쟁점정비공장이 취득세 중과대상인 대도시 내 지점 설치에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2019.5.29. 서울특별시 성동구 OOO소재 공장용지 506.1㎡ 및 그 지상 공장 건축물(이하 “이 건 토지 및 구 건축물”이라 한다)을 공유물분할을 위한 경매로 취득하고, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2022.6.15. 이 건 토지 및 구 건축물의 취득가액을 OOO원으로 정정하여 취득세 등 OOO원을 추가로 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2022.4.18. 이 건 토지 지상에 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하고, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 원시취득에 따른 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 청구법인은 같은 날 이 건 건축물 중 영업사무실 부분을 제외한 정비공장(이하 “쟁점정비사업장”이라 한다)에 대하여 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 대도시 내 법인의 지점 설치에 해당한다고 보아 취득세 등 OOO원을 추가로 신고·납부하였고, 이 건 토지 및 구 건축물에 대하여도 같은 사유로 취득세 등 OOO원을 추가로 신고·납부하였다.

마. 이후 청구법인은 2025.5.9. 쟁점정비사업장에 대한 중과 신고·납부가 부당하다며 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.10. 이 건 건축물 중 영업사무실을 제외한 부분인 정비공장이 「지방세법」 제13조 제2항 제1호의 ‘지점’에 해당한다는 이유로 경정청구를 거부하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점정비사업장이 취득세 중과세 대상인지 여부를 판단하기 위해서는 우선 해당 시설이 「지방세법」상 본점 또는 지점에 해당하는지, 아니면 공장에 해당하는지를 선결하여야 한다.지점이라 함은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 법인의 사무 또는 사업이 이루어지는 장소로서, 영업활동에 관한 의사결정 기능을 보유하고 독립적인 예산·회계업무를 수행하며 대외적인 거래업무가 이루어지는 본점 이외의 장소를 의미한다.그러나 쟁점정비사업장은 차량의 정비 및 수리만을 수행하는 시설로서, 영업활동을 위한 독자적인 의사결정 기능이 존재하지 않고, 영업·고객응대·계약체결 등 대외적인 거래업무도 수행하지 않는다.

또한 자동차 정비 접수는 다른 지점을 통하여 이루어지고 있으며, 독립적인 예산·회계업무 역시 수행하지 않고 있다. 따라서 쟁점정비사업장은 지점의 요건을 충족하지 못하므로 「지방세법」상 취득세 중과대상인 지점으로 볼 수 없다.오히려 청구법인은 「자동차관리법」 제53조 제1항 및 제13조 제1항 제1호에 따라 자동차종합정비업을 사업 종류로 하여 자동차관리사업 등록을 마쳤고, 쟁점정비사업장은 자동차종합정비업을 영위하기 위한 시설로 운영되고 있으므로 실질적으로 공장에 해당한다.따라서 쟁점정비사업장을 지점으로 전제하여 취득세를 중과한 처분은 사실관계 및 관련 법령에 대한 오인에 기초한 것으로 위법하다.나아가 설령 쟁점정비사업장이 공장에 해당하지 않는다고 보더라도, 그렇다면 「지방세법」 제13조 제2항 제2호의 공장 중과세 대상에도 해당하지 아니한다.그럼에도 불구하고 이를 곧바로 같은 항 제1호의 지점 중과세 대상으로 볼 수는 없으므로, 결국 쟁점정비사업장을 지점으로 보아 중과세한 처분은 법적 근거가 없는 위법한 처분이라 할 것이다.

