법인세 경정자료로 지방소득세를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 주식회사 A공장 내의 일부 장소 및 설비를 무상으로 사용하는 조건으로 자동차부품 임가공 관련 소사장제업을 영위하고 있고, 청구법인의 대표이사인 a(이하 “이 건 대표자”라 한다)는 B라는 상호로 같은 곳에서 같은 업종을 영위하고 있다.

나. 예산세무서장은 청구법인에게 2024.12.6. 부가가치세(2023년 제1기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원, 2024년 제1기분 OOO원 합계 OOO원)를, 2025.11.6. 법인세(2023 사업연도 OOO원, 2024 사업연도 OOO원 합계 OOO원)를각 부과·고지한 후, 처분청에 법인세의 경정내역을 「지방세법」 제103조의59 제1항 제2호에 따라 통보하였다.

다. 처분청은 2026.1.6. 청구법인에게 2023년 귀속 법인지방소득세 OOO원, 2024년 귀속 법인지방소득세 OOO원(이하 이를 합한 OOO원을 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 각 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 가공거래 입증책임 및 실물거래(가) 처분청은 근로자 파견 회사들이 실물거래 없이 거짓 세금계산서를 발행하는 자료상으로 확인되었으므로, 청구법인과 근로자 파견 회사들 사이의 거래는 모두 가공거래에 해당한다고 주장하나, 이에 대한 아무런 근거가 없다.(나) 청구법인은 근로자 파견 회사들로부터 근로자를 공급받았으며 이에 대한 대가로 금원을 지급하고 매입세금계산서를 교부받았다.청구법인이 근로자 파견 회사들로부터 수취한 매입세금계산서는 사실관계에 부합한다.다만 내국인 근로자들이 기피하는 업무 특성상 청구법인은 불법 체류 신분인 외국인을 고용할 수밖에 없었고 이에 근로자 파견 회사들과 사이에 근로자 파견계약을 체결한 후 인력을 공급받았다.근로자들은 실제로 청구법인의 사업장에 투입되어 엔진케이스 조립 및 검사 등의 위탁업무를 수행하였고, 청구법인은 매월 근로자들의 타임카드를 작성하여 근로자 파견 회사들에 전송하였으며, 근로자 파견 회사들이 근무일수와 시급을 계산하여 급여를 산정한 다음 세금계산서를 발행하면 청구법인은 근로자 파견회사들에게 급여를 입금하였다.(다) 청구법인이 이러한 과정에서 근로자 파견 회사들로부터 급여 일부를 다시 입금받은 이유는 계좌가 없는 근로자의 급여를 현금으로 지급하거나 다른 근로자 명의 계좌로 입금하려 하였던 것이고, 불법 체류 및 근로기간 문제로 인하여 근로자 파견 회사들 명의는 변경될 수밖에 없었다.청구법인이 근로자 파견 회사들로부터 돌려받아 계좌이체의 방법으로 근로자들에게 직접 지급한 임금 합계는 OOO원이고, 현금으로 인출한 것으로 확인된 금액은 OOO원으로서, 이를 합한 금액은 OOO원이다.

돌려받은 OOO원 중 확인되지 않은 나머지 금액은 OOO원인데 위 금액은 청구법인의 사업장에서 일하던 근로자 24명이 2025년 3월경 출입국관리사무소에 의하여 불법체류자로 단속되면서 청구법인이 제3자를 통하여 위 근로자들의 임금을 지급하면서 사용된 금액으로 기억한다.(다) 청구법인이 근로자 파견 회사들로부터 수취한 매입세금계산서는 모두 실물거래에 근거한 것이고, 청구법인은 근로자 파견 회사들이 소위 부가가치세를 체납한 후 폐업하는 폭탄업체 또는 자료상이라는 사실도 전혀 알지 못하였다.

