쟁점주택의 양도가 거주 요건이 적용되지 아니하는 1세대1주택 비과세 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

1.처분개요가. 청구인은 대구광역시 OOO호 등 3채의 주택을 보유한 상태에서 2015.5.28. 부산광역시 OOO호(소재지는 2017.8.3. 조정대상지역으로 지정되었고, 이하 “쟁점주택”이라 한다)의 분양권에 대한 계약금을 지급(2015.7.28. 매수계약 체결)하여, 2019.10.10. 소유권이전등기를 하였고, 이후 쟁점주택에의 거주 사실 없이 2025.8.28. 쟁점주택을 양도한바, 쟁점주택의 양도에 대하여 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 ‘조정대상지역 내 1세대1주택 비과세 2년 거주요건’을 충족하지 못하였다고 보아, 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 쟁점주택의 분양권 취득 당시는 「소득세법 시행령」이 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되어 조정대상지역 내 1세대1주택 비과세와 관련하여 거주기간을 요구하기 전이었고, 위 시행령 제154조 제1항 제5호가 거주기간 제한을 받지 않는 예외대상을 무주택자로 한정한 것은 신뢰보호원칙 등에 반하므로, 쟁점주택의 양도는 위 시행령 제154조 제1항의 거주요건 적용대상이 아니라고 보아, 기납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 취지로 2026.4.6. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 쟁점주택의 양도가 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 거주요건 적용대상이고, 청구인이 쟁점주택의 분양권에 대한 계약금 지급일 현재 3채의 주택을 보유하고 있어 거주요건의 예외사유인 위 시행령 제154조 제1항 제5호에 해당하지 아니한다고 보아, 2026.6.4. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 부동산 투기를 하지 아니하였고, 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세를 납부함에 따라 주거이전의 자유 및 재산권을 침해받았다.(가) 1세대1주택 비과세제도는 국민 주거생활의 안정과 국민의 재산권을 보호하기 위하여 일정한 요건 충족 시 양도소득세를 과세하지 않는 제도이다. 그리고 부득이하게 일시적 2주택자가 된 경우에도 비과세가 적용된다. 이는 국민의 주거이전 자유를 보장하고, 기본 재산권을 보호하기 위함이다.(나) 청구인은 부동산 투기를 한 적이 없고, 지금까지 1주택만을 보유하고 있었다.

부산광역시로 이사를 가기 위하여 2015.7.28. 쟁점주택의 분양권을 매수하였으나, 분양회사의 준공이 늦어져 부산광역시 OOO가 조정대상지역으로 지정된 이후인 2019.10.10. 소유권보존등기 및 청구인으로의 이전등기가 되었다. 당시 청구인은 당시 주변 시세보다 저렴하게 임대를 하였고, 이후 쟁점주택에서 거주하고자 하였으나 임대기간 중에 임대계약을 해제할 수 없어서 거주하지 못하였다. 청구인은 쟁점주택에서의 거주요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세를 납부하게 되었고, 주거이전의 자유 및 재산권을 침해받았다.

(2) 처분청의 이 건 거부처분은 신뢰보호원칙, 조세평등주의원칙 등을 위반하여 위법ㆍ부당하다.(가) 청구인은 조정지역 고시 및 「소득세법 시행령」 개정 전에 쟁점주택의 분양권을 취득하였는데, 청구인이 취득 당시 예측할 수 없었던 사후적인 규제(거주요건 부과)로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 법적 안정성을 해치고 소급입법으로 인한 신뢰보호원칙을 위반한 것이다.1) 2017.9.19. 「소득세법 시행령」이 개정되어 제154조 제1항에 조정지역의 공고가 있은 날 이후에 취득하여 매각하는 분부터 1세대1주택 비과세요건에 거주요건이 추가되었고, 청구인이 쟁점주택의 분양권을 매수하였을 시점에는 1세대1주택 비과세 요건에 거주요건이 없었다.2) 대법원은 부진정소급입법이라고 하더라도 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량 과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다고 판시하였는데(대법원 1996.7.30. 선고 95누12897 판결), 국가가 세수를 늘리거나 정책을 바꾸려는 공익보다 국가의 약속을 믿고 경제활동을 한 국민의 신뢰를 보호하는 것이 법치국가적 가치에서 더 우위에 있다.3) 특히 청구인처럼 법령 개정 전 이미 매매계약을 체결한 경우에까지 추가된 비과세 요건(거주요건)을 소급적용하여 과세하는 것은 침해되는 신뢰이익이 공익보다 더 크고 중대한 경우에 해당한다.4) 청구인은 조정지역 고시 이전에 이미 쟁점주택의 분양권을 취득하여 권리관계가 형성된 상태였다.

