이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 의과대학 소속 의사로서 부속병원인 AAA병원 및 BBB병원(이하 “쟁점병원”이라 한다)에서 진료 연구 및 교육업무를 수행하는 교수(이하 “전임교원”이라 한다)에게 2018년 10월부터 2023년 8월까지 지급한 총 급여 중 임상진료수당, 보직수당 등 전임교원 (병원분)로 회계처리한 부분에 대해서는 주민세 종업원분을 신고·납부하였고, 위 급여를 제외한 나머지 급여인 전임교원(대학분)으로 회계처리한 급여 OOO원(이하 “쟁점급여”라 한다)에 대해서는 신고·납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점급여는 쟁점병원에서 근무하는 종업원에 대한 급여로서 쟁점병원 주민세 종업원분은 일몰기한이 2014.12.31.자로 종료되어 더 이상 면제대상이 될 수 없다고 보아 아래 ＜표1＞과 같이 2023.11.6. 청구법인에게 쟁점급여를 과세표준으로 하여 산출한 주민세 OOO원(세율 1천분의 5, 가산세 포함, 이하 “이 건 주민세”라 한다)을 부과·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.＜표1＞ 청구법인에게 한 과세한 내역(단위 : 원)

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○다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 청구법인 의과대학에 소속된 전임교원들의 주된 직무가 쟁점병원에서 진료를 하는 것이므로, 수익사업과 관계되는 것이라는 전제 하에 전임교원 급여에 대해서 주민세 종업원분이 면제될 수 없다고 판단하고, 「지방세특례제한법 시행령」 제18조 제4항에 근거하여 이 건 처분을 하였으나 이 건 처분의 근거가 되는 「지방세특례제한법 시행령」 제18조 제4항은 위임 범위를 벗어나 무효이므로, 무효인 하위 법령에 근거한 이 건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.「지방세특례제한법」 제41조 제3항이 “학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다.

다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항이 “법 제41조 제3항 단서에서 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소 및 종업원분이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다”고 규정하고 있는 것과 관련하여, 위 시행령 조항이 주된 직무에 따라 수익사업과 면제사업 중 하나에 종사하는 것으로 보아 전체 금액에 대하여 일괄적으로 면제 여부를 판단하도록 규정하고 있으므로, 모법인 법 제41조 제3항 문언의 의미를 넘어 주민세 면제 범위를 임의로 축소함으로써 새로운 입법을 하여 위임의 한계를 일탈하였다.

(2) 이 건 처분의 근거가 된 「지방세특례제한법 시행령」 제18조 제4항 단서가 무효가 아니라고 전제하더라도, 전임교원의 주된 직무는 교육 및 연구이고 수익사업에 관계되지 아니하므로, 현행 규정상으로도 전임교원 급여에 대한 주민세 종업원분은 면제대상에 해당한다.(가) 대학설립·운영 규정은 의과계열 학과를 두고 있는 대학에게 부속병원을 의무적으로 설치 및 운영하도록 규정하고 있어, 부속병원은 의과대학의 설립 및 유지를 위한 필수적인 요건이다.

이는 부속병원 없이는 의학교육에 필수적인 임상연구 및 실습이 이루어질 수 없어 정상적인 의학교육이 불가능하기 때문이다. 이와 관련하여 법원도 “의과대학의 학생들의 교과과정에 환자의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적”이라고 판단하였다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결). 또한, 교육인적자원부(현 교육부)는 2007년 부속병원을 짓지 않은 가천의대, 성균관의대 등 대학에 대해 신입생 정원의 일부를 뽑지 못하도록 제한하는 처분을 하는 등, 부속병원이 의과대학의 설립 및 유지를 위한 필수불가결한 요소임을 분명히 하였다.대학이 정상적으로 의학교육을 하기 위해서는 부속병원을 설치 및 운영하여 학생들에게 충분한 임상실습기회를 제공하여야 하므로, 부속병원의 주된 목적은 교육사업을 위한 시설로 보아야 한다.

