쟁점부동산에 대하여 ‘대도시 외 지역 본점 이전 감면’ 적용시 취득세가 부과되는 종전 본점 부동산 가액 초과분에 대하여 ‘산업용 건축물 감면’을 적용하는 경우 「지방세특례제한법」 제180조에 따른 중복특례 배제 대상에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 1997.1.24. 서울특별시 강남구 OOO을 본점으로 두고 전산시설 위탁운영사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 2002.6.14. 본점을 서울특별시 영등포구 OOO(이하 “종전 본점”이라 한다)으로 이전하였다.

나. 청구법인은 2017.3.27. 서울특별시 강서구 A산업지구 내 산업시설용지 D12-1, D12-2 블록(이하 “이 사건 토지”라 한다)을 B 주식회사(이하 “B”라 한다)와 함께 청구법인 지분을 100분의 6.1로 하여 분양을 원인으로 취득(이하 청구법인이 취득한 토지를 “쟁점토지”라 한다)하고, 2017.5.26. 쟁점토지 분양가액 OOO원을 과세표준으로 하고 표준세율(4%)을 적용하여 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2017.9.26. 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목 및 「서울특별시 시세 감면 조례」제13조 제1호에 따른 취득세 감면(감면율 100분의 75, 이하 두 규정을 합하여 “산업용 건축물 감면규정”이라 한다) 적용 대상에 해당하는 것으로 보아 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2017.10.17. 청구법인에게 취득세 등OOO원을 환급하였다.

라. 이후 청구법인은 2019.10.30. 이 사건 토지 지상에 건축물(한국도레이R＆D센터이고, 지하2층/지상8층, 연면적 29,953.54㎡이며, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 “이 사건 부동산”이라 한다)을 B와 함께 청구법인 지분을 100분의 6.1로 하여 신축을 원인으로 취득(이하 청구법인이 취득한 건축물을 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)하고, 2019.11.15.부터 청구법인의 본점으로 사용하였으며, 2019.12.16. 쟁점건축물의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율 및 산업용 건축물 감면규정을 적용하여 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

마. 한편 청구법인은 2019.12.20. 쟁점토지의 취득에 대해 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율 및 산업용 건축물 감면규정을 적용한 후 기납부한 취득세 등을 차감하여 처분청에 취득세 등 OOO원을 수정신고·납부하였고, 2022.9.29. 쟁점토지 정산금 OOO원에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율 및 산업용 건축물 감면규정을 적용하여 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

바. 이후 청구법인은 대도시인 서울특별시 영등포구에 설치한 종전 본점의 임차를 종료하고 과밀억제권역 외에 소재한 쟁점건축물로 본점을 이전하였는바, 쟁점부동산의 취득에 대하여 종전 본점의 부동산 가액에 해당하는 세액에 대하여는 「지방세특례제한법」제79조 제1항에 따른 법인의 지방이전 감면(취득세 면제이고, 이하 “본점 이전 감면규정”이라 한다)을 적용하고, 이전 후 본점의 부동산 가액이 종전 본점의 부동산 가액을 초과하는 부분(이하 “쟁점초과분”이라 한다)에 해당하는 세액에 대하여는 산업용 건축물 감면규정을 적용하여 2024.12.27. 처분청에 기납부한 취득세 등 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.3.12. 「지방세특례제한법」제180조(이하 “중복특례 배제규정”이라 한다)에 따라 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정을 적용할 수 없는 것으로 보아 쟁점초과분에 대한 산업용 건축물 감면규정의 적용을 부인하고, 본점 이전 감면규정을 적용할 경우 산업용 건축물 감면규정을 적용하여 받은 기감면 세액이 본점 이전 감면규정을 적용하여 새로 산출한 감면 세액보다 더 커서 본점 이전 감면규정을 적용할 실익이 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점부동산에 대하여 본점 이전 감면규정을 적용하더라도 「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항에 따라 취득세가 부과되는 종전 본점 부동산 가액 초과분에 대하여 다른 감면규정을 적용할 수 있다.「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항은 이전 후 본점의 부동산 가액이 종전 본점의 부동산 가액을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 본점의 대체취득 관계를 인정하지 않아 취득세를 부과하도록 하고 있는바, ① 본 규정은 본디 과세되어야 하는 취득세 중 대체 취득에 해당하는 부분은 이를 면제함으로써 취득세로 인하여 본점 이전이 저해되는 것을 방지하겠다는 취지이고, 대체취득이 아닌 부분(초과분)은 해당 부동산이 당초 받을 수 있었던 다른 특례 규정을 적용하여 취득세를 계산하여야 하며, ② 취득세 계산 시 하나의 부동산을 세분하여 각기 다른 특례 규정을 적용하더라도 중복특례로 보지 않는 것인바, 새로 취득한 본점용 부동산 중 대체취득 부분과 초과분은 서로 다른 과세대상으로 볼 수 있으므로 단순히 단일 건축물에 본점 이전 감면규정과 산업용 건축물 감면규정이 동시에 적용된다는 이유만으로 중복특례 배제규정에 의해 배제되는 중복특례에 해당한다는 처분청의 의견은 부당하다.(가) 본점 이전 감면규정의 취지 및 「지방세특례제한법」제73조에 따른 토지수용 대체취득과 같은 다른 유형의 대체취득 감면규정에 대해서는 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대한 중복특례 배제규정이 적용되지 않는 점을 고려하면, 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대해서는 해당 부동산이 본디 받을 수 있었던 다른 특례규정이 변함없이 적용된다고 보아야 한다.1) 본점 이전 감면규정의 감면 및 제약 취지취득세는 거래세의 일종으로 거래비용으로 작용함에 따라 거래를 저해하는 잠금효과(Lock-in effect)가 있다.

