1 2차 거래시 양도된 주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 구주가 먼저 양도된 것으로 하여 과세한 처분의 당부 2 2차 거래시 구주가 양도되었다고 볼 경우, 1차 거래에 대해 쟁점과세특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 A 주식회사(화장품 회사로 이하 “A”이라 한다) 발행 보통주 OOO주(이하 “구주”라고 한다), 전환우선주 OOO주 및 주식회사 B(화장품 용기 회사로 이하 “B”라 한다) 발행 보통주 OOO주를 보유하던 중, 2019.6.18. A과 B간 A을 완전모회사로 하고 B를 완전자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환에 따라 B 보통주 OOO주와 교환으로 A으로부터 보통주 OOO주(교환 취득한 주식으로 이하 “신주” 또는 “쟁점주식”이라 한다)를 배정받아 취득(이하 “1차 거래”라 한다)한 후, 2019.6.27. C 주식회사에게 A 보통주 OOO주 및 전환우선주 OOO주를 양도(이하 “2차 거래”라 한다)하였다.＜표＞ 청구인의 주식 보유 현황OOO나.

이후 청구인은 포괄적 주식교환으로 A에 양도한 B 주식 OOO주의 양도차익(1차 거래분)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제38조에 따른 과세이연을 받지 않고(주식의 포괄적 교환 과세특례 신청서를 미제출) 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2019.8.31. C 주식회사에게 양도한 A 보통주 OOO주(2차 거래분)에 대한 양도소득세를 신고하면서 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 따라 교환으로 취득한 신주를 먼저 양도(신주 OOO주, 구주 OOO주)한 것으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.2.27.∼2024.5.8. 기간 동안 청구인에 대한 2019년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 2차 거래시 양도한 A 보통주의 취득시기가 분명하지 아니한 것으로 보아 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도(구주 OOO주)한 것으로 그 취득가액을 다시 계산한 과세자료를 2024.7.31. 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.12.11. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 2024.7.17. 선입선출법에 따라 2차 거래시 구주가 양도된 것으로 본다면 1차 거래로 양도한 B 주식에 대하여 조특법 제38조의 주식의 포괄적 교환에 관한 과세이연특례(이하 “쟁점과세특례”라 한다) 적용이 가능하다는 이유로 쟁점과세특례 적용을 요구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점과세특례의 기한후 적용 가부에 대해 기획재정부에 법령 해석을 요청한 후 청구인에게 경정청구 처리기간 연장통지(소득재산세과-OOO. 2024.9.2.)를 하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.6. 및 2025.12.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 2차 거래시 1차 거래로 취득한 쟁점주식을 양도하는 것으로 양수인과 특정하여 합의하였고, 이는 거래 과정 및 합의 내용, 계약서 별첨 문구, 양도소득세 신고내역 등에서 분명히 확인된다.(가) 이 건 주식교환 및 주식매매 거래의 경위를 살펴보면, 당초에 양수인은 청구인이 주식을 보유하고 있던 A과 B를 각각 인수하기보다는 하나의 법인으로 통합한 상태로 인수하는 것을 원하였고, 해당 통합의 방안을 양수인과 협의하면서 포괄적 교환을 통해 A이 B의 완전모회사가 되면 그 이후 주식매매를 진행하는 거래구조를 최종적으로 합의하였는바, 포괄적 교환은 이 건 주식매매계약에서 대상주식 양도의 전제조건이자 일련의 절차 중 하나의 과정(주식매매계약서 상 restructuring 조항)으로 규정되었다.(나) 이에 포괄적 교환 시(1차 거래) 청구인은 B 주식 OOO주 대신 A 주식 OOO주(신주)를 받을 뿐 현금을 받지 아니함에도 양도소득세를 신고하고 현금으로 납부하여야 하였는바, 즉, 주식교환에 따라 취득하여 양도소득세를 먼저 신고·납부하게 되는 A 보통주 OOO주(신주)를 양도하지 아니하고, 종전부터 보유하던 A 보통주만 양도하게 되면 해당 OOO주(신주) 부분에 대해서는 실제 양도소득세 납부를 위해 필요한 현금도 받지 못하였는데 양도소득세만 납부하여야 하는 상황을 당초 협상과정에서 양수인과 청구인이 모두 인지하고 있었던 상황이었다.따라서, 이 건 주식교환으로 취득한 A 보통주(신주)를 이 건 주식매매의 양도대상으로 하는 것임을 명확히 하기 위해 계약서에서 양도 대상 주식을 특정하고자 하는 것은 매우 상식적이고 자연스러운 결과였다.(다) 이처럼 양수인은 자신이 원하는 거래구조를 위해서 청구인이 대가를 받지도 않는 주식에 대해서까지 이중으로 세금부담[주식교환(1차 거래) 및 주식매매(2차 거래) 시 각각]을 지면서까지 양도하도록 할 수는 없었기 때문에 매매의 대상이 되는 주식은 교환으로 취득하는 주식과 기존에 보유하던 주식이라는 점을 분명히 하고자 하였고, 청구인도 당연히 실제 양도하고 대가를 받는 주식에 대해 성실히 세금을 납부하고자 하였던 바, 청구인과 양수인은 주식매매대상주식 OOO주는 주식교환으로 취득한 신주 OOO주와 구주 OOO주로 특정하는 것으로 합의하였고, 이러한 사실은 양수인의 확인서에서 확인된다.(라) 이 확인서와 관련하여 처분청은 사후적으로 작성된 것이므로 신빙성이 떨어지고 양수인의 경우 A 주식의 인수가 유일한 목적이었고 해당 주식의 구성은 당시 협의의 대상이 아니었다는 의견이나, 만일 양수인의 입장에서 대상주식의 구성은 관심사항이 아니라면, 청구인의 특수관계자에 해당하지도 않고 오히려 내부적인 윤리규정이나 엄격한 내부통제 및 승인절차를 준수해야 하는 글로벌사모펀드(당시 OOO)에 해당하는 양수인이 굳이 사후적으로 청구인의 이익을 위해서 사실이 아닌 내용을 확인서를 통해 과세관청에 제출해 줄 이유는 없을 것이다.더구나 청구인은 2019년 8월 양도소득세 신고 시부터 이 건 주식교환으로 취득한 주식을 양도한 것으로 특정하여 신고하였다는 점도 실제 양수인과의 주식거래 당초부터 주식매매 대상주식을 특정하고자 하는 의도가 있었다는 점을 방증한다 할 것이다.1) 이러한 청구인의 세부담 논의를 포함하여 청구인과 양도인의 거래구조 논의 및 합의 존재 여부는 양수인(양수인 D를 운용하는 OOO 소속 담당자)이 청구인의 매각 주간사인 OOO소속 인원을 통해 청구인에게 이 건 주식매매 관련 양도소득세 계산내역을 공유하는 이메일상에서도 확인된다.2) 또한, 2019.5.14. 