쟁점주택 취득일부터 3년 이내에 멸실하지 아니한 “정당한 사유”가 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 OOO일원에서 주택건설사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 수행하기 위하여「주택법」 제11조 제2항에 따른 주택조합설립인가를 받으려는 자로서, 2021.3.18. 서울특별시 OOO외 1필지 토지 및 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 쟁점주택을「지방세법 시행령」제28조의2 제8호 나목에 따른 주택조합(주택조합설립인가를 받으려는 자를 포함한다)이 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로 보아「지방세법」제11조 제1항 제8호의 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점주택을 하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 멸실하지 아니한 것으로 보아, 2025.7.10. 청구법인에게「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에 따른 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장쟁점주택이 포함된 OOO 일대가 공공재개발 사업 후보지로 선정되는 과정에서 서울특별시의 후보지 추천 재검토 요청에 대하여 처분청이 잘못된 검토의견을 제출하였고 이후 OOO 일대가 공공재개발 후보지 및 토지거래허가구역으로 지정되었다.이로 인하여 청구법인이 쟁점주택을 취득하고 3년 이내에 멸실하지 못한 사유인바, 이는 정부의 주택정책변경에 따른 것이고, 취득세 중과 취지는 법인을 통한 주택 투기수요를 차단하고 주택가격 안정을 도모하기 위함으로 청구법인과 같은 지역주택조합추진위원회가 멸실 및 주택 건설 예정으로 취득한 경우에는 중과에서 배제함이 타당하다.

