이 건 파견교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여 등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인이 운영하는 AAA대학교는 2002.3.1. BBB사회복지재단이 운영하는 CCC병원(이하 “이 건 병원”이라 한다)과 의료보건용역계약(이하 “이 건 계약”이라 한다)을 체결하고, AAA대학교가 이 건 병원에 소속 교원을 파견하여 내원 환자의 진료와 소속 전공의에 대한 교육을 담당하게 하며, 이 건 병원이 그 파견에 따른 비용을 부담하는 한편, 진료와 관련된 시설 및 인력을 지원하고 AAA대학교 의학과 학생의 교육 및 임상실습을 지원하기로 약정하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2018년 10월부터 2023년 8월까지 이 건 계약에 따라 이 건 병원에 파견된 교원(이하 “이 건 교원”이라 한다)에게 지급한 급여 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 주민세 종업원분을 신고·납부하지 아니하였다고 보아, 2023.11.9. 청구법인에게 주민세 합계 OOO원을 부과·고지(이하 “이 건 주민세 부과처분”이라 한다)하였다.＜표1＞ 이 건 주민세 부과처분 내역(단위 : 원)

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○다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 교원의 주된 직무는 학생 교육 및 의학연구이므로, 쟁점금액에 대하여 「지방세특례제한법」제41조 제3항 본문에 따라 주민세 종업원분이 면제되어야 한다.(가) 「지방세법」제75조 제3항, 제84조의2 및 제84조의3에 따르면, 종업원에게 급여를 지급하는 사업주는 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액의 1천분의 5를 매월 관할 지방자치단체의 장에게 주민세 종업원분으로 신고·납부하여야 한다.「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제3항은 본문에서 「고등교육법」에 따른 학교에 대한 주민세 종업원분을 면제한다고 규정하는 한편, 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분은 면제하지 아니한다”고 규정하고 있고,위 법 조항의 위임을 받은 「지방세특례제한법 시행령」(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제4항은 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 “수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분”을 말하고, “면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다”고 규정하고 있다.법원은 위 규정에 따른 “주된 직무”는 급여지급의 재원이 아닌 당해 종업원의 근무시간, 직무의 내용 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다고 보고 있다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 참조).(나) 이 건 교원은 청구법인이 운영하는 AAA대학교의 교수로서 의과대학생 및 대학원생에 대한 교육 업무를 수행하면서, 의사로서 이 건 병원에서의 진료행위도 겸직하였으나, 후술하는 바와 같이 그 “주된 직무”가 학생 교육 및 의학연구에 해당하므로, 청구법인이 이 건 교원에게 지급한 쟁점금액에 대하여 「지방세특례제한법」제41조 제3항 본문에 따른 주민세 종업원분 면제가 적용되어야 한다.(다) 청구법인의 정관에서는 의과대학 교수의 신규임용과 재계약을 3년 기간으로 정하고 있고, AAA대학교 의과대학 교원 임용규정에서 승진임용 및 재계약 평가요소로 연구 외에도 교육에 대하여 상당히 높은 업적 점수를 배정하고 있는데, 이는 이 건 교원의 의과대학에서의 주된 업무가 교육 및 연구임을 나타낸다고 할 것이다.