1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되므로 통신판매업 갱신에 따른 이 건 등록면허세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률」(이하 “전자상거래법”이라 한다) 제2조 제3호에 따른 통신판매업자로서 2023.9.21. 같은 법 제12조 제1항에 따라 A를 상호로 하여 처분청에 신고(이하 “쟁점면허”라 한다)하였다.

나. 처분청은 쟁점면허가 2026.1.1. 갱신된 것으로 보아, 2026.1.13. 청구인에게 「지방세법」 제34조 제1항에 따라 OOO원(제3종, 인구 50만 명 이상 시)에서 전자고지에 따른 감면세액 OOO원을 차감하여 산출한 2026년도 쟁점면허에 대한 등록면허세 OOO원(이하 “이 건 등록면허세”라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 면허에 대한 등록면허세가 무조건 매년 1월 1일을 기준으로 영업 중인 모든 사업자에게 선제적으로 부과되는 것은 부당하다.(가) 통신판매업자는 1월 1일부터 해당 연도 말일까지 영업을 유지하지 않을 수도 있고, 중간에 사업을 시작할 수도 있는데, 이를 고려하지 않고 매년 1월 1일 기점으로 등록면허세가 선제적으로 부과되는 것은 국민에게 부담스러운 과세 처분으로 부당하다.(나) 사업 진행 중 휴업하거나 폐업하더라도 해당 기간에 비례하여 선제적으로 납부한 세금을 돌려받을 수도 없다.(다) 사업자가 선제적으로 세금을 성실히 납부했다면, 적어도 다음 연도의 세금 부과 과정에서 융통성 있는 과세 행정이 필요한바, 납세자가 부당하거나 공정하지 않다고 느끼는 부분에 대해 납세자에게 과도한 부담은 아닌지 명확한 판단이 필요하다.

(2) 청구인은 쟁점면허에 대한 2025년도 등록면허세를 모두 납부하였고, 2026년도 등록면허세가 부과된 사실을 2026.1.16. 확인하여 쟁점면허에 대하여 국세청에 휴업 신고를 한 후 이 건 등록면허세에 대한 비과세를 처분청에 요청한바, 청구인이 운영하는 다른 통신판매업에 대하여 2026.1.16. 휴업을 하고 2026년도 등록면허세 비과세를 요청하였는데 3개의 다른 지방자치단체에서는 2025년도에 납부할 부가가치세 금액이 0원이라고 기재된 부가가치세 표준증명원(이하 “2025년도부가세증명원”이라 한다)을 통하여 비과세 처리를 해 준 반면, 처분청 및 1개의 다른 지방자치단체는 논리적 설명 없이 비과세가 불가능하다는 답변만 하였는데, 비과세 처리와 관련하여 처분청이 비과세나 조정 가능 여부를 적극적으로 안내해 주지 않고, 구체적인 대안도 찾아주지 않으며, 동일 사안에 대하여 지방자치단체마다 비과세 처리 여부가 다른 것은 부당하다.(3) 「지방세법」 제26조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제40조 제2항 제5호에 따르면 매년 1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되는 해당 업종의 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니하도록 하고 있는바, 2025년도부가세증명원에 따라 사실상 휴업 중인 사실이 증명되고, 납부할 부가가치세 세액이 0원인 경우까지도 등록면허세를 걷어가는 것은 국민에게 큰 부담이 되며, 다소 부당하다고 생각된다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」 제24조 제2호에서 면허를 받는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은 법 제23조 제2호 및 같은 법 시행령 제39조, [별표 1] ＜제3종＞ 제89호에 따르면 “면허”에는 전자상거래법 제12조 제1항에 따른 통신판매업의 신고가 포함된다.「지방세법」 제35조 제2항에서 면허의 유효기간이 정하여져 있지 아니하거나 그 기간이 1년을 초과하는 면허에 대하여는 매년 1월 1일에 그 면허가 갱신된 것으로 보아 보통징수의 방법으로 매년 그 등록면허세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제26조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제40조 제2항 제5호에 따르면 매년 1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되는 해당 업종의 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니하도록 하고 있다.한편, 전자상거래법 제12조 제1항에서 통신판매업자는 상호, 주소, 전화번호(제1호), 전자우편주소, 인터넷도메인 이름, 호스트서버의 소재지(제2호) 등을 구청장에게 신고하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제3항에서 같은 조 제1항에 따라 신고한 통신판매업자는 그 영업을 휴업 또는 폐업하거나 휴업한 후 영업을 다시 시작할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 등록면허세의 부과대상인 “면허”는 각종 법령에 규정된 면허ㆍ허가ㆍ인가ㆍ등록ㆍ지정ㆍ검사ㆍ검열ㆍ심사 등 특정한 영업설비 또는 행위에 대한 권리의 설정, 금지의 해제 또는 신고의 수리(受理) 등 행정청의 행위를 말한다 할 것이고, 등록면허세는 면허를 받는 행위 그 자체를 과세대상으로 하여 면허를 받는 자에게 과세하는 행위세적인 성격과 등록이라는 면허의 효력이 등록 말소되기 전까지 계속되는 행정행위에 의한 수익세적 성격을 가지고 있다 할 것인바(조심 2021지1413, 2021.12.29., 같은 뜻임), 「지방세법」에서 등록면허세에 대하여 영업기간에 따라 세율을 달리 정하거나, 휴업 또는 폐업에 따라 부과된 세액을 경정하는 등의 내용은 별도로 규정하고 있지 않고, 같은 법 제35조 제2항에서 면허의 유효기간이 정하여져 있지 아니하거나 그 기간이 1년을 초과하는 면허에 대하여는 매년 1월 1일에 그 면허가 갱신된 것으로 보아 매년 그 등록면허세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐이다.

