쟁점토지(주차장)를 청구법인의 지점 용도에 직접 사용하기 위한 취득으로 본 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 1972.2.22. 서울특별시 구로구 OOO를 본점으로 하고, 에폭시 수지 및 폴리아마이드수지 및 가공품의 제조 판매업, 염산, 가성소다 및 압축수소제조 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2021.12.20. 서울특별시 마포구 OOO［토지 380.2㎡ 및 건축물 365.15㎡(다가구주택 215.64㎡, 사무소 149.51㎡), 이하 “이 건 부동산”이라 하고, 토지 면적만을 “쟁점토지”라 한다］을 매매로 취득하고, 같은 날 매매가액 OOO원을 과세표준으로 하여 다가구주택 및 그 부속토지에 대하여는 「지방세법」(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제13조의2 제1항 제1호의 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을, 사무소와 그 부속토지에 대하여는 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목에 따른 일반세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후, 2022.3.8. 이 건 부동산의 건축물을 멸실하였다.이후 청구법인은 2022.8.11. AAA 주식회사(이하 “AAA”이라 한다)의 발행주식 100%를 취득하고, 2022.9.15. AAA 소유의 서울특별시 OOO 토지 1,954.8㎡ 및 건축물 5,079.71㎡(이하 “BBB빌딩”이라 하고, 토지를 “BBB빌딩 부지”라 한다)에 대한 과점주주 간주취득세를 신고·납부한 후, 2023.3.23. AAA과 BBB빌딩의 6, 7, 10층 사무실(각각 208.26㎡, 430.03㎡, 430.03㎡ 합계 1,068.32㎡, 이하 “이 건 사무실” 또는 “CCC지점 사용면적”이라 한다)을 임차하는 계약을 체결하였다.

나. 처분청은 쟁점토지 중 이 건 사무실 면적(21.031%)에 해당하는 32.73㎡(이하 “과세분 토지”라 한다)의 경우「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 제16조 제4항에 따라 취득한 후 5년 이내에 청구법인의 지점 용도(지점의 부대시설인 주차장)로 사용하는 부동산에 해당하여 취득세 중과세 대상에 해당한다고 보아, 2025.7.21. 청구법인에게 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장「지방세법 시행령」 제27조 제3항에 따르면, 법 제13조 제2항 제1호에서 법인이 대도시에 그 지점을 설치함에 따라 취득하는 부동산이란, 지점 설치 이전에 법인이 그 ‘지점의 용도로 직접 사용’하기 위하여 취득한 부동산을 말하는 것으로 지점 설치와 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 지점으로 사용하게 된 경우의 부동산 등기까지 중과세 대상으로 포함하는 것은 아니고, 지점 설치와 부동산 취득 사이에 직접적인 관련성이 인정되어야 중과세 대상에 해당하는 것이며, 해당 부동산이 지점의 용도로 직접 사용되고 있다는 사실이 명백하게 입증되어야 할 것이다.이에 하기에서 청구법인이 취득한 쟁점토지가 CCC지점의 용도로 직접 사용되는 부동산에 해당하여 취득세 중과세 대상에 해당하는지 여부를 살펴보겠다.

(1) 처분청은 청구법인이 과점주주로서 AAA을 실질적으로 소유하고, 쟁점토지 지상의 주차장(이하 “이 건 주차장”이라 한다) 공사를 발주하였기 때문에, 청구법인이 BBB빌딩을 임차하여 CCC지점을 설치한 사실과, 쟁점토지를 취득한 사실 간에 직접적인 관련성이 존재한다는 의견이다.(가) 청구법인은 본점 건물을 신축할 목적으로 쟁점토지를 취득하였으나, 신축 계획이 무산된 것일 뿐, 쟁점토지를 CCC지점이 직접 사용하기 목적으로 취득한 것이 아니다.이 같은 사실은 2021.11.23. “DDD건축사사무소”와 체결한 본점 설계용역 계약을 보면 본점 건물을 신축할 목적으로 쟁점토지를 취득한 것을 확인할 수 있으므로 당초 쟁점토지를 취득한 목적은 CCC지점의 설치와 직접적인 관련성이 존재하지 않는다.그러나 이후, 글로벌 경기 침체 등으로 인한 경영상 불확실성이 고조되면서 BBB빌딩 부지 및 쟁점토지 상의 본점 신축 계획이 무산됨에 따라, 쟁점토지의 취득 당시 용도가 소멸된 상황에서 청구법인은 쟁점토지와 BBB빌딩의 물리적 인접성을 고려하여 주차장을 설치한 후, 이를 AAA에 매각하여 BBB빌딩의 부설주차장 용도로 사용하도록 하였고, 이는 쟁점토지의 취득 당시 용도가 소멸된 상황에서 최선의 의사결정이었다.(나) 또한 청구법인은 이 건 주차장 공사가 완료된 직후인 2023.6.1.부터 쟁점토지의 양도일인 2023.6.22.까지, 이 건 주차장의 운영을 AAA에 곧바로 위탁하였다.