(라) AAA대학교 의과대학의 학생은 학부생 약 250명, 대학원생 약 610명으로 이루어져 있고, 의과대학 예과 2년은 전공 기초과목을 배우는 시기, 본과 4년 과정은 본격적인 전문화된 의대수업이 시작되는 시기로서, 특히 본과 3학년부터는 임상의학이 시작되어 내과, 외과, 산부인과 등을 돌며 그동안 배운 지식을 실제 상황에서 연습하게 된다.본과 3학년 및 4학년 교육과정은 거의 임상실습으로 구성되는데, 이 건 교원은 수명으로 조 편성을 한 학생들에게 진단 및 치료과정 외에 예진, 회진 시의 수행 등을 통해 임상실습을 지도하고, 실습 전 환자 진찰법과 의사소통법도 교육하고 있다.한 예로 이 건 병원에 파견된 의과대학 정신건강의학과 교수의 업무내용을 보면, 1년간 의학과 학생 강의 26시간, 의학과 3학년 정신건강의학과 임상실습 지도 720시간, 임상면담실습 4시간, 의학과 4학년 인턴십 지도 160시간, 대학원 강의 48시간으로 이루어져 있는데, 이를 1일 교수시간으로 환산하면 6.8시간이 된다.의과대학 학생의 학년별, 학과별 강의, 실습, 보고서 등이 기재된 수업시간표에서도 하루 8시간 수업을 수강하는 것으로 기재하고 있는 점을 감안할 때, 이 건 교원의 주된 직무는 의과대학 학생들에 대한 교육임이 명백히 확인된다고 할 것이다.일반적으로 의과대학은 본과 1학년에서 기초의학을, 본과 2학년부터 기초·임상 통합교육을 실시하나, AAA대학교 의과대학의 경우 예과 2년 과정에서 기초의학을, 본과 1학년부터 기초·임상교육을 통합하여 실시하는 ‘통합교육시스템’을 운영하고 있다.AAA대학교는 또한 ‘학생연구지도 교수제도’를 시행함에 따라 학생 1명당 관심분야의 연구 지도교수 1명을 배정한 후, 그 학생이 본과 1학년부터 2학년까지 연구활동에 참여하게 하여, 그 결과를 발표회, 보고서, 논문 등의 형태로 발표하도록 하고 있으며, 인턴십, 자율학습, 문제지향식 의무기록, 견학 등 다양한 수업방식을 운영함으로써, 교원들이 타 의과대학에 비해 월등히 많은 교수업무를 수행하도록 하고 있다.(마) AAA대학교 의과대학원은 약 610명의 대학원생들이 재학하고 있고, 2018년부터 2022년까지 연간 평균 616건의 논문을 발표하고 있는바, 위 논문에 대한 지도 업무만 고려하더라도 이 건 교원의 교육업무량이 상당하다는 사실을 확인할 수 있다.AAA대학교는 이처럼 상당한 수의 국내외연구실적을 보유하고 있는바, 특히 SCIE 등재 논문은 이 건 교원이 이 건 병원에서 진료행위를 통해 얻은 임상 자료를 의과대학에서 학문적으로 연구한 후, 다시 이 건 병원에서 근무하며 환자 진단 및 치료 과정에 적용하여 그 효과를 입증하였던 내용을 토대로 한 것이므로, 이 또한 이 건 교원의 주된 업무가 교육 및 연구에 있음을 보여준다고 할 것이다.(바) 처분청은 이 건 계약의 핵심이 이 건 교원의 이 건 병원 내원 환자 진료 및 전공의에 대한 교육에 있고, AAA대학교 의과대학 학생의 교육 및 임상실습을 할 수 있게 하는 행위는 부수적 혜택에 불과하다는 의견이나, 이 건 계약의 문언 어디에도 계약의 주된 용역과 부수되는 용역을 구분하는 기재가 존재하지 않으므로, 위 의견은 타당하지 않다.청구법인은 AAA대학교가 서울에 소재한 국내 최대 규모의 상급종합병원인 이 건 병원에 교원을 파견함으로써 AAA대학교 의과대학 학생들에게 우수한 임상실습 교육 환경을 제공하고 한국 의료 기술 발전에 이바지하기 위해 이 건 계약을 체결하였다.이에 2017년 AAA대학교병원이 AAA대학교의 부속병원으로 전환되었음에도, 학생들에게 보다 우수한 환경의 임상실습을 제공하기 위해 기존과 같이 이 건 병원에서 실습하도록 하고 있는바, 이 건 병원에 파견된 이 건 교원 역시 변함없이 AAA대학교 의과대학 학생의 교육 및 연구활동을 그 주된 업무로 수행하고 있다.