쟁점공사비가 「소득세법 시행령」 제163조 제3항의 양도소득의 필요경비에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 청구인은 1992.5.7. 강원특별자치도 양구군 OOO번지 토지 48,458.1m2(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여, 2011.8.12. 임야에서 전으로 지목 변경 및 18필지로 분할하고, 2025.3.20. 쟁점토지 및 같은 면에 소재한 토지 2필지 합계 20필지, 84,437.3m2를 OOO원에 양도한 후, 쟁점토지에 대한 개간공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 지출한 비용 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)을 필요경비로 공제하고 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2025.8.27.부터 2025.11.4.까지 청구인의 양도소득세 신고내용 중 쟁점공사비의 적정 여부를 확인하기 위해 양도소득세 일반세목별 조사(이하 “세무조사”라 한다)를 실시한 후, 자본적 지출액 등은 실제 지출사실이 금융거래 증명서류 등에 의해 확인되는 경우에 공제가 가능하나 청구인이 주장하는 쟁점공사비 지출내역이 확인되지 않아 청구인의 양도소득에서 이를 공제할 수 없다고 보아 쟁점공사비를 필요경비에서 차감하고 2026.2.6. 청구인에게 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인이 지출한 쟁점공사비는 「소득세법 시행령」 제163조 제3항에 의한 양도자산의 필요경비에 해당한다.(가) 청구인은 쟁점토지를 개간공사하고 지목변경하였다.1) 청구인은 2008.5.6. A법인(이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표인 a(이하 “청구외인”이라 한다)으로부터 쟁점토지와 강원특별자치도 양구군 OOO일대에 농지개간 공사를 제공받기로 하였다.2) 쟁점토지는 3·8선 이남 비무장지대로서 산세가 험한 임야로 공사하기가 쉽지 않은 지역이고 축대를 쌓고 배수로 작업이 필요하는 등 공사 난이도가 높아 1평당 OOO원의 비용으로 하고, 강원특별자치도 양구군 OOO일대 토지는 1평당 OOO원의 비용으로 계산하여 합계 OOO원을 공사비로 정하였다.3) 청구인은 청구인 소유의 토지를 담보로 제공하여 청구외법인 명의로 2008.6.4. OOO원, 2008.6.23. OOO원 합계 OOO원을 대출받았으며, 대출금액 OOO원 중 OOO원은 청구외법인이 사용하고 OOO원은 청구인이 사용할 목적이었다.4) 청구외인은 대출금액 중 청구인이 사용할 금액인 OOO원을 청구인에게 지급하고 청구인은 청구외인에게 공사비 합계 OOO원을 지급하여야 하나, 이를 상계하여 청구인은 청구외인으로부터 쟁점공사비를 제외한 OOO원을 받기로 하였는바, 청구외인이 공사가능면적을 다시 산정한 결과 공사비 합계 금액이 OOO원으로 도출되어 청구외인은 쟁점공사비 차액인 OOO원을 개인 돈으로 청구인에게 지급하였다.5) 쟁점토지 일대의 산비탈 또는 낭떠러지 부분은 공사가 불가능하여 일부(27,625평 중 13,860평)만 임야에서 전으로 지목을 변경하였는바, 쟁점토지에 대한 공사비 OOO원, 강원특별자치도 양구군 OOO일대 공사비는 OOO원 합계 OOO원으로 정산하기로 하였으나 계약금액을 OOO원으로 하였기 때문에 잔액 정산을 하지 않았으며, 쟁점토지 일대에 대한 필요경비를 OOO원으로 신고하였다.6) 공사 완료 후 당초 계획대로 임야에서 전으로 지목이 변경되었고(등기부등본 또는 토지이용계획확인서 등을 통해 확인된다), 배수로 및 진입도로 콘크리트 공사까지 완료되어 현재 사과농사를 짓기 위한 묘목이 심어진 상태인바, 이는 개간공사를 하지 않고서는 이루어질 수 없는 내용이다.(나) 국유지 개간비는 다음과 같이 산정되었다.1) 2023년 초 기획재정부, 한국자산관리공사, 국민권익위원회, 산림청, 양구군은 양구군 OOO면 국유지 개간비 산정연구 최종보고회를 진행하였다.2) 위 지역은 민통선 이북지역으로 한국전쟁 이후 수복 당시 원래 거주하고 있던 주민들 대부분이 월북 또는 실종되어 토지 소유권이 불분명한 무주지 문제가 발생하였는바, 정부정책에 따라 무주지로 이주한 주민들이 오랜 기간 황무지를 개간하여 경작하여 왔음에도 정식적인 소유권을 인정받지 못하였다.3) 위 주민들의 지속적인 민원 제기 끝에, 정부는 「수복지역 내 소유자미복구토지의 복구등록과 보존등기 등에 관한 특별조치법」을 개정하여 무주지 토지를 국유화하고 해당 토지를 실제 경작자들에게 수의계약으로 매각할 수 있게 되었다.4) 주민에게 국유화된 토지 매각시 개간비는 1평당 평균 OOO원으로 공사난이도(상·중·하)에 따라 1평당 OOO원에서 OOO원까지 산정되었는바, 지뢰탐지제거비(1평당 OOO원)를 제외한 순수 개간비는 1평당 OOO원에서 OOO원까지 산정되었다.5) 위 연구결과를 바탕으로 현재 이 지역의 토지는 그동안 경작하였던 경작자들에게 소유권 이전 절차가 진행 중이며, 토지 감정가액에서 산정된 개간비를 공제한 차액만 국가에 지급하고 토지 소유권을 취득할 수 있게 되었다.

