조세심판 취소

1쟁점토지의 양도가 쟁점감면규정에 따른 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하고 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부 외

핵심 요약

요지

쟁점감면규정의 취지는 공익사업의 시행자가 공익사업 용지 등을 확보하는 데 있어서의 어려움을 덜어주고 토지 등의 이용을 효율화하기 위하여 당해 토지 등을 공익사업 용지 등으로 양도한 자에 대하여 양도소득세에 대한 감면을 해 주는 데 있다 할 것인 점(대법원 1999.11.26. 선고 98다47245 판결, 같은 뜻임).o충청북도 음성군이 2023.4.19. 청구인에게 발급한 토지 등 협의매수(수용) 사실 확인서에 따르면 사업명(수용목적)이 ‘대소 공영주차장 조성사업’으로, 근거 법령이 「주차장법」으로 각 기재되어 있고, 토지보상법 제14조 제1항에 따라 편입토지 평가조사가 작성되어 있는 등 충청북도 음성군은 토지보상법 제4조 제2호에서 공익사업의 하나로 열거하고 있는 주차장 조성사업을 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 보이는 점, o쟁점감면규정은 그 감면대상 소득을 “해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득”으로 정하고 있어 위 문언에 따르면 사업인정고시 전에 토지 등을 양도하는 경우에도 그 감면대상으로 정하고 있는바, 양도일 당시 사업인정고시가 이루어지지 아니하였다는 사정만으로 감면요건을 충족하지 못하였다고 단정하기 어려운 점, o국토교통부장관은 2026.6.12. ‘대소 공영주차장 조성사업’에 관하여 사업인정을 하여 관보에 게시한 것으로 나타나는바, 사업인정 권한을 가진 국토교통부장관이 이 건 조성사업을 토지보상법에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있는 공익사업으로 인정한 이상 쟁점토지 양도 당시 사업인정고시가 이루어지지 아니하였다고 하여 그 효력을 달리 볼 것은 아니라 할 것인 점, o쟁점토지는 청구인이 2004.3.25., 2011.3.10. 각 취득한 것으로서 위 사업인정고시일(2026.6.12.)또는 양도일(2023.3.24.)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지에 해당하고 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항 제3호 나목에 따른 사업인정고시일부터 5년 이전에 취득한 토지에 해당하는 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도는 쟁점감면규정에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하고 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다 할 것이므로, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

이유

1. 처분개요가. 청구인은 2004.3.25., 2011.3.10. 각 취득한 충청북도 OOO 임야 OOO㎡ 및 같은 리 OOO 대 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2023.3.24. 충청북도 OOO에 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 OOO원으로 양도한 후, 2023.4.19.「조세특례제한법」 제77조(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)를 적용하고 「소득세법」 제104조 제1항 제1호(이하 “일반세율”이라 한다)를 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

나. 이후, 청구인은 처분청의 수정신고 안내에 따라 2024.12.31. 쟁점감면규정 적용을 배제하고 「소득세법」 제104조 제1항 제8호(이하 “비사업용 토지 세율”이라 한다)를 적용하는 것으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고(가산세 OOO원 포함)하고 OOO원을 추가납부하였다.

다. 이후, 청구인은 2025.2.24. 당초 예정신고한 내용과 같이 쟁점토지의 양도가 쟁점감면규정 적용대상이고 비사업용 토지 세율이 아닌 일반세율을 적용하여야 한다는 취지로 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 2025.3.31. 쟁점토지에 대한 사업인정고시가 없었다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 충청북도 OOO은 쟁점토지를 군내 주차장으로 사용하기 위해 먼저 청구인에게 협의매수를 제안하였고 이에 따라 청구인은 쟁점토지를 충청북도 OOO에 양도하였으며, 충청북도 OOO은 이와 동시에 청구인에게 수용확인서를 발급해주었다. 이는 쟁점토지의 양도가 공익사업을 위해 공익사업의 시행자인 충청북도 OOO에 협의매수의 형식으로 이루어졌음을 나타내는 것이다.

(2) 청구인은 충청북도 OOO 담당공무원으로부터 쟁점토지 양도에 대해 양도소득세 일부 감면을 받을 수 있다는 설명을 들었고, 이에 따라 양도소득세 신고시 쟁점감면규정을 적용하고 사업용토지로 신고·납부하였다. 청구인으로서는 담당공무원의 안내에 따라 쟁점감면규정 및 사업용토지 규정을 적용하여 신고·납부한 것이고, 그 실질도 청구인이 공익사업 시행자인 충청북도 OOO에 공익사업(주차장)을 목적으로 양도한 것이므로 쟁점토지의 양도에 대해 쟁점감면규정을 적용하고 비사업용 토지 세율 적용을 배제하는 것이 타당하다.