이는 청구법인이 CCC지점이 이 건 주차장을 직접 사용할 아무런 의도·필요성·이해관계가 존재하지 않았기 때문이며, 다만 소유권 이전이 이루어지기 전까지 한시적으로 그 운영을 위탁한 것일 뿐이다.따라서 단지 청구법인이 AAA의 과점주주 지위에 있다는 사실만을 근거로 하여, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 목적 및 취득 목적이 상실된 이후 토지를 AAA에게 위탁운영하다가 매각하였음에도 불구하고 쟁점토지를 CCC지점의 용도로 사용하기 위하여 이 건 주차장을 설치하였다고 보기는 어렵다.하물며 청구법인이 단순히 CCC지점 근무자들의 편익을 위하여, 취득가액이 OOO원에 달하는 쟁점토지를 BBB빌딩의 부설주차장으로 편입하였다는 처분청의 의견은 객관적인 관점에 부합하기 어렵다.이상을 종합하면, 쟁점토지의 취득 당시 목적이 지점 설립과 무관하고, 쟁점토지를 취득한 사실과 CCC지점이 설치된 사실 간에 직접적인 관련성이 존재한다고 보기 어려운바, 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

(2) 청구법인은 쟁점토지 위 이 건 주차장을 AAA에게 운영을 위탁하여 주차장 운영수익을 창출하는 용도로 사용하였고, 청구법인의 CCC지점은 제3자와 동일한 경제적 대가를 부담하며 주차장을 이용하였으므로 쟁점토지는 지점 용도로 사용한 것으로 볼 수 없다.(가) 청구법인은 주차장 공사가 완료되기 이전인 2023.5.4. 이미 AAA과 이 건 주차장 운영위탁계약을 체결한 것을 보면, 청구법인은 쟁점토지를 AAA에게 BBB빌딩이 사용하는 주차장으로 임차하고 주차장 운영을 위탁하여 해당 주차장에서 발생하는 주차장 운영수익을 창출하는 용도로 사용한 것이 명확하게 확인되는바, 쟁점토지가 청구법인의 CCC지점의 용도로 사용하였다고 볼 수 없다.(나) 그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점토지는 BBB빌딩의 부속토지이고 청구법인을 비롯한 BBB빌딩의 이용자들이 이 건 주차장을 공동 주차장으로서 공동으로 사용하였기에 쟁점토지는 CCC지점의 용도로 사용되었다는 의견이므로 이에 청구법인의 CCC지점이 쟁점토지를 BBB빌딩의 공동 주차장으로 사용하였으므로 취득세 중과세 대상에 해당되는지 여부를 조세심판원 선 결정례를 통해 살펴보면,법인이 주차타워를 신축하고 그 운영을 타 업체에 위탁하였을 때, 그 법인의 본점이 사용하는 주차면적이 본점의 부대시설을 구성하여 취득세가 중과되는지 여부가 다투어진 사건(조심 2024지1391, 2025.6.5.)에서 조세심판원은 청구법인의 본점이 주차구획을 사용함에 있어 위탁운영계약에 근거하여 제3자와 동일한 요금을 지불한 점에 비추어, 건물이 그 법인이 직접 소유한 주차타워임에도 불구하고 취득세 중과대상 본점 부대시설, 즉 본점에 부수하여 사용하는 시설에 해당하지 않는다고 보았다.청구법인은 이 건 주차장 공사가 완료된 2023.5.31. 이전 2023.5.4. 이미 AAA과 운영위탁계약을 체결하였고, 청구법인의 CCC지점은 AAA과 체결한 임대차계약 및 주차장 사용약정(*)에 근거하여 이 건 주차장을 이용한 것으로 청구법인의 CCC지점은 줄곧 제3자와 동일한 지위에서 이 건 주차장을 이용하였다.(*) 기본제공 주차면수에 대한 요금은 “임대료에 포함”된 것으로, 추가 주차면수 이용을 위해서는 “월 OOO원”을 부담하여야 함즉, 선 결정례의 사실관계와 유사하게 청구법인은 보유하고 있던 쟁점토지를 AAA에게 주차장 운영을 위탁하고 청구법인의 CCC지점은 이 건 주차장을 사용하기 위하여 임대차계약에 근거하여 제3자와 동일한 경제적 대가를 부담하며 사용하였으므로 쟁점토지는 청구법인의 CCC지점의 용도로 직접 사용된 것이 아니라고 봄이 타당하다.