(2) 아래와 같은 사유로 처분청의 처분은 부당하다.(가) 처분청은 청구인으로부터 청구외인에게 일방적으로 지출된 금융거래만 인정하고 청구인과 청구외인 간 지급 의무와 지급받을 권리를 상계하여 잔액만 주고받은 쌍방거래에 대해서는 부인한바, 이는 처분청이 「소득세법 시행령」 제163조 제3항에 대한 오해에서 비롯한 것이다.1) 「소득세법 시행령」 제163조 제3항 및 같은 항 제3호는 “양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용이 있는 경우 그 증명서류를 수취보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다”고 규정한다.2) 「민법」상 ‘상계’는 현금 지급(변제)과 동일한 채무 소멸의 효력을 가지므로 이를 금융거래가 아니라고 부인하는 것은 명백한 법리적 오해이며, ‘상계는 상대방에 대한 의사표시’로 한다고 규정되어 있으므로 서로 합의하는 관계가 아니라 일방적인 통보만 해도 법적인 효력이 발생하는 것인바, ‘공사비 OOO원은 청구인이 받을 돈 OOO원에서 공제하여 달라’고 의사표시를 했고 실제 정산이 이루어졌다면 대금 지급에 대한 계약서 작성 및 도장날인을 하는 절차가 없더라도 법적 효력이 발생하는 것이다.(나) 처분청은 공사계약서상 공사주체는 청구외인으로 되어 있으나, 쟁점공사비는 청구외법인과의 금융거래이므로 양도소득세 필요경비 인정을 부인하나, 이는 실질과세원칙에 위배된다.1) 「부가가치세법」은 사실과 다른 세금계산서에 대해 매입세액을 불공제하고 있으나, 「국세기본법」 제14조 제2항은 「부가가치세법」의 매입세액불공제 문제가 아닌 「소득세법」상 필요경비에 관한 문제로, 처분청이 실제 공사가 이루어졌고 지목도 변경되었으며 농사를 짓는 등의 실질적 행위는 무시하고 단지 금융계좌 증빙이 청구인이 지출한 내용이 아니한다는 대금지금 방법이나 형식을 문제 삼아 쟁점공사비를 전액 부인하는 것은 실질과세원칙에 위배되는 것이다.2) 처분청은 1평당 OOO원으로 산정된 쟁점토지에 대한 공사비를 의심하나, 이는 위 무주지에 대한 평균 개간비용에 비하면 터무니없이 낮은 금액이고, OOO번지 일대의 공사비는 1평당 OOO원이었다.3) 청구외법인의 금융거래내역을 조회해보면 굴삭기, 불도저, 덤프트럭에 지출된 비용이 많이 나타나나, 청구외법인은 현재 폐업(2013.3.20. 폐업)되었고 그 당시 다른 공사도 많이 수행했기 때문에 어느 비용이 쟁점공사비에 해당한다고 특정하기는 어려우나, 실제 많은 공사비용이 지출되었으며 이에 대한 청구외인의 진술도 있다.(다) 청구인이 필요경비로 공제한 OOO번지 일대의 1평당 OOO원과 쟁점토지 일대의 1평당 OOO원의 금액이, 처분청에서는 합리적이지 않다고 하여 필요경비를 부인하나, 위에서 설명한 연구용역의 개간비는 최소금액이고 양구주민들이 해당 개간비에 수용했다고 해서 이 금액을 조건 없이 인정했던 것이 아니라 더 이상 지리한 논쟁을 마무리하고 소유권이전절차를 밟기 위한 조건 수용이라고 보아야 한다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점공사비가 「소득세법 시행령」 제163조 제3항에 의한 양도자산의 필요경비에 해당한다는 입증책임은 청구인에게 있음에도, 청구인이 구체적인 지출내역을 제출하지 못해 쟁점공사비를 특정할 수 없으므로 처분청은 이를 공제할 수 없다.(가) 「소득세법 시행령」 제163조 제3항은 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다”고 규정한다.(나) 청구인은 청구외인 등과의 대출 관련 거래 내용에 대한 입증 없이 양도부동산 담보로 받은 대출금 OOO원에서 공사비를 제외하고 OOO원을 받았다고 하며 공사비를 인정해야 한다고 주장하나, 처분청은 청구인과 청구외인 등이 대출금 OOO원 중 OOO원, OOO원으로 각각 분배받았다는 주장에 대해 대출 관련 약정서나 대출 및 상환내역 금융거래 증명서류를 제출받지 못해 사인 간 이루어진 금전 거래에 대해 사실관계를 확인할 수 없다.(다) 조세심판원은 “필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다”고 결정(조심 2015중575, 2015.6.2.)한바 있다.

