의료업에 사용할 목적으로 취득한 부동산을 1년 이내에 의료업에 직접 사용하고 임대하고 있으므로 기 감면한 취득세를 추징한 처분의 당부

1. 처분개요가.청구법인은 2011.5.19. OOOOO OO OOO O OOO-O O OOOOO O,OOOO(OO OO O OOOO OO)를 주식회사 OOO으로부터증여로취득한데 대하여 「지방세특례제한법」 제38조제1항에서 규정하고 있는 의료법인이 의료업에직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 감면세율을 적용하여 산출한 취득세 등을처분청에 신고납부하였다.

나.그 후, 청구법인은이 건토지 취득일부터 1년 내에 처분청으로부터 건축허가를 받지 못함에 따라 기 감면받은 취득세 OO,OOO,OOOO, 농어촌특별세OOO, 합계 OOO을 2012.5.17. 처분청에 신고납부한후, 2012.7.24. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2012.8.3. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2012.12.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 2011.4.14. 의료기관 설치 및 운영 등을 목적으로 하여설립허가를 받고, 2011년 5월이 건 토지를 출연 받아 곧바로 설계에착수하여 처분청에 의료시설 건축허가를 신청하였으나 경사도 관계 등이 허가기준에 부합하지 못한다는 이유로 건축허가가 불허되었고, 처분청이1년이 넘는 기간 동안수차례의 보완지시를 하여건축허가를받았으나 현재까지 착공을 하지 못한 것으로 곧 착공이 이루어질 예정인 바,청구법인은 처분청의 보완지시에 적극적으로 임하여 보완 후에 재심의를거쳐 최종적으로 건축허가를 득하는 등 최선의 노력을 다하였으므로 이 건토지를 고유업무에 사용하는데 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 제한 요소들을 적극 해소하고자 정상적인 노력을 다한 것임에도 처분청이 청구법인이 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견청구법인은 청구법인의 대표인 이OOO이 사내이사로 있는 주식회사OOO으로부터 2011.5.19. 이 건 토지를 무상으로 취득한 점을 볼 때, 이 건토지 일부에 대하여 전 소유자인 주식회사 OOO이 제안한도시관리계획OOO이 2011.4.27. 처분청의 도시계획위원회에서부결된 사실과 「도시계획법」상 개발행위가 제한된 토지로서 도시계획위원회의 심의를 통하여야만 개발행위가 가능한 토지임을 알고 있는 상태에서 취득하였다 할 것이고,토지의 형질변경허가는 그 금지요건에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 행정청에게 재량권이 부여되고 있다고 할 것이므로 토지의형질변경행위를 수반하는 건축허가는 결국 행정청의 재량행위에속한다 할 수 있어OOO 청구법인 계획의 승인 여부가극히 불확실하였다 할 수 있으며,청구법인이 이러한 사정을 감안하여 건축허가에 소요되는 시간을 예측하고 필요한 일련의 절차를 면밀히 준비하는 등진지한 노력을 다하였다고 할 수 없고, 청구법인의 건축허가에 대한 보완 요구 및 보완 과정에서도 처분청의 귀책사유는 달리 나타나지 아니하므로이 건토지를 취득한 날부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한사유가 있었다고 볼 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점의료법인이 취득한 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부나. 관련법령(1)지방세법제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대하여 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를비과세, 과세면제 또는 경감 받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감 받은 경우에는 이미 납부한 세액을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(2)지방세특례제한법제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 「의료법」 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는「지방세법」제11조제1항의 세율에서 1천분의20을 경감하는 것을 말한다)하고,과세기준일 현재의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에따른 부과액을 포함한다)를 2013년 12월 31일까지 면제한다.제94조(감면된 세액의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 떄 이 법에서특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이해당용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.

다. 사실관계 및 판단(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은사실들이 나타난다.(가) 청구법인은2011.4.14. OOO으로부터 의료법인(OOO : OOO) 설립허가를 받은 후, 2011.4.20. 설립등기를 하였고,처분청도시계획위원회는2011.4.27.이 건 토지(8,276㎡) 중의 일부(OOOOO OOOOO O OOO-O O OOO OOO,OOOO)에 대하여주식회사OOO이 제안한 사회복지시설OOO 설치안에대하여개발행위로 인한 산림훼손과 송도의 해안경관 훼손,급경사지로인한 재해 및 민원발생우려, 진입로 협소 및기존 노인요양시설 확충률이 높아 신규설치의필요성낮음을 이유로부결하였다.(나)이후, 청구법인은2011.5.19.이 건 토지를 주식회사 OOO으로부터 무상출연 받아 취득한 후,2011.11.22.처분청에 이 건 토지 일부(2,460㎡)에 의료시설(병원) 건축허가 신청을 하였으나,처분청은2011.12.21. 위 도시계획 심의결과와 동일한 사유로 청구법인의 건축허가신청을 불허가하였다.(다) 청구법인이2012.3.28. 2차 건축허가 신청을 하자 처분청은2012.3.30. 및 2012.6.4. 지상권OOO에 대한 동의서 및 압류(처분청세무과)에대한 해제 등을 보완사항으로 하는 보완요구를 하였고, 처분청도시계획위원회는2012.7.20. 청구법인의 건축허가 협의에 대하여부지전면까지 도시계획도로결정 및 도로개설 후 무상귀속 방안,부지배면 산지 우수처리계획, 하수처리계획 및 사면안정 대책마련 등 8개항목에 대하여계획수립 및 검토할 것을 내용으로 하는자문결과를 회신하였고, 청구법인은2012.12.7. 처분청으로부터 의료시설(병원) 건축허가를 받았다.

(2)위의 법령과 사실관계를 종합하여 살펴보면,청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전에 종전 토지소유자인주식회사 OOO의사회복지시설 설치안이처분청도시계획위원회로부터 부결 결정을 받았는 바,청구법인이 이 건 토지 취득 당시에 유예기간 내에 고유업무에 사용하기어려운법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었던 것으로 보이고, 취득후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도동일한 사유 때문이라면 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한사유가 될 수 없다 할 것OOO이고,청구법인이 유예기간 내에 건축공사에 착공하지 못한 것은 청구법인의 사업추진 준비 미비로 인한 것으로 보이고, 처분청에 별다른귀책사유가 있었던 것으로보이지도 아니하므로 이 건 토지를 유예 기간내에의료법인의 고유업무에 직접 사용치 못한 정당한사유가 있었다고보기는어렵다 할 것이다.따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제123조제4항과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.