쟁점토지를 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받은 토지로 보아 종합부동산세 합산배제 대상으로 인정할 수 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 주택신축판매업을 영위하는 법인으로, 2018.9.11.부터 2020.9.9.까지 인천광역시 남동구 OOO필지(대지면적 6,077㎡, 이하 "쟁점토지"라 한다)를 취득하여 2024.6.21. 그 지상에 주상복합건축물인 OOO(공동주택 294세대, 오피스텔 380호 등)를 신축하여 취득하였다.

나. 청구법인은 2021년부터 2024년까지 각 과세연도 종합부동산세를 신고하면서 쟁점토지를 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항에 따른 '취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받을 토지'로 보아, 2021년은 쟁점토지 중 35필지, 2022년은 쟁점토지 중 39필지, 2023년은 쟁점토지 중 38필지, 2024년은 쟁점토지 중 6필지에 대하여 각각 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.

다. 처분청은 2025년 8월 종합부동산세 합산배제 종합점검계획에 따라 사후관리를 실시한 결과 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 아니한 사실을 확인하고, 청구법인의 합산배제신고를 인정하지 아니하고 쟁점토지를 종합부동산세 별도합산 과세표준에 합산하여 2026.2.24. 청구법인에게 2021년～2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점토지는 「조세특례제한법」 제104조의19에 따라 종합부동산세 과세표준 합산에서 배제되어야 한다.「조세특례제한법」 제104조의19 제1항은 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받은 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보도록 규정하고 있다.

쟁점토지에 대한 사업은 아래에서 보는 바와 같이 「주택법」상 사업계획승인을 준용하는 사업으로서 위 규정이 정한 요건을 충족하므로, 쟁점토지는 종합부동산세 과세표준 합산에서 배제되어야 한다. 그럼에도 처분청이 쟁점토지를 합산하여 2021년～2024년 귀속 종합부동산세를 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

(2) 쟁점토지에 대한 사업은 「주택법」상 사업계획승인을 준용하는 사업에 해당한다.OOO는 분양을 목적으로 하는 공동주택을 건축하는 사업으로서 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받아야 하나, 쟁점토지는 상업지역에 300세대 미만의 주택과 주택 외의 시설을 동일 건축물로 건축하는 경우에 해당하여 구 「주택법(2015.12.29. 법률 제13687호로 개정된 것, 이하 같다)」 제16조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제15조 제2항 제1호에 따라 사업계획승인 대상에서 제외되므로, 「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받아 사업을 진행하였다.

「건축법 시행규칙(2015.10.5. 국토교통부령 제234호로 개정된 것)」 제6조 제1항 제1호의2 다목은 주택과 주택 외의 시설을 동일 건축물로 건축하는 건축허가를 받아 「주택법 시행령」 제15조 제1항에 따른 호수 또는 세대수 이상으로 건설·공급하는 경우 대지의 소유권에 관한 사항은 구 「주택법」 제16조(사업계획의 승인)를 준용하도록 규정하고 있고, 청구법인은 이에 따라 구 「주택법」 제16조 제4항에 따라 해당 대지면적의 100분의 80 이상을 사용할 수 있는 권원을 확보하고 이를 확보하지 못한 대지는 매도청구 대상에 해당하여 토지를 수용하였으므로, 쟁점토지에 대한 사업은 구 「주택법」상 사업계획승인을 준용하여 구 「주택법」의 사업과 동일한 구조로 진행되었다.

또한 주택건설사업자의 요건은 관리형토지신탁계약을 체결함으로써 갈음하였고 수탁자가 토지 소유권을 보유하고 있으며 그 후 분양승인을 받아 분양을 진행하였으므로, 청구법인은 주택건설사업자의 요건도 충족한다.