이에 따라 「지방세특례제한법」 등은 장려되어야 하거나 불가피하게 발생하는 거래임에도 취득세로 인해 거래 실행에 지장이 생기는 것을 막기 위하여 아래 ＜표1＞과 같이 일정한 경우에 취득세 면제규정을 두고 있다. 같은 맥락에서 본점 이전 감면규정은 본점을 과밀억제권역에서 그 외 지역(또는 산업단지)로 이전하는 거래가 취득세 부담 문제로 이루어지지 않는 것을 해소하기 위하여 본점을 이전함에 따라 취득하는 본점용 부동산의 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.＜표1＞ 「지방세특례제한법」상 취득세 면제규정

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○다만, 취득세로 인한 거래의 잠금효과가 제거되어야 하는 범위는 종전에 보유하던 물건과 같은 수준의 물건의 취득, 즉 대체관계를 인정할 수 있는 범위로 한정하면 충분하므로, 대체취득에 관한 이들 취득세 면제규정은 아래 ＜표2＞와 같이 대부분 종전 물건의 가액의 범위까지 취득세를 면제하도록 하고 있고, 본점 이전 감면규정도 동일하다.＜표2＞ 취득세 면제규정의 대체취득 인정범위

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○2) 다른 유형의 대체취득에 대한 취득세 면제규정 적용 시에는 중복특례 배제규정이 적용되지 않는바, 마찬가지로 본점 이전 감면규정에도 중복특례 배제규정이 적용되지 않는다고 보아야 한다.중복특례 배제규정은 다른 유형의 대체취득에 대한 취득세 면제 규정 중 일부에 대하여 다른 특례규정을 중복하여 적용할 수 있도록 명시적으로 허용하고 있다. 이는 종전에 보유하던 물건 대신 새로이 취득한 물건 중 대체취득에 상당하는 부분은 잠금효과를 제거하기 위해 취득세를 면제하나, 대체취득 불인정 부분(초과분)은 본래 부담하였어야 할 취득세액을 기준으로 취득세를 부과하여야 하므로, 그 물건이 원래 적용받을 수 있었던 특례규정을 적용하여 취득세를 계산하여야 한다는 의도가 반영된 것이다.중복특례 배제규정은 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대해 둘 이상의 지방세 특례규정이 적용되는 경우에는 중복하여 적용하지 아니하는 것으로 규정하면서, 단서에서 일부 특례는 다른 특례와 함께 적용하는 것을 허용하고 있는바, 아래 ＜표3＞과 같이 「지방세특례제한법」제92조의2 외에는 모두 대체취득 시 취득세 면제에 관한 규정이다.＜표3＞ 중복특례 배제규정상 다른 특례규정과의 중복적용 허용 대상