그리고 당시 소득세법령에 의하면 청구인은 거주요건 없이 2년 이상만 보유하면 양도소득세를 비과세 받을 수 있었다. 그런데 처분청은 청구인이 취득 당시 예측할 수 없었던 거주요건을 이유로 이 건 거부처분을 하였는바, 이는 취소되어야 한다.(나) 정부는 2017.9.19. 「소득세법 시행령」을 개정하면서 거주기간의 제한을 받지 아니하는 예외사항의 요건으로 ‘무주택자’를 추가하였는데 이는 입법예고 내용에는 없던 사항이고, 정부는 위 시행령을 개정하며 분양권과 같은 특수한 상황을 고려하지 아니하였으며, 부칙에 충분한 유예기간을 두지 아니하였다.1) 기획재정부공고 제2017-116호(2017.8.10.)에 따르면 「소득세법 시행령」의 개정 이유는 ‘실수요 목적의 주택 구입을 유도하기 위하여 「주택법」에 따른 조정대상지역에 소재하는 주택의 경우 1세대1주택 양도소득세 비과세요건으로 2년 거주하여야 하는 요건을 신설하고, 거주요건이 적용되지 않는 예외사유를 규정하려는 것임’이고, 예외사유는 ‘현재 보유기간의 제한을 받지 않는 경우’ 등이다.그런데, 정부는 이로부터 약 한 달이 지난 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 위 시행령을 개정하면서, 부칙 제2조 제2항 제2호에서 “2017.8.2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)”을 종전의 규정에 따르는 예외사항으로 규정하였다.즉, 정부는 한 달간의 입법예고 유예기간만 주고, 입법예고 내용에 없었던 ‘해당주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니한 경우로 한정한다’라는 내용을 추가하여 「소득세법 시행령」을 개정한 것이다.2) 또한, 위 시행령 개정 시의 부칙 제2조 제1항에는 ‘제154조 제1항 등의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 하여 충분한 유예기간을 두지 아니하였다.3) 반면, 정부는 위 2017년의 개정과 달리 2018년의 개정에서는 2018.9.20. 「소득세법 시행령」 개정안 입법예고에서 ‘조정대상지역으로 지정되기 전 주택 매도계약을 체결한 다주택 보유자의 신뢰를 보호하기 위하여 조정대상지역으로 지정되기 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 조정대상지역 다주택자에 대한 양도소득세 중과 규정을 배제하려는 것임’이라고 개정이유를 밝혔고, 실제로 2018.10.23. 위 시행령 개정 시 입법예고내용과 동일하게 개정되었으며, 해당 개정 시행령 부칙 제1조는 제159조의3(장기보유특별공제)의 개정규정은 2020.1.1.부터 시행한다고 하여 유예기간을 충분히 두었다.4) 일반적인 주택의 경우에는 계약을 체결한 후 잔금까지 기간이 3개월 정도 소요되나, 분양권의 경우 주택 분양에서 완공까지 4∼5년이 소요된다.

그런데도 정부는 이러한 분양권의 특수한 상황을 고려하지 않은 채 2017.9.19. 「소득세법 시행령」을 개정하여 납세자의 재산권을 침해하였다.(다) 2017.9.19. 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호는 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였다고 하더라도 ‘무주택자’인 경우에 한하여 거주요건을 적용받지 않도록 규정하는데, 이처럼 무주택자에게만 혜택을 부여하는 것은 개정세법의 입법취지인 ‘실수요 중심 주택 구입 유도 및 부동산 투기 방지’에 부합하지 아니하고, 무주택자와 1주택자 간의 조세평등주의에 위배된다.(라) 부동산 투기 방지 등을 위하여 세법을 개정하는 것은 가능하나, 청구인의 경우처럼 부동산 투기 열풍 이전인 2015년에 분양권을 취득하여 계약금과 중도금을 납입하고 있는 납세자에 대해서도 거주요건을 적용하여 양도소득세를 과세하는 것은 조세법률주의에 반한다.특히 주택에 대한 세금의 경우, 인간다운 삶을 위한 기본재산권과 밀접한 관련이 있으므로 법적 안정성과 예측가능성이 보장되어야 한다.

따라서 부동산 양도소득세의 경우 납세자가 부동산을 취득할 때부터 양도소득세 비과세요건을 충족할 수 있는지를 예측할 수 있도록 하여야 한다. 그런데 이 건 거부처분은 청구인의 예측가능성을 보장하지 못하였으므로 위법ㆍ부당하다.