나. 처분청 의견(1) 「건축법」상 건축허가는 「주택법」상 사업계획승인을 대체할 수 없다.「조세특례제한법」 제104조의19에 따른 과세특례 대상 토지는 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받은 토지로서 '사업계획승인'은 필수적인 형식 요건에 해당하고, 청구법인이 근거로 드는 토지 수용은 사업 수행을 위한 수단일 뿐 사업 자체를 승인하는 행위로 볼 수 없다. 또한 주택건설사업의 적정성 및 공공성 등을 종합적으로 심사하여 승인하는 「주택법」상 사업계획승인과 개별 건축물의 건축 가능 여부를 판단하는 「건축법」상 건축허가는 그 법적 목적과 성격이 다르며, 「건축법」상 건축허가로 사업계획승인을 대체한 것은 구 「주택법」 제15조 제2항 제1호에 따라 승인 의무를 면제하여 행정절차를 간소화한 것일 뿐 사업계획승인을 받은 것과 동일하게 볼 수 없으므로, 이를 유추·확장하여 세법상 과세특례를 적용할 수 없다.

나아가 쟁점부동산은 294세대의 주택과 380세대의 오피스텔로 구성되어 주택사업이라기보다 오피스텔을 중심으로 한 수익형 복합개발에 가까우므로, 주택 공급을 위한 토지에 세제혜택을 부여하고자 한 「조세특례제한법」 제104조의19의 취지에도 부합하지 아니한다.

(2) 쟁점토지는 별도합산과세대상 토지로서 합산배제 대상에 해당하지 아니하고, 이를 다투기 위해서는 선행세목인 재산세의 경정이 선행되어야 한다.「조세특례제한법」 제104조의19에 따른 주택신축용 토지 합산배제는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따라 종합합산과세대상 토지에 대해서만 적용되고 별도합산과세대상 토지는 그 대상이 아니다. 「종합부동산세법」 제11조는 토지에 대한 종합부동산세를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분하여 부과하도록 규정하고 「지방세법」 제106조 제1항 제1호는 종합합산과세대상 토지를 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지로 정의하고 있다.

쟁점특례는 사업계획승인을 받은 경우 「지방세법」상 분리과세대상 토지에 해당하게 되고, 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 것인데, 쟁점토지는 주택과 주택 외 부분(오피스텔 등)이 혼재되어 있는 토지로서 분리과세대상 토지에 해당한다고 볼 수 없고, 청구법인이 제출한 재산세 부과대장에 따르더라도 쟁점토지는 별도합산과세대상 토지로 분류되어 있으므로 「조세특례제한법」 제104조의19를 적용받을 수 있는 토지에 해당하지 아니한다. 나아가 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로서 쟁점토지의 종합부동산세 과세대상 물건의 유형을 변경하기 위해서는 선행세목인 재산세의 경정이 먼저 이루어져야 함에도, 청구법인은 이에 대하여 지방자치단체에 경정청구나 불복 등을 제기하지 아니한 채 처분청의 처분에만 이의를 제기하고 있어 부당하다. 따라서 쟁점토지를 합산하여 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점토지를 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받은 토지로 보아 종합부동산세 합산배제 대상으로 인정할 수 있는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인은 주택신축판매를 주업종으로 하여 2014.6.7. 개업하고 2025.12.29. 폐업한 내국법인으로서, 쟁점토지 지상 건축물의 신축은 청구법인을 위탁자로, A(주)를 수탁자로 하는 관리형토지신탁계약에 따라 이루어졌고, 수탁자 A(주)는 1997.2.13. 주택건설ㆍ대지조성 사업자로 등록되어 있어 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항 제1호의 주택건설사업자 요건은 충족하는 것으로 확인되며, 이에 대하여는 처분청도 달리 다투지 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 그 지상에 주상복합건축물인 OOO(공동주택 294세대, 오피스텔 380호 및 부대ㆍ복리시설)를 신축하고 2024.6.21. 사용승인을 받았으며, 위 사업은 2016.7.15. 「건축법」에 따른 건축허가를 받아 진행되었고 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받은 사실은 확인되지 않는다.

