쟁점토지에 대한 잔금 지급 이후 면적정산에 따라 매매대금 반환이 이루어진 경우, 「지방세기본법」 제50조 제2항의 후발적 경정청구 사유가 인정되는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2014.6.5. 한국토지주택공사(이하 “이 건 매도인”이라 한다)와 경기도 화성시 OOO 토지 20,685㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 관하여 이를 연부로 취득하기로 약정하는 매매계약(이하 “이 건 매매계약”이라 한다)을 체결하고, 2014.6.5.부터 2017.6.5.까지 이 건 매도인에게 연부금을 지급한 후, 처분청에 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고·납부하였다.＜표1＞ 쟁점토지에 대한 연부금 지급 및 취득세 등 신고·납부 내역

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○나. 청구법인은 2025.9.30. 이 건 매도인으로부터 쟁점토지의 조성공사 준공에 따른 확정측량으로 쟁점토지의 면적이 9.4㎡ 감소하였음을 통보받고, 감소한 면적에 상응하는 매매대금 OOO원을 지급받았다.청구법인은 이후 쟁점토지의 면적 감소분에 대하여 기 납부한 취득세 등이 환급되어야 한다고 주장하며 2025.11.25. 처분청에 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.12.12. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 이 건 매도인과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결할 당시, 이 건 매도인이 쟁점토지를 포함한 사업부지를 여러 업체에게 가분할하여 매도하는 관계로 쟁점토지의 면적이 조성공사 준공 이후 확정측량 실시결과에 따라 증감될 수 있으므로, 확정측량 실시 이후 확정면적에 따른 정산을 하기로 약정하였다.

(2) 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 5년이 경과한 2025.9.30.에 이르러서야 이 건 매도인으로부터 쟁점토지의 면적이 감소하는 것으로 확정되었다고 통보받으며 그에 상응하는 매매대금을 지급받았다.

(3) 청구법인이 이러한 상황에서 「지방세기본법」제50조 제1항에 따라 쟁점토지의 취득에 대한 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 경정청구를 하는 것은 불가능하고, 설령 청구법인이 처분청에 경정청구 할 금액을 비워둔 경정청구서를 접수하였다고 하더라도 처분청은 그와 같은 경정청구를 거부하였을 것이므로, 청구법인에게 같은 조 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유가 인정된다고 보아야 한다.

(4) 따라서 처분청에서 청구법인이 법정 경정청구 기한을 경과하여 이 건 경정청구를 제기하였다고 보아 한 이 건 경정청구 거부처분은 위법한 처분으로서 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」제6조 제20호에서 “연부(年賦)”란 매매계약서상 연부계약 형식을 갖추고 일시에 완납할 수 없는 대금을 2년 이상에 걸쳐 일정액씩 분할하여 지급하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제2조 제1항 제9호에서 “법정신고기한”이란 이 법 또는 지방세관계법에 따라 과세표준 신고서를 제출할 기한을 말한다고 규정하고 있다.「지방세기본법」제50조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고,같은 조 제2항에서 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 하면서,각 호에서 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때(제1호), 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때(제2호), 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때(제3호)를 그 사유로 규정하고 있다.같은 법 시행령 제30조에서는 위 법 제50조 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하며, 각 호에서 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정(更正)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우(제1호), 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우(제2호), 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우(제3호), 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우(제4호)를 규정하고 있다.

(2) 한편 토지의 성질상 연부금에 상응하는 부분으로 분할하여 사용할 수는 없으며 전체를 일괄적으로 사용하여야 하는 점을 감안하면 매 연부금 지급일을 유예기간의 기산점으로 보기는 어렵다 할 것(대법원 2005.6.24. 선고 2003두3857 판결, 참조)이며, 매매계약이 체결된 경우 매수인은 특별한 사정이 없는 한 잔금까지 모두 지급하여야만 매수한 부동산을 사용할 수 있는 권리, 즉 사실상의 소유권을 취득할 수 있다고 할 것(조심2022지1836, 2023.8.17., 참조)인바,청구법인이 쟁점토지의 취득에 관하여 신고한 취득세 등의 과세표준 및 세액에 관한 경정청구 기한의 기산일은 쟁점토지에 대한 최종 연부금의 지급일인 2017.6.5.이 될 것이고, 그 법정신고기한은 2017.8.4.까지, 경정청구 기한은 2022.8.3.까지가 될 것이므로, 2022.8.3.을 경과한 2025.11.25.에 이루어진 이 건 경정청구는 적법하지 아니하다 할 것이다.

