1이 건 건축물의 취득세 등의 대한 심판청구가 적법한지 여부2청구법인의 설립을 창업으로 보아 이 건 토지에 대해 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2023.7.14. 경기도 화성시 OOO 외 2필지 토지(9,188㎡, 청구법인의 과점주주인 주식회사 AAA 소유 토지로서, 청구법인이 임차한 토지임, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 공장용 건축물 2,263㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제3호의 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2023.9.11. 이 건 건축물을「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하여야 한다는 취지로 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2023.11.2. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 취득세 등의 경정청구 거부 통지를 받은 날부터 90일이 경과할 때까지 이의신청이나 심판청구를 제기하지 않았다.

라. 청구법인은 2024.11.29. 경기도 화성시 OOO 외 2필지 토지 9,188㎡(이하 “이 건 토지”라 하고, 이 건 건축물을 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)로부터 취득한 후, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

마. 청구법인은 2025.8.28. 이 건 부동산을「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였다.

바. 처분청은 2025.10.21. 이 건 토지에 대한 취득세 등의 경정청구는 거부하고, 이 건 건축물에 대한 취득세 등의 경정청구는 청구 대상이 아니라고 통보하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2021.1.7. 설립되어 경기도 화성시 OOO에서 자동차 부품 제조업을 영위하는 회사로서, 자동차 부품 제조를 위해 2023.7.14. 이 건 건축물을 신축한 후, 2024.11.26. 이 건 토지를 취득하였다.

(2) 청구법인은 2023.9.11., 2025.8.28. 이 건 건축물과 이 건 토지를「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일 당시 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 그 취득세 등의 감면을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 설립을 청구법인의 관계회사인 AAA의 ‘사업확장’으로 보아 취득세 등의 경정청구를 거부하였다.

(3) 조세법률주의 원칙상 조세감면 요건은 엄격하게 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니한바,「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제4호에서의 ‘사업을 확장하는 경우’란 법문상 동일한 사업 주체가 사업의 규모를 확대하는 경우를 의미하는 것으로 해석함이 타당하다 할 것인데, 청구법인과 AAA는 상법에 따라 설립된 별개의 법인격을 가진 독립된 주체로서청구법인의 설립을 AAA라는 타 법인의 ‘사업 확장’으로 보는 것은 사실상의 유추·확장해석에 해당한다.

(4) 종전 법인의 대표이사가 과점주주가 되어 새로 법인을 설립한 경우 해당 법인의 설립까지 종전 법인의 사업 확장으로 볼 수 없다고 할 것(광주고등법원 2025.8.21. 선고 2024누12473 판결)이므로, 설령 청구법인과 AAA 간에 인적·물적으로 관련이 있다고 하더라도 법인격이 다른 이상 ‘사업 확장’ 규정을 적용할 수 없다고 보는 것이 타당하다.

(5) 청구법인은 2021.1.7. 설립된 법인으로서 AAA와는 법인격, 자산, 회계, 의사결정 구조가 완전히 분리된 독립된 사업 주체임에도 처분청은 AAA의 대표이사인 BBB와 청구법인의 대표이사인 CCC이 모녀 관계로서 특수관계인에 해당하고, CCC이 AAA의 임원 등으로 상당 기간 재직하였으며, AAA가 청구법인의 발행주식 OOO주 중 OOO주(78%)를 소유하고 있는 과점주주이고, 청구법인과 AAA의 매출처가 겹치며, AAA의 제품을 청구법인이 위탁생산하고 있다는 사유로 청구법인의 설립을 창업이 아니라고 한다.

(6) 그러나, 대표이사 간의 특수관계나 기존 회사에서의 임원 경력은 창업을 제한하는 사유가 될 수 없고 오히려 기존 사업에서 얻은 경험과 노하우를 바탕으로 한 창업은 성공 가능성을 높여 신규 고용 창출과 경제 활성화라는 제도 본연의 취지에 더욱 부합할 수 있다.

(7) 또한, 창업 초기의 자금 조달이나 사업 안정화를 위해 관계사로부터 투자를 유치하거나 거래 관계를 맺는 것은 자연스러운 경영 활동의 일환인데, 이를 이유로 창업의 독자성을 부인한다면, 사실상 모든 연관 창업을 배제하는 결과가 되어 창업 생태계를 위축시키는 부당한 결과를 초래할 것이다.

(8) 한편, 처분청은 2023.12.29. 대통령령 제34079호로 신설된「지방세특례제한법 시행령」제29조의2 제12항 제2호의 기존 법인이 신설 법인의 과점주주가 되는 경우 창업에서 제외한다는 규정을 들어 청구법인의 설립을 창업이 아니라고 보았으나 위의 조항은 청구법인이 설립(2021.1.7.)된 이후 신설된 규정으로 이를 청구법인에게 적용하는 것은 사실상의 소급과세이다.

