1쟁점양도가 감면규정의 요건을 충족하는지 여부, 2쟁점토지가 비사업용 토지로서 중과세율이 적용되는지 여부

1. 처분개요가. 청구인은 사단법인 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 이사로, 2020.5.19. 부산광역시 동래구 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 이후 2025.7.17. 부산광역시 동래구(이하 “동래구”라 한다)에 쟁점토지를 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)하였으며, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 2025.9.26. 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구인은 2026.1.14. ① 동래구가 공익사업 목적으로 사용하기 위하여 쟁점토지를 매수하였으므로 쟁점양도로 발생하는 소득은 「조세특례제한법」 제77조(이하 “감면규정”이라 한다)에 따른 감면 대상에 해당하고 ② 쟁점토지는 쟁점법인이 소유한 B(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 공영주차장으로 사용되어 비사업용 토지가 아니므로 중과세율 10% 적용을 배제하여야 한다는 취지로 2025년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2026.3.17. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점토지의 취득 및 양도 경위를 살펴보면 다음과 같다.(가) 쟁점법인은 청구인과 청구인의 누이 C가 이사로 있는 비영리법인으로서, 동래구로부터 구두로 쟁점토지 취득 시 쟁점건물의 부속도서관 건립을 허가하겠다는 약속을 받고, 2007.10.15. 쟁점토지를 매매 취득하였다. 그러나 취득 이후, 동래구는 도서관 건립이 불가능하다고 통보하였고, 이에 쟁점법인은 쟁점토지를 쟁점건물의 부속주차장으로 계속 사용해 오고 있었다.(나) 쟁점법인은 수익사업을 운영하고 있지 않아, 쟁점토지를 매입할 자금이 없어 취득 당시 쟁점건물 및 부속토지를 담보로 OOO원을 차용하였고 이를 매수대금 OOO원, 부대비용 OOO원으로 사용하였다.

그러나 도서관 건립이 불가능해지자 대출이자를 감당하지 못하였고, 이에 청구인 및 C가 개인 소유 부동산을 처분하여 대위변제했으며 이후 쟁점법인은 임시이사회를 개최하여 청구인 및 C에게 쟁점토지로 대물변제하였고, 청구인은 2020.5.19. 쟁점토지에 대한 C의 지분을 취득하였다.(다) 이후 동래구에서 쟁점건물 및 쟁점토지를 매수하겠다고 하여 지방재정투자심사, 공유재산심의, 공유재산 관리계획 승인을 거쳐 청구인과 동래구 간 협의로 쟁점양도가 이루어졌다.

(2) 쟁점양도는 공익사업 목적의 협의매수이므로 감면규정을 적용하여 양도소득세 15%를 감면하여야 한다.(가) 공익매매는 국가·지방자치단체 등이 공익사업 등에 사용할 토지를 토지 소유자와 협의하여 매입하는 것을 말하는바, 통상의 절차는 매수 신청서 접수, 현장조사·평가·심의, 결정이고, 매수가격은 통상 2개 이상의 감정평가액의 산술평균으로 한다. 쟁점토지의 경우 동래구에서 청구인에게 매수 요청하였고, 청구인이 승낙하여 2개 감정평가법인으로부터 감정평가를 받아 그 산술평균을 가액으로 하여 매도하였다.이 건 협의매매 과정을 자세히 살펴보면, 동래구 기획감사실 및 재무과에서 「지방재정법」 제37조 및 같은 법 시행령 제41조에 따른 지방재정투자심의 및 ‘부산광역시 동래구 공유재산 및 물품관리 조례’ 제5조에 따른 공유재산심의를 거쳤으며, 동래구의회에서 「공유재산 및 물품관리법」 제10조 및 같은 법 시행령 제7조에 따른 공유재산 관리계획을 승인하였다.

이후 동래구 기획감사실 및 구의회에서 추계예산을 편성하고 승인하여 매매계약을 한 것이다. 가장 중요한 과정 중 하나인 매매가격은 협의매매의 투명성과 객관성을 담보하기 위하여 2개 감정평가법인의 평균치로 계약하였다.(나) 관련 예규를 살펴보면, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시계획시설의 사업시행자로 지정된 자에게 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다) 등에서 정한 협의절차 등을 거쳐 협의매수되는 경우에는 사업용 토지로 보는 것(기재부 재산-197, 2015.2.26. 참조)인바, 쟁점토지는 단지 사업인정고시가 없었을 뿐이지 동래구의 협의매매로 인하여 매도되었으므로 감면규정이 적용된다고 봄이 타당하다.

양도 시 매매가격도 공익매매 절차에 의해 주변 시세보다 30% 정도 낮게 책정되었는바, 단지 사업인정고시 절차가 없다고 감면을 불허하는 것은 지나치게 가혹한 처사이므로 양도소득세 감면이 인용되어야 한다.

