쟁점부동산을 주택의 취득으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2025.3.20. 경기도 용인시 OOO에 본점을 설립하고, 2025.4.15. 서울특별시 OOO 외 2필지 토지 및 지상의 건물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득한 후, 과세표준을 OOO원으로 하여, 이 건 부동산 중 건물 2층 일부 면적 122.84㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)은 「지방세법」제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과)에 따른 중과세율을 적용하고, 그 외 부분은 일반세율을 적용하여, 2025.4.15. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 전인 2025.3.27. 이미 쟁점부동산의 용도가 단독주택에서 제2종근린생활시설(사무소)로 변경되었다는 사유 등으로 쟁점부동산에 대한 중과세율 적용의 취소를 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 용도변경 공사가 수반되지 아니하였고 잔금지급일까지 주택으로 사용되었다며 2025.8.28. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 이 건 부동산을 근린생활시설로 사용하기 위하여 취득하였고 실제로 이러한 용도로 사용하였으므로, 쟁점부동산을 주택으로 보아 취득세를 중과하는 것은 관련법령의 입법취지에 반한다.(가) 「지방세법」제13조의2 제1항에서 주택은 같은 법 제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말하고, 같은 호에서 주택이란 “「주택법」 제2조 제1호의 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장·사용승인서·임시사용승인서나 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재된 주거용 건축물과 그 부속 토지를 말한다.”고 정의하고 있다.(나) 처분청이 과세의 근거로 제시한 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 입법취지는 주택 실수요자를 보호하고 투기 수요를 근절하기 위하여 법인이 주택을 취득하는 경우 주택 취득에 따른 취득세율을 상향하여 실수요자 중심의 주택 보유를 유도하여 서민의 주거 안정을 도모하려는 것이다.(다) 그런데 이 건 부동산은 잔금지급일 전에 주택에서 제2종 근린생활시설로 건축물대장 및 등기부등록상 변경등록하였고 청구법인이 취득일 이후 주택으로 사용할 의도가 전혀 없으므로 「지방세법」제13조의2에 따른 법인의 주택 취득으로 볼 수가 없다(조심 2024지384, 2024.10.2. 참조).(라) 처분청이 주장하는 실질과세원칙에서 볼 때에도, 주택으로 사용하였다는 실질은 잔금지급일 전까지 전 소유자가 사용한 현황이고, 청구법인은 용도를 변경한 후 사무실로 임대하기 위한 취득이므로 그 실질을 주택취득으로 볼 수 없다.(마) 잔금 지급일 오전 현황상 전 소유자의 거주 시설이 있다는 것만을 들어 주택으로 판단한 것은 청구법인의 이 건 부동산 매수 목적에도 부합하지 않는다.

(2) 부동산 매매로 인한 소유권의 이동은 잔금지급일을 기준으로 매수자에게 귀속되는바, 현장의 수리 수선 또는 용품의 정리는 잔금 지급 이후부터 실행될 수밖에 없는 현실적 문제가 있다는 점도 참작해야 한다.(가) 건축물대장을 보면 이 건 부동산의 2층은 당초 근린생활시설이었다가 2019.3.12. 주택으로 용도변경되었고, 다시 2025.3.27. 근린생활시설로 변경되었다. 이는 매매계약과정에서 청구법인이 쟁점부동산을 근린생활시설로 용도변경할 것을 요구하였고, 매도인은 소유권을 넘기기 전에 근린생활시설로 용도변경을 이행하겠다고 약속하고 이에 따라 용도변경한 결과이다.(나) 잔금 송금이 오후 1시경 이루어짐에 따라 매도인의 명도가 지연되었고, 이사 작업이 시작되기 전인 오후 2시경 처분청 직원들이 현장을 방문하여 매도자의 용품과 가재도구 등을 확인하고 돌아갔으며, 이사가 완료되어 실질적인 명도는 저녁 8시경 이루어졌다.

만약 명도가 좀더 일찍 완료되고 처분청 직원들이 좀더 늦게 와서 공실인 상태를 확인하였다면 과세를 하지 아니하였을 것이다.

(3) 쟁점부동산은 수리를 완료하고 현재 근린생활시설인 “공유서점(북카페)”이 입점하여 영업활동을 하고 있다.이 사실만 보더라도 매수자인 청구법인이 당초 쟁점부동산을 취득한 이유를 확인할 수 있으며 결코 조세를 회피할 의도나 목적 없음이 확인된다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점부동산을 “주택”으로 보아 「지방세법」제13조의2에 따라 취득세를 중과 적용함이 타당하다.(가) 처분청이 취득 당일 현장에 출장하여 매도인 직계가족의 안내를 받아 쟁점부동산의 내부 현황을 확인한 결과, 쟁점부동산은 용도변경에 따른 실제 공사가 이루어지지 않은 상태였으며, 취사시설, 침대, 옷장 등 주거용 시설과 생활용품이 그대로 비치되어 있어 실질적으로 주택으로 사용 중인 상태였던 것으로 확인되었다.(나) 이러한 사실관계를 고려할 때, 쟁점부동산은 형식상 용도변경 여부와 무관하게 실질적으로는 주택으로 볼 여지가 충분하며, 「지방세기본법」제17조의 실질과세원칙은 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있는 것으로, 주택을 공부상 주택이 아닌 것으로 기재하였으나, 실제 용도변경 공사도 이루어지지 않았고, 잔금지급일까지 주택으로 사용하고 있었으므로 쟁점부동산을 “주택”으로 보아 「지방세법」제13조의2에 따라 취득세를 중과 적용함이 타당하다.