(2) 고발 및 불송치 결정(가) 대전지방국세청장은 이 건 대표자인 a가 청구법인을 통하여 2023.2.10.부터 2024. 6.30.까지 실물거래 없이 매입세금계산서 OOO원을 수취하고, 해당기간 동안 ‘B’를 통하여 실물거래 없이 매입세금계산서 OOO원을 수취하였다는 범죄사실를 이유로 대전지방검찰청 서산지청에 청구법인과 이 건 대표자를 고발하였다.(나) 이에 충청남도경찰청은 광범위한 수사를 하였으나 결국 2025.6.16. 청구법인과 이 건 대표자에 대하여 모두 혐의없음으로 불송치 결정을 하였고, 그 이유는 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 충청남도경찰청의 불송치 결정 사유

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○(3) 예산세무서장의 부가가치세 부과처분에 대한 행정소송 계속 중청구법인과 이 건 대표자는 예산세무서장이 부과한 2023년 1기, 2기, 2024년 1기 부가가치세 부과처분에 대하여 심판청구를 거쳐 2025.10.10. 대전지방법원 2025구합200993호로 부가가치세 부과처분 취소의 소를 제기하였다.이와 같이 청구법인과 근로자 파견 회사들 사이의 거래는 정상적인 실물거래임이 명백하므로, 이 건 법인지방소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」 제86조 제1항 및 제103조의19 제1항에서는 「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있고, 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제103조의24 제1항에서는 내국법인이 국세기본법에 따라 법인세법에 따른 신고내용을 수정신고할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게도 해당 내용을 신고하도록 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 이 건 법인지방소득세 등을 신고하지 않았으므로, 처분청은 「지방세법」 제103조의25 제1항 및 제3항에 따라 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료를 근거로 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였다.

(3) 법인지방소득세는 법인세와 마찬가지로「법인세법」의 규정에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 세액을 산출하는 것으로서 그 과세표준이 권한 있는 기관에 의하여 결정 또는 경정되기 전까지는 유효하다(조심 2024지0051, 2024.7.22., 같은 뜻임).(4) 이 건 법인지방소득세의 과세표준이 되는 법인세의 과세표준이 취소 또는 경정결정된 사실이 확인되지 않는 이상 법인지방소득세의 과세표준 또한 변동이 없으므로 처분청이 이 건 법인지방소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점이 건 법인지방소득세 부과처분이 적법한지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.(가) 청구법인이 제출한 서류에 의하면, 대전지방국세청장이 2024.11.13. 청구법인에게 부가가치세 2023년 제1기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원, 2024년 제1기분 OOO원을, 예산세무서장이 법인세 2023 사업연도 OOO원, 2024 사업연도 OOO원을 각 경정하겠다는 취지의 세무조사 결과를 통지한 것으로 나타난다.(나) 청구법인은 이 건 법인지방소득세 부과처분과 관련된 부가가치세 과세처분이 위법하다며 2025.2.26. 심판청구를 제기(조심 2025전1439) 하였는데, 우리 원은 2025.7.16. 아래 ＜표2＞의 인정사실을 바탕으로 아래 ＜표3＞과 같이 이를 기각하는 결정을 하였고, 청구법인은 법인세 과세처분에 관하여는 달리 심판청구를 한 사실이 확인되지 않으며, 예산세무서장의 법인세 과세처분이 심리일 현재도 유지되고 있다는 사실에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.＜표2＞ 청구법인의 부가가치세 심판청구 사건 인정사실 주요내용

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○＜표3＞ 부가가치세 심판청구 결정(조심 2025전1439, 2025.7.16.) 주요내용