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○중복특례 배제규정의 단서가 적용되는 이들 특례규정은 취득세를 아예 면제시키기에 원론적으로는 다른 특례와 중복하여 적용할 여지가 없다. 그럼에도 불구하고 이러한 단서를 둔 것은 이들 특례규정이 공통적으로 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대해서는 취득세를 부과하도록 하면서 초과분이 원래 받을 수 있었던 특례를 반영하여 초과분의 취득세를 계산하라는 취지이다.비록 중복특례 배제규정 단서에 본점 이전 감면규정이 포함되어 있지는 않으나, ① 이는 본점 이전 감면규정의 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대한 취득세 부과 내용이 「지방세특례제한법 시행규칙」에 규정되어 있어 해당 내용을 상위 규정인 「지방세특례제한법」에 반영할 여지가 없었을 뿐, 입법자가 유독 본점 이전 감면규정 적용 시에만 다른 특례를 아예 적용하지 못하게 하려는 의도를 가지고 있었던 것으로 보기는 어렵고, ② 대체취득에 해당하는 부분과 대체취득 불인정 부분(초과분)을 서로 다른 과세대상으로 보아야 하므로 각각에 대해 다른 특례를 적용하는 것은 중복특례로 볼 수 없으며, 중복특례 배제규정 단서 조항은 이러한 점을 확인하는 규정인 것으로 보이는 점에 비추어, 본점 이전 감면규정도 다른 대체취득 취득세 면제 규정과 마찬가지로 중복특례 배제규정이 적용되지 아니한다고 보아야 한다.중복특례 배제규정 단서에 열거된 대체취득 시 취득세 면제규정은 모두 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대한 취득세 과세근거를 아래 ＜표4＞와 같이 「지방세특례제한법」에 두고 있으나, 단서에 포함되지 못한 본점 이전 감면규정(「지방세특례제한법」제79조)과 공장 지방 이전 취득세 면제규정(「지방세특례제한법」제80조)은 「지방세특례제한법」이 아닌 「지방세특례제한법 시행규칙」에 과세근거를 두고 있다.＜표4＞ 대체취득 시 취득세 면제규정의 취득세 과세근거

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○이와 같이 본점 이전 감면규정의 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대한 취득세 과세 근거를 법률이 아닌 시행규칙에 둔 이상, 본점 이전 감면규정의 중복특례 배제 예외사항을 법률에서 규정할 수는 없다. 즉, 중복특례 배제규정 단서에 유독 본점 이전 감면규정과 공장 지방 이전 취득세 면제규정만 포함되어 있지 않은 것은 이 두가지 규정에 대해서만 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대해 다른 감면 중복적용을 허용치 않으려는 입법자의 의도가 있는 것이 아니라, 규정 체계상 중복특례 배제규정 단서에 포함시킬 수 없었던 것일 뿐이다.또한, 취득세 계산 시에는 형식상으로는 단일한 물건이라고 하더라도 실제 용도별로 세분화하여 취득세 과세대상을 정의하고, 각각에 대해 서로 다른 세율·감면을 적용하면서 이를 중복특례로 보지 않는데, 이에 나아가 대체취득한 물건 중에서도 대체취득 해당 부분과 대체취득 불인정 부분(초과분)은 엄밀히 다른 과세대상에 해당하고, 양자에 서로 다른 특례를 적용하더라도 중복특례에 해당하지 않을 것인바, 중복특례 배제규정 단서는 당연한 법리를 확인하는 확인적 규정으로 볼 수 있으므로 이에 열거되어 있지 않다고 하여 중복특례 배제의 예외를 적용하지 않겠다는 입법자의 의도가 내포되어 있다고 볼 수 없다.(나) 취득세 계산 시 단일한 물건을 실제 용도에 따라 세분하여 각각에 대해 세율·감면을 적용하면서 이를 중복특례로 보지 않는바, 대체취득 불인정 부분(초과분)은 해당 부동산 중 대체취득 면적을 초과하는 면적으로 볼 수 있으므로 대체취득으로 인정되는 부분과 별개의 용도에 해당하고, 각각에 대해 서로 다른 감면을 적용하더라도 중복특례 배제 규정이 적용되지 않아야 한다.1) 중복특례 배제기준이 되는 ‘동일한 과세대상’의 단위중복특례 배제규정은 중복 여부를 판단하는 기준이 되는 ‘동일한 과세대상’의 ‘동일’ 단위에 대해 정의하고 있지 아니하나, 중복특례 배제규정의 취지를 고려하면 단일 물건도 용도와 면적 등을 기준으로 세분화할 수 있고, 이들 세부단위는 ‘동일한 과세대상’으로 볼 수 없다.중복특례 배제규정은 ‘동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여’복수의 특례를 적용하지 않는 것으로 규정하고 있으나, 「지방세법」은 과세대상 물건을 취득한 경우 취득세를 과세한다고만 규정하고 있을 뿐, 조세법에서 이르는 ‘과세물건’의 단위에 대해서는 명확히 규정하고 있지 아니하다.

