공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

1.처분개요가.청구법인은 2016.12.8.부터 경기도 OOO에서 OOO 제조업 등을 영위하여 온 법인으로, 2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(총 2매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나.쟁점거래처를 관할하는 남동세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 후, 쟁점세금계산서를 실제 거래 없이 수수한 가공세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다.처분청은 통보된 과세자료를 검토한 후, 실제 거래가 없었다고 보기는 어렵고 다만 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 법인세와 관련하여서는 「법인세법」 제75조의5에 따른 증명서류수취불성실 가산세를 적용하여, 2025.12.5. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원(「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따른 가산세 OOO원 포함) 및 2020사업연도 법인세(증명서류수취불성실가산세) OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라.청구법인은 이에 불복하여 2026.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1)청구법인은 쟁점거래처로부터 OOO 통신부품을 공급받고 쟁점거래처에 대금을 정상적으로 지급(이하 “쟁점거래”라 한다)한바, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.청구법인은 쟁점거래처로부터 통신부품을 공급받아 일부 가공을 하여 B 주식회사의 OOO 벤더인 주식회사 C에 공급하였고, 이는 B 주식회사로 최종 납품되었다.당초 조사청은 쟁점거래처의 매입·매출거래를 가공거래로 판단하여 처분청에 자료를 통보하였고, 이후 처분청은 쟁점거래를 위장거래로 판단하였다.

이와 같이 두 국가기관의 판단이 엇갈리는 것에 대해 납세자인 청구법인은 납득하기 어렵고 처분청은 위장거래로 판단한 명확한 근거를 제시하여야 한다.

(2)처분청은 조사청의 조사결과 쟁점거래 당시 쟁점거래처의 대표자인 D이 소재불명으로 연락되지 않고, 쟁점거래처와 그 매입처인 주식회사 E[이하 “(주)E”라 한다]의 실사업자가 쟁점거래처 임원인 F으로 조사되었음을 근거로 쟁점거래를 위장거래로 판단하였다.그러나 쟁점거래처 대표자(D)의 연락두절과 ㈜E 대표자인 G의 명의도용 주장(실사업자 F)이 쟁점거래가 위장거래에 해당한다는 것에 대한 근거가 될 수는 없고, 쟁점거래처 등을 「조세범 처벌법」 위반 등 혐의로 고발한 조사청의 고발내용에 따르면 F은 쟁점거래처의 ‘실사업자’가 아닌 ‘실행위자’로 기재되어 있다.

(3)청구법인은 쟁점거래가 정상거래라는 증빙으로 관련 계약서, 거래명세서, 대금지급영수증을 제출하였다.처분청은 거래명세표 상 인수자로 기재되어 있는 ‘H’과 관련하여 청구법인의 근로소득지급명세서 상 확인되지 않는 등 실제 근무자였는지 여부가 확인되지 않아 증빙의 신뢰성이 없다는 의견이나, H은 개인적 사유로 정직원으로 근무하지 못한 것일 뿐 실제 근무하는 직원이 맞고, 청구법인의 원청인 주식회사 C과 주고받은 견적서를 보면 2018년부터 근무하고 있음을 확인할 수 있다.

(4)청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다.청구법인은 쟁점거래처의 사업자등록증, 법인등기부등본, 임대차계약서 등의 서류를 쟁점거래 당시 확인하였고, 쟁점거래처의 본사 사무실에서 대표이사, 담당 임원 등과 미팅하여 계약체결을 진행하였다. 또한 사전 평판조회를 통해 언론 보도자료, 우수기술기업 인증서, 각종 특허증 등을 확인하여 쟁점거래처가 OOO 관련 기술을 보유한 부품 및 소재기업임을 확인하였다.

나.처분청 의견(1)쟁점거래처의 실사업자는 쟁점거래처의 임원인 F으로 조사된바, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.조사청의 조사종결보고서에 따르면 쟁점거래 당시 쟁점거래처의 대표자인 D은 조사 당시 가족을 포함하여 연락이 불가하여 소재불명으로 확인되었고, 쟁점거래처 소속 F에 대한 금융거래내역 및 ㈜E 명의상 대표자인 G의 진술 등을 근거로 F을 쟁점거래처와 ㈜E의 실사업자로 판단하였다. 이와 같이 쟁점거래처와 그 매입처인 ㈜E의 실사업자가 동일인인 F으로 조사되었으므로 단지 청구법인의 매출이 정상이라는 이유만으로 매입·매출거래가 모두 가공거래로 조사된 쟁점거래처와의 쟁점거래를 정상거래로 보기는 어렵다.다만, 청구법인의 매출은 정상적인 것으로 판단하여 쟁점세금계산서를 위장세금계산서로 보아 법인세와 관련하여서는 매입원가 부분을 인정하여 증명서류수취불성실가산세만 적용하고, 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것에 대하여는 매입세액을 불공제한 것이다.