(3) 청구법인의 CCC지점이 이 건 주차장을 직접적으로 이용하였다고 볼만한 사실관계는 확인되지 않는다.법인이 취득한 부동산이 그 일부만 지점의 용도로 사용되고 있는 경우라면, 지점의 용도로 ‘직접 사용’된 범위에 한하여 중과세 대상이 된다고 볼 것인 바(서울고등법원 2014.1.15. 선고 2013누18454), 이 사건 과세처분이 적법하기 위해서는 CCC지점이 직접 사용한 쟁점 토지의 범위에 대하여 구체적인 입증이 필요하다.이른바 ‘EEE주차장’은 BBB빌딩 내 지하 주차장, BBB빌딩 부지 내 지상주차장(OOO), 그리고 이 건 주차장(구 OOO)으로 구분되고, 2023.6.1. 청구법인과 AAA 간에 체결된 주차장 사용약정을 살펴보면, 청구법인은 EEE주차장의 지하주차장(BBB빌딩 내 지하주차장)을 우선 사용하는 것이 원칙이고, 주차공간이 부족한 경우에 한하여 EEE주차장의 지상주차장을 이용하도록 하였다.또한 이 건 주차장은 제3자가 자유롭게 유료로 이용할 수 있는 주차장으로서, 각 입주사가 사용하는 주차구획이 특정되지 않기 때문에 CCC지점의 주차구역이라고 볼만한 고정적 실체가 존재하지 않을 뿐만 아니라, 처분청은 이 건 주차장을 BBB빌딩 이용자들이 공동으로 사용하는 주차장이라고 하여 BBB빌딩에서 CCC지점이 사용하는 면적을 BBB빌딩의 전체면적으로 나누어 쟁점토지상 주차장의 CCC지점 사용비율을 산정했으나, 쟁점토지 상 주차구획은 BBB빌딩의 임차인들에 의해서 사용될 뿐만 아니라 외부인이 사용하기도 하므로, 주차장 사용면적이 곧 BBB빌딩의 임차면적에 비례하여 사용되었다고 볼 수 없는바, 처분청은 CCC지점이 직접 사용하고 있는 쟁점토지의 범위에 관하여 구체적이고 합리적으로 입증하지 못하였으므로 쟁점토지는 합정 지점의 용도로 직접 사용되지 않은 것으로 봄이 타당하다.(4) (예비적 주장) 설령 백번 양보하여 쟁점토지가 CCC지점의 용도로 직접 사용되었다고 판단하더라도, 그 직접 사용비율을 BBB빌딩에서 CCC지점이 사용하는 면적의 비율로 하는 것이 아닌 CCC지점에게 실제 할당된 주차구획 수 비율(OOO)를 근거로 산정함이 타당하다.마지막으로, 만약 청구법인이 이 건 주차장을 지점 용도로 사용하고자 하는 의도가 있었다면, 오히려 이 건 주차장 공사를 시작하면서 AAA에게 양도하는 등 양도일을 조정하였다면 이 건 취득세 중과세 처분을 미연에 방지할 수 있었을 것이다.그럼에도 불구하고 청구법인이 양도일을 임의로 조정하지 않았던 것은, 애당초 이 건 주차장을 설치한 사실과 CCC지점을 설치한 사실 간에 아무런 관련성이 존재하지 않았기 때문인 점을 고려하여 청구법인에게 억울한 과세가 되지 않도록 살펴봐 주시기를 요청한다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 대도시에서 지점을 설치함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」(2021.10.21. 대통령령 제32091호로 타법개정된 것, 이하 같다) 제27조 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 지점설치에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 사무소등이 그 설치 이전에 법인의 지점 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설치 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설치 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있으며, 「지방세법」 제16조 제4항 및 같은 법 시행령 제31조에서는 취득한 부동산이 5년 이내에 법 제13조 제2항에 따른 과세대상이 되는 경우에는 같은 항의 세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.또한, 「지방세기본법」제17조 제1항에서 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제46조에서 법인의 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인이 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 과점주주라고 규정하고 있으며, 「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다.즉, 부동산 취득일이 지점 설치일보다 앞서는 경우, 부동산을 취득할 당시에는 지점설치 용도로 직접 사용할 목적이 인정되지 아니하여 중과세율이 적용되지 아니하였으나, 취득 후 5년 이내에 지점설치 용도로 직접 사용하게 된 경우에 납세의무자가 부동산을 취득할 당시에는 이를 지점설치 용도로 직접 사용할 목적이 없었다고 하더라도, 부동산 취득일로부터 5년 이내에 이를 지점설치 용도로 직접 사용하게 된 경우라면 중과세율 대상이라 할 것(대법원 2025.1.9. 선고 2024두54386 판결 참조)이고, 「지방세법」 제7조 제5항 전문이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보기 때문이라고 할 것(대법원 2016.3.10. 선고 2018두49376 판결 참조)이다.

