청구법인의 사실상 본점을 대도시 內(경기 성남)의 대표이사 개인병원으로 본 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2022.12.16. 경기도 파주시 OOO(이하 “쟁점사무소”라 한다)을 본점으로 하고, 부동산 임대업, 의료기기 및 의료소모품 도·소매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2023.2.9. 서울특별시 광진구 OOO토지 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후 일반세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 경기도 파주시(대도시 외 지역)에 소재하는 쟁점사무소를 청구법인의 본점을 인정하지 않고 경기도 성남시(대도시)에 소재하는 청구법인의 대표이사가 운영하는 마음속내과의원을 본점으로 보아, 쟁점부동산의 취득을「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 규정하는 대도시에 본점을 설립하고 5년 이내에 대도시에 소재하는 부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율(8%)을 적용하여, 2025.4.1. 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장처분청은 “청구법인의 등기부상 본점 소재지를 대표자 등 임직원이 상주하며 중추적 업무를 계속 수행하는 사업장으로 볼 수 없다”라는 이유로 이 건 부과처분을 하였으나, 이와 같은 결정은 부동산 임대 사업이라는 사업적 특성을 도외시한 것이다.예컨대, 제조업이나 도소매업, 건설업, 의료업은 통상 사업장에 집기, 비품 등의 물적 시설을 갖추고, 대표이사 외 사업을 수행할 임직원이 상주하여 사업의 주요 사항에 대해서 의사결정을 하므로 인적·물적시설을 갖춘 장소를 본점으로 보지만, 소규모 부동산 임대사업에 있어 주요 물적시설은 ‘임대 부동산’그 자체이며, 인적시설은 임대 규모에 따라 다를 수 있으나 통상적으로 경영진외의 인원은 필수적이지 않다고 할 것이다.아울러, 부동산 임대 사업에 있어 주요 경영의사결정 사항은 ① 임대 부동산 취득 여부 결정 ② 취득자금 조달을 위한 대출 실행 ③ 임차인 물색 및 임대차 계약 내용과 체결 여부 ④ 임대 부동산의 매각에 관한 결정인데, 청구법인은 2023.2.9. 쟁점부동산을 취득하였고, OOO만원의 취득 자금 조달을 위한 대출 실행 이사회를 2023.2.2. 등기부상 본점 소재지에서 개최하였으며, 이사회 결의에 따라 쟁점부동산의 취득일자에 맞추어 우리은행에서 대출을 실행하였다.이처럼 부동산 임대 사업에 있어 가장 중요하고도 핵심적인 취득 자금 조달을 위한 의사결정을 등기부상 본점 소재지에서 결의하였다는 점은 청구법인의 등기부상 본점 소재지를 실질적인 본점으로 인정되는 근거가 된다.한편, 처분청은 대표이사 개인사업장을 청구법인의 사실상 본점으로 확정하였으나, 대표이사 개인사업장은 청구법인의 대표이사가 개인적으로 운영하는 병의원에 불과하며, 청구법인이 이곳에서 임대사업과 관련한 핵심적인 의사결정을 하였다는 증거를 처분청은 제시하지 못하고 있으므로 처분청의 이 건 부과처분은 부당하다.앞서 언급한 것과 같이, 청구법인은 부동산 임대사업에 있어 필요불가결하고 중요하다고 할 수 있는 부동산 취득자금의 조달과 관련한 이사회를 등기부상 본점 소재지에서 개최하였고, 이사회는 이를 승인하였으며, 이사회 의사록을 우리은행에 제출하여 최종적으로 OOO만원의 대출을 받았다.그렇다면 처분청은 청구법인의 이사회 개최 장소가 등기부상 본점 소재지가 아닌 다른 장소였다는 사실을 입증하여야 할 것이지, 현장 출장 당시 청구법인의 본점은 누수 등의 사유로 공실이었는데 그 이유만으로 등기부상 본점 소재지는 실질적인 본점이 아니라고 확정하고, 곧바로 대표이사 개인사업장을 청구법인의 본점으로 사실상 추정한 것은 처분청이 부담해야 할 입증책임을 다하지 못한 것으로 이 건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견청구법인의 등기부상 본점 소재지는 처분청의 현장 출장 조사 결과 공실로 확인되는 점, 처분청이 제출한 전기요금 사용 내역과 (주)A의 임대차계약서 및 (주)A 대표자의 진술 등으로 볼 때 파주시 부동산은 임차인인 (주)A가 실제로 사용한 사실이 확인되고, 청구법인은 쟁점사무소를 실제로 사용하지 않은 것으로 확인된다.