1 중소기업 간의 통합에 따라 감면받은 취득세를 추징하는 경우 추징사유 발생 대상 기준을 출자자들 전체로 볼 것인지 아니면 개별 출자자들로 볼 것인지 여부2 추징사유 발생 대상을 개별 출자자들로 보더라도 출자지분을 처분하지 아니한 출자자의 현물출자 부동산은 취득세 추징대상에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 음식점·급식업 운영 및 컨설팅 등을 목적사업으로 영위하는 법인으로 2021.12.24. 임대사업을 영위하는 개인사업자 허정유, a, b, c(이하 “출자자들”이라 하고, a, b, c를 합하여 “쟁점출자자들”이라 한다)와 중소기업 통합을 위한 현물출자 계약(이하 “현물출자계약”이라 한다)을 체결하고, 2022.1.26. 아래 ＜표1＞의 서울특별시 OOO 외 3건의 토지와 건축물(이하 “쟁점사업용재산”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」 제57조의2 제3항 제5호(이하 “쟁점감면규정”이라 하고, 「지방세특례제한법」은 “지특법”이라 한다)에서 규정한 “「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 사업용 재산”으로 보아 취득세의 100분의 75 감면을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.＜표1＞ 쟁점사업용재산 내역

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○나. 이후 처분청은 쟁점출자자들이 중소기업 간의 통합으로 취득한 아래 ＜표2＞의 양도 전 청구법인 출자지분 중 100분의 50 이상을 5년 이내인 2022.2.18. A 주식회사(이하 “A”이라 한다)에게 양도한 사실을 확인하고, 2025.3.18. 쟁점감면규정 단서에 따라 청구법인이 쟁점사업용재산에 대하여 기 감면받은 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.＜표2＞ 청구법인 지분 보유 내역

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○한편, 쟁점출자자들은 조특법 제31조 제7항 제2호에 따라 특례가 적용되었던 이월과세액을 양도소득세로 모두 납부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점감면규정 단서에 따른 추징사유를 해석할 때, 조특법 제31조 제7항에서 규정한 ‘제1항을 적용받은 내국인’은 ‘각각의 내국인 개인주주들’이 아닌 ‘해당 사업용 재산을 양도하면서 조특법 제31조 제1항을 적용받은 내국인 개인주주들 전부’를 의미하는 것으로 해석하여야 한다.(가) 쟁점감면규정이 준용하고 있는 조특법 제31조의 해석 방법「국세기본법」 제18조 제1항은 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”고 규정하고 있고, 「지방세기본법」 제20조 제1항에서도 “이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”고 규정하여 세법을 합목적적으로 해석하도록 규정하고 있다.조특법 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

다만, 쟁점감면규정에 따라 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 조특법 제31조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.조특법 제31조 제7항은 제1호에서 ‘통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우’를, 제2호에서 ‘제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우’를 규정하고 있는데, 조특법 제31조는 사업용 재산을 양도한 ‘각각의 개인주주들’을 납세의무자로 하는 ‘양도소득세’에 관한 조항이고, 쟁점감면규정은 사업용 재산을 양도받은 ‘하나의 주식발행법인’을 납세의무자로 하는 ‘취득세’에 관한 조항이다.따라서 조특법 제31조 제7항을 준용하고 있는 쟁점감면규정의 추징사유를 해석할 때에는 양 조항의 적용대상인 세목과 납세의무자가 다르다는 점을 충분히 고려하여야 한다.