(9) 창업중소기업에 대한 지방세 감면 제도의 취지는 ‘새로운 사업을 최초로 개시함으로써 발생하는 원시적인 사업 창출 효과’를 지원하는데 있는 것이고(대법원 2014.3.27. 선고 2011두11549 판결), 청구법인은 2021.1.7. 설립된 후 직원을 신규 채용하고, 생산시설인 이 건 토지와 이 건 건축물을 취득하였으며, 자체적인 생산활동을 통해 매출을 발생시키고 있음을 볼 때 청구법인의 설립은 제일산업과는 전혀 관련이 없는 ‘원시적 사업 창출’에 해당함에도 처분청이 청구법인의 설립을 창업이 아니라고 보아 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 처분청은 2023.11.2. 청구법인이 한 이 건 건축물에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부하였고, 청구법인은 그 거부처분이 있은 것을 안 날부터 90일이 경과한 2026.1.16. 그 취득세 등에 대한 심판청구를 제기하였으므로 이 건 건축물의 취득세 등에 대한 심판청구는 부적법한 청구이다.

(2) 취득세 등의 면제 대상이 되는 “창업”이란 실질적으로 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 경우이며 이 것과는 다르게 기존 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 운영하거나 사업을 확장하는 등 외형상의 명의만 변경한 것에 불과하여 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 창업에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다(조심 2016지995, 2016.12.6.).(3) 청구법인과 AAA는 그 목적사업(자동차 부품 제조업)이 사실상 동일하고, AAA의 대표이사와 청구법인의 대표이사는 모녀관계로서 청구법인의 대표이사인 CCC이 AAA의 감사로 재직하였으며, AAA가 청구법인 발행주식의 78%를 소유하고 있는 과점주주임을 볼 때, 청구법인의 설립은 창업이 아니라 AAA의 사업 확장이라고 보는 것이 타당하다.

(4) 또한, 청구법인은 AAA로부터 이 건 토지를 임차한 후 사용승낙을 받아 이 건 건축물을 신축하였고, 청구법인이 AAA의 제품을 위탁 생산하였으며, AAA 직원들이 청구법인으로 옮겨 근무하고 있고, 청구법인 매출액의 상당한 부분이 AAA로부터 발생한 것을 볼 때, 청구법인의 설립을 순수한 창업으로 보기는 어렵다.

(5) 아울러, 청구법인이 제출한 광주고등법원 판결(2025.8.21. 선고 2024누12473)은 대법원에서 파기 환송(대법원 2026.1.29. 선고 2025두34876 판결)되었는바, 이를 원용할 수는 없다 할 것이므로 처분청이 이 건 토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 이 건 건축물의 취득세 등에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부② 청구법인의 설립을 창업으로 보아 이 건 부동산에 대해 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞다. 심리 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) AAA는 2009.10.15. 본점소재지를 경기도 화성시 OOO으로 하고, 자동차부품 제조업, 플라스틱 정밀사출 제조 업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로, 청구법인 대표이사 CCC의 어머니인 BBB가 최대주주(32.89%, 자기주식 제외)로서, 1인 사내이사이다.(나) 청구법인은 2021.1.7. 본점소재지를 경기도 화성시 OOO으로 하고, 자동차 플라스틱 부품 제조업 등을 목적사업으로 설립된 후, 2022.3.18. 자동차 플라스틱 부품 제조업 등을 목적사업에서 삭제하고, 자동차 및 이륜차 부품 제조업, 절삭 가공업, 프레스 가공업 등을 목적사업에 추가하였다.(다) 청구법인의 설립(2021.1.7.) 당시의 주주는 CCC(70%)과 박승용(30%)이었으나, 2022.12.31. 청구법인의 자본금을 OOO원에서 OOO원으로 증자하여, AAA가 발행주식 OOO주 중 OOO주(78%)를 소유하는 과점주주가 되었고, 나머지 주주는 CCC(20.8%)과 소액주주(1.2%)이다.(라) CCC은 2021.4.9. 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받아, 2021.6.29. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였고, 처분청은 2023.7.1. 이 건 건축물의 건축주를 변경 전 CCC에서 청구법인으로 변경하였으며, 2023.7.14. 이 건 건축물(경기도 화성시 OOO)을 사용승인 하였다.(마) 청구법인은 2023.9.11. 이 건 건축물의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후 같은 날 이 건 건축물을 창업중소기업인 청구법인이 창업 당시의 업종을 영위하기 위해 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산이므로 그 취득세의 100분의 75를 감면해야 한다는 취지로 취득세 등의 경정청구를 하였다.(바) 처분청은 2023.11.2. 청구법인에게 이 건 건축물에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부하는 통지를 하였고, 청구법인은 취득세 등의 경정청구 거부처분 통지를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청이나 심판청구를 제기하지 않았다.(사) 청구법인은 2024.11.29. AAA로부터 이 건 토지(경기도 화성시 OOO 등)를 취득한 후, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.(아) 청구법인은 2025.8.26. 이 건 부동산을 청구법인이 창업 당시의 업종을 영위하기 위해 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 취지로 그 취득세 등에 대하여 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.10.21 이 건 토지의 취득세 등의 경정청구를 거부하고, 이 건 건축물의 취득세 등에 대하여는 중복 청구로 보아 경정청구의 대상이 아니라고 통보하였다.(자) 청구법인과 AAA는 2022.5.20. 아래와 같이 AAA 소유의 OOO 공장에서 청구법인의 종업원이 AAA의 제품을 생산하는 위탁계약을 체결하였다.