이러한 과정에서 부속병원이 수익사업에 기여하는 측면이 일부 있으나, 부속병원의 설치 목적이 의학교육을 위한 것이라면 단순히 부속병원의 운영 과정에서 수익이 발생한다고 하여 부속병원을 오로지 수익사업을 위한 시설이라고 볼 수는 없다.그렇다면 의과대학의 교수로서 교육 및 연구와 함께 대학의 부설병원에서 진료행위를 수행하는 전임교원들의 주된 직무도 (진료행위에 소요되는 시간이나 진료행위를 통해 얻는 보수와 무관하게) 수익사업에 관한 것이 아니라 교육사업에 관한 것이라고 평가해야 합니다.

실제 전임교원은 부속병원에서 수행하는 진료행위를 통해 임상경험을 얻고, 이를 통해 학생들을 교육하는 데에 필요한 지식을 습득하며, 학생들로 하여금 전임교원의 진료행위를 관찰하고 임상경험을 익히도록 하는 실습을 진행한다.이처럼 부속병원 자체가 교육사업을 위하여 설치 및 운영되고 있다는 점을 고려하면, 교육 및 연구와 함께 부속병원에서의 진료도 병행하는 전임교원의 주된 직무도 수익사업이 아닌 교육사업에 관한 것이라고 보아야 한다.(나) 2018년부터 2023년 1학기까지 청구법인의 의과대학 전임교원의 근무시간을 집계한 기록을 보면, 총 근무시간에서 진료(외래 및 수술)에 소요된 시간이 차지하는 비율은 약 35%인 반면, 총 근무시간에서 교육(수업, 실습)에 소요된 시간 및 연구에 소요된 시간은 약 65%이다.

위 두 수치의 단순비교를 통해서도 알 수 있듯이, (보수적인 관점에서 진료가 교육과는 무관하다고 하더라도) 전임교원의 총 근무시간에서 진료보다 연구 및 교육이 차지하는 비중이 더 높다. 따라서, 위 수치만 보더라도 전임교수의 주된 직무가 교육 및 연구, 즉 수익사업이 아닌 면세사업에 관한 것이라는 점을 충분히 알 수 있다.따라서 전임교수의 진료도 본질적으로는 교육과 관련된 업무로 보아야 하고, 그렇게 보는 것이 부속병원의 설치 이유에도 부합한다.

이와 관련하여 법원도 같은 취지로 “의대교수의 경우 임상에서의 실무경험이 학생교육에 필수적이므로, 진료행위조차도 학생교육을 위한 임상경험축적 및 연구행위의 일환으로 볼 여지가 충분하다.”고 판시하였다(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결).(다) 종업원의 주된 직무를 판단함에 있어서는 종업원에게 지급된 급여의 재원이 무엇인지는 전혀 고려의 대상이 되지 않는다. 법원(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결)은 수익사업을 통하여 마련된 재원으로 급여를 지급했다고 하여, 종업원의 주된 직무가 수익사업과 관계된 것으로 인정되는 것은 아니라는 것을 분명히 하였다.

더 나아가 수익의 출처만을 따져 이를 주된 직무라고 하게 되면 대부분의 경우 수익사업에서 재원이 마련되므로, 종업원이 면세사업과 수익사업을 겸직하는 경우 주민세 종업원분의 과세를 피할 수 없게 되는 불합리한 결과가 초래된다는 점을 지적하기도 하였다.

나. 처분청 의견(1) 모법은 학교법인의 직원이 모두 수익사업이거나 비수익사업에 종사함을 전제로 둔 규정이다. 그러나 구체적인 현실에서는 직원이 전부 수익사업에 종사하거나 비수익사업에 종사하는 경우도 있지만 일부 직원은 수익사업과 비수익사업에 모두 종사하는, 즉 겸직하는 경우가 있기 마련입니다. 이러한 구체적인 경우까지 상정하여 법률로서 규정하는 것은 한계가 있으므로 이를 시행령에서 규정하고 있는 것이며 주된 직무에 따라 수익사업 비수익사업 종사자로 구분하는 것이 입법목적이나 취지에 명백히 반하거나 불합리하다고 보기 어렵습니다.