청구법인이 쟁점사무소를 임차하기 위해서는 임차인 겸 전대인인 (주)A와 전대차계약을 체결하여야 하나, 청구법인이 쟁점사무소를 부동산 소유자인 청구법인의 대표이사 및 배우자와 무상임대차계약을 체결한 것은 임대차건물에 대한 권한이 없는 자와 체결된 것으로 무효라 할 것이다.또한, 청구법인이 제출한 이사회 회의록 및 주주명세서를 보면, 청구법인의 목적사업과 관련된 중추적인 의사결정과 관련한 주된 기능은 대표이사를 통해 이루어지고 있는 것으로 보이는데, 대표이사는 일요일 및 공휴일을 제외한 월요일부터 토요일까지(오전 9시～오후 5시 30분) 대부분의 시간을 대표이사의 개인사업장에 상주하고 있는 것으로 확인되고, 청구법인의 세금계산서를 전송한 IP주소가 대표이사의 개인사업장과 동일한 지역으로 확인된다.한편, 청구법인은 쟁점사무소에서 2023.2.2. 쟁점부동산 대출실행을 위한 이사회 개최 및 2024.6.23. 사업자단위 과세신청을 위한 이사회를 개최하였다며 이사회 의사록을 그 증빙자료로 제출하였으나, 위의 사실관계를 확인하기 위한 처분청의 소명 요청에 대하여, 청구법인은 대표이사 및 사내이사가 쟁점사무소로 출퇴근한 기록, 차량운행기록, 물품구매 등 업무수행과 관련한 일체의 증빙을 제출하지 못하였다.또한, 부동산 임대업의 특성상 대표이사가 상시적으로 머무르는 장소에서 임대 사업과 관련한 중추적인 의사결정을 하였으리라는 점을 쉽게 추단할 수 있으며, 실제로 세금계산서 발행 등 법인의 중추적인 경영활동이 대표이사 개인사업장과 동일한 지역에서 이루진 점들이 확인된 이상, 대표이사의 개인사업장을 본점으로 볼 수 있다 할 것이며, 청구법인의 쟁점사무소는 사업자 등록 또는 상법상 법인설립등기를 위하여 형식적으로 마련된 주소로 보이며 대표이사와 배우자가 운영하는 가족사업체의 특성상 청구법인의 세금계산서가 발행된 대표이사의 개인사업장을 사실상 본점으로 보는 것이 타당하다.또한, 청구법인의 대표이사는 보건의료업(내과병원)을 영위하고 있는 개인사업자로 쟁점부동산 매매계약 체결일인 2023.1.17.로부터 불과 1개월 전인 2022.12.16. 청구법인을 과밀억제권역 외인 등기부상 본점소재지에 설립하였고, 중과세율이 아닌 일반세율로 쟁점부동산의 취득세를 신고납부하였는데, 대표이사가 개인 명의로 개인사업(보건의료업)을 영위하고 있음에도 불구하고 주소지 및 개인사업장과 상당한 거리에 있는 경기도 파주시에 별도로 청구법인을 설립한 데에는 과밀억제권역 외에 청구법인을 설립함으로써 취득세 중과 제외 혜택을 보기 위한 의사가 있었다 할 것이다.따라서, 청구법인의 본점을 대표이사의 개인사업장으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인의 본점을 대표이사가 운영하는 개인병원으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인 대표이사 외 1인은 2022.12.1. 쟁점사무소를 매매를 원인으로 하여 취득하였다.(나) 청구법인은 2022.12.16. 쟁점사무소를 본점 소재지로 하고, 부동산 매매업 및 임대업 등을 영위할 목적으로 설립되었다.(다) 쟁점사무소의 2층 및 3층은 ㈜A가 이전 소유자(a, b)와 임대차계약(임차기간: 2018.3.2.～2020.3.1.)을 체결하여 2024.5.28.까지 본점으로 사용하였다.(라) 청구법인은 2022.12.20. 쟁점사무소의 3층 일부(5㎡)를 임차하기로 하는 무상임대차계약(임차기간: 2022.12.20.～2024.12.20.)을 대표이사 외 1인과 체결하였다.(마) 청구법인은 2023.2.9. 쟁점부동산을 매매를 원인으로 하여 취득한 후, 일반세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.(바) 처분청이 2024.9.26. 청구법인의 등기부상 본점 소재지인 파주시 쟁점사무소를 조사한 결과, 1층은 공인중개업소, 2층은 공실, 3층은 2층 출입 후 내부계단을 통해서 올라가는 형태로 실내 확인은 불가하고, 3층 테라스 난간에 ㈜A 간판이 붙어있는 사실을 확인하였다.