(3) 청구인이 주장하는 2025년도부가세증명원만으로 “1년 이상 사실상 휴업 중인 사실”이 증명되었다고 볼 수 없다.(가) 휴업이란 사업자가 일시적으로 주된 영업활동을 정지하였으나 장래 재개 의사를 가지고 영업시설 등의 유지ㆍ관리 등을 행하는 상태를 말한다고 할 것이다.(나) 「지방세법 시행령」 제40조 제2항 제5호에 따른 “1년 이상 사실상 휴업 중인 사실”은 해당 면허의 성질, 운용 형태 등 전반적인 사항을 종합적으로 검토하여 판단하여야 할 것인바, 청구인은 2025년도부가세증명원에 납부할 세액이 0원이라고 주장만 하고 해당 자료를 제출하지 않았을 뿐만 아니라, 해당 자료가 사실이라 하더라도 쟁점면허와 관련하여 1년간 부가가치세 매출과표 및 세액이 없는 것이 영업활동에 따른 결과인지, 영업정지에 따른 결과인지 판단하기 어렵고, “1년 이상 사실상 휴업 중인 사실”을 증명할 만한 다른 자료가 제출되지 않았다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되므로 통신판매업 갱신에 따른 이 건 등록면허세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 2026.4.6. 기준 쟁점면허 신고 현황은 다음과 같다.

○

○

○(나) 2026.4.6. 기준 쟁점면허에 대한 사업자등록(국세청) 현황은 다음과 같고, A의 휴업기간은 2026.1.19. ∼ 2026.12.31.이다.

○

○

○(다) 청구인의 다른 통신판매업에 대한 사업자등록(국세청) 현황은 다음과 같다.