청구법인은 안분계산을 할 수 있음에도 주된 직무로 나누는 것이 불합리하다는 취지인 것으로 보이는데 종업원이 수익사업과 비수익사업에 겸직하여 종사하는 경우 그 급여가 수익사업에 대한 대가인지 비수익사업에 대한 대가인지 명확히 구분하는 것이 현실적으로 불가능합니다. 모법의 위임 취지에 따라 시행령은 구체적인 현실을 고려하여 주된 직무라는 합리적인 기준을 제시하고 있는 것이고, 조세법령은 정책목적에 따른 입법형성의 자유가 광범위하게 부여되는 점, 관련 규정이 면제규정이라는 점 등을 종합하여 보면 시행령 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라고 보기 어렵다.

(2) 주민세 종업원분에 대한 법령 규정의 개정연혁은 다음과 같다.(가) 의과대학의 부속병원에 대하여는 2014.12.31.까지「지방세특례제한법」제38조 제2항에 따라 주민세를 면제하다가 그 후 해당 조항은 일몰되었고, 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제41조 제7항을 개정하여 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세의 일부만 감면하는 것으로 함에 따라 2015.1.1.부터는 의과대학 부속병원은 그것이 학교법인의 수익사업인지 여부를 불문하고 주민세(종업원분, 사업소분) 과세대상이 되었다.(나) 2014.12.31. 개정된「지방세특례제한법」제41조 제7항의 개정 이유서 등을 보면, 그 개정이유를 감면 폭이 다른 학교법인 부속병원, 사회복지법인이 운영하는 의료기관, 공공의료기관, 지방의료원,「의료법」에 따른 의료법인 및 종교단체가 운영하는 의료기관에 대한 취득세 및 재산세 감면특례를 단계적으로 축소하고, 나머지 세목에 대한 감면 특례는 종료하기 위한 것이라고 기재되어 있고, 행정안전부가 발행한 ‘2015년 시행 지방세특례제한법 등 주요 내용’을 보면 주민세는 주민부담 원칙에 따라 감면 세목에서 제외한다고 기재되어 있다.(다) 이러한 개정 내용에 따라 임상(전임)교원 급여 중 교육과 관련된 부분에 대한 주민세(종업원분) 과세 여부를 묻는 처분청의 질의에 대해 행정안전부(지방세특례제도과-2872호)는 2023.3.14. “2013년에는 의과대학 부속병원을 교육기관인 학교와 분리하고「지방세특례제한법」제41조 제7항을 신설하는 등 그 감면 규정을 별도의 조문에서 규정하고 있는데, 의과대학 부속병원에 대하여는 주민세(종업원분)에 대한 감면을 규정하고 있지 않다”고 답변하였다.(라) 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호의 단서(의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업에서 제외)를 삭제함에 따라 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업에 해당하게 되었고, 같은 법 제41조 제3항 단서는 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제4항 본문에서 수익사업에 제공되고 있는 종업원분 주민세는 면제대상이 아니라고 규정하고 있다.(마) 특정 종업원이 주민세 면제대상 사업인 교육사업과 수익사업인 의료업에 겸직하는 경우 주된 직무가 수익사업인지 여부로 주민세 면제 여부를 결정하여야 할 것인바, 해당 종업원이 학교가 아닌 수익사업과 관련하여 주된 직무를 수행하고 있는 경우에는 해당 종업원의 직무와 관계되는 주민세 종업원분은 면제되지 않는다고 보는 것이 타당하다.