오후 12시 16분에 보낸 이메일 본문에서 양수인은 해당 엑셀파일의 ‘I91 cell부터 확인하면 된다’고 설명하였고, 엑셀파일 계산내역에서 보면 실제로 주식교환을 통해 취득한 주식의 취득단가를 이후 주식매매 거래의 양도소득세 계산 시 취득가액으로 산정하고 있는바, 양도인이 협상 주도권을 가진 주식양수도거래에서는 양수인 입장에서 양도인의 세부담을 포함하여 최적의 거래구조를 협의하는 것이 상식적이고 통상적이다.3) 이처럼 청구인의 양도소득세 세부담을 검토한 Tax Impact 계산 엑셀파일을 양수인이 계산하여 청구인에게 제시하였다는 사실관계, 청구인이 양수인 요구에 따라 지배구조를 변경하면서 부당하게 이중세금 부담을 지지 않도록 주식양수도 거래구조를 협상하였다는 사실관계, 당초 양도인의 실제 주식양도소득 신고내용 등을 고려하면 양도인이 이중 세금부담(주식교환 및 주식매매 시 각각)을 지지 않도록 주식교환으로 취득한 주식(신주)과 기존 보유 주식(구주)을 특정하여 거래하는 방식으로 합의하였다고 보는 것이 자연스럽고 합리적이다.(마) 통상적인 주식매매계약서에는 포함되지 않는 주식매매계약서 별첨문구(거래종결 전 제시예정)를 통해 대상주식 OOO주를 주식교환으로 취득한 신주 OOO주와 기존에 보유하던 구주 OOO주로 특정하고자 하는 양도인과 양수인의 의사가 반영되었다는 점도 분명히 알 수 있고(같이 매매된 전환우선주의 경우에는 주권번호 등 다른 언급이 없이 주식수만 OOO주로 기재됨), 일반적인 주식매매계약서와 이 건 주식매매계약서를 비교해서 살펴보면 일반적인 주식매매계약서에서는 회사명과 대상 주식수를 규정할 뿐 이 건 주식매매계약서와 같이 매매대상 주권을 특정하는 조항을 두지 않는다.1) 이 건 주식매매거래 당사자들은 주식매매 전에 주식교환을 먼저 진행한 후, 주식매매를 통해 매각하는 매매대상 주식을 특정하여 주식매매거래를 종결하기로 합의하였고, 실제로 주식교환과 주식매매의 계약은 모두 2019.5.16.에 동시 체결되었으며, 두 거래의 종결은 각각 2019.6.18.과 2019.6.27.에 연속적으로 이루어졌다.2) 이에 주식매매계약서 작성 시점에는 주식교환에 따라 발행되는 신주의 주권번호를 알 수 없었기 때문에 주식매매에 따라 매각하는 대상주식의 범위에 주식교환을 통해 발행되는 신주를 포함하겠다는 의사를 표현하기 위해서는 주식매매계약서 별첨의 대상주식 주권번호란에 ‘To be provided by the Sellers prior to the Closing’(거래 종결 전 제시 예정)이라고 기재할 수밖에 없었고, 만약, 반대로 거래당사자들이 대상 주식을 청구인이 주식교환 전부터 보유하고 있던 구주로 구성하려는 의도를 갖고 있었다면 대상 주식의 주권번호란에 구주의 주권번호를 기재하였으면 족하였을 것이므로, 거래당사자들은 주식교환을 통해 취득한 신주를 주식매매의 매매대상으로 삼으려했다는 점은 자명하다.(바) 처분청은 구주와 신주의 주권이 구분되어 발행되지 않고 OOO매의 주권으로 발행되었으며, 구주와 신주를 구분하고 있는 유일한 자료인 A의 주권 발급대장은 원본이나 날인이 없으므로 이 건 주식매매 대상주식의 특정 여부를 확인할 수 없다는 의견이나,1) 주권 발급대장의 경우 2024년 세무조사 이전인 2023.8.18.에 이미 처분청에 FAX로 제출하였던 기록이 확인되는 자료이고, 이번 세무조사 단계에서 새로 발견되었거나 작성된 서류가 아니며, 주권의 구분발행 및 주권발급대장 관리는 주식매매거래 이후의 절차적인 것으로 청구인은 주식매매계약서의 내용에 따라 진행된 것으로 생각하고 있었으나, 해당 절차는 회사에서 진행하는 사항으로 이미 5년이 지난 시점에서 청구인 개인이 당초 회사가 진행한 내용을 확인할 수는 없는 상황이다.2) 본질적으로 주권의 구분 발행 및 주권발급대장의 구분 기재는 포괄적 교환으로 취득한 주식을 매매대상으로 하고자 한 양도인과 양수인 간의 합의에 따라 체결된 매매계약을 보다 확실하게 하기 위해 보완적으로 이루어지는 후속 절차인 것이고, 후속 절차보다 이 건 양도에서 더 중요한 것은 ‘매매계약’에서 양도인과 양수인의 교환으로 취득한 주식을 특정하여 양도하고자 하는 의사의 합치 여부이며 보완절차 하자에 따라 당초 양수도대상 주식을 특정하고자 한 의사가 소멸되는 것은 아니다.3) 오히려 납세자 입장에서는 이러한 절차적인 부분을 확인하는데 한계가 있고, 추후 주식을 특정할 것을 예정하고 있는 주식매매계약서의 문구, 양수인이 제시한 청구인의 양도소득세액 계산내역, 양수인의 확인서, 주식교환 후 주식매매를 하게 된 사정, 주식교환으로 취득한 주식을 양도하지 않는 경우 양도소득에 대해 이중으로 과세가 된다는 점 등 모든 거래경위와 정황이 청구인의 주장을 뒷받침하고 있다.4) 「소득세법 시행령」제162조 제5항에서는 “법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다”고 규정하고 있을 뿐, 자산의 취득시기를 분명히 확인하는 구체적인 방법을 규율하고 있지 않는바, 주권 및 주권발급대장 뿐만 아니라 거래 경위, 정황, 관련된 제반 증빙 등의 내용에 비추어 거래당사자들이 양도대상 주식의 취득시기를 특정한 것을 확인할 수 있다면 이에 따라 취득시기를 판단하는 것이 타당하고 실질과세 원칙에도 부합한다 할 것이다.(사) 만일 처분청의 의견과 같이, 조특법 시행령 제35조의2 제4항(교환주식의 양도시 교환한 주식이 다른 주식보다 먼저 양도되는 것으로 간주)의 적용대상이 되려면 조특법 제38조에 의한 과세이연을 적용받는 것이 전제조건이며, 과세이연을 적용받지 않았다면 굳이 추후 일부 주식을 양도할 때 포괄적 교환으로 취득한 주식부터 먼저 양도한 것으로 볼 필요가 없다고 한다면 다음과 같은 불합리한 세무처리가 발생한다.1) 조특법 제38조에 의한 과세이연을 적용받기 위해서는 “완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환대가를 받은 경우 그 교환대가의 총합계액 중 완전모회사주식의 가액이 80% 이상…으로서…완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 2분의 1 이상 보유”해야 하는데, 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 따르면 주식교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보기 때문에 만일 이 건 주식교환과 같이 같은 사업연도에 주식매매가 발생하여 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 2분의 1 이상 보유하지 못하게 되어 요건을 충족하지 못하는 경우에도 주식교환 등으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 인정받기 위한 목적으로 주식교환에 대한 과세이연신청을 해야 한다.2) 이것은 납세자가 과세이연요건을 갖추지 못한 위법한 과세이연신청이라는 것을 알면서도 과세이연신청서를 제출하라는 것으로 비합리적이고 부당한 의견이며, 만일 이러한 처분청의 의견대로라면 청구인은 2025.7.17. 경정청구서 및 과세특례 신청서를 제출하였으므로 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 따라 포괄적 주식교환으로 취득한 주식이 먼저 처분된 것으로 보아야 한다.