(3) 한편, 충청북도 OOO은 청구인이 쟁점감면규정을 적용받을 수 있도록 관련 절차에 따라 쟁점토지를 매수하였어야 함에도 이러한 절차를 지키지 않았고 이러한 절차상의 하자는 협의매수의 상대방인 청구인이 관여하거나 인지할 수 있는 영역이 아니므로 충청북도 OOO의 절차 미준수를 이유로 쟁점감면규정을 배제하고 비사업용 토지 세율을 적용하는 것은 불합리하다.

(4) 위와 같이 청구인이 쟁점감면규정 등을 적용받지 못한 것에 대해서는 충청북도 OOO에 귀책사유가 있으므로 청구인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.

(5) 처분청 답변에 대한 청구인의 항변 내용은 아래와 같다.최근 청구인은 충청북도 OOO에 민원을 제기하여 협의매수시 정당한 절차에 의해 쟁점토지를 매수하지 않은 부분에 대해 시정을 요구하였고, 이에 충청북도 OOO은 2026.6.12. 국토교통부와 협의하여 관련 내용에 대해 소급하여 사업인정고시를 받아 관보에 게시하였는바, 쟁점감면규정 요건이 사후적으로 충족되었다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점토지는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “토지보상법”이라 한다)상 사업인정고시를 받은 사실이 없고 토지보상법 제3조에 따른 협의매수 또는 수용의 근거법령인 「주차장법」제4조에 따라 주차환경개선지구로 지정된 사실이 없으며 관할관청인 충청북도 OOO이 「주차장법」 제4조의2에 따른 주차환경개선지구 지정·관리계획을 수립하고 고시한 사실이 확인되지 않는바, 쟁점토지의 양도는 쟁점감면규정을 충족하지 못하였고, 비사업용 토지의 양도로 봄이 타당하다.

(3) 단순히 납세자가 법령을 알지 못하였거나 이를 착오한 것은 가산세 감면의 정당한 사유로 인정되지 않는다.

(4) 청구인 항변에 대한 추가 답변 내용은 아래와 같다.청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 쟁점토지는 토지보상법상 사업인정고시를 받지 못하였고 2026.6.12.에 이르러서야 사업인정고시를 받고 충청북도 OOO 또한 사업시행자로 지정받은 것인바, 쟁점감면규정을 적용받을 수 없다.또한, 쟁점감면규정 내용 중 「조세특례제한법」 제77조 제2항은 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지 등을 양도하는 경우 감면 대상으로 규정하고 있으나, 해당 규정은 2015.12.31. 이전 양도된 토지에 대하여만 적용될 수 있으므로 이 사건에 적용될 수 없다.

3.심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점토지의 양도가 쟁점감면규정에 따른 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하고 비사업용 토지 양도에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부② 가산세 감면의 정당한 사유 인정 여부나. 관련 법령 등(1) 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것)제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다.

이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

(2) 소득세법(2022.12.31., 법률 제19196호로 일부개정된 것)제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지(표 생략)제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.(각 호 생략)② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(3) 소득세법 시행령(2023.2.28., 대통령령 제33267호로 일부개정된 것)제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등)③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지나.

취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조의2 제1항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2022.2.3. 법률 제18828호로 개정된 것)제4조(공익사업) 이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

2. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도ㆍ도로ㆍ공항ㆍ항만ㆍ주차장ㆍ공영차고지ㆍ화물터미널ㆍ궤도(軌道)ㆍ하천ㆍ제방ㆍ댐ㆍ운하ㆍ수도ㆍ하수도ㆍ하수종말처리ㆍ폐수처리ㆍ사방(砂防)ㆍ방풍(防風)ㆍ방화(防火)ㆍ방조(防潮)ㆍ방수(防水)ㆍ저수지ㆍ용수로ㆍ배수로ㆍ석유비축ㆍ송유ㆍ폐기물처리ㆍ전기ㆍ전기통신ㆍ방송ㆍ가스 및 기상 관측에 관한 사업제14조(토지조서 및 물건조서의 작성) ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자와 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다.

다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 이 경우 사업시행자는 해당 토지조서와 물건조서에 그 사유를 적어야 한다.(각 호 생략)제16조(협의) 사업시행자는 토지 등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제17조(계약의 체결) 사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.제19조(토지등의 수용 또는 사용) ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있다.제20조(사업인정) ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지 등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.제22조(사업인정의 고시) ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령(2022.5.9. 대통령령 제32638호로 일부개정된 것)제7조(토지조서 및 물건조서 등의 작성) ① 사업시행자는 공익사업의 계획이 확정되었을 때에는 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따른 지적도 또는 임야도에 대상 물건인 토지를 표시한 용지도(用地圖)와 토지등에 관한 공부(公簿)의 조사 결과 및 현장조사 결과를 적은 기본조사서를 작성해야 한다.② 사업시행자는 제1항에 따라 작성된 용지도와 기본조사서를 기본으로 하여 법 제14조 제1항에 따른 토지조서(이하 “토지조서”라 한다) 및 물건조서(이하 “물건조서”라 한다)를 작성해야 한다.제8조(협의의 절차 및 방법 등) ① 사업시행자는 법 제16조에 따른 협의를 하려는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 보상협의요청서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인에게 통지하여야 한다.