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○(카) 청구법인의 대표이사인 CCC의 ‘국민연금 가입내역’을 보면, CCC은 2010.4.1.부터 AAA에서 근무를 시작하여, 청구법인이 설립(2021.1.7.)된 후에도 AAA에 계속 근무하다가 2025.3.1. 사직을 한 것으로 나타나며, 처분청이 제출한 취득세 등의 경정 청구결과 통지서(처분청 도세관리과-OOO)를 보면, 청구법인의 직원 21명 7명이 2022년 11월 경 AAA로 이직한 것으로 나타난다.(타) 청구법인의 설립 후 이 건 건축물 신축 전까지 매출 현황은 아래 ＜표＞와 같은데, 특히 2022년도 매출액의 경우 위의 위탁생산계약과 직접적인 관련이 있는 것으로 보인다.＜표＞ 청구법인의 설립 후 2023.6.30.까지 매출 현황(단위 : 원, %)

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○(파) 2026.4.15. 개최한 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 대리인은 청구법인과 AAA는 모두 대중교통으로는 접근이 어려운 외진 곳에 소재하여, 인력을 제때 충원하기가 쉽지 않아 청구법인과 AAA가 상호 필요에 따라 함께 인력을 운영하므로 2022년 11월 청구법인의 직원 21명 중 7명이 AAA로 이직한 것이고, 청구법인이 생산하는 제품은 자동차 부품 하나인 OOO로서, 청구법인의 종업원 중 상당수가 OOO를 제조하다가 파산한 회사에서 이직한 인력으로 OOO 제조에 많은 경험과 높은 수준의 기술을 가지고 있어, 청구법인이 AAA가 수주한 OOO를 위탁생산 한 것이라고 진술하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가)「지방세기본법」제50조 제1항 제1호에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 제 제89조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있으며, 제91조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있다.(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2023.11.2. 처분청으로부터 이 건 건축물의 취득세 등에 대한 경정청구 거부 통지를 받은 후 그 날부터 90일 이내에 이의신청 등 불복 청구를 제기하지 않은 점,「지방세기본법」제50조 제1항에서 경정청구에 대한 거부처분을 받은 후에는 다시 동일한 사유로 경정청구를 할 수 없다는 명시적인 규정을 두고 있지 않다고 하더라도 우리 원은 당초 경정청구와 그 사실관계 등이 달라져 당초 경정청구와 동일한 내용으로 경정청구를 한 것으로 볼 수 없는 경우에 한해 적법한 경정청구로 인정하고 있는 점(조심 2024서2348, 2024.9.25. 조세심판관 합동회의),청구법인은 2025.8.28. 종전과 같은 취지로 이 건 건축물의 취득세 등에 대해 중복하여 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.10.21. 이 건 건축물에 대한 취득세 등은 경정청구의 대상이 아니라고 통보한 점,아울러, 처분청이 2025.10.21. 청구법인에게 한 통보는 경정청구의 거부 처분이 아니라 사실상 민원 회신에 불과한 점 등에 비추어,청구법인이 한 이 건 건축물의 취득세 등에 대한 심판청구는 청구기간(2024.12.31.)이 경과한 후 제기되었거나 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적합하다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다.(가)「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 제1호에서 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 제4항 제2호에서 제조업을 취득세 감면 대상 업종으로 규정하고 있다.한편, 같은 조 제6항 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업으로 보지 않는다고 규정하고 있다.(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 청구법인의 설립이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 창업에 해당한다는 의견이나,청구법인의 과점주주인 AAA의 대주주 겸 대표이사인 BBB가 청구법인 대표이사인 CCC의 모친이고, 청구법인의 대표이사인 CCC은 2025.3.1.까지 AAA의 재무부장으로 근무하였음을 볼 때 BBB가 청구법인의 설립부터 청구법인의 제품 생산 및 인력 운영 계획 등에 대해 주도적인 역할을 하였다고 볼 수 있는 점,청구법인은 이 건 건축물의 사용승인을 받기 전인 2022.5.20. AAA와 위탁계약을 체결하고, AAA의 제품을 생산하였는데, 그 계약서 제3조에서 AAA는 청구법인이 위탁생산을 할 수 있도록 청구법인에게 위탁생산을 위한 기초 자료, 장소, 설비를 제공하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 AAA의 물적 설비를 이용하여 AAA와 동종의 사업을 영위하였다고 볼 수밖에 없는 점,아울러, 청구법인의 설립 당시 본점소재지는 경기도 화성시 OOO인데, 이 당시 소유자는 AAA였으며, 해당 토지는 나대지 상태였음을 볼 때, 청구법인의 설립은 사실상 AAA 내부에서 이루어진 것으로 보이는 점 등에 비추어,청구법인의 설립은「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 창업에 해당한다기 보다는 AAA의 사업 확장 또는 업종 추가에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세기본법제50조[경정 등의 청구] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때제89조[청구대상] ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.제91조[심판청구] ③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

(2) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)제58조의3[창업중소기업 등에 대한 감면] ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우