(2) 이 건 주식교환(1차 거래)은 당초 조특법 제38조의 요건을 갖춘 것이므로 양도소득세 과세이연 및 증권거래세 면제 적용 대상이다.(가) 조특법 제38조 제1항, 제3항 및 같은 법 시행령 제35조의2 제13항 제1호, 「법인세법 시행령」제80조의2 제1항 가목에 의하면, 내국법인이 요건을 모두 갖추어 「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환에 따라 주식의 포괄적 교환의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우, 그 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대해서 과세를 이연받을 수 있다.(나) 위 요건은, 주식의 포괄적 교환일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환일 것, 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환대가를 받은 경우 그 교환대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 80% 이상(생략)으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 2분의 1 이상 보유할 것, 완전자회사가 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것이다.(다) 이 건 주식교환은 위 요건 가운데 “완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 2분의 1 이상 보유할 것(지분연속성 요건)이라는 요건을 제외한 나머지 요건을 모두 충족한다 점은 처분청도 이견이 없고, 결국 청구인은 주식교환으로 취득한 주식 OOO주보다 많은 OOO주를 주식매매를 통해 양도한 바, 위 지분연속성 요건의 충족 여부에 따라 조특법 제38조의 과세특례 적용에 관하여 다음의 두 견해가 제기될 수 있다.1) 이 건 주식매매(2차 거래)를 주식교환으로 취득한 신주 OOO주와 종전부터 보유하던 구주 OOO주를 양도한 것이라고 볼 경우(청구인 신고내역과 동일) 이 건 주식교환(1차 거래)은 지분연속성 요건을 미충족하여 위 과세특례 대상이 아니게 되나, 이 건 주식매매(2차 거래)를 종전부터 보유하던 구주 OOO주를 양도한 것이라고 볼 경우(처분청 과세내용과 동일) 이 건 주식교환(1차 거래)은 지분연속성 요건을 충족하여 위 과세특례 적용대상이 된다고 볼 수 있다.2) 이처럼 주식교환에 대한 과세특례 적용의 가부는 청구인이 이 건 주식매매에서 어떤 주식을 양도했는지에 따라 결정되는 바, 주식교환 및 주식매매에 대한 양도소득세 계산 목적으로도 동일한 기준이 적용되어야 할 것이고, 결과적으로 청구인의 양도소득세 세부담이 동일하게 되는 것이 합리적이다.3) 그럼에도 불구하고, 처분청은 이 건 주식매매에 대해서는 선입선출법에 따라 기존 보유 주식을 처분한 것으로 보아 과세하면서도, 쟁점과세특례 요건을 모두 충족하는 주식교환에 대해서는 과세특례를 적용하지 않고 청구인의 경정청구를 인용하지 않았다.

이는 상호 모순된 처분이며, 청구인이 주식교환에 대한 양도소득에 대하여 개별법을 적용하여 신고한 후 양도소득세를 이미 납부하였음에도 단지 양수인과 청구인의 합의가 없었다는 추정으로 이 건 주식매매에 대하여 청구인의 개별법 적용을 부인하고 선입선출법에 따라 기존부터 보유하던 주식을 양도한 것으로 간주하여 양도소득세를 이중으로 부담하게 하는 것은 납세자에게 가혹하고 부당한 과세이다.(라) 다만, 청구인은 당초 이 건 주식매매로 인하여 주식교환일이 속하는 사업연도 종료일까지 주식교환으로 취득한 주식 중 2분의 1 이상을 보유해야 하는 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 주식교환에 대한 양도소득세 신고 시 과세특례 신청서를 제출하지 아니한 것인데, 만일 처분청의 견해와 같이 이 건 주식교환 전부터 소유하고 있던 A 보통주식 OOO주 가운데 OOO주를 먼저 양도한 것이라면, 조특법 제38조 제1항에 따른 과세특례 요건을 모두 충족하게 되고, 주식교환에 대한 양도소득세 과세이연 및 증권거래세 면제 등의 특례를 적용받을 수 있으며, 이에 청구인은 2024.7.17., 쟁점주식교환에 대한 양도소득세 및 증권거래세에 대하여 조특법 제38조의 적용을 위한 경정청구서와 과세특례 신청서를 사후 제출하였다.(마) 조세심판관합동회의 및 기타 선결정례들은, 양도소득세 과세표준 신고기한 이후에 경정청구를 진행하면서, 과세특례신청서를 제출하는 경우에도 과세특례를 적용받을 수 있다는 입장이므로, 이 건에서도 마찬가지로 납세자의 권리가 구제되어야 할 것이다.1) 처분청은 신고기한 내 선택하지 아니한 과세특례를 사후적으로 경정청구로 적용받을 수는 없다는 의견이나, 이는 명문의 근거가 없고, 납세자의 경정청구권을 법상 근거 없이 제한하는 것으로 부당하다.2) 2024년 조세심판관합동회의에서는, 「법인세법」제44조 제2항에서 합병으로 인한 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 규정한 선택적 과세특례 규정과 관련하여, 납세자가 최초 법인세 신고시 적격합병의 과세특례 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 당초 2019년 합병 시 과세특례신청을 하지 않았다가 추후 요건이 충족되었던 것으로 견해를 달리하여 2022년에 뒤늦게 과세특례 신청 및 경정청구 한 사안에서 과세특례 요건이 충족된다고 보고 납세자의 경정청구를 인정하였고(조심 2023서10049, 2024.7.29.), 참고로 해당 사안의 과세관청도, 이 건과 동일하게 과세특례신청서 제출을 특례적용 요건으로 본 울산지방법원 2023.8.24. 선고 OOO판결을 제시하기도 하였으나, 조세심판원은 납세자 권리를 구제하기 위하여 인용결정을 하였다.3) 최근 2025년에도 조세심판원은 특례적용 서류를 법정기한 경과 후 제출한 사안에서 과세특례를 적용 받을 수 있는 것으로 결정하였는바(조심 2024서4058, 2025.7.9., 조심 2024서4918, 2025.8.26.), 구체적으로 “무신고 결정 또는 기한 후 신고 등으로 조세특례의 적용배제를 규정한 조특법 제128조에서 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 조항(조특법 제16조의2~4)은 열거되어 있지 아니하고, 적격주식 매수선택권의 행사 시에 신청서류 제출기한 미충족시 과세특례를 배제한다고 명시적으로 규정하고 있지 아니한 점” 등을 들어 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용에 대한 납세자의 경정청구를 인용하였는데, 이는 법령상 신고기한 중에 특례신청을 하지 않은 경우에는 특례적용을 배제하는 것으로 규정하지 않는 경우에는 단순히 신청기한 내에 과세특례를 신청하지 않았다는 사실만으로 납세자의 실체적 권리인 경정청구권을 박탈할 수 없음을 명확히 한 것이다.4) 위에서 살펴본 두 건의 최근 조세심판원 선결정례에서 인용된 사안과 관련하여, 「법인세법」및 조특법에서 관련 특례를 규정한 법문언을 살펴보더라도, 이 건과 같이 특례신청서를 제출하여야 한다고만 규정되어 있었다는 점에서 해당 사건들의 사안은 이 건과의 차이가 없다.5) 국세청 스스로도 이 사건 주식교환의 과세특례 규정과 유사한 과세특례로서 조특법 제38조의2[주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례]에 대하여 “과세특례신청서를 「국세기본법」제45조의3에 의한 기한 후 신고 시 제출하는 경우에는 조특법 제38조의2에서 정한 과세특례가 적용되는 것”이라 해석하였다(서면-2014-OOO, 2015.4.10).6) 기획재정부도 “「국세기본법」제45조의3에 따른 기한 후 신고를 하면서 현물출자 등 과세특례신청서를 제출한 경우 같은 법 제47조의2에 따른 무신고가산세를 적용하지 아니하는 것”이라고 해석하였고(기획재정부 OOO, 2015.10.26.), 조특법 제38조의3과 관련하여 “당초 신고한 과세표준 및 세액이 내국법인의 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례를 적용하여 계산한 과세표준 및 세액을 초과하는 경우에는 해당 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 할 수 있음”이라고 하였으며(기획재정부 OOO, 2013.3.26.), 특히 기획재정부는 최근 2024년 7월까지도, 납세자가 선택할 수 있는 조특법상 납부특례에 대하여와 관련하여, 기한 후 신고를 하는 경우에도 납세자가 납부특례를 적용 받을 수 있다고 명시적으로 해석하고 있다(OOO, 2024.7.17.).7) 법원에서도 납세자가 새로 입법된 과세특례 규정을 인지하지 못하여 양도소득세 신고 시 실지거래가액으로 신고하였으나 추후 과세특례를 적용하여 기준시가로 양도차익을 계산하여 경정청구한 사안에서 납세자의 경정청구를 인정(대법원 2008.4.24. 