이에 따라 어떠한 과세물건에 복수의 감면을 적용하는 것을 제한하기 위해서는 과세물건의 ‘동일성’을 판단하는 단위를 정의하여야 할 것이나, 「지방세특례제한법」은 그와 같은 규정을 두고 있지 아니하다.법 해석에 있어 문언만으로 충분한 해석이 어려운 경우에는 법 체계나 입법취지를 종합적으로 고려하여 해석하여야 할 것인바, 중복특례 배제규정은 어떠한 물건에 복수의 감면율이 동시에 적용되는 것(35% 감면 + 60% 감면 = 95% 감면)을 방지하기 위한 것으로, ① 단일 물건을 세분화하여 세부단위 각각에 대해 서로 다른 감면을 하나씩 적용하는 것을 중복특례로 볼 수 없고, ② 세부단위별로 구분 등기하여 형식상 두 개의 물건을 만들면 각각에 대해 서로 다른 감면을 적용하여도 중복특례로 보지 않음에도, 단일 물건으로 등기하는 경우에는 전체에 대해 한 종류의 특례를 적용하여야 한다고 보아야 할 조세 정책적으로 합리적인 이유가 없다는 점에서, 형식적인 물건의 단위와 별개로 중복특례 배제규정의 적용 기준이 되는 ‘동일한 과세대상’의 단위는 일정한 기준으로 더욱 세분화할 수 있다고 보아야 한다.과세 실무 및 행정해석은 단일한 건축물·부속토지라도 하더라도 그 면적을 용도별로 세분하여 각각에 대해 다른 세율·감면을 적용하고 있고, 하나의 물건에 여러 종류의 감면이 나타난다고 하여 무조건 중복특례로 취급하지 않는바, 앞서 서술한 점이 고려된 것으로 볼 수 있다.취득세 과세실무는 등기상으로는 하나의 토지·건물로 취급되더라도 실제 용도별로 면적을 구분하여 과세구분·세율·감면을 달리 적용하고 있고, 하나의 물건에 복수의 감면이 나타난다고 하여 중복특례로 취급하지 아니한다.행정해석 역시 다음과 같이 단일 필지의 토지를 용도별로 구분하여 각각에 대하여 다른 취득세 감면을 적용하는 것은 동일한 과세대상으로 볼 수 없고, 중복특례 배제규정에 의하여 배제되는 중복특례가 아니라는 입장을 취하고 있다.