(2) 쟁점공사의 주체인 청구외인 등은 지목변경을 위한 공사를 진행할 사업 경험이나 능력이 없어 쟁점공사비를 인정할 수 없다.(가) 청구인은 청구외인이 제출한 사유서를 통해 청구외법인의 조합원들이 보유한 장비로 공사를 실제 진행하였다고 주장하고 있으나, 청구외인은 당시 강원특별자치도 양구군 OOO면에 소재하고 있는 농산물 도소매업을 영위하는 청구외법인의 대표로, 사업이력을 보아도 알 수 있듯이 쟁점토지에 대한 토목공사를 수행할 수 있는 사업 경험이 없다.(나) 처분청은 세무조사 기간 중 쟁점공사비를 특정하기 위해 공사에 동원된 인원, 장비, 자재 등에 대한 견적서나 대금지급 금융거래 자료를 요청하였으나, 제출받은 서류가 전혀 없다.(다) 청구외인 등이 공사를 실제 수행했다면 이에 대한 부가가치세 등 신고를 하여야 함에도 국세청 전산망 조회 결과, 관련 매출에 대한 신고내역도 전혀 존재하지 않는다.(라) 자본적 지출액 등은 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의해 확인되는 경우 공제하나, 청구인이 주장하는 쟁점공사비는 지출내역이 확인되지 않으므로 청구인의 양도소득에서 이를 공제할 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점공사비가 「소득세법 시행령」 제163조 제3항의 양도소득의 필요경비에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구인은 1992.5.7. 쟁점토지를 취득하였고, 2011.8.12. 쟁점토지 중 강원특별자치도 양구군 OOO번지는 OOO번지, OOO번지, OOO번지로 분할되었고, 같은 면 오유리 OOO번지는 OOO번지 및 OOO번지로 분할되었으며, 같은 날 쟁점토지는 임야에서 전으로 지목변경되었고, 청구인은 2025.3.20. 쟁점토지 등을 양도하였는바, 물건별 양도소득세 신고내역은 아래 ＜표1＞과 같으며, 이와 관련하여 청구인과 처분청은 다툼이 없는 것으로 나타난다.＜ 표 삽입을 위한 여백 ＞＜표1＞ 물건별 양도소득세 신고내역OOO(2) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인이 제출한 공사계약서에 의하면, 청구인은 청구외인과 2008.5.6. 농지개간 계약을 체결하였는바, 해당 계약서에는 공사기간은 2008.5.10.부터 2009.12.10.까지로 설정되어 있고, 청구외인은 청구인 소유 쟁점토지에 대해 ① 임야인 상태의 토지를 전으로 개간할 때 깊이 50cm 이상의 돌을 완전 제거하고, ② 배수로 및 평탄작업을 하며 진입도로 폭 2m, 길이 400m 이내 콘크리트 포장공사를 하며, ③ 물 빠짐을 고려하여 10~15도 이내 경사를 주어 조성하는 것을 공사범위로 설정하고, 위 농지개간 계약공사의 계약금액은 개간비용 1평당 OOO원으로, 계약금은 OOO원으로, 잔금은 임야 27,652평 중 농지로 개간한 면적으로 정산하여 지불하며, 인건비·장비사용료·유류비 및 기타경비 등은 청구외인이 책임진다고 기재되어 있다.(나) 처분청이 제출한 선급금 지급내역 조회자료에 의하면, 청구외법인은 쟁점토지 등을 담보로 2008.6.4., 2008.6.23. 2회에 걸쳐 합계 OOO원을 대출받은 것으로 나타난다.(다) 청구외법인과 청구외인은 ＜표2＞와 같이 청구인 명의 은행계좌(OOO)로 2008.9.9.부터 2008.10.2.까지 합계 OOO원을 입금한 사실이 나타난다.＜표2＞ 청구인이 이체받은 내역OOO(라) 청구인은 청구외법인이 쟁점공사를 실시하고 관련 비용을 지출한 내역이라고 주장하며 청구외법인 명의 계좌(OOO) 예금거래내역서를 제출하였는바, 위 예금거래내역서에는 거래일자별 수령인과 지급명목이 기재되어 있으나, 청구인은 어느 비용이 쟁점공사비에 해당된다고 특정하지는 못한 것으로 나타난다.(마) 처분청이 제출한 청구외인의 사업자등록 이력에 따르면, 아래의 ＜표3＞과 같이 청구외인은 도소매/채소, 도매/청과 등을 업종으로 하는 법인을 운영한 것으로 나타나며 공사 관련 업종은 영위하지 않은 것으로 나타난다.