선고 OOO 판결)하였다.(바) 관련 법령의 문언 및 체계, 조세심판원 및 기타 기관의 선례를 종합적으로 참고할 경우, 신고기한 이후 특례신청서 제출시 그 적용을 배제하는 것으로 명확히 규정된 경우가 아닌 한, 양도소득세 과세표준 신고기한 이후에 경정청구를 하면서 과세특례신청서를 제출하는 경우에도 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견(1) 조특법 시행령 제35조의2 제4항(포괄적 주식 교환으로 취득한 주식이 다른 주식보다 먼저 양도되는 것으로 간주)은 조특법 제38조(주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례)에 의해 과세이연을 적용받는 경우를 그 적용대상으로 한다 할 것이나, 청구인은 1차 거래시 과세이연을 받지 않았으므로, 2차 거래시 매도한 주식은 교환으로 취득한 쟁점주식이 아닌 당초 보유한 구주를 매도한 것으로 보아야 한다.(가) 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례는 기업 구조조정 지원을 위한 세법상 혜택으로, 주식을 처분하는 등의 사유가 있으면 과세특례를 조기에 중단할 필요가 있고, 같은 법 시행령 제35조의2 제4항은 과세이연에 대한 사후관리 관련 규정으로서 과세이연 중단 시점을 세부적으로 규정하고 있다.즉, 조특법 시행령 제35조의2 제4항에서 포괄적 교환으로 취득한 완전모회사 주식과 다른 방법으로 취득한 완전모회사 주식이 있을 때 포괄적 교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보도록 한 취지는 완전자회사 주주가 주식의 포괄적 교환으로 인해 발생한 자회사 주식의 양도차익에 대하여 완전모회사 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받은 경우 추후 완전모회사 주식의 일부를 양도하게 되는 경우에 포괄적 교환으로 취득한 주식부터 먼저 양도된 것으로 봄으로써 과세이연 혜택을 조기에 중단하게 하려는 것이 그 목적(조심 2023서9817, 2024.1.16.)이라 할 것이다.따라서, 조특법 시행령 제35조의2 제4항의 적용 대상이 되려면 조특법 제38조에 의한 과세이연을 적용받는 것이 전제조건이라고 보아야 할 것이고, 과세이연을 적용받지 않았다면 굳이 추후 일부 주식을 양도할 때 포괄적 교환으로 취득한 주식부터 먼저 양도한 것으로 볼 필요가 없다.(나) 청구인은 조특법 제38조 및 같은 법 시행령 제35조의2 제14항에 의한 과세특례신청서를 제출하지 않고 과세이연을 적용받지 않았으므로 조특법 시행령 제35조의2 제4항의 적용대상이 아니다.1) 청구인은 조특법 시행령 제35조의2 제4항 규정에 따라 선행 포괄적 주식교환으로 취득한 완전모회사의 주식과, 그 외의 방법으로 취득한 완전모회사의 주식 가운데 포괄적 주식교환으로 취득한 완전모회사의 주식(쟁점주식)을 먼저 양도한 것으로 보아 그에 따라 성실히 신고하였다고 주장하나, 조특법 제38조 제1항에서 주식의 포괄적 교환 등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식 양도소득세에 대해서는 대통령령이 정하는 바에 따라 완전모회사 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제35조의2 제14항에서 과세이연을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 완전모회사와 함께 과세특례신청서를 제출하여야 하나, 청구인은 1차 거래에 대하여 과세특례신청서를 제출하지 않았고, 양도소득세를 전액 납부하여 과세이연을 받지 않겠다는 의사표현을 명확하게 하였다.2) 청구인은 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례 적용을 위하여 조특법령이 정하고 있는 ‘과세특례신청서’ 제출의 중요성을 간과하고 있으나, 조특법 시행령 제35조의2 제14항에서 “법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다”라고 명시적으로 규정하고 있다.3) 이러한 과세특례신청서 제출과 관련하여 법원은, “① ‘주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서의 제출’이 과세이연의 적용 요건으로 명시적으로 규정되어 있는 점, ② 조세감면은 납세자에게 과세부담을 덜어주는 직접적인 조세지원의 형태이고 과세이연은 납세자에게 과세부담의 시기를 선택할 수 있게 하는 간접적인 조세지원의 형태로 양자가 구별되는 점, ③ 주식의 포괄적 교환에 대하여 과세이연을 받은 경우 과세관청은 일정한 기간 동안 사업의 폐지나 주식의 처분 여부 등에 관하여 완전모회사와 완전자회사의 주주를 사후 관리하여야 하므로 그 전에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점, ④ 앞서 본 것과 같이 명문의 규정이 없는 이상 특혜규정이라고 볼 수 있는 주식의 포괄적 교환에 대한 양도소득세의 과세이연 규정을 합리적 근거 없이 유추ㆍ확장해석할 수 없는 점 등을 종합하면, 당해 사업연도의 과세표준 신고 시까지 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 제출하도록 한 것은 조세감면에서와 같이 납세자의 단순한 협력의무라고 볼 수 없고, 납세자로 하여금 양도소득세의 직접 부담과 과세이연 중 어느 하나를 선택하도록 한 것이어서 그 신청이 필수적인 요건이라고 봄이 타당하다”라고 판시하였다(광주지방법원 2019.6.20. 선고 OOO판결)하고 있다.4) 결론적으로 청구인은 포괄적 주식교환시 발생한 양도차익에 대하여 조특법 제38조에 의한 과세이연을 받지 않았으므로 같은 법 시행령 제35조의2 제4항 적용대상이 될 수 없고, 소득세법령에 따라 주식의 양도차익을 산정해야 하는바, 양도자산의 취득시기가 불분명한 경우에 해당하므로 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보아 취득가액을 산정하여 고지한 이 건 처분은 적법하다.(다) 청구인은 ① 2차 거래시 구주를 양도한 것으로 볼 경우에 과세이연요건을 충족하여 1차 거래가 과세이연 및 2차 거래는 과세되고, ② 2차 거래시 신주를 먼저 양도한 것으로 볼 경우에 과세이연 요건을 미충족하여 1차 거래 및 2차 거래가 과세되는 두 가지 경우가 있다고 주장하나,1) 포괄적 과세이연은 과세이연요건을 총족할 경우 청구인의 의사와 무관하게 적용되는 것이 아닌 청구인의 신청에 의해서 적용되고, 2차 양도 시 구주를 양도한 것으로 볼 경우에 ①1차 양도과세이연(신청) + 2차 양도과세(신주 OOO주, 구주 OOO주), ②1차 양도과세(미신청) + 2차 양도 과세(구주 OOO주), ③ 2차 양도 시 신주를 양도한 것으로 볼 경우에 1차 양도 과세 + 2차 양도 과세(신주 OOO주, 구주 OOO주)되는 총 세가지 경우가 존재하는 것으로, 1차 거래(주식교환)에 따른 과세이연과 2차 거래(주식매매)는 별개로 보아야 한다.2) 청구인은 처분청의 의견대로 2차 거래 시 주식교환으로 취득한 주식을 양도하지 않은 것(구주를 양도한 것)으로 보면, 이 건 교환은 조특법 제38조의 요건을 갖추므로 양도소득세 과세이연이 적용되어야 한다고 주장하나, 주식교환으로 취득한 주식(신주)을 양도하지 않은 것으로 보더라도 청구인은 양도일 현재 과세이연요건(사업연도 종료일까지 보유 요건)을 갖추지 못하였고 사업연도 종료일 이후에 과세특례신청을 하지 않았다.3) 국세청 및 기획재정부는 예정신고를 할 때 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하지 못한 경우 확정신고 시 과세특례신청서를 제출하여 과세이연 받을 수 있는 것(OOO, 2013.9.29.)