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○2) 대체취득 인정 부분과 대체취득 불인정 부분(초과분)은 서로 다른 용도로 볼 수 있고, 따라서 대체취득 인정 부분에는 본점 이전 감면규정을, 대체취득 불인정 부분(초과분)에는 산업용 건축물 감면규정을 적용하더라도 중복특례라고 할 수 없다.「지방세특례제한법 시행규칙」 제7조 제2항은 이전 전 본점용 부동산 가액의 초과분에 대하여 취득세를 과세한다고 규정하고 있는바, 이는 대체취득 관계를 불인정하겠다는 것일 뿐, 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대하여는 어떠한 감면도 적용하지 않겠다는 취지로 볼 수 없다.「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항의 문언은 새로이 취득한 본점용 부동산 가액이 이전 전 본점용 부동산 가액을 초과하는 경우 ‘그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다’고 규정하고 있을 뿐, 취득세를 과세함에 있어 감면의 적용 여부에 대해서까지 다루고 있지 아니하다.이는 전술한 바와 같이 대체취득에 대한 취득세 면제규정은 취득세로 인한 잠금효과를 제거하기 위하여 존재하는 것이고, 기존 규모보다 커지는 부분은 대체관계를 인정하기 어려워 해당 물건을 일반적으로 취득하는 경우와 마찬가지로 취득세를 부과하겠다는 취지이므로, ‘본점 이전 취득세 면제’라는 제도가 없었을 경우 적용받았을 감면은 당연히 고려되어야 하기 때문이다.나아가 새로이 취득한 본점용 부동산은 대체취득으로 인정받는 규모와 그렇지 못한 규모로 세분화되는 것이고, 대체취득에 상당하는 규모를 계량화하기 위한 수단으로 ‘초과액’이라는 개념을 이용하는 것이므로, 대체취득으로 보지 아니한 ‘초과액’에 대해서는 산업용 건축물 감면규정을, 나머지 대체취득으로 보는 금액에 대해서는 본점 이전 감면규정을 적용한다고 하더라도 ‘동일한 과세대상’에 복수의 특례가 적용된 것이라고 볼 수 없다.「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항은 대체관계를 인정할 수 없는 규모를 이전 전 본점용 부동산 가액 대비 초과액으로 측정하고 있으나, 입법적으로는 면적 등으로 파악하는 것도 가능하여 「지방세특례제한법」제92조(천재지변 대체취득)의 경우에는 연면적, 선박 톤수 등으로 대체취득에 해당하는 규모를 정의하고 있다.즉, 이전 전 본점용 부동산 가액까지는 취득세를 면제하고, 초과하는 부분에 대해서는 취득세를 부과한다함은 본점용 부동산을 ‘대체취득 해당 여부’라는 성질을 기준으로 세분화하여 전자와 후자를 나눈 것이고, 단일한 물건을 세분화하여 각각에 대하여 다른 감면을 적용하는 것은 ‘동일한 과세대상’으로 볼 수 없으므로, 중복특례 배제규정을 적용하여 중복특례를 배제해야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.

(2) 이와 같이 본점 이전 감면규정은 ① 본디 과세되어야 하는 취득세 중 대체관계가 인정되는 부분은 이를 면제하여 취득세로 인한 잠금효과로 본점 이전이 저해되는 것을 방지하겠다는 취지이므로 대체취득이 아닌 부분은 해당 부동산이 당초 받을 수 있었던 특례규정을 적용하여 취득세를 계산하여야 하고, ② 이러한 관점에서 다른 유형의 대체취득의 취득세 면제에 대해서는 대체취득 불인정 부분(초과분)에 대해 다른 감면을 중복적용하는 것을 허용하고 있는바, 본점 이전 감면규정도 동일하게 취급되어야 한다.또한, 취득세 계산 시 하나의 물건을 세분하여 각각에 대하여 다른 특례규정을 적용하더라도 중복특례로 보지 않는바, 본점용 부동산 중 대체취득 부분과 대체취득 불인정 부분(초과분)은 그와 같이 세분화된 다른 과세대상으로 파악할 수 있으므로, 단순히 단일 건축물에 본점 이전 감면규정과 산업용 건축물 감면규정이 동시에 나타난다는 이유만으로 중복특례 배제규정에 의해 배제되는 중복특례에 해당한다는 처분청의 의견은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 중복특례 배제규정의 입법취지는 감면규정을 적용할 때 동일한 과세대상에 대하여 2개 이상의 감면규정을 모두 적용할 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고, 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위함이 목적이라 할 것(대법원 1996.10.11. 선고 96누1337 판결 참조)인바,이는 쟁점부동산과 같이 동일한 과세대상에 대하여 하나는 취득세의 100분의 75를 감면(산업용 건축물 감면)하고, 다른 하나는 취득세를 면제(본점 이전 감면)하는 각각의 감면규정이 있는 경우에는 그 중 감면율이 높은 하나만을 적용한다는 의미라 할 것(조심 2016지1265, 2016.12.28., 같은 뜻임)이고, 하나의 감면규정을 적용한 후 그 감면에서 제외되는 부분에 대하여 또 다른 감면규정을 적용할 수 있도록 허용된 대상은 중복특례 배제규정 단서에서 열거하고 있는 「지방세특례제한법」제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2 규정에 국한된다 할 것이다.