즉, 쟁점감면규정이 준용하고 있는 조특법 제31조를 해석할 때, 조특법 제31조 제7항에서 규정하고 있는 ‘제1항을 적용받은 내국인’은 ‘각각의 내국인 개인주주들’을 의미하는 것이 아니라, ‘해당 사업용 재산을 양도하면서 조특법 제37조 제1항을 적용받은 내국인 개인주주들 전부’를 의미한다고 해석하여야 한다. 이러한 해석은 지특법의 문언에 반한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 납세의무자 단위가 법인인 취득세의 본질적인 성격, 중소기업 통합을 지원하는 지특법 규정의 입법취지에 부합한다 할 것이다.(나) 조특법 제31조 및 쟁점감면규정을 처분청과 같이 해석한다면 매우 불합리한 결론에 이르게 된다.1) 중소기업간 통합으로 발행된 주식이 100만주라고 가정할 때 출자자 중 단 2주만 부여받은 소수지분권자가 있는 경우, 해당 소수지분권자가 5년이라는 긴 기간 중 한 번이라도 변심을 해서 그 지분 중 1주라도 처분한다면 나머지 99만 9,998주의 지분을 가진 다른 출자자들은 법인에 대한 취득세 추징이라는 큰 불이익을 받게 된다.위와 같이 해석한다면 쟁점감면규정은 이해관계를 같이 하는 매우 밀접한 자들로만 구성된 폐쇄적인 주주구성의 기업, 예컨대 부모, 자녀만으로 이루어진 기업만 지원하겠다는 것이고, 예컨대 제3자 간에 합작투자를 통하여 설립·운영되는 기업은 사실상 지원하지 않거나 언제든 지원이 끊길 수 있는 불안정한 위치에 두겠다는 것인바, 쟁점감면규정의 입법취지가 그와 같을 리가 전혀 없다.2) 한편, 쟁점감면규정이 일정 사유가 발생할 경우 과세관청으로 하여금 반드시 취득세를 경감하거나 면제하도록 하는 기속규정이라는 점을 고려하면, 위와 같은 불합리함은 더 분명히 드러난다.조특법 제31조 제1항은 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다”라고 규정하고 있는바, 납세자는 조특법 제31조 제1항에 따른 양도소득세 이월과세를 적용받을지 여부를 선택할 수 있다.그러나 쟁점감면규정은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 75를 경감한다”라고 규정하면서 경감 대상 재산을 ‘조특법 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’이라고 규정하고 있는바, 조특법 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 조특법 제31조에 따른 사업용고정자산을 양수하였다면 해당 법인의 의사와는 무관하게 취득세가 반드시 경감되어야만 하는데, 이 때 과세관청에게도 재량은 전혀 존재하지 아니하고, 위와 같은 요건이 충족되는 이상 과세관청은 취득세를 반드시 경감하여야만 하는 것이다.따라서 조특법 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인으로서는 양도소득세의 이월과세를 적용받은 개인들 중 일부가 사업용고정자산의 양도일로부터 5년 이내에 지분의 100분의 50 이상을 처분할 것이 우려되더라도 취득세를 경감받지 않고 전액 납부한다는 선택지가 존재하지 아니하고, 일단 취득세를 경감받은 후 추징사유가 발생하면 취득세 본세뿐만 아니라 무신고가산세, 납부지연가산세 및 이자상당액까지 납부하여야 할 수밖에 없게 된다.즉, 조특법 제31조 및 쟁점감면규정을 처분청과 같이 해석하게 되면, 애초에 법인은 취득세 감경 여부를 선택할 수 없으므로 법인으로서는 소수지분권자의 변심 또는 통합 당시부터 예상된 주주의 주식 양도라는 당해 법인이 통제할 수 없는 사유를 이유로 상당한 금액의 무신고가산세, 납부지연가산세 및 이자상당액을 부담할 수밖에 없게 되는 매우 불합리한 결과가 발생하게 된다.

이는 쟁점감면규정이 예정하거나 의도한 결과 또는 취지라고 볼 수 없다.(다) 적격분할에 관한 국세청과 행정안전부 유권해석의 차이를 보더라도 세목의 성격에 따라 세법규정을 합목적적으로 해석해야 함을 알 수 있다.지특법 제57조의2 제3항 제2호는 「법인세법」 제47조 제1항의 요건을 갖춘 물적분할(적격물적분할)로 인하여 취득하는 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있다.

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○「법인세법」 제47조 제1항은 같은 법 제46조 제2항, 제3항의 요건을 준용하도록 정하고 있으므로 결국 같은 법 제46조 제2항, 제3항의 요건을 충족한 물적분할은 적격물적분할에 해당한다.

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○이에 대해 국세청은 “내국법인이 「법인세법」 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 물적분할을 하였으나, 분할법인이 취득한 분할신설법인 주식의 가액보다 분할신설법인에게 승계하는 순자산의 세무상 장부가액이 많아 양도차손이 발생한 경우에는 비적격물적분할에 해당하는 것”이라고 해석(국세청 법규법인 2012-458, 2013.1.28.)하고 있다.그러나 행정안전부는 지특법에서 정한 물적분할의 요건을 모두 갖추어 분할하였으나 양도차손이 발생할 경우, 분할로 인하여 취득하는 재산에 대해 취득세를 감면할 수 있는지 여부와 관련하여 “분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식 등을 취득한 경우로서 「법인세법」 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 경우라면, 물적분할 시 양도손익이 발생할 경우에도 지특법 제57조의2 제3항 제2호에 따라 취득세를 면제할 수 있는 것”이라고 해석(행정안전부 지방세특례제도과-405, 2016.2.23.)하여 국세청과 다른 입장을 취하였다.(라) 「법인세법」에서 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법을 준용하는 방식에 관한 법원 판결도 세목 및 관련 규정 취지의 차이 등을 고려하여 합목적적으로 세법규정을 해석하고 있다.구 「법인세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제89조는 제1항에서 상장주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 ‘그 거래일의 한국거래소 최종시세가액’이라고 규정하고 있고, 제2항에서 시가가 불분명한 경우에는 ‘상증세법 제63조 등을 준용하여 평가한 가액(즉, 상증세법상 보충적 평가방법을 준용하여 평가한 가액)’에 따르도록 규정하고 있으며, 상증세법 제63조 제1항 제1호 가목은 상장주식을 ‘평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액’으로 평가하도록 규정하고 있다.이에 따라 상장주식을 장외거래하는 경우 구 「법인세법 시행령」 규정을 문언 그대로 해석하여 적용하면, 그 「법인세법」상 시가는 ‘평가기준일(계약체결일) 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액’이 된다.그러나 과세관청은 상장주식을 장외에서 거래한 납세자 법인에게 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세하면서 해당 상장주식의 시가를 ‘양해각서 체결일 이전 2개월 동안의 한국거래소 최종시세가액의 평균액’으로 보아 과세하였고, 이에 대하여 법원은 ① 세목 및 관련 규정 취지의 차이(상증세법상 보충적 평가방법은 상속 또는 증여재산가액의 정확한 평가를 목적으로 하는 반면, 「법인세법」상 부당행위계산 부인에서 시가는 거래 당시를 기준으로 부당한 행위인지 여부를 판단하는 기준으로서의 역할을 함), ② 납세자에게 과도한 부담이 되는지 여부를 고려하여 법인세 과세를 함에 있어 상증세법의 문언을 기계적으로 적용하지 않고 일부 제한적으로만 준용한 과세논리가 합리적이라고 판단(서울고등법원 2019.3.20. 선고 2018누66199 판결)하였다.