(2)청구법인이 제출한 계약서에 따르면 납품과 동시에 인수증을 쟁점거래처에 발행하게 되어 있으나 인수증 대신 거래명세표를 증빙으로 제출하였고, 거래명세표 상 인수자로 기록되어 있는 H은 청구법인의 근로소득지급명세서 등에 확인되지 않는 등 실제 근무자였는지 여부가 확인되지 않아 해당 자료의 신빙성이 없는 것으로 판단하였다.

(3)청구법인은 쟁점거래와 관련하여 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 못하였으므로 선의의 거래당사자에 해당하지 아니한다.청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하기 위해서는 쟁점거래처를 실제 정상사업자라고 신뢰한 데 대하여 쟁점거래 당시 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였어야 하고, 그 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있는 것이다.청구법인은 처분청에 소명자료를 제출할 당시, 당사의 자료 보관기간은 3년으로서 현재는 제출할 자료가 부족하다고 하면서, 쟁점거래처로부터 받은 자료(계약서, 거래명세표, 확인서 등)를 제출하였다.그러나 「국세기본법」 제85조의2 제2항에 따르면 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 하는 것이고, 자체 보관자료가 아닌 쟁점거래처로부터 받은 자료를 제출한 것은 쟁점거래처가 자료상으로 확정된 상황에서 객관적인 소명자료로 보기 어려우며, 해당 자료외에 청구법인이 쟁점거래처가 정상사업자인지 여부 등을 확인했다는 사실을 입증할 만한 자료는 전혀 제출된 바 없다.

3.심리 및 판단가.쟁점①청구법인은 쟁점거래처로부터 실제 재화를 공급받았으므로, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부②청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부나.관련 법률(1)부가가치세법제32조(세금계산서 등)①사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3.공급가액과 부가가치세액4.작성 연월일5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조(공제하지 아니하는 매입세액)①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조(가산세)③사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

4.재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트(2)법인세법제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세)①내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.③제1항에 따른 가산세는 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.제116조(지출증명서류의 수취 및 보관)②제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다.

다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.1.「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다)2.현금영수증3.「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서4.제121조 및 「소득세법」 제163조에 따른 계산서(3)국세기본법제85조의3(장부 등의 비치와 보존)①납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

이 경우 장부 및 증거서류 중 「국제조세조정에 관한 법률」 제16조 제4항에 따라 과세당국이 납세의무자에게 제출하도록 요구할 수 있는 자료의 경우에는 「소득세법」 제6조 또는 「법인세법」 제9조에 따른 납세지(「소득세법」 제9조 또는 「법인세법」 제10조에 따라 국세청장이나 관할지방국세청장이 지정하는 납세지를 포함한다)에 갖춰 두어야 한다.②제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