(사) 법원은 이 건 심판청구와 마찬가지로 청구법인이 이 건 병원에 파견한 교원들에게 지급한 급여가 주민세 종업원분 면제대상인지 여부가 쟁점이 된 사건에서, 파견 교원의 주된 직무는 비과세대상사업인 의대 학생 교육·연구에 해당한다고 판단하며, 주민세 종업원분을 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여 지급의 재원이 되는 수익이 어디서 발생한 것이냐를 문제 삼을 수 없고, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 기준으로 판단해야 한다고 설시한바(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 참조),설령 청구법인이 처분청의 의견과 같이 이 건 병원으로부터 이 건 계약에 따라 수취한 용역비를 재원으로 하여 이 건 교원에게 급여를 지급하였다고 하더라도, 그 지급의 재원이 이 건 병원이었다는 이유만으로 이 건 교원의 주된 직무를 의료업무, 즉, 수익사업으로 볼 수 없다.(아) 한편 「사립학교법」제55조에 따라 의학에 관한 학과를 두는 대학의 소속 교원은 학생의 임상교육을 위하여 필요한 경우 대학의 장의 허가를 받아 해당 대학의 부속병원이 아닌 병원 중 일정 기준을 충족하는 병원에 겸직할 수 있고, 이 때 대학의 장은 위 법률에 따라 산정한 수 이내의 교원에 대하여만 겸직 허가 기준에 따른 겸직 허가를 할 수 있으며, 겸직 허가의 기준을 정할 때 미리 협력병원의 장의 의견을 들어야 한다.청구법인이 이 건 교원과 같이 이 건 병원에 파견되는 교원의 채용에 관하여 이 건 병원측의 의견을 듣는 것은 위와 같은 관련 법률의 절차를 준수하는 것일 뿐이므로, 청구법인이 이 건 병원의 진료과 공백을 채우기 위해 교원을 충원한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(2) 이 건 주민세 부과처분은 신의성실의 원칙을 위배한 처분이므로 취소되어야 한다.(가) 청구법인은 이 건 심판청구와 마찬가지로 청구법인이 이 건 병원에 파견한 교원들에게 지급한 급여가 주민세 종업원분 면제대상인지 여부가 쟁점이 된 사건에서, 파견 교원의 주된 직무는 비과세대상사업인 의대 학생 교육·연구이므로 위 급여에 대하여 주민세 종업원분이 면제된다는 취지의 원고 승소판결을 받았고, 당해 판결이 대법원에서 그대로 확정(대법원 OOO 판결, 참조)된 후 그 결과를 신뢰하여 쟁점금액에 대한 주민세 종업원분을 신고·납부하지 않았다.(나) 이처럼 쟁점금액과 같은 성격의 금원에 대하여 주민세 종업원분이 면제된다는 취지의 공적 견해표명인 대법원 판결이 선고되었고, 청구법인이 이를 과실 없이 신뢰하였으며, 그 견해표명 당시의 사정이 그대로 유지되었음에도, 처분청이 이 건 주민세 부과처분을 함으로써 청구법인의 이익을 침해하였으므로, 이 건 주민세 부과처분은 신의성실의 원칙을 위배한 것으로서 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 이 건 교원의 주된 직무는 수익사업과 관계되므로, 쟁점금액은 주민세 종업원분 과세대상이다.(가) 법원은 청구법인의 주민세 종업원분이 쟁점이 된 사안에서 ‘BBB사회복지재단은 파견 교원들의 진료 및 전공의 교육에 대한 대가로 청구법인에게 용역비를 지급하였다고 보아야 하고, 청구법인이 받은 위 용역비는 파견 교원들에 대한 급여 전액과 기타 의대 운영비용의 일부를 충당할 수 있었을 정도로 적지 않은 금액으로서 단순히 실비변상적 성격의 금원이라고 보기 어려우므로, 파견 교원들의 진료 및 전공의 교육은 그 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것으로서 수익사업에 해당한다’고 판단한바(서울고등법원 OOO 판결, 참조), 이 건 교원이 이 건 병원에서 수행한 환자에 대한 진료업무와 전공의에 대한 교육이 수익사업에 해당한다는 점이 명확히 확인된다.