이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 부속병원인 OOO병원(이하 “쟁점병원”이라 한다)에 근무하는 청구법인 소속 전임교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수, 이하 “전임교원”이라 한다)에게 2018년 12월부터 2023년 10월까지 지급한 총 급여 중 임상진료수당, 보직수당 등 전임교원 급여(병원분)는 주민세 종업원분을 신고·납부하였고, 위 급여를 제외한 나머지 급여인 전임교원 급여(대학분) 인건비(이하 “쟁점급여”라 한다)에 대해서는 신고·납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점급여는 쟁점병원에서 근무하는 종업원에 대한 급여로서 쟁점병원 주민세 종업원분은 일몰기한이 2014.12.31.자로 종료되어 더 이상 면제대상이 될 수 없다고 보아 2023.12.23., 2024.1.2. 청구법인에게 쟁점급여인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 주민세 종업원분 OOO원(세율 1천분의 5, 가산세 포함, 이하 “이 건 주민세”라 한다)을 부과·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 주민세 종업원분의 과세표준은 종업원들의 급여 지급 원천이 아니라 이들의 주된 직무를 기준으로 판단되어야 한다.(가) 처분청은 학교가 전임교원에게 지급한 급여의 성격이 수익사업에 종사하는 대가인지 또는 전임교원으로 제공한 교육에 대한 대가인지를 구분하여 판단하여야 한다는 의견이다.(나) 그러나 종업원들의 급여 지급의 원천만을 따져 이를 주된 직무라고 본다면 영리를 목적으로 하는 회사 등에 소속된 종업원들의 경우 이들의 급여재원은 모두 수익사업분에서 발생하게 되어 수익사업과 비수익사업을 겸직하는 종업원들의 경우에는 주민세 종업원분의 의 과세를 피하기가 거의 불가능하게 되는 부당한 결과가 초래(대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결, 같은 뜻)된다.(다) 쟁점병원 소속의 전임교원의 직무는 크게 ① 진료·전공의 등 의료종사자에 대한 교육과 진료행위, ② 의과대학 학생(석·박사 과정생 포함) 교육·연구 등으로 구분되는데 전임교원의 주된 직무를 판단해야 한다면, 전임교원이 수익사업에 종사하는 자임을 전제로 한 주민세 종업원분의 부과처분은 위법하다는 위 대법원 판결에 비추어 판단하면, 전임교원의 주된 직무는 비수익사업 부분에 해당하는 위 ②의 직무를 수행하는 종사자에 해당하고, 위 ①의 전공의·의료종사자에 대한 교육 및 진료행위도 결국에는 의과대학 학생교육(임상경험 전수 등)의 일환으로 볼 여지도 충분하다.

(2) 전임교원은 위 ①·②의 업무를 겸직하는 자로서 전임교원에게 지급한 급여를 수익사업과 비수익사업에 대한 부분으로 명확히 구분하기는 어려우나, 「사립학교법」등에서 대학교와 그 소속 부속병원에 대해 엄격한 회계절차를 따르도록 규정하고 있는바, 쟁점병원회계에 속하는 비용을 교비회계에서 집행할 경우, 이는 회계부정에 해당하여 행정처분의 대상이 될 수 있음은 물론, 때에 따라서는 횡령죄 성립도 가능하므로 쟁점병원에서 부담해야 할 성격의 급여를 교비회계, 즉 학교에서 부담하는 것은 사실상 불가능하다는 점을 고려한다면, 대학이 임상교원에 지급하는 급여는 비수익사업에 따른 대가로 보아야 한다.