다.사실관계 및 판단(1)청구법인이 쟁점거래와 관련하여 쟁점거래처로부터 발급받은 쟁점세금계산서의 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞쟁점세금계산서 내역OOO(2)청구법인은 쟁점거래가 정상거래였음을 주장하며 그 증빙으로 아래와 같이 금융거래내역, 계약서, 거래명세표, 확인서 등을 제출하였다.(가)쟁점거래처 계좌의 금융거래내역에 따르면 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 2020.4.29. 및 2020.5.29. 합계 OOO원을 쟁점거래처 법인계좌OOO로 송금한 것으로 나타난다.＜표2＞금융거래내역OOO(나)청구법인은 청구법인과 쟁점거래처 간 작성하였다는 쟁점거래 관련 2020.1.2.자 계약서에는 아래 ＜표3＞과 같이 같이 당사자로 청구법인(대표이사 I)과 쟁점거래처(대표이사 D)가 기재되어 있고, 별첨으로 ‘사업자등록증 사본 1부’가 기재되어 있으나, 별도로 당시 첨부된 사업자등록증은 제출되지 아니하였다.＜표3＞쟁점거래 계약서(발췌)OOO(다)청구법인은 쟁점거래처로부터 쟁점거래 관련 거래명세표(공급자 보관용, 총 2매)를 받아 제출한바, 공급자로 쟁점거래처가, 인수자로 ‘H’이 기재되어 있고, 처분청은 이에 대해 ‘H’이 청구법인 소속 직원인지 여부가 근로소득지급명세서 등으로 확인되지 않아 신뢰하기 어렵다는 의견이다.(라)쟁점거래처 소속 F이 작성하였다는 확인서(2025.9.29.자)에 따르면 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인과 쟁점거래처간 쟁점거래가 정상거래가 맞다는 취지의 내용이 기재되어 있다.＜표4＞F의 확인서OOO(3)청구법인은 쟁점거래 계약체결 당시 쟁점거래처가 정상업체인지 여부를 확인하기 위해 언론 보도자료, 우수기술기업 인증서, 특허증 등을 확인하였다고 주장하며 아래 ＜표5＞와 같은 자료들을 제출하였다.＜표5＞청구법인 제출자료 주요 내용OOO(4)조사청은 2024.7.16.부터 2024.10.25.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 후, 아래 ＜표6＞의 조사종결보고서와 같이 ‘청구법인으로부터 대금이 입금된 이후 동일자에 ㈜E로 동일금액이 출금되는 거래행태가 확인되고, 실거래임을 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 제시하지 못하였다’는 등의 사유로 쟁점거래를 가공거래로 판단하였다.＜표6＞쟁점거래처에 대한 조사종결보고서(발췌)OOO(5)청구법인이 제출한 쟁점거래 당시의 쟁점거래처 대표이사 D에 대한 수사결과통지서에 따르면, D에 대하여는 ‘불송치(혐의없음)’로 결정된 것으로 확인되고, 조사청으로부터 회신받은 수사결과통지서에 따르면 조사청이 쟁점거래처의 실행위자(또는 실사업자)로 판단한 F에 대하여는 아래 ＜표7＞과 같이 ‘수사중지’ 결정된 것으로 확인된다.＜표7＞수사결과통지서(조사청 제출, 발췌)OOO(6)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.(가)먼저 쟁점①에 대하여 보건대, 처분청은 청구법인이 실제 재화를 공급받은 사실은 인정되나, 쟁점거래처의 실사업자가 쟁점거래처의 임원인 F으로 조사되었으므로 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나,쟁점거래와 관련하여 작성한 계약서 상 쟁점거래의 당사자로 법인인 청구법인과 쟁점거래처가 기재되어 있고, 거래대금 또한 쟁점거래처의 법인계좌로 송금한 것으로 나타나므로 쟁점거래의 공급자는 쟁점거래처인 것으로 일응 추정할 수 있어 보이는 점, 청구법인이 실제 재화를 공급받은 사실 자체는 처분청도 인정하고 있는 상황에서 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 위장세금계산서에 해당하기 위해서는 쟁점거래처 외에 실제 공급자가 확인되어야 할 것으로 보이나, 공급자인 법인의 대표자가 형식적인 대표자에 불과하고, 그 사용인 중에 법인의 경영을 실질적으로 지배하는 자가 따로 존재한다고 하더라도 그 사용인이 「부가가치세법」상 독립적인 사업자의 지위(개인사업자 또는 다른 법인의 대표자)에서 재화 등을 독자적으로 공급하였다는 등의 사정이 합리적 의심을 배제할 정도로 증명되지 않는 한, 정상적인 법인격을 지닌 법인이 정상적 절차에 따라 행한 재화의 공급 거래를 부인하는 것은 타당하지 아니하다 할 것인데, 쟁점거래처의 실행위자(또는 실사업자)가 F으로 조사되었다는 조사청의 조사결과 등 처분청이 제시한 입증자료만으로는 F이 독립된 자격의 개인사업자 또는 본인이 실제 운영하는 다른 법인의 대표자 지위에서 쟁점거래의 당사자로서 물품인도의무·대금수령권한 등과 같은 거래 관련 권리의무를 가지고 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하였는지 여부가 다소 불명확해 보이므로 그 개연성만으로 과세요건사실을 구성한 것은 타당하지 않아 보이는 점, 앞서 든 바와 같이 F이 쟁점거래처의 명의상 대표이사를 대신하여 쟁점거래를 진행하였다는 사정만으로는 쟁점거래처가 쟁점거래의 실제 당사자가 아니라고 보기에는 처분청의 그 증명정도가 부족하고, 청구법인이 대금을 지급한 이후의 사정인 ㈜E와의 금융거래내역 등은 쟁점거래의 당사자가 누구인지를 판단하는 데 있어서 직접적인 증빙이 된다고 보기는 어려운 점, 청구법인과 쟁점거래처간의 거래가 ‘진성거래’에 해당한다는 취지로 작성된 F의 확인서가 제출된 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세(증명서류수취불성실가산세)를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.(나)쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

안산세무서장이 2025.12.5. 청구법인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2020사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.