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○(다) 청구법인은 이 건 심판청구와 관련하여 실제 인력을 공급받고 세금계산서를 수취하였다는 사실을 입증하기 위하여 청구법인의 농협은행 계좌에 대한 금융거래내역, 청구법인이 주식회사 아성워크, 주식회사 빅마운트, 주식회사 글로벌워크와 각 체결한 근로자파견계약서, 충청남도경찰청 반부패경제범죄수사대 반부패경제범죄수사6팀에서 이 건 대표자를 상대로 작성한 피의자신문조서, 충청남도경찰청장이 2025.6.16. 청구법인의 「조세범처벌법」제10조(세금계산서의 발급의무 위반) 혐의 등에 대하여 발송한 불송치 결정서, 청구법인이 2025.10.10. 예산세무서장을 상대로 제기한 소송(대전지방법원 2025구합200993)을 제기하여 현재 계류중인 내용 등의 자료를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제86조 제1항 및 제103조의19 제1항 및 제103조의25를 종합하면, 「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있고, 내국법인의 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 납세지 관할 지방자치단체의 장은 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 근로자 파견 회사들로부터 수취한 매입세금계산서는 모두 정상적인 실물거래이므로, 이 건 법인지방소득세 부과처분이 위법하다고 주장한다.그러나 청구법인은 주식회사 아성워크 및 주식회사 대평솔루션 등의 자료상으로 조사·확정된 업체들 또는 해당 업체와 실제행위자가 동일해 보이는 업체(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 매입세금계산서를 발급받았고, 쟁점거래처는 단기간에 고액의 매출을 일으킨 후 부가가치세를 신고·무납부하여 체납후 폐업하였으며, 청구법인은 외국인근로자에 대한 인건비 지급 및 세금계산서 수수업무를 쟁점거래처의 대표자나 직원이 아닌 김대현을 통하여 진행한 사실이 확인되는바, 쟁점거래처는 실체가 없는 사업자로 보이는 점,청구법인은 쟁점거래처의 계좌로 입금한 금액 상당액을 다시 청구법인의 계좌로 재입금받은 사실이 조사보고서 등을 통하여 확인되는바, 실제 인력을 공급받은 경우라면 쟁점거래처로부터 이를 재입금 받을 합리적인 이유가 달리 설명되지 않는 점,이 건 대표자는 이에 대하여 불법외국인근로자가 많아서 근로계약서를 작성하지 못하였고, 근로소득 지급명세서 및 급여증빙이 어려워져 김대현을 통하여 불법외국인들의 급여처리를 하였다고 진술한 사실이 확인되는바, 설령 청구법인의 주장과 같이 불법외국인근로자에게 인건비 성격으로 현금 등을 지급한 것이라 하더라도, 이를 「법인세법」상 손금으로 인정받기 위해서는 납세자가 그 지급사실을 객관적인 증빙서류 등을 통하여 입증해야 함에도(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 및 조심 2013구762, 2013.4.26. 결정, 같은 뜻임), 청구법인이 이 건 심판청구와 관련하여 제출한 서류만으로는 실제 불법외국인근로자에게 해당 금액이 지급되었다는 사실이 확인되지 않는 점,청구법인이 제기한 부가가치세에 대한 심판청구 사건(2025전1438)은 청구법인이 쟁점거래처들로부터 실제 인력을 공급받고 세금계산서를 수취하였다는 청구주장이 인정되지 않아 기각결정된 점,처분청은 「지방세법」 제103조의59 제2항에 따라 세무서장이 법인세 과세표준과 세액을 경정한 자료를 근거로 하여 이 건 법인지방소득세를 경정한바, 이러한 과정에서 처분청이 달리 지방세법령을 위반하여 이 건 법인지방소득세를 부과한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어,청구법인과 쟁점거래처와의 거래는 실질거래로 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 법인지방소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령제86조(납세의무자 등) ① 「소득세법」에 따른 소득세 또는 「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.② 제1항에 따른 지방소득세 납부의무의 범위는 「소득세법」과 「법인세법」에서 정하는 바에 따른다.제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월(「법인세법」 제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 5개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 내국법인이 제103조의23에 따른 신고를 하지 아니한 경우2. 제103조의23에 따른 신고를 한 내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.

다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.④ 지방자치단체의 장이 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 그 내용을 해당 내국법인에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 통지하여야 한다.제103조의59(지방소득세 관련 세액 등의 통보) ② 세무서장등은 법인세의 부과ㆍ징수 등에 관한 자료를 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 구분에 따른 기한까지 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.2. 「국세기본법」 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우: 결정 또는 경정한 날이 속하는 달의 다음 달 15일