(2) 청구법인은 CCC지점의 경우 과세분 토지와 번지 수가 다른 BBB빌딩에 설치되었으므로, CCC지점을 설치한 사실과 쟁점토지를 취득한 사실 사이에 직접적인 견련성이 인정되지 않고, 쟁점토지는 청구법인의 지점의 용도로 직접 사용하지 않으며, BBB빌딩의 부설주차장에 해당하더라도 「지방세법」상 부속토지에 해당하지 않으며, 설령 부속토지에 해당한다 하더라도 처분청이 제시한 면적은 배정된 주차구획에 의해 산정되어야 한다며, 청구법인이 과세분 토지를 직접 사용하고있음을 전제로 한 이 건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다.그러나, 청구법인은 2021.12.20. BBB빌딩과 연접해있는 이 건 부동산을 취득한 후, 2022.8.11. AAA의 주식 전부와 경영권을 양수하여 과점주주가 되었고, 같은 날 청구법인의 사내이사였던 FFF, GGG가 각각 AAA의 감사와 대표이사로 취임한 후, 2022.9.15. AAA 소유의 부동산인 BBB빌딩에 대한 취득세를 신고납부한 사실이 확인되는바,청구법인은 AAA의 과점주주로서 BBB빌딩을 실질적으로 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다고 할 것이며, AAA이 2023.5.3. (주)HHH와 쟁점토지를 포함한 BBB빌딩 부지의 주차장 주차설비 구축공사와 관련하여 체결한 계약서상에서 청구법인의 로고(‘OOO’)가 확인되고, 해당 공사의 견적서상 발주처가 청구법인으로 확인되는 점 등으로 볼 때, 청구법인이 BBB빌딩의 이 건 사무실에 CCC지점을 설치한 사실과 쟁점토지를 취득한 사실 사이에 직접적인 관련성이 없다고 보기는 어렵다고 하겠다.AAA은 당초 BBB빌딩의 부지에 별도의 부기등기 없이 부설주차장을 설치하여 사용해오다가, 2023.11.15. 쟁점토지와 합병등기 후 2024.12.17. 토지합병에 따라 대지면적을 변경(1,954.8㎡ → 2,335㎡)하고, 2024.12.20. 부설주차장의 용도를 변경(옥외 주차장 46대 → 61대)한 사실이 BBB빌딩의 건축물대장상에서 확인되는데, 기존 BBB빌딩 안에 38개의 사업장이 있었고 이를 방문하는 일반인이 기존 부설주차장을 이용하기에는 46대라는 주차대수는 턱없이 모자라며 쟁점토지를 취득함으로써 주차대수가 늘어난바, 쟁점토지는 BBB빌딩의 효용과 편의를 위해 사용되고 있는 부속토지라 보는 것이 타당하다.비록 청구법인이 2023.5.4. AAA과 ‘주차장 위탁 운영 및 수익 배분 계약’을 체결함에 따라 2023.6.1.부터 과세분 토지를 포함한 쟁점토지에 대하여 주차장 운영에 대한 전반의 업무를 위탁한 사실이 확인되나, 해당 계약을 체결하기 전인 2023.5.3. 쟁점토지를 BBB빌딩의 주차장으로 사용하기 위한 구축공사를 위하여 (주)HHH와 체결한 계약과 AAA의 과점주주로서 사실상 BBB빌딩을 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 실질적인 소유자에 해당하는 청구법인이 무관하다고 보기 어려우며, 청구법인이 AAA에 쟁점토지상에 설치된 주차장 운영에 대하여 위탁하였다고 하더라도 쟁점토지는 CCC지점이 설치된 BBB빌딩의 부속토지라는 사실에는 변함이 없다.

