쟁점토지를 국가 등에 무상귀속을 조건으로 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 성동구 OOO 일원에서 OOO주택건설사업(이하 “이 건 주택건설사업”이라 한다)을 시행하기 위해 설립된 법인이다.

나. 청구법인은 이 건 주택건설사업이 완료됨에 따라 2025.5.30. 국가 등으로부터 서울특별시 성동구 OOO 토지 313.2㎡(용도폐지된 정비기반시설용 토지, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 무상양여받은 후, 이 건 토지 중 85.8㎡에 대해서만 취득세 과세대상으로 하여 취득세 등 OOO원(임대주택 49.27%에 대한 취득세 감면)을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구법인이 이 건 토지(313.2㎡) 중 227.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아, 2025.12.10. 청구법인에게 이 건 토지의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의35)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원(임대주택 49.27%에 대한 취득세 면제 및 최소납부세제 적용, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1)「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.

(2) 이 건 토지는 용도폐지된 정비기반시설로서, 청구법인이 처분청에 정비기반시설을 무상귀속하고, 그 반대급부로 국가 등으로부터 무상양여받은 토지이다.

(3) 쟁점토지(227.4㎡)는 청구법인이 정비기반시설을 조성하여 처분청에 무상귀속한 토지(OOO 토지 227.4㎡)에 상응하는 토지이므로「지방세법」제9조 제2항에서 규정하고 있는 취득세 비과세 대상이다.

(4) 처분청은 주택건설사업자 등이 국가 등에 부동산 등을 무상귀속하고, 반대급부로 취득한 토지(용도폐지된 기반시설용지)에 대하여는 취득세를 부과하여야 한다고 보아, 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 조세심판원은 이 건과 유사한 심판청구 사건에서 정비사업시행자 등이 국가 등으로부터 무상양여 받은 토지에 정비기반시설을 조성하여 국가 등에 무상귀속하는 토지의 경우 국가 등에 무상귀속을 조건으로 취득하는 토지로 보아 취득세를 비과세하여야 한다고 결정(조심 2023지4988, 2024.1.29. 등 다수)하였는바, 처분청이 쟁점토지에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1)「지방세법」제9조 제2항은 국가 등에 귀속 등을 조건으로 부동산을 취득하는 것은, 해당 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아, 이 경우 취득세 등을 과세하지 않겠다는 것이 그 취지로서, 해당 조항은 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산에 대한 취득세 비과세를 규정하고 있을 뿐이다(대법원 2020.5.14. 선고 2020두33428 판결).(2) 정비사업의 시행자 등이 국가 등으로부터 무상양여받은 토지(용도폐지된 정비기반시설) 중 신설하는 정비기반시설로 재편입되어 관리청에 귀속되는 면적이 있는 경우, 그 면적에 한하여「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 등을 비과세하는 것이 타당하다고 할 것이다(조심 2021지835, 2022.7.13.).(3) 그런데, 청구법인이 무상양여받은 이 건 토지 313.2㎡(구 지번 OOO)는 용도폐지된 정비기반시설(도로)로서, 이 건 주택건설사업의 완료 후 공동주택의 부속토지가 되었고, 청구법인은 자기 소유인 OOO 토지 227.4㎡(OOO에서 분할)에 정비기반시설(도로)을 조성하여 처분청에 무상귀속하였음을 볼 때, 청구법인이 무상양여받은 이 건 토지와 청구법인이 정비기반시설로 조성하여 처분청에 무상귀속한 토지는 전혀 다른 토지이므로 청구법인이 OOO 토지 227.4㎡를 정비기반시설로 조성하여 처분청에 무상귀속하였고, 쟁점토지(227.4㎡)가 그에 상응한다고 하더라도 쟁점토지에 대한 취득세를 비과세할 수는 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점토지를 국가 등에 무상귀속을 조건으로 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법률(1) 지방세법제7조[납세의무자 등] ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.제9조[비과세] ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다.

이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. (이하 생략)(2) 도시개발법제66조[공공시설의 귀속 등] ② 제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자가 새로 설치한 공공시설은 그 관리청에 무상으로 귀속되며, 도시개발사업의 시행으로 용도가 폐지되는 행정청의 공공시설은「국유재산법」과「공유재산 및 물품 관리법」등에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 시행자에게 무상으로 귀속시킬 수 있다.⑥ 제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자는 제2항에 따라 그에게 양도되거나 관리청에 귀속될 공공시설에 대하여 도시개발사업의 준공검사를 마치기 전에 해당 공공시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세부목록을 알려야 하고, 준공검사를 한 지정권자는 그 내용을 해당 공공시설의 관리청에 통보하여야 한다.

이 경우 공공시설은 지정권자가 준공검사증명서를 내어준 때에 해당 공공시설을 관리할 관리청과 시행자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2020.9.28. 본점소재지를 서울특별시 강남구 OOO으로 하여 설립된 부동산집합투자기구로서, 서울특별시 성동구 OOO 일원 토지를 취득·개발·임대·운용·관리 및 처분하여 그 수익을 사원에게 배당하는 것을 목적으로 한다.(나) 청구법인은 이 건 주택건설사업을 하기 위하여 2020.10.16. 서울특별시 성동구 OOO㎡를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.(다) 청구법인은 2022.12.16. 서울특별시 성동구 OOO 등을 사업부지로 하여 공동주택 신축공사를 착공한 후, 2025.5.30. 처분청으로부터 공동주택용 건축물 OOO㎡에 대한 사용승인을 받았다.(라) 청구법인은 서울특별시 성동구 OOO 토지 676.5㎡를 OOO(449.1㎡)와 OOO(227.4㎡)로 분할한 후, OOO 토지 227.4㎡를 정비기반시설(도로)로 조성하여 처분청에 무상귀속하였고, 처분청으로부터 용도 폐지된 정비기반시설인 이 건 토지 313.2㎡(서울특별시 성동구 OOO)를 무상양여받았으며, 2025.5.30. 공동주택용 건축물의 사용승인에 따라, 이 건 토지는 서울특별시 성동구 OOO으로 지번이 변경되어 공동주택 건축물의 부속토지가 되었다.(마) 청구법인은 서울특별시 성동구 OOO 토지 227.4㎡를 처분청에 무상귀속하고, 그 반대급부로 이 건 토지를 무상양여받았으므로 이 건 토지(313.2㎡) 중 227.4㎡는 취득세 부과대상이 아니라고 하여, 이 건 토지 중 85.8㎡에 대해서만 취득세 등을 납부한 것으로 보인다.(바) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 사실상 취득하였으나 이에 대한 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아, 2025.12.10. 청구법인에게 이 건 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.(2)「지방세법」제6조 제1호에서 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있고, 제7조 제1항에서 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있다.또한,「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세법」제7조 제1항에서 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 청구법인이 이 건 토지를 취득하였다는 사실은 다툼이 없는 이상 이 건 토지에 대해서는 취득세를 납부하여야 하는 점,청구법인은 이 건 토지(쟁점토지 포함)를 취득(무상양여)하여 공동주택용 건축물의 부속토지로 사용하고 있는바, 이 건 토지를「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어,처분청이 이 건 토지 중 청구법인이 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 쟁점토지에 대해 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.