이고, 주식의 포괄적 교환에 대한 과세 특례를 적용받으려는 주주가 예정신고를 하지 않고 해당 신청서를 확정신고 시 제출하는 경우 무신고가산세 적용대상에 해당하지 아니하는 것(기획재정부 OOO)으로 해석하고 있다.4) 따라서 청구인은 양도한 주식이 구주인지 신주인지 여부가 분명하지 않은 경우에 해당하는 바, 예정신고 시 구주를 양도대상으로 하여 양도소득세 신고서를 제출하고 신주는 주식교환을 한 사업연도 종료일까지 보유하여 과세이연요건을 충족한 이후 다음 해 확정신고 시 과세특례신청서를 제출하여 과세이연 적용을 받을 수 있었음에도 청구인은 과세이연을 선택하지 않은 것이다.5) 이는 청구인이 고의가 아닌 착오나 법령에 대한 부지 등으로 당초 양도소득세 신고시 과세이연 요건을 충족하지 못하였다고 판단하여 그렇게 신고한 경우라도 이러한 착오 등은 적법하게 신고하지 못한 것에 대한 정당한 사유라고 볼 수 없다 할 것이다.(라) 양수인의 확인서는 2차 거래가 구주와 신주를 특정하여 이루어졌음을 뒷받침할 근거가 될 수 없다.1) 청구인은 양수인의 확인서를 들면서 2차 거래의 거래당사자들이 매매대상 주식을 신주 OOO주와 구주 OOO주로 특정하여 합의하였음이 확인되었다고 주장하나, 청구인이 제시한 양수인의 확인서는 2차 거래 계약서가 작성된 2019.5.16.과 2차 거래가 있었던 2019.6.27.부터 약 5년이 지나 청구인에 대한 세무조사가 이루어지던 중인 2024.5.8. 사후적으로 작성된 것으로서, 2차 거래 당시 계약 내용의 진정한 의미를 확인하기 위한 자료로 적절하지 않다.2) 더구나 양수인의 확인서에 기재된 내용은 청구인의 기존 주장을 그대로 담고 있어 양수인 측이 청구인의 이익을 위하여 작성해주었을 가능성을 배제할 수 없고, 확인서에는 2차 거래 계약서의 OOO에서 대상주식에 대하여는 ‘교환으로 취득한 보통주 OOO주’와 ‘교환 전 보유하고 있던 보통주 OOO주’로 규정하였다고 기재되어 있으나, 정작 계약서의 OOO 어디를 보더라도 그러한 내용은 없고, 오직 ‘보통주(Number of Common Shares) OOO주가 매매대상’이라는 점만 분명히 기재되어 있다.＜주식매매계약서의 EXHIBIT ＞OOO3) 확인서에서는 주권번호(Share Certificate Numbers)에 ‘To be provided by the Sellers prior to the Closing(거래 종결 전 제시 예정)’이라 기재된 내용에 관하여, 청구인은 교환으로 취득한 보통주의 주권이 아직 발행되지 않았기 때문이라고 설명하고 있으나, 2차 양도의 계약 체결 당시 교환으로 취득한 보통주인 신주만이 아니라 구주에 대하여도 주권이 발행되지 않았었고, 이미 주식교환이 이루어진 이후에도 얼마든지 구주와 신주의 구분이 가능함에도 불구하고 구주와 신주의 구분 없이 하나의 주권으로만 발행되었을 뿐이다.＜A 주권 일부＞OOO(마) 주식양수도계약은 사주일가의 주식교환(B↔A)을 통해 A 아래 B를 계열화하는 구조조정을 실시한 후 거래함을 전제조건으로 한다고 되어 있고, 계약서의 상당부분은 법인의 부동산, 지적재산권, 보증내역, 계약내용, 고용관계 등을 보장·확정하는 내용으로, 양도주식을 구주 또는 신주로 특정한 사실은 확인되지 않는다.(바) 청구인은 주식양수도계약서 상 대상주식(Subject shares) 아래 보통주 주권번호[Share Certificate Numbers(Common Shares)]란에 기재된 “To be provided by the Sellers prior to the Closing”(거래 종결 전 제시 예정)가 납세자가 제시하는 주권번호에 해당하는 주식을 특정하여 양도한 것을 입증한다고 주장하나, 양도자인 청구인(Seller)이 양수인에게 제공한 보통주 OOO주의 주권 발행번호는 ‘OOO호’이며, 발행일자는 2019.6.18. 교부일자는 2019.6.27.로, 청구인의 거래를 위해 양도 당시 주권이 OOO매로 최초 발행되었는바, 주권에 기재된 양도주식의 구성을 특정할 수 없다 할 것이다.1) 2차 거래 당시 구주와 신주를 나누어 매매하는 것이 거래당사자들의 의사였다면, 주권을 나누어 발행하였어야 하나 주권은 OOO매만 발행되었고, 오히려 2차 거래 대상 주식의 경우 그 주권이 OOO매로 발행되고 양수인에게 교부된 2019.6.27. E 주식회사 등 명의의 근질권이 바로 설정된 사실이 확인되는바, 이를 통하여 양수인은 A 주식의 인수와 그 인수에 관한 자금 조달이 주요한 관심사였고 주권 발행의 목적도 여기에 있었음을 합리적으로 짐작해 볼 수 있다.2) 위와 같이 A은 양도대상주식 OOO주에 대한 주권을 OOO매로 최초 발행하였는바, OOO주 OOO매의 주권이 어떤 주식으로 구성되어 있는지 특정할 수 없고, 계약서에도 위 부분 외에 양도대상 주식을 특정한 내용은 달리 없다.(사) 청구인은 허위로 의심되는 주권발급대장을 제출하는 등 객관적인 증빙을 통해 신주 양도사실을 입증하지 못하고 있다.1) 청구인은 양도 주식에 신주가 포함되어 있다는 것을 입증하는 증빙으로 주권발급대장을 제출한 사실이 있으나, 이는 원본이나 A의 날인이 없어서 진위를 확인할 수 없고, 주권발급대장은 주권발행법인에서도 작성 및 보관 사실을 부인한 문서로서 누가, 언제, 무슨 목적으로 작성하였는지 확인되지 않는 허위가 의심되며, 이러한 서류를 제출한 사실만 보아도 청구인은 주장을 입증할 객관적인 증빙은 없다는 것을 알 수 있다.2) 2024.4.18. 세무대리인(a 회계사)을 문답한바, 주권발급대장은 누가 언제 작성한 것인지 모르며, 청구인 및 세무대리인은 출처를 알 수 없는 복사본만 보관 중으로 확인되고 주권발급대장 원본도 보관하고 있지 않아 주권발급대장은 진위여부를 확인할 수 없는 허위가 의심되는 문서이다.(아) 청구인은 양수인 측에서 양도인의 양도소득세를 계산 시 신주를 포함하여 계산한 엑셀파일을 근거로 당사자 간에 신주를 거래하였음이 분명하다고 주장하나,1) 양수인 C 주식회사는 주식양수도과정(신주발행, 주식교환,주식양수도 등)을 통해 A의 지분 OOO%를 인수하는 것이 최종적인 목적이었고, 따라서 매수하는 주식의 구성이 구주인지 신주인지는 관심사항이 아니었다 할 것이다.2) 내용을 보더라도 다양한 경우를 상정하여 예상세액을 계산하여 본 자료에 불과함을 확인할 수 있고, 예를 들어, 양수인의 세액계산 내역 좌측 상단에는 “(Case 1)”이라고 기재된 부분이 있는데, 이는 해당 부분이 Case 2, Case 3로 이어지는 여러 경우를 상정하여 예상세액을 계산하고 있음을 보여주며, 청구인의 세무대리인도 2차 거래에 따른 양도소득세 신고시 양수인의 세액계산 내역에 대하여 참고만 하였을 뿐 그대로 신고한 것은 아니라는 취지로 진술하였는바, 양수인의 세액계산 내역이 양 당사자의 의사 합치를 보여주는 자료로서 2차 거래의 계약 내용에 그대로 포함되었다고 보기는 어렵다.3) 이런 상황에서 양수인 측 입장을 대변한다고 볼 수 없는 실무자가 양도자측 부탁을 받고 세액계산을 해주면서 신주를 포함하여 계산해 주었다는 것만으로 양수인이 신주를 취득할 의사가 있었다고 볼 수 없고, 양수인이 진정으로 특정한 주식을 매수하고자 하였다면 계약서 상 구체적으로 명시했어야 하는 것으로, 2019.5.14., 2019.5.15. 양도소득세 엑셀파일 및 이메일 발·수신 이후인 2019.5.16. 주식양수도계약서를 작성하였음에도 양수도계약서 상 양도대상 주식을 구·신주로 특정하여 구체적으로 기재하지 않은 것은 양도인과 양수인 간에 특정 주식 양수도에 관한 약정이나 합의가 없었다고 보아야 할 것이다.4) 법원에서도 양도한 주식이 어느 주식인지 기술적으로 특정할 수 없는 경우 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우로 보며, 납세자가 관념적으로 특정하는대로의 주식을 양도하는 것으로 보고 양도소득세를 부과하는 것은 과세소득의 산정을 납세자의 자의에 맡기는 것이 되어 공정, 타당하지 않은 것으로 판시(인천지방법원 2008.7.4. 