟁점부동산을 취득(매매)한 후, 그 취득가액 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 신고·납부하였다.(다) 청구법인은 쟁점부동산의 취득을「지방세특례제한법」제79조 제1항에서 규정하는 법인의 지방이전에 대한 감면 대상에 해당하여 취득세를 면제하여야 한다고 주장하면서, 2025.4.16. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득(2022.6.20.)한 날부터 정당한 사유 없이 6개월이 경과한 2023.1.5.(유예기간 15일 경과) 해당 용도로 사용한 것으로 보아, 2025.6.10. 이를 거부하였다.(라) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(6개월) 내에 해당 용도로 사용하기 위하여 아래와 같이 진지한 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 경과한 것이라고 주장하고 있다.＜일자별 사실관계 현황＞

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○＜밸리데이션용 분석기기 사용 내역＞

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 6개월 이내에 직접 그 용도에 사용하지 아니하였다는 의견이나, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인은 경기도 수원시에 소재하던 본점을 이전하기 위해 쟁점부동산을 순차적으로 취득하면서, 2022.6.20. 임상시험기관의 필수시설인 폐수처리장치를 설치할 수 있는 지하 2층 부분을 마지막으로 취득하였고, 2022.6.27. 쟁점부동산을 연구시설용으로 사용하고자 처분청에 건축물 용도 변경 신청을 하여 2022.7.18. 이를 허가받은 점, 청구법인은 2022.8.1. 밸리데이션용 분석기기를 기존 본점으로부터 쟁점부동산으로 이전하고 그로부터 약 2개월간 분석법밸리데이션 테스트(37건)를 수행한 후, 2022.10.5. 밸리데이션 분석보고서를 발행하였고, 2022.10.10. 식품의약품안전처에 임상시험검체분석기관 변경지정을 신청하여, 2022.11.23. 식품의약품안전처의 실태 조사를 받았으며, 2022.12.12. 분석기기 제조사 검증을 거쳐 2022.12.20. 식품의약품안전처로부터 임상시험검체분석기관 변경지정서를 교부받은 점, 청구법인은 모든 분석기기의 이전 및 검증이 완료된 후 2022.12.21. 이사회를 열어 본점 이전의 안건을 결의하는 한편, 2023.1.5. 본점을 이전하여 해당 용도로 직접 사용한 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 본점을 이전하는 일련의 절차를 수행하는 과정에서 유예기간(6개월) 내에 해당 용도로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 불과 15일 경과한 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다)에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행규칙제7조(과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준) ① 법 제79조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

4. 과밀억제권역 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 않거나 직접 그 용도에 사용하지 않을 수 있다.

(3) 약사법제34조의2(임상시험실시기관 등의 지정 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관은 해당 호의 구분에 따라 총리령으로 정하는 시설, 전문인력 및 기구(機構)를 갖추어 총리령으로 정하는 바에 따라 식품의약품안전처장의 지정을 받아야 한다.

1. 임상시험[인체로부터 수집ㆍ채취된 검체의 분석(이하 “검체분석”이라 한다)은 제외한다]을 실시하려는 기관(「의료법」 제3조에 따른 의료기관으로 한정한다)2. 임상시험 중 검체분석을 실시하려는 기관② 제1항 제1호에 따라 지정을 받아 임상시험을 실시하는 기관(이하 “임상시험실시기관”이라 한다) 또는 같은 항 제2호에 따라 지정을 받아 검체분석을 실시하는 기관(이하 “임상시험검체분석기관”이라 한다)이 지정받은 사항을 변경하려는 경우에는 총리령으로 정하는 바에 따라 식품의약품안전처장의 변경지정을 받아야 한다.

(단서 생략)(4) 임상시험검체분석 관리기준제4조(지정요건) ② 「약사법」제34조의2 및 「의약품 등의 안전에 관한 규칙」 제35조 제2항 제3호에 따라 두 제제 간 약물동태(藥物動態) 지표를 분석하기 위하여 지정받으려는 경우 분석법밸리데이션보고서를 제출하여야 한다.제13조(시설 및 장비) ① 검체분석기관에서 갖추어야 할 시설과 장비의 기본적인 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 검체분석 업무를 수행하기에 적절한 규모, 구조 및 배치를 갖추고, 검체분석의 신뢰성에 영향을 주는 간섭을 최소화하여야 한다.

2. 교차오염이 방지되도록 필요한 구역이 적절하게 분리되어 설계되어야 한다.

3. 오염이나 혼동을 방지하기 위하여 시험물질과 대조물질의 수령, 보관 및 부형제와 시험물질의 구분을 위한 시설을 갖추어야 한다.

4. 시험물질을 보관하는 방이나 구역은 동일성, 농도, 순도, 안정성을 유지ㆍ보전하기에 적정하고, 유해물질은 안전하게 보관할 수 있어야 한다.

5. 분석계획서, 검체분석의 기초자료, 임상시험검체분석성적서, 검체 등의 보관과 검색을 위한 보관실을 갖추어야 하며, 보관실은 보관물이 보관기간 중에 손상되지 않도록 설계되고 관리되어야 한다.

6. 필요에 따라 검체분석의 실시에 의한 발생하는 모든 폐기물을 위생적으로 처리할 수 있도록 필요한 시설ㆍ설비를 갖추어야 한다.

7. 검체분석의 적정성에 영향이 없도록 폐기물의 수집, 보관, 처리, 오염제거 및 운반 절차 등을 수행하여야 한다.

(5) 물환경보전법제35조(방지시설의 설치ㆍ설치면제 및 면제자 준수사항 등) ② 제1항 단서에 따라 수질오염방지시설(이하 “방지시설”이라 한다)을 설치하지 아니하고 배출시설을 사용하는 자는 폐수의 처리, 보관방법 등 배출시설의 관리에 관하여 기후에너지환경부령으로 정하는 사항(이하 이 조에서 “준수사항”이라 한다)을 지켜야 한다.

(6) 건축법제19조(용도변경) ③ 제4항에 따른 시설군 중 같은 시설군 안에서 용도를 변경하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 건축물대장 기재내용의 변경을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 변경의 경우에는 그러하지 아니하다.④ 시설군은 다음 각 호와 같고 각 시설군에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다.

2. 산업 등의 시설군5. 영업시설군

경기도 용인시장(기흥구청장)이 2025.6.10. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.