쟁점토지는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 토지로 취득세가 비과세 되어야 한다는 청구주장의 당부 등

1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 OOO주택재개발 정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 시행자로서, 이 건 정비사업에 따라 도로, 공원 등으로 신설되는 서울특별시 OOO외 8필지 정비기반시설(면적 10,674㎡로 아래 ＜표1＞ 참조, 이하 “쟁점정비기반시설”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항 제1호 및 「지방세특례제한법」 제177조의2에 따라 기부채납용 부동산 등에 대한 감면율 100분의 85를 적용(최소납부세제 15%를 적용)하여 산출한 취득세 등 OOO원 2022.8.17. 신고하고, 2022.8.22. 이를 납부하였다.＜표1＞ 쟁점정비기반시설 상세내역(단위: ㎡)

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○나. 이후 청구법인은 쟁점정비기반시설이 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상에 해당하므로 기납부한 세액이 환급되어야 한다며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.2.22. 이를 거부(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점정비기반시설은 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세 비과세 대상이다.

(1) 청구법인은 쟁점정비기반시설을 관리처분계획 등에 따라 국가 등에 기부채납을 전제로 취득하였다.

(2) 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 기부채납하는 정비기반시설의 한도 내에서 처분청으로부터 용도폐지 정비기반시설을 무상양여 받았으므로, 청구법인이 쟁점정비기반시설을 취득함에 있어 국가 등으로부터 어떠한 이득이나 반대급부가 존재한다고 보기 어렵다(조심 2021지1972, 2023.2.16.).나. 처분청 의견(1) 「지방세법」 제9조 제2항의 입법취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다 할 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)이고, 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항에서는 위 비과세 대상 부동산 중 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상양여받은 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 일정기간을 정하여 취득세를 비과세하지 아니하고 면제하도록 하고 있다(조심 2022지692, 2024.4.3., 같은 뜻임).(2) 청구법인은 이 건 정비사업을 시행하면서 서울특별시 마포구 염리동 27-238 외 48필지 1,516.60㎡를 무상양여받은 사실이 관리처분계획 인가서의 용도폐지되는 정비기반시설 명세에서 확인되고 있고, 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제2항에서 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설을 무상으로 양도될 수 있도록 규정하고 있는바, 청구법인이 새로 설치하여 제공하는 쟁점정비기반시설이 존재하지 않을 경우 용도폐지 정비기반시설이 무상으로 양여될 수 없고, 그 범위는 설치비용 상당액이라는 점에서 이는 반대급부에 해당한다.

(3) 결국 청구법인은 쟁점정비기반시설을 국가 등에 기부채납하고 그 반대급부로 국가 등 소유의 용도폐지되는 정비기반시설을 무상으로 양여받았으므로, 쟁점정비기반시설은 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점신설되는 쟁점정비기반시설에 대하여 이전고시 이후 청구법인에게 취득세 납세의무가 있다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 이 건 정비사업의 추진현황은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 이 건 정비사업의 추진현황

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○(나) 이 건 정비사업의 관리처분계획 변경인가 고시(고시 제2022-OOO)에 따르면, 이 건 정비사업 시행으로 쟁점정비기반시설[도로(7,847.90㎡) 및 공원(2,826.10㎡), 합계 10,674㎡]이 신설되고, 용도폐지되는 부분 중 도로 1,516.60㎡가 청구법인에게 무상양여되는 사실이 확인된다.＜표3＞ 관리처분계획변경인가 주요내용

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○(다) 청구법인이 이전고시가 이루어지기 전, 당초 제3자로부터 토지를 매입하면서 이미 취득세 등을 납부하였다는 점에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.(라) 청구법인은 무상양여 받은 대지(1,516.60㎡)에 대해서는 2022.8.17. 취득세 등 OOO원을 신고하고, 2022.8.22. 이를 납부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 일반적으로 신설정비기반시설로 국가 등에 귀속되는 토지는 용도폐지되는 정비기반시설 중 신설정비기반시설로 재편입되는 토지, 조합원이 소유하고 있던 토지 중 조합원에게 다시 귀속되지 아니하고 신설정비기반시설로 편입되는 토지 그리고 정비사업 시행과정에서 조합이 제3자로부터 청산, 수용, 협의매수 등의 방법으로 취득한 토지 중 신설정비기반시설로 편입되는 토지로 구성되고, 이러한 각 토지에 대한 취득세 납세의무 등은 다음과 같다.(나) 용도폐지되는 정비기반시설 중 신설정비기반시설로 재편입되는 토지의 경우 국가 등에 무상귀속되는 것으로, 조합이 해당 토지를 무상양여 받았다고 하더라도 이는 국가 등에 귀속시키지 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하여 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다 할 것이고(2024지427, 2025.7.17., 같은 뜻임),당초 조합원이 소유하고 있는 토지 중 조합원에게 다시 귀속되지 않고 신설정비기반시설로 편입되는 토지의 경우 해당 토지는 조합원이 소유하고 있는 상태에서 「도시 및 주거환경정비법」제97조 제2항에 따라 국가 등에 무상으로 귀속되는 것이므로, 사업시행자인 조합이 조합원으로부터 해당 토지를 취득한 후 다시 국가 등에 무상으로 귀속되는 것으로 보기는 어렵다 할 것이며(2023지4051, 2026.6.30., 같은 뜻임),조합이 제3자로부터 청산, 수용, 협의매수 등의 방법으로 취득한 토지 중 신설정비기반시설로 편입되는 토지의 경우 조합이 정비사업을 시행하는 과정에서 제3자로부터 해당 토지를 취득할 당시 이미 취득세를 신고·납부하였으므로, 이미 취득한 토지에 대하여 추가적으로 취득세를 납부할 의무가 없다 할 것이다.(다) 이러한 법리에 따라 이 건에 대하여 살펴보면, 청구법인이 이전고시(2022.6.30.) 이후 쟁점신설정비기반시설(면적 10,674㎡)을 취득하였다고 보아 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으나, 이는 비과세대상이거나 청구법인이 이미 취득한 토지에 대한 취득세를 중복하여 부담한 것, 또는 청구법인이 취득하지 않은 토지에 대한 취득세 등을 부담한 것으로 판단되는바, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 지방세법제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 지방세특례제한법제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.2. 2021년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다.

이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(각 호 생략)

※ 부칙 2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것제11조(기부채납용 부동산 등에 대한 취득세 경감에 관한 경과조치) 이 법 시행 전 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 것을 조건으로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위허가, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 또는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제15조에 따른 실시계획의 승인을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 또는 사회기반시설을 취득하는 경우의 취득세의 감면은 제73조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다.

(3) 도시 및 주거환경정비법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.4. "정비기반시설"이란 도로·상하수도·구거(溝渠: 도랑)·공원·공용주차장·공동구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 공동구를 말한다. 이하 같다), 그 밖에 주민의 생활에 필요한 열·가스 등의 공급시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장·군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

서울특별시 마포구청장이 2024.2.22. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.