(3) 쟁점토지는 쟁점건물의 부속주차장으로 사용되어 사업용 토지에 해당하므로 쟁점양도에 대하여 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여야 한다.비사업용 토지는 지목별로 판정하는 것이며, 보유기간 중 60% 이상 사용하거나 양도 직전 5년 중 3년 이상을 사용, 3년 중 2년 이상을 사용한 경우에는 사업용 토지로 보아 중과대상에서 제외된다. 그리고 「소득세법 시행령」 제168조의11은 「주차장법」에 따른 부설주차장으로서 부설주차장 설치기준 면적 이내의 토지는 중과대상이 아니라고 규정하고 있다.

조세심판원도 토지를 사실상 주차장으로 사용하였고, 건축물 부속토지로서 별도합산 과세대상 토지에 해당하므로 그 기간 동안은 비사업용 토지에서 제외되는 토지라고 본 사례가 있다(조심 2009서1905, 2009.11.30. 참조). 쟁점토지는 취득시부터 양도시까지 쟁점건물의 부설주차장으로 사용하여 왔으며, 영리목적으로 사용하지 않았는바, 중과세율이 아닌 일반과세로 적용되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점토지는 사업인정고시 절차 없이 양도되었으므로 감면규정의 적용 대상에 해당하지 않는다.(가) 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건은 물론이고 비과세 및 조세감면요건에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 등, 같은 뜻임).(나) 감면규정에 따르면 공익사업법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서, 해당 토지와 건물이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2026.12.31. 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 15%를 감면하는바, 국세청은 사업인정고시 절차 없이 양도한 토지에 대해서는 감면규정을 적용하지 않는 것으로 해석하고 있다(사전-2025-법규재산-0912, 2025.11.27. 등 참조). 쟁점양도의 경우 사업인정고시 절차 없이 이루어졌으므로 감면규정이 적용되는 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) 쟁점토지는 「소득세법」에 열거된 사업용으로 보는 주차장 용지에 해당하지 않는바, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아, 일반세율을 적용해달라는 경정청구에 대한 거부처분은 적법하다.「소득세법」은 사업용 토지로 사용한 것으로 보는 토지를 열거하고 있으며, 주차장으로 사용한 토지에 대해서는 「주차장법」에 따른 부설주차장으로서 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지, 「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제1호에 따른 사업자(법률에 따라 여객자동차운송사업 또는 화물자동차 운송사업의 면허·등록 또는 자동차 대여사업의 등록을 받은 자) 외의 자로서 업무용자동차를 필수적으로 보유하여야 하는 사업에 제공되는 업무용자동차의 주차장용 토지, 주차장운영업을 영위하는 자가 소유하고 「주차장법」에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년 간의 수입금액의 비율이 3% 이상인 토지를 열거하고 있으나, 쟁점토지는 청구인이 보유한 기간 동안 재산세 부과내역이 ‘종합합산’ 과세된 것으로 확인되고, 열거된 주차장 용지에도 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점양도가 감면규정의 요건을 충족하는지 여부② 쟁점토지가 비사업용 토지로서 중과세율이 적용되는지 여부나. 관련 법령(1) 조세특례제한법 제77조 (공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의15(토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의45))에 상당하는 세액을 감면한다.1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득(2) 소득세법 제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

9. 제104조의3에 따른 비사업용 토지<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>양도소득과세표준 </p></td><td><p>세율 </p></td></tr><tr><td><p>1,400만원 이하 </p></td><td><p>16퍼센트 </p></td></tr><tr><td><p>1,400만원 초과 </p> <p>5,000만원 이하 </p></td><td><p>224만원 + (1,400만원 초과액 × 25퍼센트) </p></td></tr><tr><td><p>5,000만원 초과 </p> <p>8,800만원 이하 </p></td><td><p>1,124만원 + (5,000만원 초과액 × 34퍼센트) </p></td></tr><tr><td><p>8,800만원 초과 </p> <p>1억5천만원 이하 </p></td><td><p>2,416만원 + (8,800만원 초과액 × 45퍼센트) </p></td></tr><tr><td><p>1억5천만원 초과 </p> <p>3억원 이하 </p></td><td><p>5,206만원 + (1억 5천만원 초과액 × 48퍼센트) </p></td></tr><tr><td><p>3억원 초과 </p> <p>5억원 이하 </p></td><td><p>1억2,406만원 + (3억원 초과액 × 50퍼센트) </p></td></tr><tr><td><p>5억원 초과 </p> <p>10억원 이하 </p></td><td><p>2억2,406만원 + (5억원 초과액 × 52퍼센트) </p></td></tr><tr><td><p>10억원 초과 </p></td><td><p>4억8,406만원 + (10억원 초과액 × 55퍼센트) </p></td></tr></tbody></table>제104조의3 (비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야, 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지다. 토지의 이용상황, 관계법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것(3) 주차장법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “주차장”이란 자동차의 주차를 위한 시설로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 종류의 것을 말한다.