(2) 청구법인의 경우 쟁점부동산은 둘 이상의 감면요건에 해당되고, 이 경우 감면율이 높은 하나만을 적용하는 것이 타당하다 할 것이나, 감면율이 높은 본점 이전 감면규정을 적용할 경우 「지방세특례제한법」제7조에 따라 이전하기 전의 본점 부동산 가액의 합계액을 초과하는 부분에 대하여는 취득세가 과세되어 결과적으로 당초 산업용 건축물 감면규정을 적용하여 기신고·납부한 세액을 초과하게 되는바, 경정청구가 인용될 경우 청구법인에게 불이익한 결과가 초래된다고 보아 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점쟁점부동산에 대하여 ‘대도시 외 지역 본점 이전 감면’ 적용시 취득세가 부과되는 종전 본점 부동산 가액 초과분에 대하여 ‘산업용 건축물 감면’을 적용하는 경우 「지방세특례제한법」제180조에 따른 중복특례 배제 대상에 해당하는지 여부나. 관련 법률 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 1997.1.24. 법인 설립 당시 서울특별시 강남구 OOO에 본점을 두었고, 2002.6.1.부터 같은 시 OOO건물을 임차하여 본점으로 사용하였으며, 2019.11.15. 쟁점건축물로 본점을 이전하였다.(나) 청구법인은 2017.3.27. B와 함께 이 사건 토지를 분양받았고, 이 중 청구법인 지분(100분의 6.1)에 해당하는 쟁점토지를 취득하였다.(다) 청구법인은 2019.10.30. B와 함께 이 사건 토지 지상에 이 사건 건축물을 신축하였고, 이 중 청구법인 지분(100분의 6.1)에 해당하는 쟁점건축물을 취득하였으며, 2019.11.15.부터 쟁점건축물을 본점으로 사용하였다.

(2) 중복특례 배제규정인 「지방세특례제한법」제180조는 “동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다.”라고 규정하면서 단서에서 “제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정을 모두 적용할 수 있다.”고 규정하여 다른 특례규정과의 중복적용이 허용되는 감면규정을 열거하고 있다.(3) 「지방세특례제한법」제66조 제1항, 제73조, 제74조의2, 제92조는 각각 제작 결함 교환 자동차, 토지수용 등으로 인한 대체 취득, 도심 공공주택 복합사업의 보상 및 천재지변으로 대체 취득 등 일정 요건을 충족하는 취득의 경우 취득세를 면제한다고 규정하면서, 대체취득에 따라 발생하는 세액 또는 가액 초과분에 대해 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.(4) 「지방세특례제한법」제79조는 본점 지방 이전에 따른 본점 부동산의 취득에 대해 취득세를 면제한다고 규정하면서, 대체취득에 따라 발생하는 가액 초과분에 대한 적용기준을 행정안전부령에 위임하고 있고, 그 위임을 받은 「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항은 “본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다.”고 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건데, 청구법인은 쟁점부동산의 취득에 대하여 종전 본점의 부동산 가액에 해당하는 세액에 대하여는 본점 이전 감면규정을 적용하고, 이전 후 본점의 부동산 가액이 종전 본점의 부동산 가액을 초과하는 부분인 쟁점초과분에 해당하는 세액에 대하여는 산업용 건축물 감면규정을 적용하는 것이 「지방세특례제한법」제180조에 따른 중복특례 배제 대상에 해당하지 아니한다고 주장하나, 중복특례 배제규정은 “동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다.”라고 규정하면서 단서에서 “제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정을 모두 적용할 수 있다.”고 규정하여 다른 특례규정과의 중복적용이 허용되는 감면규정을 열거하고 있는바, 본점 이전 감면규정은 중복특례 배제규정 단서에서 다른 특례규정과의 중복적용이 허용되는 감면규정으로 열거되어 있지 아니한 점, 중복특례 배제규정의 입법취지는 감면규정을 적용할 때 동일한 과세대상에 대하여 2개 이상의 감면규정을 모두 적용할 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고, 조세감면의 체계적인 관리를 유지하기 위함이 목적이라 할 것인바, 쟁점부동산에 대하여 본점 이전 감면과 산업용 건축물 감면 중 감면율이 높은 하나의 감면규정만을 적용하는 것이 중복특례 배제규정의 입법취지에 부합하는 것으로 보이는 점, 「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정 된 것) 제79조 제1항은 “과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “제1항 및 제2항에 따른 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항은 “제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다.”라고 규정하고 있는바, 이는 하나의 감면규정에 해당하므로 쟁점부동산의 취득에 동 규정과 산업용 건축물 감면규정을 중복하여 적용할 수 없어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점초과분에 대하여 산업용 건축물 감면규정의 적용을 부인하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률 등(1) 지방세법제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득 : 1천분의 28제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정 된 것)제66조(교환자동차 등에 대한 감면) ① 자동차(기계장비를 포함한다. 이하 이 항에서 “자동차등”이라 한다)의 제작 결함으로 인하여 「소비자기본법」에 따른 소비자분쟁해결기준 또는 「자동차관리법」에 따른 자동차안전ㆍ하자심의위원회의 중재에 따라 반납한 자동차등과 같은 종류의 자동차등(자동차의 경우에는 「자동차관리법」 제3조에 따른 같은 종류의 자동차를 말한다)으로 교환받는 자동차등에 대해서는 취득세를 면제한다.