나. 처분청 의견(1) 청구인은 3개 주택을 보유하고 있는 상태에서 2015.5.28. 쟁점주택의 분양권에 대한 계약금을 지급하였고, 2019.8.8. 분양대금을 완납하여 2019.10.10. 쟁점주택에 대한 소유권이전등기를 하였다.(2) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서, ‘거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니한 경우’에 해당하는 경우 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있다.

(3) 청구인은 쟁점주택의 분양권 계약 시점에 유주택자였으므로, 위 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호가 적용되지 아니하고, 이에 따라 거주기간의 제한을 받는다. 즉, 청구인이 1세대1주택 비과세를 적용받기 위해서는 2년의 거주기간 요건을 충족하여야 한다. 그런데 청구인은 쟁점주택에 거주하지 아니하고 쟁점주택을 양도하였으므로, 1세대1주택 비과세요건을 충족하지 못하였다. 따라서 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택의 양도가 거주요건이 적용되지 아니하는 1세대1주택 비과세 대상에 해당한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 소득세법제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(2) 소득세법 시행령(가) 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.

다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.(나) 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 것제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

5. 거주자가 제2항 단서에 따른 지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우② 조정지역은 다음 표에 해당하는 지역으로 한다. 다만, 법률 제14866호 「주택법」 일부개정법률 제63조의2에 따라 국토교통부장관이 같은 조 제1항 제1호의 조정대상지역을 지정ㆍ공고한 경우에는 그 지역을 말한다.<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169276071"></img><table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>부칙 ＜대통령령 제28293호, 2017.9.19.＞ </p> <p>제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

</p> <p> <span> </span> </p> <p>제2조【1세대1주택 비과세 요건에 관한 적용례등】① 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. </p> <p>② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. </p> <p> 1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택 </p> <p> 2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다) </p> <p> <span> 3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택 </span><span></span> </p></td></tr></tbody></table>(다) 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>부칙 ＜대통령령 제29242호, 2018.10.23.＞ </p> <p>제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. </p> <p> <span> </span> </p> <p>제2조【1세대1주택 비과세 요건에 관한 적용례등】① 제155조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. </p> <p>② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제155조 제1항의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. </p> <p> 1. 조정대상지역에 종전의 주택을 보유한 1세대가 2018년 9월 13일 이전에 조정대상지역에 있는 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다.

이하 이 항에서 같다)을 취득한 경우 </p> <p> 2. 조정대상지역에 종전의 주택을 보유한 1세대가 2018년 9월 13일 이전에 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우 </p> <p> <span> </span> </p> <p>제3조【장기보유특별공제에 관한 적용례】제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

</p> <p> <span> </span> </p> <p>제4조【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 범위에 관한 적용례】① 제167조의3 제1항 제2호 마목의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. </p> <p>② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제167조의3 제1항 제2호 마목의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. </p> <p> 1. 2018년 9월 13일 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다.

이하 이 항에서 같다)을 취득한 경우 </p> <p> 2. 2018년 9월 13일 이전에 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우 </p> <p> <span> </span> </p> <p>제5조【조정대상지역 다주택자 양도소득세 중과 적용배제에 관한 적용례】제167조의3 제1항 제11호, 제167조의4 제3항 제5호, 제167조의10 제1항 제11호 및 제167조의11 제1항 제10호의 개정규정은 2018년 8월 28일 이후에 양도하는 분부터 적용한다.

</p></td></tr></tbody></table>(라) 2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우② 제1항에서 조정대상지역을 적용할 때 2017년 8월 3일부터 2017년 11월 9일까지의 기간에는 다음 표의 지역을 조정대상지역으로 한다.⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