다. 부설주차장: 제19조에 따라 건축물, 골프연습장, 그 밖에 주차수요를 유발하는 시설에 부대하여 설치된 주차장으로서 해당 건축물·시설의 이용자 또는 일반의 이용에 제공되는 것제19조 (부설주차장의 설치·지정) ① 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역, 같은 법 제51조 제3항에 따른 지구단위계획구역 및 지방자치단체의 조례로 정하는 관리지역에서 건축물, 골프연습장, 그 밖에 주차수요를 유발하는 시설(이하 “시설물”이라 한다)을 건축하거나 설치하려는 자는 그 시설물의 내부 또는 그 부지에 부설주차장(화물의 하역과 그 밖의 사업 수행을 위한 주차장을 포함한다.

이하 같다)을 설치하여야 한다.제19조의2 (부설주차장 설치계획서) 부설주차장을 설치하는 자는 시설물의 건축 또는 설치에 관한 허가를 신청하거나 신고를 할 때에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 부설주차장 설치계획서를 제출하여야 한다. 다만, 시설물의 용도변경으로 인하여 부설주차장을 설치하여야 하는 경우에는 용도변경을 신고하는 때(용도변경 신고의 대상이 아닌 경우에는 그 용도변경을 하기 전을 말한다)에 부설주차장 설치계획서를 제출하여야 한다.

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.7. “사업인정”이란 공익사업을 토지등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다.제19조 (토지등의 수용 또는 사용) ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다.제20조 (사업인정) ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.제22조 (사업인정의 고시) ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시·도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

(5) 소득세법 시행령 제168조의11 (사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 “거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 「주차장법」에 따른 부설주차장(주택의 부설주차장을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)으로서 동법에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지. 다만, 제6호의 규정에 따른 휴양시설업용 토지 안의 부설주차장용 토지에 대하여는 제6호에서 정하는 바에 의한다.나. 「지방세법 시행령」 제101조 제3항 제1호에 따른 사업자 외의 자로서 업무용자동차(승용자동차·이륜자동차 및 종업원의 통근용 승합자동차를 제외한다)를 필수적으로 보유하여야 하는 사업에 제공되는 업무용 자동차의 주차장용 토지.

다만, 소유하는 업무용자동차의 차종별 대수에 「여객자동차 운수사업법」 또는 「화물자동차 운수사업법」에 규정된 차종별 대당 최저보유차고면적기준을 곱하여 계산한 면적을 합한 면적(이하 “최저차고기준면적”이라 한다)에 1.5를 곱하여 계산한 면적 이내의 토지에 한한다.주차장운영업을 영위하는 자가 소유하고, 「주차장법」에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 재정경제부령이 정하는 율 이상인 토지다.

사실관계 및 판단(1) 쟁점토지 및 쟁점건물 등과 관련하여 확인되는 자료는 다음과 같다.(가) 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 현황은 아래 ＜그림1＞ 및 ＜그림2＞와 같다.＜그림1＞ 쟁점토지 현황

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○＜그림2＞ 쟁점건물 현황

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○(나) 청구인은 쟁점토지의 등기사항전부증명서를 제출하였는바, 청구인의 취득 및 동래구에 2025.7.17. 매매양도한 사실이 확인되며, 토지 지목은 “대”(용도변경된 내역 없음), 면적은 340㎡이다.(다) 쟁점건물의 건축물대장을 보면, “주차장” 관련 옥외, 자주식으로 4대(46㎡)가 표시되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점양도와 관련하여, 동래구의 매입계획 및 부동산매매계약서 특약사항 등을 제출하였는바, “이 건 부동산은 매수인 부산광역시 동래구에서 문학행사 등 공익사업 목적(문화관 주차장 용도 등)으로 사용하기 위하여 매수를 요청하여 매매하는 것임”이 확인된다.

(3) 처분청은 쟁점토지가 재산세 종합합산 과세대상이었던 것으로 확인했으며, 이에 대한 청구인 항변은 없다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점양도가 감면규정의 요건을 충족한다고 주장하나, 엄격해석의 원칙에 따라 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적인 이유 없이 확장·유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 등, 같은 뜻임), 감면규정은 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 2년 이전에 취득한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 적용되며, 그 문언에 따르면 위 규정에 따라 세액감면을 받기 위해서는 사업인정고시가 이루어져야 할 것인데(조심 2022구7197, 2022.10.25., 같은 뜻임), 국토교통부장관의 사업인정고시는 확인되지 않고, 청구인은 과세 전 기준으로 사업상 합리적인 동기에 따라 동래구의 제안에 응했다고 보이는 점, 기타 감면규정을 예외적으로 적용할 특별한 사정도 없어 보이는 점 등에 비추어, 조세특혜에 해당하는 감면규정이 적용된다고 보기 어렵다.다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 부설주차장으로 용도변경된 사실은 확인되지 않는 점, 오히려 쟁점건물의 건축물대장을 보면 주차장 면적은 46㎡인바 쟁점토지(340㎡) 외의 부설주차장이 있다고 보이는 점, 기타 재산세 비과세·분리과세, 업무용자동차의 주차장용 토지, 주차장운영업용 토지 등을 입증할 만한 과세명세, 사업자등록증 등의 자료는 제출되지 않은 점 등에 비추어, 쟁점토지를 「주차장법」 상 부설주차장 등으로 보기 어렵다. 따라서, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.