다만, 교환으로 취득하는 자동차등의 가액이 종전의 자동차등의 가액을 초과하는 경우에 그 초과분에 대해서는 취득세를 부과한다.제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」 제55조제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다.

이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다.

다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대해서는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지2. 경감 내용가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우③ 제1항 및 제2항에 따른 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.제80조(공장의 지방 이전에 따른 감면) ① 대도시에서 공장시설을 갖추고 사업을 직접 하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로서 공장 설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 해당 사업을 계속하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 공장을 이전하여 지방세를 감면받고 있는 기간에 대도시에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 공장을 다시 설치한 경우2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우② 제1항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.제92조(천재지변 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 천재지변, 그 밖의 불가항력으로 멸실 또는 파손된 건축물ㆍ선박ㆍ자동차 및 기계장비를 그 멸실일 또는 파손일부터 2년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득을 하는 경우에는 취득세를 면제한다.

다만, 새로 취득한 건축물의 연면적이 종전의 건축물의 연면적을 초과하거나 새로 건조, 종류 변경 또는 대체취득한 선박의 톤수가 종전의 선박의 톤수를 초과하는 경우 및 새로 취득한 자동차 또는 기계장비의 가액이 종전의 자동차 또는 기계장비의 가액(신제품구입가액을 말한다)을 초과하는 경우에 그 초과부분에 대해서는 취득세를 부과한다.제180조(중복 감면의 배제) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다.

다만, 제73조, 제74조, 제92조 및 제92조의2의 규정과 다른 규정은 두 개의 감면규정(제73조, 제74조 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다)을 모두 적용할 수 있다.

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정 된 것)제74조의2(도심 공공주택 복합사업 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」 제2조 제3호 마목에 따른 도심 공공주택 복합사업(이하 이 조에서 “복합사업”이라 한다) 및 「도시재생 활성화 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제1항 제7호 나목에 따른 혁신지구재생사업(「도시재생 활성화 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제1항 제6호의3에 따른 주거재생혁신지구에서 시행하는 사업에 한정한다.

이하 이 조에서 “주거혁신지구재생사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 「공공주택 특별법」 제40조의10 및 「도시재생 활성화 및 지원에 관한 특별법」 제55조의3 제1항에 따른 현물보상(이하 이 조에서 “현물보상”이라 한다)에 따라 취득하는 건축물(건축물에 부속된 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제한다.

다만, 현물보상에 따라 취득하는 건축물의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

(4) 지방세특례제한법 시행규칙(2023. 3. 14. 행정안전부령 제384호로 일부개정 된 것)제7조(대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준) ① 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것2. 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것3. 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것4. 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것.

다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다.② 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 그 초과액의 산정방법과 적용기준은 다음 각 호와 같다.

1. 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 각각 「지방세법」 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액2. 제1호 외의 경우에는 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액(「지방세법」 제4조에 따른 시가표준액을 말한다. 이하 같다)과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액의 차액(5) 서울특별시 시세 감면 조례(2023. 3. 27. 서울특별시조례 제8609호로 개정된 것)제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

「지방세특례제한법」 제78조, 제79조, 제180조