(3) 한편, 「주차장법」 제2조 제1호 나목에서의 “노외주차장(路外駐車場)이란 도로의 노면 및 교통광장 외의 장소에 설치된 주차장으로서 일반의 이용에 제공되는 것”이라고 정의하고 있고, 다목에서 “부설주차장이란 제19조에 따라 건축물, 골프연습장, 그 밖에 주차수요를 유발하는 시설에 부대(附帶)하여 설치된 주차장으로서 해당 건축물ㆍ시설의 이용자 또는 일반의 이용에 제공되는 것”이라고 정의하고 있다.청구법인이 2022.8.11. 과점주주 간주취득세를 신고하면서 제출한 ‘AAA 주식 및 경영권 양수도계약서의 별지 BBB빌딩 건물임대차 계약 현황’을 보면 임차인이 OOO, OOO 등 38개의 사업장이 입점해 있는데, 그 38개 사업장과 그 사업장을 방문하는 일반인이 기존 부설주차장(46대)을 사용하기에는 턱없이 부족하였음을 알 수 있다.특히, 옥내 지하 주차장은 자동차 전용 엘리베이터를 이용하여야 하는데, BBB빌딩 관리인은 지하 주차장이 준공된 지 약 40년이 경과된 상태이고, 엘리베이터 진입로가 좁아 경차 외에는 입차가 거의 불가능하여 2025년 3월 현재 현황조사 시 사용하지 않는다고 하였다.청구법인은 CCC지점과 쟁점토지와는 관련성이 없고, CCC지점의 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 주장하나, 청구법인은 건축물의 이용자 또는 일반의 이용에 제공되는 부설주차장과 일반의 이용에만 제공되는 노외주차장을 구분하지 않고, 건축물의 부설주차장을 마치 노외주차장으로 오인하고 있다.쟁점토지는 건축물의 이용에 제공되는 토지로서 BBB빌딩의 건축물대장에 쟁점토지의 면적이 부속토지로 기재되어 있고, 실제 건축물의 부속토지로서 건축물의 부설주차장으로 이용되고 있다.