나. 처분청 의견(1) 주민세 종업원분에 대한 법령 규정의 개정연혁은 다음과 같다.(가) 의과대학의 부속병원에 대하여는 2014.12.31.까지「지방세특례제한법」제38조 제2항에 따라 주민세를 면제하다가 그 후 해당 조항은 일몰되었고, 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제41조 제7항을 개정하여 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세의 일부만 감면하는 것으로 함에 따라 2015.1.1.부터는 의과대학 부속병원은 그것이 학교법인의 수익사업인지 여부를 불문하고 주민세(종업원분, 사업소분) 과세대상이 되었다.(나) 2014.12.31. 개정된「지방세특례제한법」제41조 제7항의 개정 이유서 등을 보면, 그 개정이유를 감면 폭이 다른 학교법인 부속병원, 사회복지법인이 운영하는 의료기관, 공공의료기관, 지방의료원,「의료법」에 따른 의료법인 및 종교단체가 운영하는 의료기관에 대한 취득세 및 재산세 감면특례를 단계적으로 축소하고, 나머지 세목에 대한 감면 특례는 종료하기 위한 것이라고 기재되어 있으며, 행정안전부가 발행한 ‘2015년 시행 지방세특례제한법 등 주요 내용’을 보면 주민세는 주민부담 원칙에 따라 감면 세목에서 제외한다고 기재되어 있다.(다) 이러한 개정 내용에 따라 임상(전임)교원 급여 중 교육과 관련된 부분에 대한 주민세(종업원분) 과세 여부를 묻는 처분청의 질의에 대해 행정안전부(지방세특례제도과-2872호)는 2023.3.14. “2013년에는 의과대학 부속병원을 교육기관인 학교와 분리하고「지방세특례제한법」제41조 제7항을 신설하는 등 그 감면 규정을 별도의 조문에서 규정하고 있는데, 의과대학 부속병원에 대하여는 주민세(종업원분)에 대한 감면을 규정하고 있지 않다”고 답변하였다.(라) 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호의 단서(의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업에서 제외)를 삭제함에 따라 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업에 해당하게 되었고, 같은 법 제41조 제3항 단서는 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제4항 본문에서 수익사업에 제공되고 있는 종업원분 주민세는 면제대상이 아니라고 규정하고 있다.(마) 특정 종업원이 주민세 면제대상 사업인 교육사업과 수익사업인 의료업을 겸직하는 경우 주된 직무가 수익사업인지 여부로 주민세 면제 여부를 결정하여야 할 것인바, 해당 종업원이 학교가 아닌 수익사업과 관련하여 주된 직무를 수행하고 있는 경우에는 해당 종업원의 직무와 관계되는 주민세 종업원분은 면제되지 않는다고 보는 것이 타당하다.

(2) 전임교원은 대부분 병원업무를 수행하고 있는바, 이들에 대한 급여는 쟁점병원에서 수행하는 업무의 대가로 지급되는 것으로 보아야 한다.(가) 2018~2023년까지 전임교원(약 800여명, 동일인에 대한 중복자 포함)에 대한 학교 강의시간과 쟁점병원에서의 진료시간을 살펴보면, 진료시간은 총 785,473시간(81.4%)이고, 강의시간은 179,160시간(18.6%)으로 전임교원의 주된 임무는 진료행위이며, 그에 대한 대가로 급여를 받았다는 것이 확인되고 있다.(나) 청구법인 정관(제81조)에 의하면, 청구법인은 부속병원을 두되 각 부속병원에는 원장과 부원장을 두고, 그 원장은 총장 또는 중앙의료원장의 명을 받아 당해 부속병원의 사무를 관장하고 그 소속직원을 지휘·감독하며, 각 부속병원 내 진료부·연구부·진료지원부 등 주요 보직에 전임교원을 두도록 규정하고 있는바, 쟁점병원은 수익사업을 영위함에 있어 전임교원 등이 중요한 의사결정에 참여하고 있는 것을 알 수 있다.(다) 청구법인 인사발령(2022.9.1.)에 의하면, 청구법인은 전임교원을 쟁점병원(중앙의료원과 각 부속병원을 포함)에 진료행위를 수행할 목적으로 발령한 사실을 확인할 수 있는바, 이러한 사실을 통해 전임교원의 주된 임무가 진료행위이고 이들에게 지급되는 급여가 쟁점병원에서 근무하는 것의 대가라는 점은 명확하다.(라) 또한, 전공의 등의 교육 교과과정을 고려하였을 때, 전임교원의 임상경험 축적 및 연구행위는 오직 의과대학 교육의 일환으로만 볼 수 없고, 병원 소속 전공의의 수련을 위한 직무교육의 일환 및 병원의 경쟁력확보를 위한 필수적인 업무에 해당한다고 볼 수 있다.