나. 처분청 의견청구법인이 쟁점주택을 취득하기 이전에 주민들이 공공재개발 후보지 선정을 위하여 2020.11.4.까지 동의서를 받아 처분청에 공모 신청을 하였고, 2021.1.14. 국토교통부 보도자료에서 공공재개발사업 첫 시범사업 후보지에 대해서 토지거래허가구역 지정을 추진하면서 앞으로의 공공재개발사업에 투기자금이 유입되지 않도록 대책을 마련하기로 하였다고 발표한 점 등을 볼 때, 청구법인의 경우 사업부지 내 주민들이 공공재개발 후보지 선정을 위해 공모 신청을 한 것과 공공재개발구역 내에서는 토지거래허가구역이 지정될 수 있다는 것을 알 수 있었다고 보아야 한다.청구법인이 쟁점주택을 취득할 당시 주택건설사업에 직접 사용할 수 없는 사실상의 장애사유가 발생할 수 있음을 알 수 있었던 상황 에서 쟁점주택을 취득한 후 동일한 사유를 들어 멸실시키지 않았다.또한, 청구법인은 토지거래허가구역 지정 사실을 이유로 멸실 행위가 불가능하였다고 주장하는 것으로 보이나, 이는 청구법인의 토지 추가 확보에 별도의 절차를 거치도록 정한 것일 뿐, 청구법인으로 하여금 취득한 부동산의 멸실 행위 자체를 금지하는 것은 아니므로 청구법인이 주장하는「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호의 정당한 사유에 해당하는 것으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 쟁점주택을 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 멸실하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 서울특별시 OOO일대에 지역주택 조합 사업을 위하여 2021.3.22. 사업자등록하였고,「주택법」제11조 제2항에 따른 주택조합설립인가를 받으려는 자에 해당한다.(나) 국토교통부 및 서울특별시는 2020.9.17. 보도자료를 통해 ‘수도권 주택공급 기반 강화방안’에 따라 추진 중인 공공재개발사업의 후보지를 2020.9.21.부터 2020.11.4.까지 공모하였고, 서울특별시 OOO주민들은 2020.11.4.까지 동의서를 받아 공모에 참여하여 2020.11.4. 처분청에 공모 신청하였으며, 처분청은 2020.12.2. 서울특별시에 후보지 추천을 하였다.(다) 국토교통부 및 서울특별시는 2021.1.14. 보도자료를 통해 ‘수도권 주택공급 기반 강화방안’에 따라 도입한 공공재개발사업의 첫 시범사업 후보지 8곳을 선정하면서 공모에 참여한 나머지 신청 구역에 대해서도 2021년 3월 말까지 후보지를 선정할 계획이고, 당시 선정된 구역에 대해서는 투기적인 거래가 성행하거나 지가가 급격히 상승하는 것을 방지하기 위해 토지거래허가구역 지정을 추진하면서 앞으로의 공공재개발사업에 투기자금이 유입되지 않도록 대책을 마련하기로 하였다고 발표하였다.(라) 청구법인은 2021.3.18. 쟁점주택을 취득(매매)한 후, 쟁점주택을「지방세법 시행령」제28조의2 제8호 나목에 따른 주택조합(주택조합설립인가를 받으려는 자를 포함한다)이 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로 보아 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.(마) 국토교통부 및 서울특별시는 2021.3.29. 쟁점주택이 포함된 상계동 71-183 일대를 공공재개발 시범사업의 2차 후보지(이하 ‘이 건 공공재개발 후보지’라 한다)로 선정·발표하였다.(바) 서울특별시는 2021.3.30. 이 건 공공재개발 후보지를 2021.4.4.부터 2022.4.3.까지 토지거래계약에 관한 허가구역으로 지정·공고(서울특별시공고 제2021-OOO)하였고, 이후 매 1년씩 4회 연장하여 2026.4.3.까지 재지정하였다.(사) 청구법인은 2021.6.15. 사업부지 내 토지 추가 매입을 위하여 OOO외 2필지(이하 ‘추가 부동산’이라 한다)에 관한 매매계약을 체결하였다.(아) 청구법인은 2021.6.18. 처분청에 추가 부동산에 관한 토지거래계약 허가를 신청하였으나, 처분청은 2021.7.6. 이 건 공공재개발 후보지가 향후 정비예정구역 또는 정비구역으로 지정될 경우 「도시 및 주거환경정비법」제19조 제8항에 따라 지역주택조합 조합원을 모집할 수 없게 되어 피해 발생의 우려가 있고, 청구법인이「부동산 거래 신고 등에 관한 법률」 제12조 제1호 마목에 따른 지정목적에 적합하다고 인정되는 사업을 시행하는 자로 보기 어렵다는 사유로 불허가 처분하였다.(자) 처분청은 청구법인이 쟁점주택을 하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 멸실하지 아니한 것으로 보아, 2025.7.10. 청구법인에게「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에 따른 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택을 취득하고 유예기간내에 멸실하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인이 쟁점주택을 취득하기 이전에 주민들이 공공재개발 후보지 선정을 위하여 2020.11.4.까지 동의서를 받아 처분청에 공모 신청을 하였고, 2021.1.14. 국토교통부 보도자료에서 공공재개발사업 첫 시범사업 후보지에 대해서 토지거래허가구역 지정을 추진하면서 앞으로의 공공재개발사업에 투기자금이 유입되지 않도록 대책을 마련하기로 하였다고 발표한 것으로 보아 쟁점주택 소재지가 향후 토지거래허가구역으로 지정될 수 있는 것을 예상할 수 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점주택 소재지가 토지거래허가구역으로 지정되어 멸실행위가 불가능하였다고 주장하나, 토지거래허가구역으로 지정되면 추가로 부동산을 취득하는 과정에서 별도의 절차를 거쳐야 할 뿐, 쟁점주택의 멸실 행위 자체를 금지하는 것은 아닌 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주택을 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 멸실하지 못한 정당한 사유가 존재한다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율(2) 지방세법 시행령제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목 5)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 6년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우는 제외하고, 나목 6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우 또는 그 취득일부터 5년이 경과할 때까지 신축 주택을 판매하지 않은 경우는 제외하며, 나목 5) 및 6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 7년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우는 제외한다.

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.3)「주택법」제2조 제11호에 따른 주택조합(같은 법 제11조 제2항에 따른 “주택조합설립인가를 받으려는 자”를 포함한다)(3) 주택법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.11. “주택조합”이란 많은 수의 구성원이 제15조에 따른 사업계획의 승인을 받아 주택을 마련하거나 제66조에 따라 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다.

가. 지역주택조합 : 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합