나. 처분청 의견쟁점정비사업장은 청구법인의 본점 외 별도의 장소에 설치되어 있으며, 자동차 정비업무를 수행하기 위하여 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사업활동을 영위하고 있는 사업장이다. 또한 별도의 사업자등록이 이루어져 있고, 법인등기부상 지점으로 등기되어 있으며, 부가가치세 또한 본점과 구분하여 신고·납부하고 있다.청구법인은 쟁점정비사업장의 사업자등록이 「자동차관리법」상 정비이력 전송을 위한 형식적인 조치에 불과하고, 독자적인 영업활동이나 고객 응대, 의사결정 기능이 없으므로 지점에 해당하지 않는다고 주장한다.그러나 지점 해당 여부는 반드시 독립적인 영업계약 체결권이나 경영 의사결정권의 보유 여부만으로 판단되는 것이 아니라, 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 법인의 사무 또는 사업이 이루어지는 장소인지 여부를 기준으로 판단하여야 한다.쟁점정비사업장은 정비업무 수행을 위한 상시 인력과 시설을 갖추고 실제 사업활동을 수행하고 있으며, 별도의 사업자등록과 지점등기, 독립적인 부가가치세 신고가 이루어지고 있는 점을 고려하면, 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에서 규정한 ‘지점 또는 분사무소’에 해당한다고 보아야 한다.한편 청구인은 쟁점정비사업장이 같은 법 제13조 제2항 제2호의 ‘공장’에 해당하지 않는 이상 제1호의 중과대상에도 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나 같은 조 제2항 각 호는 각각 독립적인 취득세 중과 요건을 규정한 것으로, 어느 한 규정의 적용 여부가 다른 규정의 적용 여부를 좌우하는 것은 아니다.따라서 쟁점정비사업장이 「지방세법」제13조 제2항 제2호에 따른 공장 중과 대상에 해당하지 않는다 하더라도, 제13조 제2항 제1호에서 정한 ‘지점 또는 분사무소’의 요건을 충족하는 이상 취득세 중과 대상에 해당한다.결국 쟁점정비사업장은 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사업이 이루어지는 장소로서 「지방세법」 제13조 제2항 제1호의 지점에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점정비사업장이 「지방세법」 제13조 제2항 제1호의 대도시 중과대상 지점 설치에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 쟁점정비사업장과 청구법인의 본점 부동산의 위치는 아래 그림과 같다.

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○(나) 처분청은 이 건과 별도로 청구법인 본점 부동산 내 정비공장을 「지방세법」상 지점으로 보아 취득세를 중과세하였으나, 해당 처분에 대한 행정소송에서 1심(서울행정법원 OOO)은 정비공장이 별도의 조직·인력·시설을 갖추고 독립적으로 자동차 정비·수리용역을 제공하며 별도의 매출을 발생시키고 있다는 이유로 지점에 해당한다고 보아 처분청의 손을 들어준 반면, 2심은 정비공장이 별도의 사업자등록 없이 본점 명의로 세금계산서를 발행하고 회사의 주된 사업목적 중 하나인 자동차 정비·수리업을 수행하는 본점의 사업활동 장소로 사용되고 있다는 점 등을 근거로 본점의 일부에 해당한다고 판단하여 처분을 취소하였고, 이후 3심에서 심리불속행 기각으로 2심 판결이 그대로 확정된 것으로 확인된다.(다) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 사용계획은 아래와 같다.

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○(라) 청구법인은 2022.4.21. 이 건 건축물에 “AAA(주) BBB”라는 이름으로 별도의 사업자등록을 마쳤고(등록번호 OOO), 2022.4.22. 지점으로 하여 이전등기를 마쳤다.