(3) 청구법인이 운영하고 있는 부속병원은 수익사업의 범위에 포함되며, 청구법인의 전임교원은 쟁점병원에서 근무하면서 환자에 대한 진료 및 전공의 교육을 주로 하면서 부수적으로 의과대학생 교육 및 연구지도를 겸직하고 있는바 전임교원의 주된 직무는 수익사업이라고 보아야 한다.(가) 청구법인의 회계처리 방식을 보더라도 청구법인이 전임 교원에게 지급하는 쟁점급여는 모두 쟁점병원이 지급하고 있는 이상, 전임 교원의 주된 직무는 쟁점병원에서의 진료 및 전공의 교육이라고 할 수 있다.(나) CCC 의과대학생의 임상실습은 쟁점병원만이 아니라 다른 부속병원인 FFF병원, EEE병원, GGG백병원에서도 담당하였기 때문에 쟁점병원 소속 전임교원들이 수행한 임상실습 교육의 비중은 매우 작다.

따라서 쟁점병원 전임교원들이 CCC 의과대학생들을 상대로 수행한 임상실습 강의의 비중은 의료업무와 비교하였을 때 미미한 수준에 불과한바 전임교원의 주된 업무는 의료업무라는 점이 명백하다.(다) AAA병원 외과 임상실습 일정에 따르면, 병실 회진, 외래 예진, 병실회진, 병실실습 등의 시간이 대부분이다. 그러나 외래 진료나 회진 업무는 전임교원이 쟁점 원에서 수행하는 의료 업무의 일환이며 이 과정을 의과대학생들이 참관한다고 하는 것이므로 전임교원의 주된 업무가 의료업무로 파악되고, 부차적인 교육업무가 병존하는 것으로 보아야 한다.의과대학생이 임상실습을 하는 시간은 전 교원들이 회진, 외래진료, 수술 등의 의료 업무를 하는 과정을 동행하여 참관하는 형태로 진행된다.

그 과정에서 전임교원들이 의과대학생들에게 지도 및 지시를 하는 등으로 실질적인 교육을 하는 시간도 존재하겠지만 단순히 회진, 외래진료, 수술 등 통상적인 의료 업무를 하는 과정에서 의과대학생들이 이를 참관하는 것이 대부분이므로 이 시간을 전임교원들의 강의 시간에 해당한다고 볼 수 없으며, 이러한 업무는 의료업무를 주로 하면서 부차적으로 교육업무를 병행한다고 보는 것이 타당하다.(라) 전공의 교육 교과과정을 고려하였을 때, 전임교원의 임상경험 축적 및 연구행위는 오직 의과대학 교육의 일환으로만 볼 수 없고, 병원 소속 전공의의 수련을 위한 직무교육의 일환 및 병원의 경쟁력확보를 위한 필수적인 업무에 해당한다고 볼 수 있다.

즉 임상실습 과정은 의과대학생 뿐만 아니라 전공의에 대한 교육의 일환으로도 진행되며, 전공의는 병원의 의사직 직원에 대한 교육에 해당하기 때문에 교육 업무가 아니라 의료 업무에 해당한다.(마) 청구법인이 제시하고 있는 업무별 시간 및 비중에 관한 자료는 부정확한 자료이므로 신뢰할 수 없으며, 이를 근거로 한 청구법인의 주장은 논거가 부족한 일방적인 주장에 불과하다.(바) 청구법인은 연구의 경우 의료업무에 포함되지 않는다고 주장하지만, 임상 연구 자체가 반드시 교육 업무에만 관련이 있는 것이 아니라, 의료의 질 향상을 목표로 하는 것이므로 결국 쟁점병원에서 제공하는 의료서비스의 질적 향상, 즉 의료 업무와도 밀접한 관련이 있다.(사) 전임교원의 연구실은 쟁점병원 내에 위치하고 전임교원 채용도 부속 병원의 요청에 따라 이루어지는바, 전임교원이 수행하는 주된 업무는 쟁점병원에서 수행하는 의료 업무라고 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 의과대학 교수(전임교원)에게 지급한 급여 등에 대하여 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인의 법인등기사항증명서 및 정관에 따르면, 1979.1.30. 설립된 학교법인으로서 서울특별시 중구 OOO에 주사무소를 두고 있고, 고등교육 실시의 목적사업 달성을 위해 CCC, 재단본부를 두고 있으며, CCC는 부산광역시 부산진구 OOO에 위치하고 있고, 부속병원으로서 DDD의료원 산하에 AAA병원, EEE병원, BBB병원, FFF병원, GGG백병원을 두고 있다(AAA병원과 BBB병원은 “쟁점병원”).(나) 청구법인 제출한 자료에 따르면, 쟁점병원에 근무하고 있는 교원은 전임교원과 임상교원(쟁점병원 소속 의사로 근무하며 진료업무와 전공의 교육 담당 교원)으로 구분하면서 급여를 지급시 전임교원 급여에 대해서는 전임교원(대학분) 계정과목을, 임상교원 급여에 대하여는 전문의급여(병원분) 계정과목을 사용하여 회계처리하면서, 임상교원 급여는 주민세 종업원분 과세표준에 포함하였으나, 전임교원 급여는 과세표준에 포함하지 아니한바, 쟁점병원의 2018년부터 2023년 8월까지 근무하고 있는 전임교원의 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 쟁점병원의 전임교원 현황