＜표3＞ 청구외인의 사업자등록 이력OOO(바) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구외법인의 쟁점공사비 관련된 매출내역이 확인되지 않으며, 청구외인은 쟁점공사비 관련 부가가치세 및 원천세를 신고하지 않은 것으로 나타난다.(사) 청구외인은 2025.12. 쟁점공사비와 관련 사유서를 아래 ＜사진1＞과 같이 작성하여 제출한 것으로 나타난다.＜사진1＞ 청구외인 제출 공사비 관련 사유서OOO(아) 청구인은 쟁점공사가 수행되어 지목이 임야에서 전으로 변경될 수 있었고, 현재는 농사에 활용되고 있음을 입증하기 위한 자료로 아래 ＜사진2＞를 제출하였고, 처분청은 쟁점토지가 「군사기지 및 군사시설 보호법」에 의한 보호구역으로 국토지리정보원이 운영하는 국토정보플랫폼에서 위성사진이 확인되지 않아 연도별 쟁점토지 현황을 확인할 수 없다고 진술한 것으로 나타난다.＜사진2＞ 2025년 쟁점토지 사진<img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2026서2510.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2026tj2510_PIC8C70.png"></img>OOO(자) 처분청이 강원특별자치도 양구군청에서 회신받은 쟁점토지의 개간공사 및 지목변경 내용에 따르면, 청구인은 쟁점토지를 「산지관리법」(2010.5.31. 법률 제10331호로 개정된 것) 부칙 제2조 불법전용산지에 관한 임시특례에 따라 산지를 5년 이상 계속하여 다른 용도로 이용하였다는 불법전용산지 신고서를 작성하여 제출하였고, 이후 해당 신고는 수리된 것으로 나타난다.(차) 청구인은 쟁점공사비의 필요경비로 공제한 1평당 비용이 국가가 산정한 개간비와 비교해도 불합리하지 않다는 것을 증빙하기 위해 아래 ＜사진3＞과 같은 언론보도 내용을 제출하였다.＜사진3＞ 언론보도 내용(3) 청구인의 대리인은 2026.7.15. 조세심판관회의에 참석하여, 쟁점공사비는 2011.8.12. 임야에서 전으로 지목변경된 토지 면적(13,819.65평)에 청구인과 청구외인 간 체결한 공사계약서 상 개간비용 단가(1평당 OOO원)를 곱한 금액에 해당한다고 진술하였고, 이를 입증하기 위한 자료로 ‘공사계약서’, ‘b 취득안분’ 자료 등을 제출하였다.OOO(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 용도변경 및 개량을 위해 쟁점공사가 실제 이뤄졌으므로, 청구인이 지출한 쟁점공사비는 「소득세법 시행령」 제163조 제3항에 의한 양도자산의 필요경비에 해당한다고 주장하나,필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것(대법원 1992.7.28. 선고 OOO판결 등 참조)이고, 필요경비로 지출되었다고 추정할 수 있는 사실과 그에 대한 주장만으로 구체적인 증빙 없이 필요경비를 인정할 수 없는 것(조심 2015중575, 2015.6.2. 참조)인바,청구인은 쟁점공사 관련 세금계산서 등 적격증빙을 수취하지 않았고, 거래상대방인 청구외인(또는 청구외법인)은 쟁점공사비 관련 매출신고를 하지 아니한 점, 적격증빙이 없는 경우 금융거래내역 등 객관적인 증빙으로 그 지출사실을 뒷받침할 수 있어야 하나, 청구인이 제출한 금융거래내역은 청구외법인의 예금계좌내역으로 해당 자료에 기재된 지출내역만으로는 해당 지출액이 쟁점토지의 공사와 관련하여 지출되었는지 여부가 객관적으로 입증된다고 보기 어려운 점, 청구인 역시 어느 지출액이 쟁점공사비 관련 금액이라고 특정하지 못한다고 인정하고 있는 점, 청구외인이 제출한 공사비 관련 사유서는 사인 간에 임의작성이 가능하여 청구인의 주장을 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점공사비가 「소득세법 시행령」 제163조 제3항의 양도소득의 필요경비에 해당한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 소득세법제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다)(3) 소득세법 시행령제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)