이전 전 본점의 실제 사용면적을 반영하여 「지방세특례제한법 시행규칙」 제7조에 따른 초과액 비율을 다시 산정하고 재산세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2008.9.19. 화장품 및 건강기능식품의 개발·제조·판매 등을 목적으로 설립된 법인으로, 당초 서울특별시 강서구 OOO, 이하 “OOO사업장”이라 한다)에 본점을 두었다가, 2019.6.28. 서울특별시 강서구 OOO, 이하 “OOO사업장”이라 한다)에 건축물을 신축한 후 2019.7.15. 본점을 위 건축물로 이전하였다.

나. 처분청은 2025.7.14. 청구법인 소유의 OOO사업장 건축물에 대하여 2025년도 7월 정기분 재산세를 부과하면서, 재산세 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장「지방세특례제한법」에 따른 지방 이전 법인에 대한 재산세 감면을 적용함에 있어 처분청이 감면대상에서 제외되는 초과액 비율을 잘못 산정하였다.청구법인은 과밀억제권역에 소재한 서울특별시 강서구 OOO에서 본점을 운영하다가 서울특별시 강서구 OOO 내 건축물을 신축하여 본점을 이전하였으므로 「지방세특례제한법」상 지방 이전에 따른 재산세 감면요건을 충족한다.그런데 처분청은 감면 제외대상인 초과액 비율을 산정하면서 이전 전 본점의 면적을 임대차계약서상 195.74㎡만을 기준으로 계산하여 이전 전 본점의 시가표준액을 OOO원으로 산정하였고, 이에 따라 초과액 비율을 97.64%로 산정하여 감면을 적용하였다.그러나 청구법인은 이전 전 본점으로 임차면적 195.74㎡만을 사용한 것이 아니라, 2018년도 법인지방소득세 신고 당시 본점 건축물의 연면적을 1,501.23㎡로 신고하였으므로, 초과액 비율 산정 시에는 본점으로 사용한 전체 연면적을 반영하여야 한다.

이에 따르면 이전 전 본점의 시가표준액은 OOO원이고, 초과액 비율은 81.89%로 산정되어야 한다.또한 청구법인은 본점 이전 전후 모두 동일한 강서구 관내에서 사업을 영위하면서 주민세 사업소분을 계속하여 신고·납부하였으므로, 처분청은 주민세 사업소분 과세자료를 통하여 청구법인이 실제 사용한 사업소 면적을 충분히 확인할 수 있었다. 그럼에도 처분청이 임대차계약서상 일부 면적만을 기준으로 초과액 비율을 산정한 것은 실제 본점 사용면적을 반영하지 않은 것으로서 부당하다.따라서 처분청은 청구법인이 제출한 자료뿐만 아니라 처분청이 보유한 법인지방소득세 신고자료 및 주민세 사업소분 과세자료 등을 종합하여 이전 전 본점의 실제 사용면적을 반영한 초과액 비율을 재산정하고, 그에 따라 재산세 감면을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견「지방세특례제한법 시행규칙」 제7조 제2항은 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전 전 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 감면대상에서 제외하도록 규정하고 있다. 또한 같은 항 제2호는 이전 전·후 본점 부동산의 사실상의 취득가격이 확인되지 않는 경우에는 시가표준액을 기준으로 초과액을 산정하도록 규정하고 있다.청구법인의 경우 이전 당시 이전 전·후 본점 부동산의 사실상의 취득가격이 확인되지 아니하므로, 시가표준액을 기준으로 초과액을 산정하여야 한다.이에 따라 이전 전 본점은 청구법인이 제출한 임대차계약서상 임차면적 195.74㎡를 기준으로 시가표준액을 산정하면 OOO원이고, 이전 후 본점 건축물의 시가표준액은 OOO원이다.이를 기준으로 초과액 비율을 산정하면 [(OOO원－OOO원) ÷ OOO원] × 100 = 97.64%가 되므로, 감면대상이 되는 부분은 전체 시가표준액의 2.36%에 불과하다.따라서 이 건 건축물에 대하여 「지방세특례제한법」 제79조 제1항에 따른 재산세 감면을 적용하더라도 초과액을 제외한 2.36%에 한하여 감면이 가능할 뿐이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점이전 전 본점의 실제 사용면적을 반영하여 「지방세특례제한법 시행규칙」 제7조에 따른 초과액 비율을 다시 산정하고 재산세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구법인은 2008.9.19. 화장품 및 건강기능식품의 개발·제조·판매 등을 목적사업으로 설립하고, 서울특별시 강서구 OOO를 본점 소재지로 하여 사업을 영위하였다.(나) 청구법인은 2016.6.30. 서울특별시 강서구 OOO 산업시설용지를 취득한 후, 2018.2.21. 건축공사에 착공하여 2019.6.28. OOO사업장에 대한 사용승인을 받았다.(다) 청구법인은 2019.7.15. 종전 본점인 OOO사업장에서 OOO사업장으로 본점을 이전하였다.(라) 청구법인의 본점 이전일인 2019.7.15. 당시 이전 전 본점인 OOO사업장의 임대차계약서에 기재된 임차면적은 195.74㎡로 이에 해당하는 시가표준액은 OOO원이고, 이전 후 본점인 OOO 사업장의 시가표준액은 OOO원으로 확인되므로, 이전 전·후 본점 건축물의 시가표준액을 기준으로 초과액 비율을 산정하면 [(OOO원－OOO원) ÷ OOO원] × 100 = 97.64%로 나타난다.(마) 처분청은 2025.7.10. 이 건 재산세 등을 부과하면서 「지방세특례제한법」 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따른 법인의 지방 이전에 대한 감면은 배제하였으나, 2.36%에 대하여는 감면 적용 대상에 해당한다는 의견을 제시하였다.(바) 청구법인이 제출한 사업소분 및 법인지방소득세 세액신고서에 따른 사업장 면적은 아래와 같다.(단위 : ㎡)