(2) 청구법인이 제시한 조세심판원 결정례(조심 2024지384, 2024.10.2.)는 본 건과 사실관계가 달라 원용될 수 없다.(가) 청구법인이 제시한 선결정례는 과세관청이 부동산을 법인의 주택 취득으로 보아 취득세를 중과한 근거는 취득일 이후 일정 기간 전입세대가 존재하였다는 사실뿐이며, 취득 시점의 현장 조사나 주거 실태에 대한 직접적인 확인 없이 처분이 이루어진 사안으로, 조세심판원은 단순한 주민등록상 주소나 전출신고 지연만으로 실질상 주택으로 간주하여 중과세율을 적용한 것은 부당하다고 판단한 것이다.(나) 그러나 본 건은 처분청에서 취득 당일 현장에 출장하여 부동산의 실제 이용 현황을 직접 확인하였고, 이를 바탕으로 현장 사진 등 객관적인 자료를 확보한 상태이므로, 사후적 정황에 기초한 위 선결정례와는 본질적으로 다르다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부동산의 취득을 주택 취득으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 2025.3.6. a부터 이 건 부동산을OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하면서, 잔금 OOO원의 지급일은 2025.4.15.로 하고, 특약사항에서 “매도자는 계약 이후 잔금 전까지 매수자의 요구에 의해 2층 주택부분을 근린생활시설로 용도변경 함에 적극 협조하며 용도변경에 소요되는 모든 비용 및 민원 등은 매수자의 부담으로 한다.”고 기재하였다.(나) 이 건 부동산의 2026.3.12.자 건축물대장을 따르면, 건축물은 2007.5.30. 사용승인된 지상 2층 건물로, 연면적은 292.3㎡이고, 주용도는 제1종근린생활시설로 기재되어 있으며, 구체적인 건축물 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 이 건 부동산의 건축물 현황

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○또한 건축물대장상 변동사항의 주요내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 건축물대장상 변동사항

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○당초 이 건 부동산의 용도는 근린생활시설이었으나, 2019.3.12. 2층 전체(146.15㎡)를 근린생활시설에서 단독주택으로 용도변경하였고, 2022.12.26. 2층 면적 중 23.31㎡만 근린생활시설(소매점)로 용도변경하였다가, 2025.3.27.(잔금지급일 이전) 2층의 단독주택 면적(122.84㎡)도 근린생활시설(사무소)로 변경하였다.이 부분에 대하여 청구법인은 잔금지급일(2025.4.15.) 전에 용도변경을 하였다고 주장하는 반면, 처분청은 용도변경은 되었으나 실제로는 용도변경 공사가 수반되지 아니하였고 주택으로 사용되었다는 의견이다.(다) 청구법인은 잔금지급일인 2025.4.15. 13시경 잔금지급을 완료하고 이 건 부동산 취득세 신고서를 제출하였고, 처분청은 같은 날 13:56∼15:01 이 건 부동산을 현장 방문하였고, 쟁점부동산이 공부상 현황과 달리 주택으로 사용되고 있다고 보아 「지방세법」 제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과)에 따라 중과세율을 적용하여 취득세 신고·납부하는 것이 타당하다 안내하였고, 청구법인은 처분청 안내에 따라 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.처분청의 출장복명서에 따르면, “공부상으로만 용도변경한 2층 주택에는 현재 매도자와 그의 가족들이 거주 중이었는바 취사시설, 침대, 옷장, 가구 등 주거시설과 생활용품이 그대로 구비되어 있었고, 매도인이 이사 준비 중이었으나 용도변경에 따른 공사가 전혀 없었던 점으로 보아 주택으로 사용하는 것으로 판단”하였다는 내용이 확인되며, 출장 당시 현장 모습은 아래 ＜사진1＞과 같다.＜사진1＞ 처분청 현장확인 사진

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○(라) 청구법인은 이에 대하여 잔금지급일(2025.4.15.) 18시경 이사가 완료된 상태였다며 아래의 ＜사진2＞를 제출하였다.＜사진2＞ 청구법인이 제시한 사진