즉 임상실습 과정은 의과대학생 뿐만 아니라 전공의에 대한 교육의 일환으로도 진행되며, 전공의는 병원의 의사직 직원에 대한 교육에 해당하기 때문에 교육 업무가 아니라 진료업무에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점청구법인이 의과대학 교수(전임교원)에게 지급한 급여 등에 대하여 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인의 법인등기사항증명서 등에 따르면, OOO 설립된 학교법인으로서 충청남도 OOO에 주사무소를 두고 있고, 대한민국 교육이념에 입각하여 고등교육 실시의 목적사업 달성을 위해 OOO대학교를 설치·경영하고 있으며, 본인 정관에서 본교 총장 아래에 의무부총장 관할하에 OOO대학교 중앙의료원 및 부속병원을 두고 있으며, 그 부속병원으로 OOO병원을 두고 있다(이 건의 경우 OOO병원이 쟁점병원임).(나) 쟁점병원의 2018년부터 2023년 8월까지 근무하고 있는 전임교원의 현황은 아래와 같다.＜표1＞ 쟁점병원의 전임교원 현황

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○(다) 쟁점병원은 임상교원 급여 전액, 전임교원에게 지급하는 병원보직수당, 진료 관련 수당 등 수당에 대해서는 교원에게 직접 급여를 지급하면서 ‘전문의급여(병원분)’ 계정과목을 사용하여 쟁점병원의 비용으로 회계처리를 하였고, 위 지급액을 전액 주민세 종업원분 과세표준에 포함하여 주민세 종업원분을 신고·납부하고, 전임교원 급여 중 위 병원보직수당, 진료 관련 수당 등을 제외한 나머지인 쟁점급여에 대해서는 ‘전문의급여(대학분)’ 계정과목을 사용하여 쟁점병원의 비용으로 회계처리를 하였고, 쟁점병원이 위 금액을 OOO대학교에 이체하면 청구법인은 이체받은 금액에서 소득세, 사학연금부담금 등 공제할 금액을 제외한 금액을 다시 쟁점병원에 이체하였고, 쟁점병원은 위 급여공제액을 제외한 금액을 전임교원에게 지급한 것으로 나타나는바, 이를 요약하면 아래와 같다.＜표2＞ 전임교원 급여 내용에 따른 각 회계 및 세무 처리

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○(라) 전임교원에 대한 진료 및 강의시간 현황(2018~2023년)에 의하면, 청구법인이 제출한 진료 및 강의시간은 총 635,335시간(70.6%), 264,516시간(29.4%)이고, 처분청이 제출한 진료 및 강의시간은 총 785,473시간(81.4%), 179,160시간(18.6%)인 것으로 나타난다.＜표3＞ 전임교원의 업무별 시간 및 비중(청구법인 제출)(단위 : 시간)

