적법한 심판청구인지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 발전설비 유지 및 보수공사를 주업종으로 영위하는 사업자로, 2019∼2023사업연도 기간 동안 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 합계 OOO원의 장애인고용부담금(이하 “쟁점장애인고용부담금”이라 한다)을 납부한 후, 법인세 신고 당시 이를 손금불산입하였다.＜표1＞ 청구법인의 쟁점장애인고용부담금 연도별 납부내역(단위 : 원)

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○나. 청구법인은 2025.3.28. 처분청에 ‘법원 판결(OOO)에 따라 장애인고용법상 장애인고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로서 부과된 공과금이 아니어서 쟁점장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입 공과금에 해당하지 않으므로, 아래 ＜표2＞와 같이 기납부한 2019∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하여 달라’는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 장애인고용률이 의무고용률에 미치지 못하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금이어서 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입 공과금에 해당한다고 보아, 2025.6.4. 이를 거부하였다.＜표2＞ 청구법인의 연도별 경정청구 환급세액(단위 : 원)

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○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.29. 이의신청을 거쳐[청구법인은 경정청구 당시 착오로 일시납부공제액을 추가 손금산입액에 포함하여 환급세액을 과다산정함에 따라 이의신청 과정에서 경정청구 환급세액을 합계 OOO원으로 정정(감액)하였다], 2025.11.27. 심판청구를 제기하였다.

라. 처분청은 대법원이 동일 쟁점의 다른 사건에서 ‘구 장애인고용법 등의 문언 및 내용과 더불어, 장애인 고용부담금의 목적 및 성격 등을 종합하면, 장애인 고용부담금은 사업주가 구 장애인고용법 제28조 제1항에 따른 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 더 나아가 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고는 볼 수 없어 결과적으로 구 「법인세법」 제21조 제5호가 손금불산입 대상으로 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라고는 볼 수 없다’고 판시(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809 판결)하자, 2026.6.11. 청구법인에게 쟁점장애인고용부담금을 손금산입하여 아래 ＜표3＞과 같이 2019∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원(환급가산금 합계 OOO원 포함)을 환급한다는 통지를 하였다(실제 환급금지급일은 2026.6.2.이다).＜표3＞ 처분청의 환급내역(단위 : 원)

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○2. 이 건 심판청구의 적법 여부가. 「국세기본법」 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있다.

나. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 2026.6.11. 청구법인에게 2019∼2023사업연도 법인세 OOO원(환급가산금 합계 OOO원 포함)을 환급한다는 내용의 통지를 함에 따라 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로, 이 건 심판청구는 부적법하다고 판단된다.

3. 결론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.