(3) 청구법인은 2021년부터 2024년까지 각 과세연도 종합부동산세 신고 시 쟁점토지를 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항에 따른 주택신축용 토지로 보아 주택신축용토지 합산배제신고서를 제출한 것으로 확인되고, 쟁점토지 재산세 부과대장상 쟁점토지는 2021년부터 2024년까지 별도합산과세대상 토지로 구분되어 있는 것으로 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에 대한 사업은 「주택법」상 사업계획승인을 준용하는 사업으로서 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항의 요건을 충족한다는 주장이나, 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항은 과세특례 대상 토지를 '취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지'로 한정하고 있고 건축허가를 받은 토지를 포함하는 예외규정을 두고 있지 아니하므로, 문언을 벗어나 건축허가를 사업계획승인과 동일하게 보아 위 규정을 확장ㆍ유추 적용하기는 어려운 점, 청구법인이 근거로 드는 「건축법 시행규칙」 제6조 제1항 제1호의2 나목의 준용은 그 문언상 '대지의 소유권에 관한 사항'에 한정되어, 주택과 주택 외의 시설을 동일 건축물로 건축하는 건축허가를 받은 경우 대지 소유권 확보 요건을 「주택법」의 사업계획승인 관련 규정에 준하여 완화하는 데 그칠 뿐, 건축허가를 사업계획승인으로 의제하거나 해당 사업이 사업계획승인을 받은 것으로 보도록 하는 규정으로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지를 종합부동산세 별도합산 과세표준에 합산하여 청구법인에게 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 조세특례제한법 제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자2. 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(2) 종합부동산세법 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

(3) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지다.

철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지(4) 지방세법 시행령 제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 "공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다.

(단서 생략)제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. (단서 생략)7. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(생략)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지(「주택법」 제2조제11호에 따른 지역주택조합ㆍ직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 「신탁법」에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다)제103조의2(철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 범위) 법 제106조 제1항 제2호 다목에서 “대통령령으로 정하는 부속토지”란 과세기준일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물 또는 주택의 부속토지를 말한다.

이 경우 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 허가 등을 받지 않은 건축물 또는 주택이거나 사용승인을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않은 건축물 또는 주택의 부속토지는 제외한다.

1. 건축물 또는 주택이 사실상 철거ㆍ멸실된 날(사실상 철거ㆍ멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거ㆍ멸실된 날을 말한다)부터 1년이 지나지 않은 건축물 또는 주택의 부속토지(건축물 또는 주택의 건축을 위한 용도 외의 다른 용도로 사용하는 부속토지는 제외한다). 이 경우 건축물의 부속토지는 철거ㆍ멸실되기 전 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제101조제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지를 말한다.

(5) 주택법(2015.12.29. 법률 제13687호로 개정된 것) 제16조(사업계획의 승인) ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 “사업계획승인권자”라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조의2 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다.

다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(6) 주택법 시행령(2016.8.11. 대통령령 제27444호로 개정되기 전의 것) 제15조(사업계획의 승인) ② 법 제16조 제1항 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 대해서는 이를 사업계획승인대상에서 제외한다.1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 중 상업지역(유통상업지역은 제외한다) 또는 준주거지역에서 300세대 미만의 주택과 주택 외의 시설을 동일 건축물로 건축하는 경우로서 해당 건축물의 연면적에 대한 주택연면적 합계의 비율이 90퍼센트 미만인 경우(7) 건축법 시행규칙(2015.10.5. 국토교통부령 제234호로 개정된 것) 제6조(건축허가신청등) ① 법 제11조 제1항ㆍ제3항 및 영 제9조 제1항에 따라 건축물(법 제20조 제1항에 따른 가설건축물을 포함한다)의 건축허가를 받으려는 자는 별지 제1호의4서식의 건축ㆍ대수선ㆍ용도변경허가신청서에 다음 각 호의 도서를 첨부하여 허가권자에게 제출(전자문서로 제출하는 것을 포함한다)하여야 한다.

(단서 생략)1의2. 건축할 대지의 소유 또는 그 사용에 관한 권리를 증명하는 서류. (단서 생략)나. 분양을 목적으로 하는 공동주택을 건축하는 경우에는 그 대지의 소유에 관한 권리를 증명하는 서류. 다만, 법 제11조에 따라 주택과 주택 외의 시설을 동일 건축물로 건축하는 건축허가를 받아 「주택법 시행령」 제15조 제1항에 따른 호수 또는 세대수 이상으로 건설ㆍ공급하는 경우 대지의 소유권에 관한 사항은 「주택법」 제16조를 준용한다.