다만, 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소 또는 그 밖에 통지할 장소를 알 수 없을 때에는 제2항에 따른 공고로 통지를 갈음할 수 있다.

1. 협의기간ㆍ협의장소 및 협의방법2. 보상의 시기ㆍ방법ㆍ절차 및 금액3. 계약체결에 필요한 구비서류② 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공고는 사업시행자가 공고할 서류를 토지등의 소재지를 관할하는 시장(행정시의 시장을 포함한다)ㆍ군수 또는 구청장(자치구가 아닌 구의 구청장을 포함한다)에게 송부하여 해당 시(행정시를 포함한다)ㆍ군 또는 구(자치구가 아닌 구를 포함한다)의 게시판 및 홈페이지와 사업시행자의 홈페이지에 14일 이상 게시하는 방법으로 한다.④ 법 제17조에 따라 체결되는 계약의 내용에는 계약의 해지 또는 변경에 관한 사항과 이에 따르는 보상액의 환수 및 원상복구 등에 관한 사항이 포함되어야 한다.

(6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙(2022.1.21. 국토교통부령 제1099호로 일부개정된 것)제5조(토지조서 및 물건조서의 서식) 영 제7조 제6항의 규정에 의한 토지조서 및 물건조서는 각각 별지 제4호서식 및 별지 제5호서식에 의한다.제6조(보상협의요청서 및 협의경위서의 서식) ①영 제8조 제1항의 규정에 의한 보상협의요청서는 별지 제6호서식에 의한다.

(7) 주차장법제4조(주차환경개선지구의 지정) ① 시장ㆍ군수 또는 구청장은 다음 각 호의 지역에 있는 조사구역으로서 실태조사 결과 주차장 확보율(주차단위구획의 수를 자동차의 등록대수로 나눈 비율을 말한다. 이 경우 다른 법령에서 일정한 자동차에 대하여 따로 차고를 확보하도록 하고 있는 경우 그 자동차의 등록대수 및 차고의 수는 비율을 계산할 때 제외한다)이 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 비율 이하인 조사구역은 주차난 완화와 교통의 원활한 소통을 위하여 주차환경개선지구로 지정할 수 있다.1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조 제1항 제1호 가목에 따른 주거지역2. 제1호에 따른 주거지역과 인접한 지역으로서 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 지역② 제1항에 따라 주차환경개선지구를 지정할 때에는 시장ㆍ군수 또는 구청장이 주차환경개선지구 지정ㆍ관리계획을 수립하여 결정한다.제4조의2(주차환경개선지구 지정ㆍ관리계획) ① 제4조 제2항에 따른 주차환경개선지구 지정ㆍ관리계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 주차환경개선지구의 지정구역 및 지정의 필요성2. 주차환경개선지구의 관리 목표 및 방법3. 주차장의 수급 실태 및 이용 특성4. 장기ㆍ단기 주차수요에 대한 예측5. 연차별 주차장 확충 및 재원 조달계획6. 노외주차장 우선 공급 등 주차환경개선지구의 지정 목적을 달성하기 위하여 필요한 조치② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제4조 제2항에 따른 주차환경개선지구 지정ㆍ관리계획을 수립할 때에는 미리 공청회를 열어 지역 주민, 관계 전문가 등의 의견을 들어야 한다.