(나) 이 건 계약은 청구법인이 AAA대학교 의과대학 소속 교원을 ‘이 건 병원에 파견하여 이 건 병원의 내원 환자의 진료 및 이 건 병원 소속 전공의에 대한 교육, 이 건 병원의 연구 및 연구를 위한 부대활동 일체를 제공’하기로 하는 의료보건용역의 제공에 대한 계약이다.이 건 병원은 청구법인의 교원을 안정적으로 파견 받기 위하여 ‘파견에 따른 비용 부담, 진료와 관련된 시설, 인력의 지원, 대학의학과 학생 교육 및 임상실습’을 지원하고 협력하기로 약정한바, 이 건 병원이 청구법인에게 제공하는 의대생 임상실습에 대한 인적·물적시설 제공 등 의무는 교원의 안정적인 파견을 위한 지원 내지 협력으로 이루진 것일 뿐 이 건 계약의 주된 사항은 아니다.이와 같은 상호간의 용역 제공에도 불구하고 이 건 병원은 청구법인에게 비용을 지급하나, 청구법인은 이 건 병원에 어떠한 대가도 지급하지 않게 되어 있는 바, 이 건 계약에서는 이 건 병원만이 청구법인에 대하여 매달 15일에 비용을 지급하도록 규정하고 있으며 그 비용에는 파견 교원에 대한 급여 및 법정부담금 등이 포함된다고 되어있다.즉, 청구법인은 이 건 병원에 교원을 파견하여 진료 및 전공의 교육을 실시하게 하는 대가로 용역비를 받으면서 청구법인 소속 의대생들의 임상실습을 받게 하는 부차적인 혜택을 누리고 있고(실제 청구법인은 부속병원이 설치되어 있음에도 의대생들에 대한 대부분의 임상실습은 부속병원이 아닌 CCC병원에서 이루어지고 있음), 이 건 병원과 이 건 계약을 체결하여 용역대가를 벌어들이는 수익사업을 하면서 이 건 교원을 그 수익사업에 활용하고 있는 것이다.(다) 청구법인이 이 건 계약에 따라 이 건 병원으로부터 지급받은 용역비와 청구법인이 이 건 교원에게 지급한 급여의 내역에 따르면, 2019년∼2022년 기준 용역비에 포함된 인건비와 이 건 교원의 급여의 금액이 거의 일치하는데, 이는 이 건 교원이 지급받는 급여의 원천이 전부 이 건 병원이며, 이 건 병원이 용역비 명목으로 청구법인에게 이 건 교원의 인건비를 지급하면 청구법인이 이를 받아 이 건 교원에게 지급하고 있음을 보여주는 것이다.만일 청구법인의 주장대로 이 건 교원의 주된 업무가 비수익사업인 의대생에 대한 교육 및 연구지도라면 이 건 교원의 보수를 이 건 병원이 받은 용역비로 일부 지급하고, 청구법인의 교비회계에서 더 많은 금액을 충당하여야 했을 것인바, 청구법인이 이 건 교원에게 지급하는 급여의 출처를 보더라도 당해 교원의 주된 직무는 이 건 병원에 파견되어 진료 및 전공의 교육을 수행하는 것이고, 그에 부수적으로 의대생 교육을 하고 있음을 알 수 있다.(라) 한편 청구법인은 이 건 교원의 강의시간을 산정함에 있어 ① 단순히 회진, 외래진료, 수술 등 통상적인 의료 업무를 하는 과정에서 의과대학생들이 이를 참관한다고 하여 이 시간을 강의 시간으로 산입하였고, 임상실습이 있는 해당 진료과에 소속된 모든 교원이 임상강의를 수행하는 것이 아님에도, 이를 수행하지 않는 사람들에게 주당 40시간을 일률적으로 부여하였으며, 이 건 교원의 의료활동 중 상당 시간을 차지하는 전공의에 대한 교육 시간도 모두 강의시간으로 산입하였으므로, 이처럼 과다하게 배정한 임상실습 시간을 근거로 이 건 교원의 주된 직무가 교육에 해당한다고 판단할 수 없다.오히려 의과대학생 교육의 내용도 이 건 교원이 평소 의료 업무 중 실시하는 회진, 외래진료, 외래환자 예진, 수술 등의 업무에 학생이 동행하여 참관하는 형태로 이루어지는 점을 고려할 때, 이 건 교원은 의료 업무를 주로 하면서 부차적으로 교육업무를 병행한다고 보는 것이 타당하다.(마) 보건복지부가 고시한 전공의의 수련교과과정에 따르면, 인턴교육은 각과 과장의 감독과 지도전문의 등의 지도로 주로 병실 및 응급실 환자를 대상으로 병력기재, 진찰, 처치, 수술 등 진료전반에 관한 임상수련을 실시하는 것으로 하며, 인턴은 근무 중 각 과의 교육행사 및 병원의 필수적인 교육행사에 참여하여야 하고, 인턴의 수련은 순회제를 원칙으로 하되 내과, 외과, 소아청소년과, 산부인과를 각각 필수적으로 포함, 각각 4주 이상 수련하여야 한다.

