지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 5년 이내 매각한 데 정당한 사유가 있으므로 감면된 취득세 등의 추징이 배제되어야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2022.2.4. 경기도 시흥시 OOO 건축물 및 그 부속토지(이하 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 분양받아 취득하고, 쟁점부동산이 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제2항 제1호 본문에 따른 취득세 감면(100분의 50)을 적용받았다.

나. 청구법인은 쟁점부동산을 그 취득일부터 5년 이내인 2025.4.2. 매각하고, 2025.5.13. 처분청에 기 감면된 취득세 등 OOO원(이자상당액 포함)을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 이후 쟁점부동산을 취득일부터 5년 이내 매각한 것에 정당한 사유가 있으므로, 기 납부한 취득세 등이 환급되어야 한다고 주장하며 2025.8.18. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청이 2025.10.16. 이를 거부(이하 “이 건 경정청구 거부처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인의 쟁점부동산 매각은 조세를 회피하기 위한 목적이 아니라 기업 존속을 위해 불가피하게 이루어진 경영상 조치였음에도 이러한 사정이 충분히 고려되지 않은 상태에서 기 감면된 취득세 등과 이자상당액을 납부해야 한다는 취지의 처분이 이루어진 것으로 판단되므로, 이 건 경정청구 거부처분의 취소를 구한다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호 본문에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 호 단서 및 나목은 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호 단서 및 나목의 추징조항은 정당한 사유에 대하여 별다른 규정을 두고 있지 아니하므로, 정당한 사유의 존부를 다투는 것이 허용되지 않는다고 할 것이다(조심 2019지3808, 2020.4.24., 참조).(2) 조세 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정조건을 붙여 감면하는 것으로, 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 감면효력이 상실된다 할 것이고(조심 2010지341, 2011.5.17., 참조),조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 참조).(3) 청구법인은 쟁점부동산을 2022.2.4. 취득하고 「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호 본문에 따른 취득세 감면을 적용 받았으나, 그 취득일부터 5년 이내인 2025.4.2. 당해 부동산을 매각하였으므로, 기 감면된 취득세 등의 추징사유가 발생하였고 쟁점부동산을 매각하게 된 부득이한 사정이 있었다거나 파산에 준하는 경영상의 어려움이 있었다고 하더라도 달리 볼 수 없다고 할 것이다.또한 「지방세특례제한법」제178조 제2항은 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 이자상당액을 가산하여 납부해야 한다고 규정하고 있으므로, 처분청에서 청구법인이 기 감면된 취득세 등과 이자상당액을 합한 금액을 신고·납부한 것에 잘못이 없다고 보아 한 이 건 경정청구 거부처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 5년 이내 매각한 데 정당한 사유가 있으므로 감면된 취득세 등의 추징이 배제되어야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2022.2.4. 쟁점부동산을 분양받아 취득하고, 쟁점부동산이 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호 본문에 따른 취득세 감면(100분의 50)을 적용받았다.(나) 청구법인은 2024.12.4. 주식회사 A과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 2025.4.2. 위 계약에 따른 잔금을 지급받아 쟁점부동산을 매각하였다.(다) 청구법인의 쟁점부동산 매각 사유를 확인할 수 있는 자료는 제출되지 않았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호 본문에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 호 단서 및 나목은 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 해당 부분에 대해서 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.같은 법 제178조 제2항 본문은 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 이자상당액을 가산하여 납부해야 한다고 규정하고 있고, 같은 항 단서는 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다고 규정하고 있으며,「지방세특례제한법 시행령」(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것) 제123조의2 제2항은 법 제178조 제2항 단서에 따른 ‘부득이한 사유’로 파산선고를 받은 경우(제1호)와 천재지변이나 그 밖에 이에 준하는 불가피한 사유로 해당 부동산을 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 경우(제2호)를 열거하고 있다.(나) 청구법인은 쟁점부동산 취득일부터 5년 이내 매각한 것에 대해 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인은 2022.2.4. 쟁점부동산을 취득하고, 그 취득일부터 5년 이내인 2025.4.2. 이를 매각한 것으로 확인되므로, 「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 단서 및 나목에 따라 감면된 취득세 등의 추징 사유가 발생한 점,위 추징 규정에서 추징 여부 판단 시 정당한 사유를 고려하도록 규정하고 있지 아니하므로, 청구인이 쟁점부동산을 매각한 것이 기업 존속을 위해 불가피한 경영상의 조치였다고 하더라도 그 추징을 배제할 수 없는 점,이처럼 추징 사유가 발생하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 이상, 「지방세특례제한법」제178조 제2항에 따라 이자상당액을 가산하여 납부해야 하는 것이고, 그 밖에 청구법인에게 같은 항 단서 및 같은 법 시행령 제123조의2 제2항 제2호에 따른 부득이한 사유가 발생하여 이자상당액을 가산하지 아니할 수 있다고 볼 만한 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.1. 2022년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우제178조(감면된 취득세의 추징) ② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)제123조의2(감면된 취득세의 추징에 관한 이자상당액의 계산 등) ② 법 제178조 제2항 단서에서 "파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 파산선고를 받은 경우2. 천재지변이나 그 밖에 이에 준하는 불가피한 사유로 해당 부동산을 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 경우