(4) 또한 통상 건물 내 부설주차장은 특정 용도에 배타적으로 사용할 수 있도록 설계되지 아니한 이상 건물 이용객 전체의 편의제공을 위해 제공되는 시설(대법원 2013.5.23. 선고, 2013두3474 판결 참조)인바, BBB빌딩 이용자들은 쟁점토지를 포함한 BBB빌딩의 부속토지를 공동 주차장으로 사용되었다고 봄이 타당하며, 청구법인이라 하여 이를 달리 볼 이유가 없으므로 쟁점토지를 건물 사용 연면적으로 안분하여 중과한 처분은 적법하다.따라서, 대도시 밖에 있던 청구법인은 2021.12.20. 쟁점토지를 취득한 후 5년 이내인 2023.4.3. 대도시인 이 건 사무실에 지점을 설치하였고, 2023.6.1. 쟁점토지가 BBB빌딩의 사실상 부속토지로 편입됨으로써 쟁점토지인 대도시에 CCC지점이 설치되었으므로, 처분청이 「지방세법」 제13조 제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① (주위적) 쟁점토지를 청구법인의 지점의 용도로 직접 사용하기 위해 취득한 것으로 보아 취득세를 중과한 처분의 당부② (예비적) 과세면적의 산정이 타당한지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 1972.2.22. 서울특별시 구로구 OOO를 본점으로 하고, 에폭시 수지 및 폴리아마이드수지 및 가공품의 제조 판매업, 염산, 가성소다 및 압축수소제조 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 1995.3.1. 본점을 현주소지인 서울특별시 금천구 OOO로 이전하였다.(나) 청구법인의 등기사항전부증명서에 따르면 FFF과 GGG는 각각 2019.3.15., 2020.3.13. 청구법인의 사내이사로 취임한 것으로 나타난다.(다) 청구법인은 2021.12.20. 이 건 부동산을 본점용 건축물을 신축할 목적으로 하여 매매로 취득하고, 같은 날 매매가액 OOO원을 과세표준으로 하여 다가구주택 및 그 부속토지에 대하여는 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을, 사무소와 그 부속토지에 대하여는 일반세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고납부한 후, 2022.3.8. 이 건 부동산의 건축물을 멸실하였다.(라) 청구법인은 2022.8.11. AAA의 발행주식 100%를 취득하였고, 같은 날 FFF과 GGG는 각각 AAA의 감사, 대표이사로 취임하였으며, 2022.9.15. AAA 소유의 BBB빌딩에 대한 과점주주 취득세를 신고·납부하였다.(마) 청구법인은 2023.3.23. AAA과 BBB빌딩의 이 건 사무실을 임차하는 임대차계약(임대차 기간 : 2023.4.3.~2025.4.2.)을 체결한바, 특약사항에 계약일로부터 1개월은 공사기간에 따른 렌트 프리 기간(2023.4.2.~2023.5.2.)으로 한다고 정한 것으로 나타난다.(바) AAA은 2023.5.3. (주)HHH와 BBB빌딩 주차장 주차설비 구축공사 발주를 위한 계약을 체결하였고, 공사명은 ‘청구법인(OOO 구.

BBB빌딩) 리모델링 외부공사’로 확인되며, 해당 공사의 견적서상 발주처가 청구법인으로 확인되며, 특이사항에 ‘공사범위 : 395-170(쟁점토지, 알박기 땅) 아스팔트 공사’라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.(사) 청구법인은 2023.5.4. AAA과 쟁점토지 지상의 이 건 주차장을 위탁 운영 및 운영수익을 배분하기 위한 위탁계약을 체결한바, 그 일부 내용은 아래와 같다.

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○(아) AAA과 청구법인이 2023.6.1. 작성한 주차장 사용약정서 일부 내용은 아래와 같다.

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○(자) 청구법인은 2023.6.12. 본점의 전산부서인 DT추진팀이 BBB빌딩 7층으로 근무지를 이전하였고, 2023.6.23. 본점의 자문팀이 BBB빌딩 6층으로 근무지를 이전하였는바, 그 직원수는 약 12명~15명 정도인 것으로 나타난다.(차) 청구법인은 2023.6.15. AAA에게 쟁점토지의 소유권을 양도한다는 계약(매매대금 OOO원)을 체결하였고, AAA은 2023.6.22. 그에 따른 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료하였다.(카) 청구법인은 2023.6.30. 사업장소재지를 BBB빌딩의 이 건 사무실로 하고, 2023.6.19.을 개업일로 하여 CCC지점에 대한 사업자등록(사업자번호 : OOO)을 하였다.(타) 쟁점토지는 2023.11.15. BBB빌딩 부지와 합병등기 되었고, BBB빌딩의 건축물대장에 따르면, BBB빌딩 지하의 주차대수는 15대, 2024.12.17. 상기 토지합병에 따라 대지면적 변경(1,954.8㎡ → 2,335㎡) 및 2024.12.20. 부설주차장 용도변경(옥외 주차장 46대 → 61대, 쟁점토지상 15대 증설)이 되어 총 주차대수는 76대수로 확인된다.(파) BBB빌딩과 쟁점토지는 다음과 같이 연접하고 있다.