레지던트도 예를 들어 내과의 경우 퇴원환자 600명 이상, 외래환자 300명 이상 환자를 취급하며 수련기간 중 원내 학술회의에 300회 이상 참석해야 한다.위와 같은 교과과정을 고려할 때, 이 건 교원의 임상경험 축적 및 연구행위는 오직 의과대학 교육의 일환으로만 볼 수 없고, 이 건 병원 소속 전공의의 수련을 위한 직무교육의 일환 및 병원의 경쟁력확보를 위한 필수적인 업무에 해당한다고 볼 수 있으므로, 이 건 교원이 이 건 병원의 의사직 직원인 전공의에 대한 교육을 하는 것은 수익사업인 의료 업무에 해당한다고 할 것이다.이 건 병원의 2022년 5월 기준 전임의(펠로우)는 307명, 레지던트는 459명, 인턴은 132명으로 총합 898명에 달하는데 반해, 의과대학생들은 한 학년당 40명이고, 본과 3학년과 본과 4학년을 모두 합쳐도 80명에 불과한 점을 고려할 때, 이 건 교원의 주된 업무는 의과대학생 교육 업무가 아닌 의료 업무에 해당한다고 보아야 한다.(바) 청구법인은 이 건 교원이 이 건 병원에서 진료행위를 통해 얻은 임상 자료를 기반으로 연구한 다음 논문 등을 작성하였으므로, 이러한 성과만을 보아도 그 주된 업무가 교육 및 연구에 있다고 주장하나, 임상 연구는 반드시 교육 업무에만 관련이 있는 것이 아니라 의료의 질 향상을 목표로 하는 것이므로, 결국 이 건 병원에서 제공하는 의료서비스의 질적 향상, 즉 의료 업무와도 밀접한 관련이 있다.청구법인이 AAA대학교 의과대학의 성과로 인용하고 있는 OOO의 기사를 살펴보더라도, 연구팀 구성원으로 이 건 병원 OOO 교수가 기재되어 있는바, AAA대학교 의과대학 교수가 아닌 CCC병원의 전문의의 자격에서 연구 성과를 얻었음을 알 수 있으므로, 이 건 병원에서 이루어지는 의료의 질적 수준 향상을 목표로 하는 이 건 교원의 연구 업무를 오로지 교육 업무의 일환으로만 파악할 수 없다.(사) AAA대학교 의과대학 교원 임용규정에 따르면 교육협력병원에 근무하게 하기 위하여 신규로 임용하는 교원에 대하여는 당해 병원장의 의견을 물어야 하는데, 이에 AAA대학교 의과대학은 실제로 이 건 병원의 진료과 교원의 공백을 채우기 위해 이 건 병원으로부터 임상교원 채용에 관한 수요조사 절차를 진행하여 초빙분야를 확정한 후 학교 총장의 결재를 받아 이 건 병원에 파견하는 전문의를 채용한다.이처럼 의과대학의 수요가 아닌 이 건 병원의 수요에 따라 신규 채용 또는 초빙 인원 및 분야가 결정되는 점을 고려하더라도, 이 건 교원이 수행하는 주된 업무는 이 건 병원에서 수행하는 의료 업무라고 보는 것이 타당하다.