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○(다) 쟁점병원은 임상교원 급여 전액, 전임교원에게 지급하는 병원보직수당, 진료 관련 수당 등 수당에 대해서는 교원에게 직접 급여를 지급하면서 ‘전임교원(병원분)’ 계정과목을 사용하여 쟁점병원의 비용으로 회계처리를 하면서 위 지급액을 전액 주민세 종업원분 과세표준에 포함하여 주민세 종업원분을 신고·납부하고,전임교원 급여 중 위 병원보직수당, 진료 관련 수당 등을 제외한 나머지인 쟁점급여에 대해서는 쟁점병원의 비용으로 회계처리를 하였고, 쟁점병원이 위 금액을 CCC에 이체하면 CCC는 이체받은 금액에서 소득세, 사학연금부담금 등 공제할 금액을 제외한 금액을 다시 쟁점병원에 이체하였고, 쟁점병원은 위 급여공제액을 제외한 금액을 전임교원에게 지급한 것으로 나타나는바, 이를 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 전임교원 급여 내용에 따른 각 회계 및 세무 처리<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>급여 구분 </p></td><td><p>부속병원회계 </p> <p>계정과목 </p></td><td><p>주민세 종업원분 과세표준 산입 여부 </p></td><td><p> <span>쟁점 처분 </span><span></span> </p> <p>대상 여부 </p></td></tr><tr><td><p> <span>병원보직수당, </span><span></span> </p> <p>진료 관련 수당 등 </p></td><td><p>전임교원(병원분) </p></td><td><p>산입 </p></td><td><p>× </p></td></tr><tr><td><p>쟁점급여 </p></td><td><p>전임교원(대학분) </p></td><td><p>불산입 </p></td><td><p>O </p></td></tr></tbody></table>(라) 청구법인이 제출한 전임교원의 업무별 시간 및 비중은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 전임교원의 업무별 시간 및 비중(단위 : 시간)