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○(마) 매도자인 a의 주민등록표 초본에 따르면, 매도인은 이 건 부동산 잔금지급일인 2025.4.15. 주소를 이 건 부동산 소재에서 서울특별시 성북구 OOO로 이전하였음이 확인된다.청구법인은 매도인 a가 2026.4.6.자로 아래 ＜표3＞과 같이 ‘이삿짐 철수 지연 사유서’를 작성하였다며 이를 제출하였고, 해당 사유서에 따르면 매도인은 청구법인으로부터 잔금을 받고 은행의 대출을 반환해야 했기에 부동산 명도가 늦게 진행되었고, 처분청 현장확인시 전입신고 진행 중이었고, 몸이 많이 불편한 아들만 쟁점부동산에 혼자 있어 이삿짐 정리하는데 시간이 많이 걸렸고, 16시경부터 이사가 시작되어 20시경 명도가 마무리 되었다는 내용이 확인된다.＜표3＞ 매도인의 이삿짐 철수 지연 사유서

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○(바) 청구법인 제시한 이 건 부동산의 외관 사진은 아래 ＜사진3＞과 같다.＜사진3＞ 이 건 부동산의 외관 사진

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○(사) 청구법인은 2025.12.4. 이 건 부동산 2층 전체를 임차인에게 임대하는 월세 계약서를 작성하였고, 해당 계약서에 따르면 보증금 OOO원에 계약기간은 2026.3.1.부터 2028.3.1.까지 2년이며, 차임은OOO원으로 확인된다.청구법인은 위와 같은 임대차계약에 따라 이 건 부동산 2층에 공유서점이 입점하여 있으며, 해당 서점 관련 사진을 아래 ＜사진4＞와 같이 제출하였다.＜사진4＞ 이 건 부동산 2층 서점 사진

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○(아) 「지방세법」제13조의2는 2020.8.12. 법률 제17473호 개정시 신설된 조문이며, 법제처에 따르면 개정이유는 “주택 실수요자를 보호하고 투기수요를 근절하기 위함”으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인이 2025.3.6. 체결한 이 건 부동산 매매계약서에서 ‘매도자는 매수인인 청구법인의 요청에 의해 잔금지급 전까지 쟁점부동산을 주택에서 근린생활시설로 용도변경한다’는 협의내용이 확인되고, 실제로 잔금지급일(2025.4.15.) 전인 2025.3.27. 쟁점부동산의 용도가 제2종근린생활시설(사무소)로 변경된 것이 건축물대장상 확인되는 점, 쟁점부동산이 사용승인될 당시(2007.5.30.) 용도는 주택이 아닌 근린생활시설로 확인되는 점, 잔금지급일인 2025.4.15. 당시의 사실관계를 살펴보면 13시경 청구법인이 잔금지급을 완료하고 이 건 부동산 취득세 신고서를 제출하였고, 처분청이 13:56∼15:01 현장 방문을 한 이후인 18시∼20시경 매도인이 이사를 완료한 것으로 보이므로 잔금지급일 당시 청구법인은 주택이 아닌 근린생활시설을 취득한 것으로 볼 수 있는 점, 매도인이 작성한 ‘이삿짐 철수 지연 사유서’에 따르면 매도인은 처분청 현장확인시 전입신고 등으로 곧바로 이사를 하지 못하였다고 진술하고 있고, 실제로 매도인은 잔금지급일에 주민등록상 주소를 이전한 것으로 확인되는 점, 청구법인은 2025.12.4. 쟁점부동산을 임대하는 계약서를 작성하고 2026.3.1.부터 쟁점부동산을 공유서점으로 임대한 것이 확인되는 점(조심 2024지384, 2024.10.2., 같은 뜻임), 「지방세법」제13조의2는 입법취지는 주택 실수요자를 보호하고 투기수요를 근절하기 위한 것인바 청구법인의 쟁점부동산 취득에 주택투기 목적이 있다고 보이지는 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점부동산 취득을 주택 취득에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법(2025.12.31. 법률 제21308호로 개정되기 전의 것)제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.제10조의3(유상승계취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다.

이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 다음 각 호의 자가 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하 “사실상취득가격”이라 한다)으로 한다.

1. 납세의무자제10조의7(취득의 시기) 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정을 적용하는 경우 취득물건의 취득유형별 취득시기 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득나. 농지 외의 것 : 1천분의 408. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조 제1호의 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장·사용승인서·임시사용승인서나 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다.

이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득당시가액(제10조의3 및 제10조의5 제3항에서 정하는 취득당시가액으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다.

이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율(2) 지방세법 시행령(2025.12.31. 대통령령 제36043호로 개정되기 전의 것)제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

(3) 주택법(2026.2.3. 법률 제21323호로 개정되기 전의 것)제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

(4) 지방세기본법(2026.2.5. 법률 제21326호로 개정되기 전의 것)제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

서울특별시 성북구청장이 2025.8.28. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.