○

○

○(라) 처분청 공무원은 “청구인이 처분청에 2025년도부가세증명원을 제출하지 않았으나, 등록면허세를 비과세 처리한 다른 지방자치단체에는 제출한 것으로 보인다”는 입장이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제24조 제2호에서 면허를 받는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다고 규정하고, 같은 법 제23조 제2호에서 “면허”란 각종 법령에 규정된 면허ㆍ허가ㆍ인가ㆍ등록ㆍ지정ㆍ검사ㆍ검열ㆍ심사 등 특정한 영업설비 또는 행위에 대한 권리의 설정, 금지의 해제 또는 신고의 수리(受理) 등 행정청의 행위(법률의 규정에 따라 의제되는 행위를 포함한다)를 말하며 면허의 종별은 사업의 종류 및 규모 등을 고려하여 제1종부터 제5종까지 구분하여 대통령령으로 정한다고 규정하며, 같은 법 시행령 제39조, [별표 1] ＜제3종＞ 제89호에서 전자상거래법 제12조 제1항에 따른 통신판매업의 신고를 규정하고 있다.「지방세법」 제35조 제2항에서 면허의 유효기간이 정하여져 있지 아니하거나 그 기간이 1년을 초과하는 면허에 대하여는 매년 1월 1일에 그 면허가 갱신된 것으로 보아 보통징수의 방법으로 매년 그 등록면허세를 부과한다고 규정하고, 같은 법 제26조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제40조 제2항 제5호에서 매년 1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되는 해당 업종의 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.한편, 전자상거래법 제12조 제1항에서 통신판매업자는 상호, 주소, 전화번호(제1호), 전자우편주소, 인터넷도메인 이름, 호스트서버의 소재지(제2호) 등을 구청장에게 신고하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제3항에서 같은 조 제1항에 따라 신고한 통신판매업자는 그 영업을 휴업 또는 폐업하거나 휴업한 후 영업을 다시 시작할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되므로 통신판매업 갱신에 따른 이 건 등록면허세를 비과세하여야 한다고 주장하나,「지방세법」 제24조 제2호에서 면허를 받는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은 법 제23조 제2호 및 같은 법 시행령 제39조, [별표 1] ＜제3종＞ 제89호에 따르면 “면허”에는 전자상거래법 제12조 제1항에 따른 통신판매업의 신고가 포함되는 점,전자상거래법 제12조 제1항에서 통신판매업자는 상호(제1호) 등을 구청장에게 신고하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제3항에서 같은 조 제1항에 따라 신고한 통신판매업자는 그 영업을 휴업 또는 폐업하거나 휴업한 후 영업을 다시 시작할 때에는 신고하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, 신고의 유효기간을 정한 바 없으므로 쟁점면허는 「지방세법」 제35조 제2항에 따라 면허의 유효기간이 정하여져 있지 아니한 면허로서 매년 1월 1일에 그 면허가 갱신된 것으로 보아 매년 그 등록면허세가 부과되어야 하는 점,청구인은 쟁점면허가 2026.1.1. 현재 1년 이상 사실상 휴업 중이라는 사실을 증명할 수 있는 자료를 제출하지 않아 「지방세법」 제26조 제2항의 등록면허세 비과세 요건을 충족하지 못한 점 등을 고려하면, 처분청의 이 건 등록면허세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “면허”란 각종 법령에 규정된 면허ㆍ허가ㆍ인가ㆍ등록ㆍ지정ㆍ검사ㆍ검열ㆍ심사 등 특정한 영업설비 또는 행위에 대한 권리의 설정, 금지의 해제 또는 신고의 수리(受理) 등 행정청의 행위(법률의 규정에 따라 의제되는 행위를 포함한다)를 말한다.

이 경우 면허의 종별은 사업의 종류 및 규모 등을 고려하여 제1종부터 제5종까지 구분하여 대통령령으로 정한다.제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.

2. 면허를 받는 자(변경면허를 받는 자를 포함한다). 이 경우 납세의무자는 그 면허의 종류마다 등록면허세를 납부하여야 한다.제25조(납세지) ② 면허에 대한 등록면허세의 납세지는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 해당 면허에 대한 영업장 또는 사무소가 있는 면허: 영업장 또는 사무소 소재지2. 해당 면허에 대한 별도의 영업장 또는 사무소가 없는 면허: 면허를 받은 자의 주소지3. 제1호 및 제2호에 따른 납세지가 분명하지 아니하거나 납세지가 국내에 없는 경우에는 면허부여기관 소재지를 납세지로 한다.제26조(비과세) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기ㆍ등록 또는 면허에 대하여는 등록면허세를 부과하지 아니한다.

4. 면허의 단순한 표시변경 등 등록면허세의 과세가 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 면허제34조(세율) ① 면허에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)의 세율은 다음의 구분에 따른다.<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222095"></img>③ 제1항을 적용할 때 특별시ㆍ광역시는 인구 50만 이상 시로 보되, 광역시의 군지역은 군으로 본다.제35조(신고납부 등) ① 새로 면허를 받거나 그 면허를 변경받는 자는 면허증서를 발급받거나 송달받기 전까지 제25조 제2항의 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 그 등록면허세를 신고하고 납부하여야 한다.