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○(하) 처분청이 BBB빌딩의 실내주차장 현지확인한 내용에 따르면, 관리인은 건축물 지하 주차장은 오래전에 만들어져서 노후화 및 입구 높이가 낮아서 요즘 차량들은 진입이 어려워 사실상 주차장을 사용하지 아니한다고 하였고, 만일 지하에 주차하려면 경차만 가능하다고 하였다고 확인하였으며, 2022.9.15. 당시 BBB빌딩에 입점한 임차인은 38개 업체인 것으로 나타난다.(거) 처분청은 2025.4.16. 쟁점토지 중 과세분 토지의 경우, 취득한 후 5년 이내에 청구법인의 지점 용도로 사용하는 부동산에 해당하여 취득세 중과세 대상에 해당한다고 보아, 청구법인에게 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 OOO원을 부과·고지한바, 처분청이 쟁점토지를 출장(2025.3.28.)한 후 작성한 보고서 일부 내용은 다음과 같다.

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지는 CCC지점이 설치된 BBB빌딩의 사실상 부속토지이고 CCC지점이 주자장으로 이용하여 CCC지점이 5년 이내에 사용한 것으로 보아 취득세 중과대상이라는 의견이다.그러나, 청구법인은 쟁점토지 지상에 이 건 주차장을 공사하는 발주자로 나타나고, 2023.5.4. 이 건 주차장 운영을 위하여 AAA과 위탁계약서를 체결하면서 수익배분비율을 청구법인 20%, AAA 80%로 정하여［쟁점토지에 주차 가능 대수 : 13대, AAA 주차가능대수 61대(내외포함)］CCC지점의 용도로 사용하기 위한 것이라기보다 청구법인의 수익창출을 목적으로 주차장을 운영한 것으로 보이는 점,청구법인과 AAA 간에 2023.6.1. 체결된 주차장 사용약정을 살펴보면, 청구법인은 EEE주차장의 지하주차장(BBB빌딩 내 지하주차장)을 우선 사용하는 것을 원칙으로 하고, 주차공간이 부족한 경우에 한하여 EEE주차장의 지상주차장을 이용할 수 있다고 규정하면서, 임차면적도 약 6.4대로 기본제공 주차면수를 무상(임대료에 포함)으로 하고 추가제공 주차 면수를 월 OOO원으로 하도록 규정하여 사실상 일반인과 동일하게 주차 요금을 납부한 것과 다름이 없어 보여 쟁점토지 지상의 이 건 주차장을 CCC지점의 용도로 사용하였다고 단정하기 어려운 점,이후 쟁점토지는 2023.6.22. AAA에게 소유권이전되었고 2023.11.14. OOO과 합병된바, 주차장 공사가 완료된 2023.6.1.부터 약 20일의 기간 동안 CCC지점이 이 건 주차장을 이용하였다고 볼 만한 처분청의 과세처분에 대한 입증자료가 부족해 보이는 점 등에 비추어청구법인 쟁점토지 중 과세분 토지를 지점 용도로 사용한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.(나) 쟁점②는 심리실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의 2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다.

다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다. (2020. 8. 12. 개정)1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다.

이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우제16조(세율 적용) ④ 취득한 부동산이 대통령령으로 정하는 기간에 제13조 제2항에 따른 과세대상이 되는 경우에는 같은 항의 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.제31조(대도시 부동산 취득의 중과세 추징기간) 법 제16조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 부동산을 취득한 날부터 5년 이내를 말한다.

서울특별시 마포구청장이 2025.7.21. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.