(2) 쟁점금액의 주민세 종업원분 과세여부에 대한 처분청의 공적 견해표명이 없었으므로, 신의성실원칙 위반에 관한 청구주장은 타당하지 않다.(가) 「지방세기본법」제18조에 의하면 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 직무를 수행하여야 하고, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.그리고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 명시적 또는 묵시적으로 이루어짐을 요하나, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2019.1.17. 선고 2018두42559 판결, 참조).(나) 청구법인은 대법원의 판결이 있었으므로 과세관청의 공적 견해 표명이 있었다고 주장하나, 조세법률관계에 있어 신의성실의 원칙이 적용되기 위해선 법원이 아니라 과세관청이 공적인 견해를 표명하여야 하고 이러한 공적인 견해표명은 세무공무원에 의하여 명시적 또는 묵시적으로 이루어져야 한다.이 사건에서 과세관청인 처분청 담당 세무공무원의 공적 견해 표명은 없었고, 견해표명에 반하는 처분을 한 바도 없으므로, 신의성실의 원칙이 이 사건에 적용된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점학교법인이 협력병원에 파견한 교원에게 지급한 급여가 주민세 종업원분 과세대상인지 여부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 OOO에 고등교육 실시를 목적으로 설립된 학교법인으로, AAA대학교와 그 부속병원인 AAA대학교병원, DDD대학교를 운영하고 있고, AAA대학교병원은 AAA대학교의 협력기관이었으나, 2017.3.7. 교육부의 인가를 받아 AAA대학교의 부속병원으로 전환되었다.이 건 병원은 BBB사회복지재단이 1989.6.23. 개원하여 운영하고 있는 상급종합병원으로, OOO에 위치하고 있다.(나) AAA대학교는 1988.8.1. 이 건 병원과 협약을 체결하고, AAA대학교가 의학교육시설을 갖춘 부속병원을 건립할 때까지 의학대학 학생의 교육 및 임상실습을 이 건 병원에 위탁하기로 약정하였다.AAA대학교는 2002.3.1. 이 건 병원과 ＜표2＞와 같이 이 건 계약을 체결하였다.＜표2＞ 이 건 계약 내역

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○(다) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면, AAA대학교는 이 건 병원의 교육연구관 일부를 임차하여 의과대학의 강의실, 강당, 교학행정실, 이 건 교원의 사무실 등으로 사용하고 있는 것으로 확인된다.(라) 청구법인이 2018년 10월부터 2023년 8월까지 이 건 교원에게 쟁점금액을 지급한 후 그 금액 상당에 대한 주민세 종업원분을 신고·납부하지 않았고, 이 건 병원이 이 건 교원에게 급여를 지급하며 그 전부를 주민세 과세표준으로 하여 주민세 종업원분을 신고·납부하였다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.청구법인은 이 건 병원이 위 기간 동안 이 건 교원에게 지급한 급여는 이 건 병원의 내원 환자를 진료한 업무에 대한 진료수당 등 명목의 대가이고, 쟁점금액은 이 건 교원의 교육업무에 대하여 당해 대학의 다른 교원과 마찬가지로 AAA대학교 교원보수규정에 따라 책정하여 지급한 보수라고 설명하였다.(마) AAA대학교 의과대학의 개설강좌 현황, 언론보도 등에서 확인되는 바에 따르면, 당해 대학은 학생들이 예과 2년과 본과 4년의 교육과정 중 예과 1학년의 이론교육은 AAA대학교에서, 예과 2학년부터 본과 4학년까지의 이론 및 임상교육은 이 건 병원에서 이수하도록 해왔고,교육부에서 2021년 12월경 위 대학이 인가받은 학습장이 아닌 이 건 병원에서 대부분의 교육을 실시하는 것에 대하여 시정명령을 하자, 2022년부터 교육의 전 과정을 AAA대학교 캠퍼스에서 실시하기 위한 시설 확보 등의 단계적 조치를 실행하고 있는 것으로 확인된다.(바) 청구법인이 제출한 자료에서 확인되는 이 건 교원의 2018년부터 2023년까지의 연도별 진료시간 및 강의시간 합계는 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 이 건 교원의 2018년∼2023년 연도별 진료시간 및 강의시간 합계

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○(사) 처분청은 이 건 교원의 업무 중 한 학년의 정원이 40명인 AAA대학교 의과대학 학생의 지도보다 이 건 병원의 전공의 지도가 더 큰 비중을 차지한다는 점을 입증하는 취지로 이 건 병원 수련의 현황 자료를 제출한바, 해당 자료에 따르면 2022년 5월 기준 이 건 병원에는 임상강사 307명, 레지던트 459명, 인턴 132명 합계 898명의 수련의가 근무하고 있는 것으로 확인된다.(아) 처분청은 청구법인이 2002년 3월부터 2007년 1월까지 이 건 병원에 파견된 교원들에게 급여를 지급하였음에도 해당 금액에 대한 주민세 종업원분을 신고·납부하지 아니하였다고 보아, 2007년 3월부터 5월까지 청구법인에게 위 금액에 대한 주민세 종업원분을 부과·고지하였고, 청구법인이 이에 불복하여 제기한 주민세 부과처분 취소소송에 대한 원고 승소판결이 대법원의 심리불속행 기각 판결(대법원 OOO 판결)로 2010.4.21. 확정되었다.＜표4＞ 서울고등법원 OOO 판결(대법원 OOO 판결로 확정)

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○(자) 청구법인은 위 판결과 이 건 심판청구의 사실관계가 유사하다고 주장하며 ＜표5＞의 설명자료를 제출하였다.＜표5＞ 서울고등법원 OOO 판결과 이 건 심판청구의 사실관계 비교(청구법인 제출)