(3) 한편 청구법인은 「지방세기본법」제50조 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유가 발생하였다고 주장하나, 이 건 매매계약의 제4조 제1항에서 “조성공사 준공 전에 가분할 면적으로 계약체결한 토지로서 확정측량 실시 결과 면적증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 이 계약 체결 당시의 필지별 공급단가에 의하여 정산하기로 한다”고 기재된 사실이 확인되는 바,이 건 매매계약의 체결 당시부터 향후 확정측량 결과에 따라 쟁점토지의 면적증감이 발생할 수 있음이 예정되어 있었고, 청구법인이 그에 따른 면적 감소 통보 및 매매대금의 반환을 받았다는 사실만으로 청구법인에게 「지방세기본법」제50조 제2항 및 같은 법 시행령 제30조에서 규정한 ‘소송의 판결, 계약의 취소 등과 같은 사유’가 발생하였다고 볼 수 없으므로, 위 청구주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점토지에 대한 잔금 지급 이후 면적정산에 따라 매매대금 반환이 이루어진 경우, 「지방세기본법」제50조 제2항의 후발적 경정청구 사유가 인정되는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 2014.6.5. 이 건 매도인과 ＜표2＞와 같이 이 건 매매계약을 체결하고, 추후 조성공사의 준공에 따른 확정측량 실시 결과 매매대상 토지의 면적에 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 정산하기로 약정하였다.＜표2＞ 이 건 매매계약 내역

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○(나) 청구법인이 제출한 이 건 매도인의 정산처리 통보서 및 금융거래내역에 따르면, 청구법인은 쟁점토지가 소재한 OOO지구의 토지 조성공사 준공에 따른 면적정산으로 쟁점토지의 면적이 이 건 매매계약에 기재된 면적(20,685㎡)에서 감소(20,675.6㎡)하는 것으로 확정됨에 따라, 2025.9.30. 이 건 매도인으로부터 감소한 면적(9.4㎡)에 상응하는 매매대금 OOO원을 지급받은 것으로 확인된다.(다) 청구법인은 2014.6.5.부터 2017.6.5.까지 이 건 매도인에게 연부금을 지급한 후, 처분청에 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고·납부하였고, 2025.11.25. 처분청에 이 건 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.12.12. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.(가) 「지방세기본법」제50조 제1항 제1호는 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고,같은 조 제2항은 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하면서,각 호에서 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때(제1호), 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때(제2호) 및 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 발생하였을 때(제3호)를 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제30조는 위 법 제50조 제2항 제3호에 따른 “대통령령으로 정하는 사유”에 해당하는 경우를 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정(更正)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우(제1호), 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우(제2호), 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우(제3호), 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우(제4호)로 규정하고 있다.(나) 청구법인은 2014.6.5.부터 2017.6.5.까지 이 건 매도인에게 연부금을 지급한 후, 처분청에 법정신고기한 내 각 취득세 등을 신고·납부하였고, 2025.11.25. 처분청에 이 건 경정청구를 제기하였으므로, 이 건 경정청구가 「지방세기본법」제50조 제1항에 따른 경정청구 기간 내 이루어지지 않았음은 역수상 명백하다 할 것이고, 다만 같은 조 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유가 인정되는지 여부만이 문제되는 것인 점,취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니고, 특히 부동산 취득세는 부동산의 취득행위를 과세객체로 하는 행위세이므로, 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생하고, 일단 적법하게 취득한 이상 그 이후에 계약이 합의해제되거나, 해제조건의 성취 또는 해제권의 행사 등에 의하여 소급적으로 실효되었다 하더라도 이는 이미 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다고 할 것인바,이러한 취득세의 성격과 본질에 비추어 보면, 매매계약에 따른 잔금 지급이 이루어진 후 사후적으로 대금감액이 이루어졌다고 하더라도, 당초의 취득가액을 기준으로 한 적법한 취득행위가 존재하는 이상 위와 같은 사유는 취득행위 당시의 과세표준을 기준으로 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다 할 것이므로, 취득 이후에 사후적인 매매대금의 변경을 사유로 한 경정청구는 「지방세기본법」제50조 제2항에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는 점(조심 2022지61, 2022.7.19., 대법원 2018.9.13. 선고 2015두57345 판결, 같은 뜻임),청구법인은 2014.6.5.부터 2017.6.5.까지 이 건 매도인에게 이 건 매매계약에 따라 연부금을 지급함으로써 쟁점토지를 취득하였으므로, 쟁점토지의 취득행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 그 취득에 대한 취득세가 발생하는 것이고, 이 건 매도인의 면적정산에 따라 쟁점토지의 매매대금이 사후적으로 일부 감액 및 반환되었다고 하더라도 이는 이미 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다고 할 것인 점,그 밖에 청구법인에게 「지방세기본법」제50조 제2항 각 호 및 같은 법 시행령 제30조 각 호에 따른 후발적 경정청구 사유가 인정된다고 볼만한 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인에게 후발적 경정청구 사유가 없다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세기본법제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 발생하였을 때(2) 지방세기본법 시행령제30조(후발적 사유) 법 제50조 제2항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정(更正)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우(3) 지방세법제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다) 또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.