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○(사) 처분청은 2024.10.16. 경기도 성남시에 소재하는 청구법인 대표이사 개인사업장(마음속내과의원)을 조사하면서, 대표이사와 아래와 같이 면담을 하였다.

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○(아) 처분청은 2024.10.23. 청구법인에게 소명자료 제출을 요구하는 안내문을 발송하였고, 2024.10.31. 아래와 같이 청구법인으로부터 관련 자료를 제출받았다.

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○(자) 처분청은 2025.1.13. 청구법인이 쟁점사무소를 실제 사용하였는지 여부를 확인하기 위하여 (주)A 대표이사에게 2022년부터 2023년 사이에 등기부상 본점 소재지를 (주)A의 본점으로 사용하고 있었는데, 3층 일부도 청구법인이 같이 본점으로 사용하였는지 여부를 유선으로 문의하였고, (주)A의 대표이사는 부동산 소유자가 임의로 거기에 본점을 등록한 것 같다고 답변을 받았다.(차) 파주시 전기계약 종합정보내역에 의하면, 쟁점사무소의 전기사용장소는 1층과 2층으로 기재되어 있고, 처분청이 2025.1.9. 한국전력공사 경기북부본부 파주지사 담당자와 통화한 결과, 쟁점사무소의 2층 전기요금은 (주)A가 2024년 4월까지 자동이체로 납부하였으며, 2024.5.28. 자동이체가 해지된 사실을 확인하였다.

이후 2024년 11월부터는 청구법인의 대표이사로 전기요금의 납부자로 변경된 것으로 나타난다.(카) 청구법인의 주주구성은 대표이사 c가 55%, 미성년 자녀 3인이 각 15%의 주식을 보유하고 있고, 사내이사는 배우자이다.(타) 청구법인의 대표이사는 월, 화, 수, 금요일(08:30～18:00), 목요일(08:30～13:00), 토요일(08:30～13:00 / 13:00～14:00(2,5주) 평일 대부분의 시간을 대표이사 개인사업장인 경기도 성남시에서 상주하고 있는 것으로 청구법인 대표이사의 개인사업장 홈페이지에 나타난다.(파) 청구법인의 목적사업인 쟁점부동산 임대차 계약과 관련하여 발행된 세금계산서 발급 목록에 의하면, IP주소가 모두 ‘OOO’로, 이는 경기도 성남시로, 대표이사의 개인사업장과 동일한 지역으로 나타난다.(하) 청구법인은 쟁점사무소 인근 식당의 식사비 간이영수증 총 9건(2022.12.20.～2024.6.21. 합계 OOO원)을 증빙자료로 제출하였으나, 청구법인의 손익계산서에는 복리후생비나 식사비 등으로 지출된 항목이 없는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사무소를 청구법인의 본점으로 보아야 하므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다고 주장하나, 처분청이 쟁점사무소에 대하여 사실현황을 조사하고 작성한 결과보고서에 의하면 쟁점사무소는 공실로 확인되는 점, 쟁점사무소에 대한 전기사용 내역에 의하면 사용자가 쟁점사무소의 임차인인 ㈜A로 나타나고, (주)A의 임대차계약서 및 (주)A 대표이사의 진술 등에 의하면, 청구법인에게 쟁점사무소를 임대한 사실이 없고 이를 본인이 사용하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인의 목적사업과 관련된 중추적인 의사결정과 관련한 주된 기능은 대표이사를 통해 이루어지는바, 대표이사는 일요일 및 공휴일을 제외한 월요일부터 토요일까지(오전 9시～오후 5시 30분) 대부분의 시간을 대표이사의 개인사업장에 상주하고 있는 것으로 확인되고, 청구법인의 세금계산서를 발급한한 IP주소가 대표이사의 개인사업장과 동일한 지역으로 나타나는 점, 청구법인은 2023.2.2. 쟁점사무소에서 부동산 대출실행을 위한 이사회를 개최하였고, 2024.6.23. 사업자단위 과세신청을 위한 이사회를 개최하였다며 이사회 의사록을 그 증빙자료로 제출하였으나, 위의 사실관계를 확인하기 위한 처분청의 소명 요청에 대하여, 청구법인은 대표이사 및 사내이사가 쟁점사무소로 출퇴근한 기록, 차량운행기록, 물품구매 등 업무수행과 관련한 증빙자료를 제출하지 못한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 본점을 쟁점사무소가 아닌 대표이사의 개인사업장으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역( 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다.

이하 이 조 및 제28조에서 ‘대도시’라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이조에서 “사원주거용 목적 부동산” 이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이호에서 같다] 하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립 · 설치 · 전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우(2) 지방세법 시행령제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점 · 분사무소 설치 및 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 · 분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소 등”이라 한다)이 그 설립 · 설치 · 전입 이전에 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립 · 설치 · 전입 이후 5년 이내에 하는 업무용 · 비업무용 또는 사업용 · 비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설 · 증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종 변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조 · 「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」 · 「부가가치세법」 또는 「소득세법」 에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 업는 단순한 제조·가공장소2. 물품의 보관만을 하는 보관창고3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장