○

○

○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 이전 전 본점의 실제 사용면적을 임대차계약서상 195.74㎡로만 한정하여 「지방세특례제한법」상 지방 이전 법인에 대한 재산세 감면 제외대상인 초과액 비율을 잘못 산정하였으므로, 법인지방소득세 신고자료와 주민세 사업소분 과세자료 등을 종합하여 실제 본점 사용면적을 반영한 초과액 비율을 다시 산정하고 그에 따라 재산세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나,「지방세특례제한법 시행규칙」 제7조 제2항은 이전 전·후 본점 부동산의 사실상의 취득가격이 확인되지 아니하는 경우에는 시가표준액을 기준으로 초과액을 산정하도록 규정하고 있는바, 이전 전 본점이 임차한 건축물의 범위는 임대차계약서에 의하여 객관적으로 확인되는 임차면적 195.74㎡에 한정된다고 보는 것이 타당해 보이는 점, 청구법인이 제출한 법인지방소득세 신고서에 사업장 면적이 1,501.23㎡로 기재되어 있다 하더라도, 이는 법인지방소득세 신고를 위한 자료에 불과하여 해당 면적 전부를 본점으로 사용하였음을 직접 입증하는 자료로 보기 어렵고, 달리 청구법인이 이전 당시 임대차계약서상 면적을 초과하여 본점을 사용하였음을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙도 제출되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.다만, 처분청은 당초 이 건 재산세 등을 부과하면서 「지방세특례제한법」 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따른 감면비율을 적용하지 아니한 것으로 나타나는바, 처분청이 인정한 감면대상 비율인 2.36%를 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.5. “과밀억제권역”이란 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역을 말한다.제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 "대도시"라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령(2019.2.12. 법률 제29529호로 개정된 것)제39조(대도시의 범위) 법 제79조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 대도시"란 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법 시행규칙(2019.1.1. 행정안전부령 제95호로 개정된 것)제7조(대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준) ① 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(이전)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것2. 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것3. 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것4. 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것.

다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다.② 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 그 초과액의 산정방법과 적용기준은 다음 각 호와 같다.

1. 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 각각 「지방세법」 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액2. 제1호 외의 경우에는 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액(「지방세법」 제4조에 따른 시가표준액을 말한다. 이하 같다)과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액의 차액

서울특별시 강서구청장이 2025.7.14. 청구법인에게 한 재산세 등 OOO원의 부과처분은 「지방세특례제한법」 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따른 감면비율 2.36%를 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.