선고 OOO판결)하고 있다.(자) 결국 청구인은 어떤 주식을 양도하였는지 분명하지 아니하고, 만약 청구인이 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조를 간과하지 않았다면 2차 양도 시 신주를 먼저 양도하였다고 보더라도 나머지 양도한 주식은 구주 중 먼저 취득한 주식을 양도하였다고 신고하여야 하나, 청구인은 구주 중 나중에(2001.12.29.) 취득한 OOO주 중 일부를 양도한 것으로 하여 후입선출법으로 신고한 사실을 볼 때, 당초 신고 시 「소득세법」규정에 대한 충분한 검토 없이 후입선출법을 적용하여 신고하였고 조사과정에서 청구인의 착오신고를 보완하는 논리를 만든 것으로 보인다.(차) 청구인이 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세특례를 적용받기 위해서는 1차 거래인 주식의 포괄적 교환이 있었던 2019년도의 과세표준 신고를 할 때에 과세특례신청서를 제출하였어야 하고, 2019년도 종료일까지 1차 거래로 인하여 취득한 주식을 보유하고 있었어야 하나, 청구인은 1차 거래가 이루어진 2019.6.18. 직후인 2019.6.27.에 구주와 신주 총 OOO주 중 OOO주를 양도(지분연속성 요건 미충족)하였고, 이는 조특법 시행령 제35조의2 제4항 후단에 따라 구주와 신주 중 신주를 먼저 양도한 것에 해당하므로, 조특법 제38조 제1항에 따른 과세특례를 적용받을 수 없으며, 이와 같은 결론은 청구인이 경정청구 기간 내 제출한 과세특례신청서의 효력이 인정될 수 있다고 하더라도 달라질 수 없다.1) 청구인은, 처분청이 「소득세법」상 양도차익을 계산함에 있어서 구주를 먼저 양도한 것으로 보았는바, 이에 따라 2차 거래시 구주만이 양도되었다면 2019년도 말 기준으로 1차 거래로 취득한 신주가 처분되지 않았으므로 조특법상 과세특례의 적용이 가능하다는 취지로 주장하나, 청구인의 주장에 의하면, 청구인과 같이 납세자가 구주를 이미 보유하고 있는 경우에 구주 전부가 처분되지 않는 이상 조특법상 과세특례를 적용받을 수 있다는 결론에 이르게 될 것인바, 이는 합리적 근거 없이 확대해석 내지는 유추해석에 해당하며, 가령, 완전모회사 주식 OOO주(구주)를 보유하고 있던 완전자회사의 주주 A가 주식의 포괄적 교환으로 완전모회사 주식 OOO주(신주)를 새로 취득한 이후에, 주식의 포괄적 교환일이 속한 사업연도 중 제3자에게 완전모회사 주식 OOO주를 양도한 경우, 청구인의 주장에 의한다면 A가 양도한 OOO주는 구주에 해당하므로, A는 구주 50주를 모두 처분하지 아니하는 이상 조특법 제38조 제1항의 과세이연을 받을 수 있게 될 것(주식의 포괄적 교환 등 이후 완전자회사 주주의 완전모회사 주식양도시 신주를 우선적으로 양도한 것으로 의제함으로써 과세이연의 혜택을 조기에 중단하기 위한 취지의 규정인 조특법 시행령 제35조의2 제4항을 형해화)으로 부당하다.2) 청구인이 들고 있는 여러 유권해석 및 조세심판원 심판례들은, 이 건과 사실관계를 달리할 뿐만 아니라 당초 과세연도 종료일을 기준으로 과세특례의 요건이 모두 충족됨을 전제로 한 것이다.3) 결국 청구인이 경정청구 기간 내 제출한 과세특례신청서가 받아들여질 수 있는지 여부와는 무관하게 1차 거래는 조특법 제38조 제1항의 요건을 충족하지 못하여 조특법상 과세특례를 적용할 수 없고, 이에 따라 2차 거래에는 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항에 따라 취득시기가 분명하지 않는 주식을 양도한 청구인에 대하여 먼저 취득한 구주를 양도한 것으로 보아야 할 것이다.(카) 청구인이 제시한 유권해석 및 조세심판원 결정례들은, (ⅰ) 납세자가 현물출자일이 속한 사업연도의 종료일이 지나서도 현물출자로 취득한 주식을 보유하고 있고, 현물출자로 자회사가 된 회사도 계속 사업을 영위하는 등 과세이연 대상이 된 주식의 현물출자 거래가 조특법 제38조의2의 요건을 갖추었거나, (ⅱ) 법인이 다른 법인과 한 합병이 「법인세법」제44조 제3항 제1호의 적격합병에 따른 과세특례 적용대상에 해당하는 등 이 사건과 달리 납세자가 과세특례의 요건을 갖추었음이 분명한 사안들에 대한 것이고(서면-2014-OOO, 2025.4.10., 서면-2017-OOO). (ⅲ) 과세특례규정 적용 가부에 대한 판단이 최초 신고 당시 명확하지 않았으나 사후적으로 적용이 가능하다고 확인되었거나, (ⅳ) 납세자는 법정기한 내에 과세특례 적용을 받을 의사를 표시하였음에도 실무적인 착오로 서류가 정상 접수되지 않는 등 사후 제출된 과세특례신청서를 받아줄 만한 사정이 존재하는(조심 2024인227, 2024.10.10., 조심 2023서10049, 2024.7.29., 조심 2024부4918, 2025.8.26., 조심 2024서4918, 2025.7.9.) 등 이 건과 사실관계가 다르다.(타) 따라서, 주식양수도계약서 상 거래대상 주식이 특정되어 있지 않다는 점, 양도한 OOO주의 주권은 양도 당시 OOO매로 최초 발행되어 그 주식이 어떤 주식으로 구성되어 있는지 특정할 수 없다는 점, 주권발급대장은 원본이 존재하지 않는 허위가 의심되는 서류에 불과하다는 점, 양수자도 신주·구주를 특정해서 매입할 아무런 이유가 없었고, 그 외 쌍방간 특정한 주식을 거래하였다는 것을 알 수 있는 객관적이고 명백한 증빙도 전혀 없다는 점 등을 종합해 볼 때 이 건은 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당하므로 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조에 의하여 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 취득가액을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 건 부과처분은 정당하다.

(2) 기존 보유주식을 먼저 양도한 것으로 보면, 이 건 주식교환은 조특법 제38조의 요건을 갖추므로 양도소득세 과세이연과 증권거래세 면제가 적용되어야 한다는 청구주장은 아래와 같은 사유로 받아들이기 어렵다.(가) 조특법 시행령 제35조의2 제14항은 과세특례를 적용받으려는 경우 과세특례 신청서를 양도소득세 신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출할 것을 명시적으로 요구하고 있는바, 주식의 포괄적 교환 과세특례는 법령상 요건 충족만으로 당연히 적용되는 제도가 아니라 납세자의 선택과 신청을 전제로 적용되는 선택적 과세이연 제도에 해당한다.(나) 과세이연이 항상 유리한 것이 아니고, 취득가액 승계나 양도세 증가 등 향후 납세자에게 불리하게 작용할 수 있는 여지가 있어 납세자의 선택에 따라 적용하도록 한 것이 선택적 특례 적용의 입법 취지이며, 과세특례 적용을 위한 신청기한을 법령에서 명시한 것은 납세자가 과세표준 신고를 통해 확정된 과세 관계를 사후적 유불리에 따라 다시 선택하거나 변경하지 못하도록 하여 과세의 안정성과 형평을 확보하려는 데 있다.(다) 「국세기본법」제22조에 따라 국세의 과세표준과 세액은 원칙적으로 신고에 의하여 확정되고, 신고기한 내 과세특례 신청 여부는 조세법률관계 형성에 관한 납세자의 선택으로서 신고와 함께 확정되며, 신고기한 내 과세특례 신청을 하지 아니한 경우, 과세특례를 적용하지 않겠다는 납세자의 의사가 확정된 것으로 보아야 하며, 신고기한 경과 후 단순히 불리해졌다는 이유만으로 선택한 법률 적용을 번복하는 것은 선택적 과세특례 제도의 취지 및 신고확정주의에 정면으로 반한다 할 것이다.(라) 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따르면 과세표준 및 세액을 신고한 국세의 경우 그 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 과다하게 신고되었거나 환급세액이 과소하게 신고된 때에 한하여 경정청구가 허용되고, 청구인은 과세특례 요건을 충족하지 못한다는 스스로의 판단에 따라 과세특례 신청을 하지 않은 것일 뿐이며 이는 세법에 따라 과다 신고된 경우에 해당하지 않는다.