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○(마) 의과대학 임상실습지침서에 따르면, 2022년 및 2023년의 경우 3학년 임상실습은 EEE병원, FFF병원, BBB병원, GGG백병원에서만 이루어지며 AAA병원에서는 임상실습 일정이 존재하지 않는 것으로 나타나고, 2020년 및 2021년의 경우 6명의 학생만, 2018년 및 2019년의 경우 12명의 학생이 12일 동안 AAA병원 내과에서 임상실습을 진행하고 나머지 학생들은 그 외 병원에 배정된 것으로 나타난다.(바) 청구법인은 그 밖에 교직원 보수규정, 전임교원 급여 명세서, 2023년 임상실습지침서, 2021년 의학과 3학년 임상실습 평가표, 2023년 의학과 4학년 필수, 선택 임상실습 일정표, 쟁점병원의 전임교원 외래시간 및 수술시간 자료 등을 제출하였다.(사) 처분청은 청구법인이 전임교원(대학분)으로 회계처리한 급여 OOO원에 대하여 이 건 주민세 등을 부과·고지하였으나, 그 과세표준이 청구법인이 의과대학 소속 전임교원들에게 지급한 보수(본봉, 상여금, 연구비 등)에 해당하는지 여부는 명확히 확인되지 아니한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있고「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란 「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구법인 의과대학 소속 교수(전임교수)의 주된 직무가 수익사업에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제41조 제3항에 따른 주민세 면제대상이 아니라고 주장하나, 쟁점병원이 이 건 전임교원들에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서, 쟁점병원은 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고·납부하고 있는 점,청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 CCC 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점급여는 청구법인이 CCC 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 자 2010두573 판결, 같은 뜻임),아울러 이 건 전임교원들은 CCC 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 쟁점병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점급여가 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 이 건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인 점 등에 비추어쟁점급여는 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판원 합동회의, 같은 뜻임)이다.(다) 다만, 쟁점급여 모두 이 건 전임교원들에게 지급한 보수 등에 해당하는지 아니면 그 금액에 병원의 전공의나 간호사 또는 행정직원 등의 급여도 포함되어 있는지 여부가 불분명하므로 이에 대하여는 처분청이 청구법인의 주민세 납부 현황 등을 재조사하여 쟁점급여 중 이 건 전임교원들에게 교육의 대가로 지급한 보수 등에 대해서는 주민세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세법제74조 [정의] 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.3. “종업원분”이란 지방자치단체에 소재한 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.7. “종업원의 급여총액”이란 사업소의 종업원에게 지급하는 봉급, 임금, 상여금 및 이에 준하는 성질을 가지는 급여로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.8. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.제81조 [세율] ① 사업소분의 세율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

2. 연면적에 대한 세율 : 사업소 연면적 1제곱미터당 250원.제84조의2 [과세표준] 종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 한다.제84조의3 [세율] ① 종업원분의 표준세율은 종업원 급여총액의 1천분의 5로 한다.제84조의4 [면세점] ①「지방세기본법」제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달부터 최근 1년간 해당 사업소 종업원 급여총액의 월평균금액이 대통령령으로 정하는 금액에 50을 곱한 금액 이하인 경우에는 종업원분을 부과하지 아니한다.

(2) 지방세법 시행령제78조의2 [종업원의 급여총액 범위] 법 제74조 제7호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업주가 그 종업원에게 지급하는 급여로서 「소득세법」제20조 제1항에 따른 근로소득에 해당하는 급여의 총액을 말한다. (이하 생략)제78조의3 [종업원의 범위] ① 법 제74조 제8호에서 “대통령령으로 정하는 사람”이란 제78조의2에 따른 급여의 지급 여부와 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람을 말한다.

다만, 국외근무자는 제외한다.② 제1항에 따른 계약은 그 명칭ㆍ형식 또는 내용과 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와 한 모든 고용계약으로 하고, 현역 복무 등의 사유로 해당 사업소에 일정 기간 사실상 근무하지 아니하더라도 급여를 지급하는 경우에는 종업원으로 본다.제85조의2 [종업원 급여총액의 월평균금액 산정기준 등] ② 법 제84조의4 제1항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 300만원을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조 [정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조 [학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조 [학교등 면제대상 사업의 범위 등] ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(5) 법인세법제4조 [과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(6) 법인세법 시행령제3조[수익사업의 범위] ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교

서울특별시장이 2023.11.6. 청구법인에게 한 주민세 등 합계 OOO원의 부과처분은 그 과세표준이 청구법인이 의과대학 소속 전임교원들에게 지급한 보수(본봉, 상여금, 연구비 등)에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 이를 제외하는 것으로 하여, 그 과세표준 및 세액을 경정한다.