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○(마) 처분청은 쟁점정비사업장의 운영 방식이 본점 부동산 내 정비공장과 동일하다는 의견이나, 청구법인이 쟁점정비사업장에서 독립적으로 인적·물적 설비를 갖추고 계속적·반복적으로 사업활동을 영위하였음을 입증할 구체적인 증빙은 제출되지 않은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점정비사업장이 영업활동에 관한 독자적인 의사결정 기능, 대외적 거래업무 및 독립적인 예산·회계업무를 수행하지 아니하여 「지방세법」상 지점에 해당하지 않고, 자동차종합정비업을 영위하기 위한 시설로서 실질적으로 공장에 해당하거나 적어도 지점 중과세 대상으로 볼 수 없음에도 처분청이 이를 지점으로 보아 취득세를 중과한 것은 위법한 처분이라고 주장하나,「지방세법」 제13조 제2항 제1호는 대도시에서 법인이 지점 또는 분사무소를 설치함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우를 취득세 중과대상으로 규정하고, 같은 항 제2호는 대도시에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우를 별도의 중과대상으로 규정하고 있으므로, 같은 항 제1호의 지점 중과 규정과 제2호의 공장 중과 규정은 각각 독립된 과세요건으로 보아야 하며, 어느 시설이 공장 관련 시설에 해당하거나 제2호의 공장 중과대상에서 제외된다는 사정만으로 곧바로 제1호의 지점 중과대상에서도 제외된다고 볼 수는 없는 점, 취득세 중과대상인 지점 또는 분사무소란 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법에 따라 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 의미하며, 여기서 인적 설비는 반드시 해당 법인에 직접 고용된 형태일 필요는 없고 해당 법인의 지휘·감독 아래 인원이 상주하면 족하는 점, 청구법인은 이 건 건축물에 대하여 “AAA(주) BBB”라는 명칭으로 별도의 사업자등록을 하였고, 법인등기부상 지점으로 등기하였으며, 이는 쟁점정비사업장이 단순히 본점 내부의 작업공간에 불과한 것이 아니라, 대외적으로 독립된 사업장으로 표시되고 세법상으로도 별도의 사업장 단위로 관리되어 왔음을 보여주는 점, 또한, 청구법인은 쟁점정비사업장에서 독자적인 의사결정, 영업계약 체결, 고객응대, 예산·회계업무가 이루어지지 않으므로 지점에 해당하지 않는다고 주장하나, 「지방세법」상 지점 해당 여부는 반드시 독립적인 경영 의사결정권이나 별도의 회계조직 보유 여부만으로 판단되는 것이 아니라, 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 법인의 사무 또는 사업이 수행되는 장소인지 여부를 기준으로 판단하여야 하는 점, 쟁점정비사업장은 자동차종합정비업을 영위하기 위한 시설로서 청구법인의 차량 정비·수리 사업활동이 계속적·반복적으로 이루어지는 장소이고, 자동차 정비업은 단순한 내부 지원업무나 물품 보관행위가 아니라 고객 차량에 대한 정비·수리용역을 제공하는 사업활동이며, 그 수행을 위해 정비인력·정비장비·작업공간 등 인적·물적 설비가 필수적으로 요구되므로, 쟁점정비사업장은 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소나 보관창고, 하치장에 해당한다고 보기 어려운 점, 설령 청구법인 주장과 같이 자동차 접수나 계약 절차가 본점 시스템을 통하여 이루어진다고 하더라도 이는 청구법인의 내부 업무분장 방식에 불과하고, 실제 차량 정비·수리용역이 쟁점정비사업장에서 수행되며 그 결과가 청구법인의 매출 또는 사업활동으로 귀속되는 이상 쟁점정비사업장은 청구법인의 사업이 계속적으로 이루어지는 장소로 보아야 하므로, 지점 해당성을 부정하려면 쟁점정비사업장이 실질적인 영업행위 없이 단순 보관·하치 또는 내부 작업만 수행하였다는 점이 인정되어야 하나 이 건 자료만으로는 그러한 사정이 확인되지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인이 원용하는 본점 부동산 내 정비공장 관련 확정판결은 해당 정비공장이 별도의 사업자등록 없이 본점 명의로 세금계산서를 발행하고 본점의 사업활동 장소로 사용되었다는 점을 주요 근거로 한 사안인 반면, 이 건 쟁점정비사업장은 별도의 사업자등록, 지점등기 및 본점과 구분된 장소로서 독립된 사업장이므로 위 사안과 사실관계가 동일하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점정비사업장은 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에서 정한 대도시 내 법인의 지점 해당한다고 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점정비사업장을 대도시 내 법인의 지점 설치에 따른 취득세 중과대상으로 보아 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1)지방세법제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다.

다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우2. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙제7조(공장의 범위와 적용기준) ① 법 제13조 제8항에 따른 공장의 범위는 별표 2에 규정된 업종의 공장(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조에 따른 도시형 공장은 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 해당 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계 구역 안에 설치되는 부대시설(식당, 휴게실, 목욕실, 세탁장, 의료실, 옥외 체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 제공되는 시설과 대피소, 무기고, 탄약고 및 교육시설은 제외한다)의 연면적을 포함한다.[별표2] 공장의 종류(제7조제1항 관련)28. 자동차 및 모터사이클 수리업952 자동차 및 모터사이클 수리업9521 자동차 수리 및 세차업95211 자동차 종합 수리업95212 자동차 전문 수리업95213 자동차 세차업9522 모터사이클 수리업95220 모터사이클 수리업29. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제1호부터 제28호까지의 공장의 종류에서 제외한다.

다만, 가목부터 마목까지 및 아목은 법 제13조제1항 및 제2항과 이 규칙 제7조에 따라 취득세를 중과세할 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 관계 법령에 따라 공장의 설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역에 한정하여 공장의 종류에서 제외하고, 법 제111조, 영 제110조 및 이 규칙 제55조에 따라 재산세를 중과세하는 경우, 법 제146조ㆍ영 제138조 및 이 규칙 제75조에 따라 지역자원시설세를 중과세하는 경우 및 「지방세특례제한법」 제78조에 따라 취득세 등을 감면하는 경우에는 공장의 종류에서 제외하지 아니한다.

다. 차량 등의 정비 및 수리를 목적으로 하는 정비ㆍ수리업