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」제41조 제3항은 본문에서 「고등교육법」에 따른 학교에 대한 주민세 종업원분을 면제한다고 규정하는 한편, 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분은 면제하지 아니한다”고 규정하고 있고,위 법 조항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제18조 제4항은 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 “수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분”을 말하고, “면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다”고 규정하고 있다.(나) 처분청은 이 건 교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당하므로 「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 그 산하 AAA대학교 의과대학 학생들의 교과과정에 환자의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적이어서 부득이 이 건 계약을 체결하게 된 것이고, 이 건 교원의 진료과정에 의과대학의 학생들이 참여하여 임상실습교육이 동시에 병행하여 이루어졌던 것으로 보이는 점,청구법인이 제출한 자료에 따르면, 이 건 교원은 2018년 10월부터 2023년 8월까지 이 건 병원에서 진료보다 AAA대학교 의과대학 학생을 상대로 하는 강의에 더 많은 시간을 투입하였으므로, 이 건 교원의 위 기간 동안의 주된 직무는 수익사업인 진료가 아닌 학교에서의 교육인 것으로 보이는 점,「지방세특례제한법」은 주민세 종업원분을 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것이냐를 문제 삼는 것이 아니라, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐이므로, 청구법인이 이 건 병원의 수익사업을 통하여 마련된 용역비를 재원으로 이 건 교원에게 급여를 지급한 것이라 하여 위 수익사업이 이 건 교원의 주된 직무라고 할 수는 없는 점,이 건 병원은 이 건 교원이 환자들에게 제공한 의료서비스의 대가로 진료수당 등을 직접 지급하고 그 금액 상당에 대한 주민세를 신고·납부한바, 청구법인이 이 건 교원에게 지급한 쟁점금액은 이 건 교원의 강의, 연구 등의 업무 수행에 대한 보수로서, 당해 법인이 AAA대학교 소속 다른 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,청구법인은 앞서 2002년 3월부터 2007년 1월까지 이 건 계약에 따라 이 건 병원에 파견된 교원들에게 지급한 급여에 대하여 부과된 종업원할 사업소세의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 서울고등법원에서 위 파견 교원의 주된 직무를 비과세대상사업인 의과대학생 교육·연구로 보아야 한다는 취지로 선고한 원고 승소 판결(서울고등법원 OOO 판결)이 대법원의 판결(대법원 OOO 판결)에서 그대로 확정된바,이 건 교원의 파견 근거 및 그에 따른 대가 지급의 구조, 이 건 교원이 이 건 병원에서 수행한 업무의 내용 등에 있어 위 판례의 사안과 이 건 심판청구의 사안에 큰 차이가 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 주민세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세법제75조(납세의무자) ③ 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주로 한다.제84조의2(과세표준) 종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 한다.제84조의3(세율) ① 종업원분의 표준세율은 종업원 급여총액의 1천분의 5로 한다.② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 종업원분의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.제84조의6(징수방법과 납기 등) ① 종업원분의 징수는 신고납부의 방법으로 한다.② 종업원분의 납세의무자는 매월 납부할 세액을 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(2) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」 제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다.

이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)제18조(학교등 면제대상 사업의 범위 등) ④ 법 제41조 제3항 단서에서 "수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분"이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」 제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(4) 법인세법(2025.10.1. 법률 제21065호로 개정되기 전의 것)제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(5) 법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것)제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업(이하 각 목 생략)(6) 한국표준산업분류<img src="/LSA/flDownLoad.do?flSeq=167754593"></img>

서울특별시장이 2023.11.9. 청구법인에게 한 주민세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.