다만, 유효기간이 정하여져 있지 아니하거나 그 기간이 1년을 초과하는 면허를 새로 받거나 그 면허를 변경받은 자는 「지방세기본법」 제34조에도 불구하고 새로 면허를 받거나 면허를 변경받은 때에 해당 면허에 대한 그 다음 연도분의 등록면허세를 한꺼번에 납부할 수 있다.② 면허의 유효기간이 정하여져 있지 아니하거나 그 기간이 1년을 초과하는 면허에 대하여는 매년 1월 1일에 그 면허가 갱신된 것으로 보아 제25조 제2항에 따른 납세지를 관할하는 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 납기에 보통징수의 방법으로 매년 그 등록면허세를 부과하고, 면허의 유효기간이 1년 이하인 면허에 대하여는 면허를 할 때 한 번만 등록면허세를 부과한다.

(2) 지방세법 시행령제39조(면허의 종류와 종별 구분) 법 제23조 제2호에 따른 면허의 종류와 종별 구분은 별표 1과 같다.<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>

■ [별표 1] </p></td></tr><tr><td><p>면허에 대한 등록면허세를 부과할 면허의 종류와 종별 구분(제39조 관련) </p></td></tr><tr><td><p> <span> </span> </p></td></tr><tr><td><p>＜제3종＞ </p> <p> 89. 「전자상거래 등에서의 소비자 보호에 관한 법률」 제12조 제1항에 따른 통신판매업의 신고, 「방문판매 등에 관한 법률」 제5조에 따른 전화권유판매업의 신고(같은 법 시행령 제9조 각 호에 해당하는 방문판매업자등은 제외한다), 같은 법 제13조 제1항(같은 법 제29조 제3항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따른 다단계판매업 및 후원방문판매업의 등록 </p></td></tr></tbody></table>제40조(비과세) ② 법 제26조 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 면허”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 면허를 말한다.

5. 매년 1월 1일 현재 1년 이상 사실상 휴업 중인 사실이 증명되는 해당 업종의 면허(3) 전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “통신판매”란 우편ㆍ전기통신, 그 밖에 총리령으로 정하는 방법으로 재화 또는 용역(일정한 시설을 이용하거나 용역을 제공받을 수 있는 권리를 포함한다. 이하 같다)의 판매에 관한 정보를 제공하고 소비자의 청약을 받아 재화 또는 용역(이하 “재화등”이라 한다)을 판매하는 것을 말한다.

다만, 「방문판매 등에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 전화권유판매는 통신판매의 범위에서 제외한다.3. “통신판매업자”란 통신판매를 업(業)으로 하는 자 또는 그와의 약정에 따라 통신판매업무를 수행하는 자를 말한다.제12조(통신판매업자의 신고 등) ① 통신판매업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 공정거래위원회 또는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 통신판매의 거래횟수, 거래규모 등이 공정거래위원회가 고시로 정하는 기준 이하인 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 상호(법인인 경우에는 대표자의 성명 및 주민등록번호를 포함한다), 주소, 전화번호2. 전자우편주소, 인터넷도메인 이름, 호스트서버의 소재지3. 그 밖에 사업자의 신원 확인을 위하여 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항③ 제1항에 따라 신고한 통신판매업자는 그 영업을 휴업 또는 폐업하거나 휴업한 후 영업을 다시 시작할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다.

(4) 전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률 시행령제17조(영업의 휴업ㆍ폐업 또는 휴업 후 영업재개의 신고) 법 제12조 제3항에 따라 통신판매업자가 그 영업을 휴업 또는 폐업하거나 휴업한 후 영업을 다시 시작할 때에는 미리 총리령으로 정하는 신고서를 공정거래위원회 또는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다. 다만, 폐업신고를 하는 경우에는 종전의 신고증 또는 사유서(신고증을 분실하거나 신고증이 훼손되어 첨부할 수 없는 경우로 한정한다)를 첨부하여야 한다.

(5) 전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률 시행규칙제10조(휴업ㆍ폐업 등의 신고) ①법 제12조 제3항 및 영 제17조에 따라 영업을 휴업 또는 폐업하거나 휴업한 후 영업을 다시 시작하려는 통신판매업자는 별지 제5호서식의 통신판매업 휴업ㆍ폐업ㆍ영업재개 신고서를 영업의 휴업ㆍ폐업 또는 영업재개 5일 전에 공정거래위원회 또는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

(6) 지방세기본법제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

2. 등록면허세나. 면허에 대한 등록면허세: 각종의 면허를 받는 때와 납기가 있는 달의 1일