즉, 이 건 심판청구는 법령을 잘못 적용하여 신고한 것이 아니라, 신고기한 내 선택하지 아니한 과세특례를 사후적으로 적용해 달라는 취지에 불과하므로 「국세기본법」제45조의2에서 정한 경정청구 사유에 해당하지 않는다 할 것이다.(마) 청구인이 원용한 OOO, 2015.4.10. 및 기획재정부 OOO, 2015.10.26.에서, 기한후신고는 신고기한 내 신고가 존재하지 않아 과세표준과 세액이 확정되지 않은 상태에서 이루어지는 최초의 신고이고, 이에 따라 기한후신고 시 과세특례 신청서를 함께 제출한 경우 이를 최초 신고와 동시에 과세특례를 신청한 것으로 보아 예외적으로 과세특례 적용을 인정한 바 있다.반면 본 건 심판청구는 이미 신고기한 내 양도소득세 과세표준 신고가 적법하게 이루어져 과세표준과 세액이 확정된 이후 신고 당시 제출하지 아니한 과세특례 신청서를 사후적으로 제출하여 과세특례 적용을 구하는 사안으로, 기한후신고는 과세표준·세액이 확정되기 이전의 최초 신고인 반면, 경정청구는 이미 확정된 신고 내용을 변경하는 절차로서 그 법적 성격과 효과를 달리하므로 기한후신고에 관한 사례의 법리를 본 건 심판청구에 그대로 적용하기는 어렵다.(바) 청구인이 원용한 기획재정부 OOO, 2013.3.26.에 대하여, 청구인은 조특법 제38조 주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례와 같은 법 제38조의3 내국법인의 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례를 동일 선상에서 비교하며 과세특례 신청서를 법정 신고기한 후에 제출하더라도 경정청구를 통해 과세특례 적용이 가능하다고 주장하고 있으나 양 규정은 법문 구조와 과세특례의 성격에 있어 본질적인 차이가 있다.1) 조특법 제38조 제1항의 주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례는 “과세이연을 받을 수 있다”라고 규정된 선택적 과세이연 제도로서, 같은 법 시행령에서 과세표준 신고 시 과세특례신청서를 제출하도록 명시하고 있고, 이는 과세이연 적용에 대한 납세자의 선택 의사를 표현하기 위한 실체적 요건으로 보는 것이 타당하며, 울산지방법원 2023.8.24. 선고 OOO판결도 과세특례신청서 제출을 단순한 협력의무가 아닌 과세특례 적용을 위한 필수 요건으로 판단한 바 있다.2) 반면, 조특법 제38조의3의 내국법인 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례는 “산출한 금액을 익금에 산입한다”라고 규정된 의무적 과세 조정 규정으로서, 같은 조 제3항의 명세서 제출 의무는 과세표준 계산 및 사후관리 목적의 절차적 규정에 불과하므로, 외국자회사 현물출자 과세특례와 관련된 유권해석이나 심판례를 근거로 주식의 포괄적 교환 과세특례의 신청 요건을 완화하여 해석하기는 어렵다.(사) 청구인이 원용한 조세심판결정(조심 2024부4058, 2025.7.9.)도 결정문에서 “과세특례제도는 주식매수선택권 행사자에 대한 과세이연(해당 주식 처분 시 양도소득으로 과세) 및 해당 법인에 대한 과세 영향(근로소득으로 과세되는 경우 손금인정 또는 양도소득으로 과세되는 경우 손금불인정)이 나타나므로 법령상 과세특례 신청에 대한 행사자의 명확한 의사표시가 요구된다고 할 것이다”라고 명시하고 있고, 이는 과세특례가 일률적으로 적용되는 것이 아니라, 납세자에게 유리하거나 불리하게 작용할 수 있는 효과를 함께 가지는 제도이므로 납세자의 선택에 따라 적용 여부를 결정하도록 한 것이다.1) 주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례 역시 과세 부담의 이연과 향후 과세에 영향이라는 유·불리가 병존하는 선택적 과세특례로서, 과세특례 적용을 위한 납세자의 명확한 의사표시는 과세특례 성립을 위한 중요한 요건으로 보아야 할 것이고, 위 조세심판관 합동회의 결정 사안의 경우, 납세자는 주식매수선택권 행사 시점부터 과세특례 적용 의사를 명확히 표시하였고, 회사 역시 법정기한 내 관련 서류를 제출하였으나 일부 서류를 착오로 제출한 데 따른 절차적 하자를 보완한 경우에 해당한다.2) 이 건 심판청구는 과세특례 신청 자체가 신고기한 내 이루어지지 아니하여, 사후적으로 과세특례 적용 여부를 새로이 선택하려는 경우이므로 절차상 하자를 전제로 하는 위 합동회의 사안과는 법적 성격이 다르므로, 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환 과세특례는 신고기한 내 적법한 신청을 요건으로 하는 선택적 특례로서, 청구인이 신고기한 내 이를 신청하지 아니한 이상 세무조사 결과를 이유로 경정청구를 통해 사후 적용을 요구할 수는 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 2차 거래시 양도된 주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 「소득세법」제98조 및 같은 법 제162조 제5항에 따라 구주가 먼저 양도된 것으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부② 2차 거래시 구주가 양도되었다고 볼 경우, 1차 거래에 대해 주식의 포괄적 교환에 대한 과세이연특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 국세기본법제22조[납세의무의 확정] ① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다.

다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

1. 소득세제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(2) 소득세법제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(4) 조세특례제한법제38조[주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환 등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환 등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환 등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연 받을 수 있다.

1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환 등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우③ 제1항 제2호 및 제3호와 제2항 제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 조세특례제한법 시행령제35조의2[주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례] ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조 제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조 제1항 제2호에 따라 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 "완전모회사 등 주식"이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환 등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액2. 제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사 등 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다.

이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자 등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환 등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환 등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사 등 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액④ 거주자 등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사 등 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환 등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사 등 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.⑭ 법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구인은 A 구주 OOO주(1994.3.31. OOO주, 2001.12.28. OOO주 각 취득, 지분율OOO%)와 B 주식 OOO주(지분율OOO%)를 보유하던 중, 2019.6.18. A이 B 주주에게 B 주식과 교환으로 A 신주를 발행하여 교부하는 포괄적 주식 교환을 통해 B를 완전자회사로 편입함에 따라 청구인이 보유하던 B 주식 OOO주와 교환으로 A 주식 OOO주(신주)를 취득(1차 거래)하고, 2019.6.27. A 주식 OOO주를 C 주식회사에게 양도(2차 거래)한 후, 1차 거래시 양도한 B 주식 OOO주의 양도차익에 대하여 조특법 제38조의 포괄적 주식교환에 대한 과세이연을 적용하지 아니하고 OOO원의 양도소득세를 신고·납부하는 한편, 2차 거래시 양도한 A OOO주의 양도차익에 대한 양도소득세를 신고함에 있어 신주 OOO주와 구주(2001.12.28. 취득분 OOO주)를 양도한 것으로 취득가액을 산정하여 OOO원의 양도소득세를 신고·납부하였다.조사청은 2024.2.27.부터 2024.5.10.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 2차 거래에 대한 주식양수도계약서 상 양도주식이 구주인지 신주인지 특정되지 않는 등 청구인이 양도한 주식 OOO주의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항에 의하여 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 취득가액을 다시 계산하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2024.12.11. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 이후 청구인이 1차 거래에 대하여 과세특례 적용을 요구하며 제기한 경정청구에 대하여 달리 결과통지를 하지 않았다.