(3) 행정절차법제41조【행정상 입법예고】④ 입법안을 마련한 행정청은 입법예고 후 예고내용에 국민생활과 직접 관련된 내용이 추가되는 등 대통령령으로 정하는 중요한 변경이 발생하는 경우에는 해당 부분에 대한 입법예고를 다시 하여야 한다. 다만, 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 예고를 하지 아니할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.(가) 분양대금완납확인서와 매매계약서는 아래 ＜표1＞ㆍ＜표2＞와 같은바, 청구인은 2015.5.28. 쟁점주택의 분양권에 대한 계약금을 지급하였고, 2015.7.28. 쟁점주택의 분양권 매수계약을 하였으며, 2019.8.8. 쟁점주택 분양대금 완납 후, 2019.10.10. 소유권이전등기를 하였다.＜표1＞ 분양대금 완납확인서OOO＜표2＞ 쟁점주택 분양권 매매계약서OOO(나) 쟁점주택의 소재지는 부산광역시 OOO이고, 쟁점주택 양도 당시 시행 중인 「소득세법 시행령」(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것) 제154조 제2항은 ‘조정대상지역을 적용할 때 2017.8.3.부터 2017.11.9.까지의 기간에는 부산광역시 OOO 등을 조정대상지역으로 한다’고 규정하고 있다.(다) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호는 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하면 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고, 위 시행령 부칙(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 것) 제2조 제2항 제2호도 ‘2017.8.2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)에 해당하는 주택에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하여, 거주기간의 제한을 받지 않도록 규정하는데, 청구인은 쟁점주택의 분양권에 대한 계약금을 지급한 2015.5.28. 쟁점주택 외에 아래 ＜표3＞과 같이 총 3채의 주택을 보유하고 있었던 것으로 나타난다.＜표3＞ 쟁점주택 계약금 지급일 현재 청구인의 보유 주택OOO(라) 청구인이 쟁점주택에 거주하지 아니하였다는 사정에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 이 건 거부처분이 신뢰보호원칙 등을 위반하여 위법ㆍ부당하다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.(가) 청구인이 제출한 예규(기획재정부재산-735, 2019.10.30.)의 요약내용은 ‘주택분양권 및 「소득세법」 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 세대가 2017.8.2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하여 취득한 조정대상지역 내 주택분양권이 완공되어 이를 양도하는 경우, 1세대1주택 비과세 거주요건을 적용하지 않음’이다.(나) 청구인은 2017.9.19. 「소득세법 시행령」이 개정됨에 따라 조정대상지역에 소재하는 주택의 1세대1주택 양도소득세 비과세의 요건으로 거주요건이 신설된 것과 관련하여, 조정대상지역 지정 전 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 무주택자에 한정하여 예외사항(거주요건 미적용)을 정한 것은 당초 입법예고된 내용에 없었고, 청구인이 쟁점주택의 분양권을 매매하였을 당시에는 위와 같은 거주요건이 없었으므로 이를 적용한 이 건 거부처분은 신뢰보호원칙에 반한다고 주장하며, 아래 ＜표4＞와 같은 2017.8.10. ‘기획재정부공고 제2017-116호’(「소득세법 시행령」 일부개정령 입법예고)를 제출하였다.＜표4＞ 기획재정부공고 제2017-116호OOO(다) 청구인은 위와 다르게 조정대상지역으로 지정되기 전 주택 매도계약을 체결한 다주택 보유자의 신뢰를 보호하였던 입법사례가 있다고 주장하며, 아래 ＜표5＞와 같은 2018.9.20. ‘기획재정부공고 제2018-163호’(「소득세법 시행령」 일부개정령 입법예고) 등을 제출하였다.＜표5＞ 기획재정부공고 제2018-163호OOO(3) 2017년 간추린 개정세법 중 1세대1주택 비과세요건과 관련된 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 2017년 간추린 개정세법(「소득세법 시행령」 제154조)OOO(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대,청구인은 쟁점주택의 양도가 거주요건의 제한을 받지 아니하는 1세대1주택 비과세 적용대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점주택이 소재한 부산광역시 OOO는 2017.8.3. 조정대상지역으로 지정되었고, 청구인은 쟁점주택의 분양권에 대한 계약금 지급일 현재(2015.5.28.) 3채의 주택을 보유하고 있었던 것으로 나타나므로, 무주택자에 대하여만 거주요건의 제한을 받지 않도록 한 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제5호 및 부칙 제2조 제2항 제2호를 적용할 수 없는 점, 청구인은 쟁점주택에서 거주한 사실이 없어 거주요건을 충족하지 못한 상황에서 쟁점주택을 양도한 점,청구인은 이 건 거부처분이 신뢰보호원칙, 소급과세금지원칙 등을 위반하였다고 주장하나, 세법의 영역에 있어서는 국가가 조세ㆍ재정정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 법령이 개정되기 이전에 재산을 취득하여 개정 후 양도한 자가 취득 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려운 점(서울고등법원 2020.7.3. 선고 2019누67557 판결, 같은 뜻임), 세법이 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 소급과세금지원칙이 적용될 여지가 없고(대법원 1989.9.29. 선고 88누11957 판결, 같은 뜻임), 양도자산이 과세요건과 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는데(대법원 2008.6.12. 선고 2007두15124 판결, 같은 뜻임), 쟁점주택의 양도소득세는 청구인이 2025.8.28. 쟁점주택을 양도함으로써 비로소 성립되는 것이어서 2017.9.19. 개정ㆍ시행된 「소득세법 시행령」 제154조 제1항이 적용된다고 하여 소급과세금지원칙에 위배된다고 할 수 없는 점,대통령령이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가지고 있고, 대법원이 해당 규정을 무효로 판단하기 전까지는 처분 당시 법령에 따라 처분을 하여야 하는 것인바, 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제1항이나 부칙 제2조 제2항 제2호에 대하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.