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○(마) OOO대학교 의과대학 임상실습지침서에 따르면, 2018년부터 본과 4학년 임상실습은 쟁점병원이 주로 담당하고, 3학년의 경우에는 OOO병원에서 담당하고 있으며, 1학년과 2학년은 주로 OOO병원에서 담당하고 있다. 특히 의과대학의 대부분 학생들은 쟁점병원과 OOO병원을 선호하여 대부분 학생 60여명이 쟁점병원과 OOO병원에서 임상실습을 진행하고 나머지 학생들은 그 외 병원(OOO병원)에 배정된 것으로 나타난다.(바) 청구법인 인사발령(22.9.1.)에 의하면, 신규임용 교수 29명 중 청구법인 소속으로 20명을, 쟁점병원을 포함한 각 부속병원으로 9명을 각각 인사발령을 한 것으로 나타난다.(사) 처분청은 2023.12.23., 2024.1.2. 쟁점병원 소속 전임교원의 쟁점급여(2023.11.16.~2023.11.27.)를 과세표준으로 하여 산출한 이 건 처분과 함께 중앙의료원 소속 전임교원이 아닌 종업원들의 급여인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 주민세 종업원분 OOO원을 부과처분 하였고,청구법인은 이에 불복하여 전임교원들에 대한 주민세 종업원분 부과처분과 함께 2024.3.12. 이 건 심판청구를 제기하였으나, 2026.6.29. 위 중앙의료원 소속 종업원들에 대한 심판청구에 대하여는 “전임교원과 달리 위 중앙의료원 소속 종업원들에 대한 신청이유가 부족하다”는 취지의 청구변경신청(취하서)을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가)「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구법인 의과대학 소속 교수(전임교수)의 주된 직무가 수익사업에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제41조 제3항에 따른 주민세 면제대상이 아니라고 주장하나, 쟁점병원이 전임교원에게 직접 지급한 진료수당 등은 이들이 환자 등에게 제공한 의료서비스의 대가로서, 쟁점병원은 진료수당 등을 과세표준으로 하여 주민세를 신고·납부하고 있는 점,청구법인은 전임교원의 임상 경험 등을 고려하여 청구법인 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점급여는 청구법인이 OOO대학교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점,의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점,법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 선고 2010두573 판결, 같은 뜻임),아울러 전임교원은 OOO대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 쟁점병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점급여가 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 전임교원의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 전임교원의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 전임교원의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인 점 등에 비추어,쟁점급여는 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임)이다.(다) 다만, 쟁점급여 모두 전임교원에게 지급한 보수 등에 해당하는지 아니면 그 금액에 병원의 전공의나 간호사 또는 행정직원 등의 급여도 포함되어 있는지 여부가 불분명하므로 이에 대하여는 처분청이 청구법인의 주민세 납부 현황 등을 재조사하여 쟁점급여 중 전임교원에게 교육의 대가로 지급한 보수 등에 대해서는 주민세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제74조 [정의] 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.3. “종업원분”이란 지방자치단체에 소재한 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.7. “종업원의 급여총액”이란 사업소의 종업원에게 지급하는 봉급, 임금, 상여금 및 이에 준하는 성질을 가지는 급여로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.8. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.제81조 [세율] ① 사업소분의 세율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

2. 연면적에 대한 세율 : 사업소 연면적 1제곱미터당 250원.제84조의2 [과세표준] 종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 한다.제84조의3 [세율] ① 종업원분의 표준세율은 종업원 급여총액의 1천분의 5로 한다.제84조의4 [면세점] ①「지방세기본법」제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달부터 최근 1년간 해당 사업소 종업원 급여총액의 월평균금액이 대통령령으로 정하는 금액에 50을 곱한 금액 이하인 경우에는 종업원분을 부과하지 아니한다.

(2) 지방세법 시행령제78조의2 [종업원의 급여총액 범위] 법 제74조 제7호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업주가 그 종업원에게 지급하는 급여로서 「소득세법」제20조 제1항에 따른 근로소득에 해당하는 급여의 총액을 말한다. (이하 생략)제78조의3 [종업원의 범위] ① 법 제74조 제8호에서 “대통령령으로 정하는 사람”이란 제78조의2에 따른 급여의 지급 여부와 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람을 말한다.

다만, 국외근무자는 제외한다.② 제1항에 따른 계약은 그 명칭ㆍ형식 또는 내용과 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와 한 모든 고용계약으로 하고, 현역 복무 등의 사유로 해당 사업소에 일정 기간 사실상 근무하지 아니하더라도 급여를 지급하는 경우에는 종업원으로 본다.제85조의2 [종업원 급여총액의 월평균금액 산정기준 등] ② 법 제84조의4 제1항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 300만원을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조 [정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조 [학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조 [학교등 면제대상 사업의 범위 등] ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(5) 법인세법제4조 [과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(6) 법인세법 시행령제3조[수익사업의 범위] ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교

서울특별시장이 2023.12.23., 2024.1.2. 청구법인에게 한 주민세 등 합계 OOO원의 부과처분은 그 과세표준이 청구법인이 의과대학 소속 전임교원들에게 지급한 보수(본봉, 상여금, 연구비 등)에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 이를 제외하는 것으로 하여, 그 과세표준 및 세액을 경정한다.