대통령령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.③ 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제2항에 따라 주차환경개선지구 지정ㆍ관리계획을 수립하거나 변경한 때에는 그 사실을 고시하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인과 충청북도 OOO 간 2023.3.24. 작성된 토지매매계약서 내용에 따르면 매매대금은 법률에 의한 감정가격으로 하고, 대금지급과 관련하여 충청북도 OOO은 청구인의 대금지급청구일로부터 1개월 이내에 토지대금을 지급하되, 예산의 부족 또는 사업 추진상 기타 부득이한 사유가 있을 경우 상호 협의하여 지급시기를 연장할 수 있다는 내용 등이 기재되어 있다.<표1> 토지매매계약서OOO(나) 충청북도 OOO이 2023.4.19. 발급한 토지 등 협의매수(수용)사실 확인서에 따르면 총 보상액은 OOO원, 사업명(수용목적)은 ‘OOO 공영주차장 조성사업’, 근거법령은 ‘주차장법’, 사업인정고시일은 ‘없음’, 고시번호는 ‘없음’으로 확인된다.<표2> 협의매수(수용)사실 확인서OOO(다) 협의매수(수용)사실 확인서에 첨부된 편입토지 평가조서에 따르면 사업명은 ‘OOO사업’으로 나타나고, 평가가격은 OOO원으로 나타난다.(라) 쟁점토지 등기부등본에 따르면 쟁점토지는 2023.3.24. 공공용지의 협의 취득을 원인으로 청구인으로부터 충청북도 OOO에 소유권이 이전된 것으로 나타난다.(마) 처분청은 2025.3.4. 충청북도 OOO에 토지 협의매수 관련 사업인정고시여부 등 확인을 요청(재산법인세과-OOO)하였고, 충청북도 OOO은 2025.3.19. 처분청에 ‘해당사항 없음’으로 회신하였다.(바) 청구인은 2025.4.16. 충청북도 OOO를 상대로 쟁점감면규정을 위한 사업인정고시일과 고시번호를 요청하고 사업인정고시일과 고시번호가 없다면 없는 정확한 사유를 정보공개청구하였고, 이에 대해 충청북도 OOO은 2025.5.16. ‘쟁점토지는 합의매매 방식으로 매입되어 사업인정고시를 실시하지 않았으므로 사업인정고시일 및 사업인정고시번호에 대한 정보는 존재하지 않습니다’라고 회신하였다.(사) 청구인은 충청북도 OOO이 쟁점토지에 대해 사후적으로 사업인정을 받았다고 주장하며 충청북도 OOO이 2026.6.17. 청구인에게 통지한 사업인정 통지 관련 공문을 제출하였다.<표1> 사업인정 통지 관련 공문 및 붙임서류OOO(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지가 양도될 당시 토지보상법상 사업인정고시를 받은 사실이 없고, 협의매수 또는 수용의 근거법령인 「주차장법」 제4조에 따라 주차환경개선지구로 지정된 사실이 없으며, 충청북도 OOO이 같은 법 제4조의2에 따른 주차환경개선지구 지정·관리계획을 수립하고 고시한 사실도 확인되지 않으므로 쟁점토지의 양도는 쟁점감면규정을 충족하지 못하였고 비사업용 토지의 양도로 보아야 한다는 의견이나,(가) 쟁점감면규정의 취지는 공익사업의 시행자가 공익사업 용지 등을 확보하는 데 있어서의 어려움을 덜어주고 토지 등의 이용을 효율화하기 위하여 당해 토지 등을 공익사업 용지 등으로 양도한 자에 대하여 양도소득세에 대한 감면을 해주는 데 있다 할 것인바(대법원 1999.11.26. 선고 98다47245 판결, 같은 뜻임)(나) 충청북도 OOO이 2023.4.19. 청구인에게 발급한 토지 등 협의매수(수용) 사실 확인서에 따르면, 사업명(수용목적)이 ‘OOO 공영주차장 조성사업’으로, 근거 법령이 「주차장법」으로 각 기재되어 있고, 토지보상법 제14조 제1항에 따라 편입토지 평가조서가 작성되어 있는 등 충청북도 OOO은 토지보상법 제4조 제2호에서 공익사업의 하나로 열거하고 있는 주차장 조성사업을 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 보이는 점, 쟁점감면규정은 그 감면대상 소득을 “해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득”으로 정하고 있어 위 문언에 따르면 사업인정고시 전에 토지 등을 양도하는 경우에도 그 감면대상으로 정하고 있는바, 양도일 당시 사업인정고시가 이루어지지 아니하였다는 사정만으로 감면요건을 충족하지 못하였다고 단정하기 어려운 점, 국토교통부장관은 2026.6.12. ‘OOO사업’에 관하여 사업인정을 하여 관보에 게시한 것으로 나타나는바, 사업인정 권한을 가진 국토교통부장관이 이 건 조성사업을 토지보상법에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있는 공익사업으로 인정한 이상 쟁점토지 양도 당시 사업인정고시가 이루어지지 아니하였다고 하여 그 효력을 달리 볼 것은 아니라 할 것인 점, 쟁점토지는 청구인이 2004.3.25. 2011.3.10. 각 취득한 것으로서 위 사업인정고시일(2026.6.12.) 또는 양도일(2023.3.24.)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지에 해당하고 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항 제3호 나목에 따른 사업인정고시일부터 5년 이전에 취득한 토지에 해당하는 점 등에 비추어, 쟁점토지의 양도는 쟁점감면규정에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하고 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다 할 것이다.따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

주문

안양세무서장이 2025.3.31. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

출처: 국가법령정보 공동활용(law.go.kr) 공개 결정문·재결례. 원문은 발행 기관 누리집에서 확인할 수 있습니다. · 본 문서는 참고용이며 법적 효력을 갖지 않습니다.