농협협동조합이 영농지원센터를 신축하고자 부동산을 취득한 후 유예기간 내에 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(취소)

1. 원처분의 요지처분청은 청구인이2002.10.1.

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○도

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○시

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○동 944번지 외 1필지 토지4,012㎡(이하 “이 사건 토지”라한다)를취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제266조제5항규정에 의하여 취득세와등록세를과세면제 하였으나, 청구인이 이사건토지취득일로부터 유예기간 1년이 경과한 2003.11.5. 영농지원센터를 신축하기 위한건축공사에 착공하였으므로구 지방세법제266조제5항에서규정하고 있는유예기간 내에정당한 사유 없이고유 업무에 직접사용하지 아니한 것으로 보아이 사건 토지의 취득가액 1,032,611,000원을과세표준으로 하여 구지방세법제112조제1항 및같은 법제131조제1항에 규정하고 있는취득세 및 등록세의세율을적용하여 산출한취득세 24,782,660원, 농어촌특별세 2,271,740원,등록세12,391,330원,지방교육세2,271,740원, 합계 41,717,470원(가산세 포함)을2007.9.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유청구인은 농협협동조합법에 의하여 설립된 단위조합으로서 영농지원센터를(이하 “이 사건 영농지원센터”라 한다)신축하고자 이 사건 토지를 취득하기 전부터전 소유자인 청구외

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○도

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○시

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○동

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○주공1308동603호)외 1인으로부터 토지 사용승낙을 받고 건축허가를 신청하여처분청으로부터 건축허가를 받았으나,건축허가 후 변경 결정된처분청의도시관리계획(

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○시 공고 제2003-

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○호,2003.6.11.)에따라 신설될 도로(기점 :

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○동943-5번지종점 :

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○동 914번지/ 연장 475m,이하 “ 이 사건진입도로”라한다)에 이 사건영농지원센터의 시설물 중 일부가 저촉되어이를해결하는데 약 2개월 정도의 기간이소요되어 부득이 이 사건 영농지원센터의착공이늦어질수밖에 없었으므로이사건 토지의 유예기간을 35일가량경과하여이 사건영농지원센터 건축 공사에착공한것은 유예기간 내목적사업에 사용하지 못한정당한사유에 해당한다고주장하고 있다.

3. 우리부의 판단이 사건 심사청구의 다툼은농협협동조합이 영농지원센터를 신축하고자부동산을 취득한 후 유예기간 내에 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지여부에 있다고 하겠다.먼저 관계법령을 보면,지방세법 제266조제5항에서「농업협동조합법」에의하여 설립된 조합이고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에대하여는 취득세와등록세를 면제하되, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우면제된 취득세와 등록세를추징한다라고 규정하고 있다.다음으로청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 토지를 취득하기 전인2002.5.10.전 소유자인 청구외

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○외 1인으로부터 이 사건 토지의 사용승락을받아 2002.5.30. 처분청에 이 사건 영농지원센터의 건축허가를 신청하여2002.9.16.건축허가를 받은 후, 2002.10.1. 이 사건 토지를 취득하였고,2003.6.11.처분청에서도시관리계획(취락지구·시설)변경 결정 공고(제2003-

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○호)를하였으며2003.6.20. 청구인은 이미 건축허가를 받아 착공 준비 중인이 사건 영농지원센터시설물 중 일부가취락지구진입도로에 저촉되므로 처분청에 진입도로의 노선변경을요청하였으나, 2003.8.22.처분청으로부터 취락지구진입도로 시점의 선형변경은 차량 진·출입시 안전에 문제가 있다는 사유로 이사건 영농지원센터의 설계변경을 하여야 한다는 통보(도시 58430-

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○)를 받고 같은 날공동구판장의 위치변경, 창고의 높이변경, 옹벽 변경등의 설계를 변경한 다음 다시 건축허가를 신청하여 2003.8.23. 건축허가(설계변경)를 받았으며, 2003.9.6. 건축 시공사 선정 등을 위하여 착공 연기 신청을 한 후, 2003.9.26.이 사건 영농지원센터입찰예정가격을 결정하고 2003.10.8. 경인일보에 긴급공사 입찰 공고를 한다음2003.10.10. 현장 설명을 하고, 2003.10.15. 청구외주식회사

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○도

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○시

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○구

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○동 443-3번지)을 건축 시공사로결정하고 2003.11.4.착공신고를 필한 후 건축공사에 착공하여2004.5.21.건축물 사용승인을받아 이 사건 영농지원센터를 청구인의 목적사업에직접 사용하고있는 사실은 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다.이에 대하여 처분청은 비록 청구인이도시관리계획 변경 결정으로 2개월 정도의 기간이추가로 소요된것은사실이나, 2003.8.22.설계변경통보를받고 다음날설계변경 및 건축허가를득하였으므로 그 이후에는언제든지착공이가능함에도 2003.9.6. 착공연기신청을 하고 그로부터2개월이지난2003.11.3.착공신고를 한 것으로 미루어 볼 때청구인은 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위한정상적인 노력을 다하였다고 볼 수 없다고 주장하고 있으나청구인의 경우 이 사건 토지를 취득하기 전부터 고유업무에 사용하기 위하여건축허가를 받는 등 이 사건 영농지원센터를 유예기간 내 신축하고자정상적인 노력을 다하였으나, 예측하지 못한 처분청의 도시관리계획의변경결정으로 취락지구 진입도로에 이 사건 영농지원센터시설물의일부가저촉되어 처분청에 이 사건 진입도로의 선형변경에대한의견서를제출하고,처분청으로부터 의견의 반영 여부를통보받는 과정에서 약 2개월 정도 소요된 점이 인정되고비록 건축절차상 청구인이 2003.8.23. 처분청으로부터 변경 건축허가를 받았으므로 그 이후에는 언제든지 건축공사에 착공하는 것이 가능하였다고 할 수 있지만 청구인의 경우 법률의 규정에 의하여 농민지원 등을 목적으로 설립된 공익법인으로서 공정한 공개입찰을 통하여 시공사를 선정할 필요성이 있었던 점을 감안할 때 건축허가 후 약 1개월이 경과할 무렵 입찰공고를하고 시공사를 선정하여 건축공사에 착공한 전체적인 과정을 보면, 청구인은이 사건토지 취득일로부터 1년 이내에 착공하지 못한정당한 사유가 있다고보는 것이 타당하다고 하겠으므로처분청에서 이 사건 토지에 대하여 과세면제한취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 있다고하겠다.따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.2007. 11. 26.행 정 자 치 부 장 관

처분청이 2007.9.14. 청구인에게 부과 고지한취득세 24,782,660원, 농어촌특별세2,271,740원,등록세 12,391,330원, 지방교육세 2,271,740원, 합계 41,717,470원(가산세 포함)을 취소한다.

「지방세법」 제266조 【농어민관련사업 등에 대한 감면】