(2) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.(가) 청구인은 양수인과 2차 거래 당시 매매 대상을 청구인이 주식교환으로 취득한 신주 OOO주와 기존에 보유하던 주식 OOO주로 특정하는 것으로 합의하였다고 주장하며 아래와 같은 내용의 양수인의 확인서를 제출하였다.＜양수인의 확인서＞OOO(나) 양수인측(양수인 D를 운용하는 OOO 소속 담당자)이 청구인의 매각 주간사인 OOO소속 인원을 통해 청구인에게 이 건 주식매매 관련 양도소득세 계산내역을 공유하였다고 주장하며 관련 이메일 사본을 제출하였다.(다) 청구인이 제출한 위 이메일 사본 중 양수인측이 2019.5.14. 오후 12시 16분에 보낸 이메일에 첨부된 엑셀파일에서 청구인의 A 주식 매매에 따른 양도소득세 계산 사례 중 청구인이 주식교환을 통해 취득한 A 주식의 취득단가를 적용한 내역이 발견된다.＜엑셀파일의 계산내역＞<img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2025서1581.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2025tj1581_PIC67F.png"></img>OOO(라) 청구인은 양수인과 이 건 주식매매계약 당시 거래대상을 청구인이 주식교환으로 취득한 신주 OOO주와 기존에 보유하던 구주 OOO주로 특정하고자 하는 의사로 일반적인 주식매매계약과 달리 대상주식의 주권번호 기재란을 두었던 것이며 계약서 작성당시에는 신주가 발행되지 아니하여 해당란은 ‘거래종결전 제시 예정’으로 기재하였던 것이라고 주장하며 이 건 주식매매계약서 제출하였다.＜주식매매계약서(발췌)＞<img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2025서1581.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2025tj1581_PIC680.png"></img><img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2025서1581.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2025tj1581_PIC681.png"></img>OOO(3) 처분청이 제시한 자료 및 그에 대한 의견은 다음과 같다.(가) 처분청은 청구인이 제출한 계약서상 거래대상 주식을 특정한 내용은 확인되지 않으며, 양도자인 청구인이 양수인에게 제공한 양도대상 주식(A 보통주 OOO주)의 주권 발행번호는 ‘OOO호’이고, 해당 주권은 이 건 거래를 위해 발행일자 2019.6.18., 교부일자 2019.6.27.로 하고 양도대상 주식 전부를 대상으로 하여 발행된 것으로, 주권번호나 기타 주권의 기재사항을 토대로 양도주식의 구성을 특정할 수 없다는 의견이다.<img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2025서1581.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2025tj1581_PIC692.png"></img>OOO(나) 청구인이 이 건 조사시 아래와 같은 주권발급대장을 제출한 사실이 있으나, 이는 현재 원본이 확인되지 없으며, 누가, 언제, 무슨 목적으로 작성하였는지가 확인되지 않는 문서라는 의견이다.<img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2025서1581.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2025tj1581_PIC693.png"></img>OOO(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2차 거래시 포괄적 교환으로 취득한 신주를 양도한 사실이 계약서, 양수인 확인서, 거래 당시 주고받은 양도소득세 계산내역, 거래정황 등에 의하여 확인된다고 주장하나, 청구인이 제출한 주식양수도계약서에는 매매대상이 A 보통주 OOO주라는 내용만 나타나고, 그 거래를 위해 발행된 주권은 구주 및 신주의 구분 없이 A 보통주 OOO주에 대하여 OOO매가 발행되었으며, 기타 실무자들이 주고받은 이메일 등에서도 청구인이 양수인에게 매도한 주식 OOO주에 교환으로 취득한 신주 OOO주가 포함되었다고 특정하여 기재된 내용이 확인되지 아니하고, 신주를 먼저 양도하는 것이 청구인의 양도소득세 계산시 유리하다는 사정이 있다는 것 외에 달리 거래대상이 신주로 특정되었다는 사실이 객관적으로 확인되지 아니하므로 처분청이 2차 거래시 양도된 주식의 취득시기가 불분명하다고 보아 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항에 따라 선입선출법에 의하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.다음으로 쟁점②에 대하여 보면, 청구인은 2차 거래에 대해 구주를 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한다면 청구인이 주식의 포괄적 교환으로 취득한 신주는 해당 연도말까지 보유하고 있는 것으로 보아 1차 거래에 대해 포괄적 주식교환에 대한 과세이연특례를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.조특법 제38조 제1항은 내국법인이 일정한 요건을 갖추어 「상법」에 따른 주식의 포괄적 교환에 따라 상대방법인의 완전자회사로 되는 경우 그 완전자회사 주주의 주식 양도차익에 대한 양도소득세를 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 규정하고, 그 요건의 하나로 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환대가로 받은 완전모회사 등 주식의 가액이 교환대가의 100분의 80 이상이 배정되고, 완전모회사와 완전자회사의 주주가 포괄적 교환으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것(제2호)을 들고 있고, 같은 조 제2항과 같은 법 시행령 제35조의2 제11항, 제12항은 완전자회사의 주주가 위 과세이연을 받은 이후 교환일이 속하는 사업연도 개시일부터 2년 이내에 교환으로 취득한 주식을 처분하는 경우 과세이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 정하고 있으며, 같은 법 시행령 제35조의2 제4항은 완전자회사의 주주가 위 포괄적 주식교환으로 취득한 완전모회사 등 주식의 전부 또는 일부를 양도한 경우, 주식의 포괄적 교환 등 외의 방법으로 취득한 완전모회사 등 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 주식의 포괄적 교환 등에 대한 과세이연특례는 기업 구조조정 지원을 위한 세법상 혜택으로, 위 법령에서 완전자회사의 주주가 교환으로 취득한 완전모회사 주식을 해당 연도말까지 보유할 것을 과세이연 요건으로 하는 한편 이를 일정한 기간내에 처분하는 경우에는 과세이연을 조기에 중단하도록 하고, 교환 이외의 방법으로 취득한 주식이 있는 경우 교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보도록 하는 등 완전자회사 주주가 완전모회사 주식을 처분한 경우는 과세이연을 인정하지 않는 것으로 과세이연 적용요건과 그 중단에 대하여 세부적으로 정하고 있으므로, 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환으로 취득한 완전모회사 주식과 그 이외의 방법으로 취득한 완전모회사 주식을 함께 보유하다가 교환일이 속하는 연도 중에 완전모회사 주식을 양도한 경우는 교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 위 과세이연이 적용되지 않는다고 해석하는 것이 관련 규정의 취지에 부합하는 것으로 보인다(조심 2023서9817, 2024.1.16. 같은 뜻임, 대법원 2015.8.13. 선고 OOO판결 참조).이 건의 경우 청구인은 2019.5.16. 양수인과 사이에 A 주식 양수도계약을 체결함에 있어 A을 완전모회사로 하고 B를 완전자회사로 하는 주식의 포괄적 교환을 실시한 후 완전모회사인 A 주식을 양수인에게 양도하기로 합의하고 이에 따라 2019.6.18. 자신이 보유하던 B 주식과 교환으로 A 보통주 신주 OOO주를 취득한 다음 2019.6.27. 양수인에게 A 보통주 OOO주를 양도한 것인바, 주식의 포괄적 교환으로 완전자회사로 되는 내국법인의 주주가 교환으로 취득한 완전모회사의 주식을 연도말까지 보유할 것을 요건으로 하는 위 과세이연특례는 이 건에 적용하기 어려워 보이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 받아들이지 아니한 것에도 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

「소득세법」 제98조,「같은 법 시행령」 제162조,「조특법」 제38조