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○(마) 이와 같이 ① 지특법의 문언, ② 납세의무자 단위가 법인인 취득세의 본질적인 성격, ③ 중소기업 통합을 지원하는 지특법 규정의 입법취지뿐만 아니라 ④ 적격물적분할 및 시가 관련하여 법령마다 문언이 같더라도 각각의 세목 및 관련 규정 취지의 차이 및 납세자에게 과도하거나 불합리한 부담이 발생하게 되는지 여부를 고려하여 다르게 해석한 유권해석 및 판례 등을 종합하면, 이 사건에서도 쟁점감면규정 및 조특법 제31조 제7항 제2호를 적용할 때 ‘해당 사업용 재산을 양도하면서 조특법 제37조 제1항을 적용받은 내국인 전부’를 기준으로 100분의 50 이상 처분 여부를 판단하는 것이 타당하고 합리적인바, ‘각각의 내국인 개인주주들’을 기준으로 그 중 1명의 개인주주라도 주식을 100분의 50 이상 처분하였다면 주식발행법인이 감경받은 취득세 전부가 추징되어야 한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 부당하다.

(2) 설령 처분청 의견과 같이 조특법 제31조 제7항에서 규정한 ‘제1항을 적용받은 내국인’을 ‘각각의 내국인 개인’이라고 해석한다 하더라도 출자자들 중 허정유가 청구법인에게 양도한 부동산에 대한 취득세는 추징되어서는 아니된다.처분청은 쟁점출자자들이 처분한 주식수가 청구법인 발행주식총수의 100분의 50에 달하지 않음에도 쟁점출자자들 각각의 개인주주들을 기준으로 보유주식의 각 100분의 50 이상을 처분한 자가 있다는 이유로 이 사건 처분을 하였다.그러나 설령 처분청 의견과 같이 취득세 추징 여부를 판단하더라도 취득세 추징 대상 부동산은 이월받은 전체 양도소득세액 중 추징되는 세액 비율을 곱한 지분만큼이어야 한다.

이 사건에서 중소기업 간의 통합으로 인하여 문제되는 양도소득세와 취득세 납부의무는 모두 쟁점사업용재산의 양도로 인한 것이기 때문이다.처분청은 취득세 추징 사유를 판단할 때에는 양도소득세와 마찬가지로 ‘각각의 내국인 개인주주들’을 기준으로 판단하면서도, 막상 추징 대상이 되는 취득세액은 양도소득세와 달리 그 전부라고 판단하였는데, 이는 그 자체로 모순이다.즉, 설령 처분청 의견과 같이 취득세 추징 사유가 발생하였다고 보더라도 쟁점출자자들의 주식 처분으로 인하여 취득세 추징이 이루어지는 것인 이상, 그 취득세 추징 범위도 쟁점사업용재산 중 청구법인이 쟁점출자자들의 현물출자로 인하여 취득한 부분으로 한정되어야 하는바, 청구법인이 출자자들 중 허정유의 현물출자로 취득한 부동산에 대한 취득세 추징은 부당하다.

(3) 이상에서 살펴본 바와 같이, ① 쟁점감면규정에서 인용하고 있는 조특법 제31조 제7항의 ‘제1항을 적용받은 내국인’은 ‘해당 사업용 재산을 양도하면서 조특법 제37조 제1항을 적용받은 내국인 개인주주들 전부’라고 해석하여야 하는바, 처분청이 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 부당하고, ② 설령 처분청 의견과 같이 ‘제1항을 적용받은 내국인’을 ‘각각의 내국인 개인주주들’이라고 해석한다 하더라도, 적어도 청구법인이 출자자들 중 허정유의 현물출자로 인하여 취득한 부동산에 대한 취득세 추징은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점감면규정을 해석할 때에는 엄격한 해석이 필요하다.(가) 지특법의 입법취지를 고려해 보면, 단순히 감면 혜택만을 주겠다는 시혜적 법률이 아니라 혜택의 범위를 한정하겠다는 제한적 법률이라고 볼 수 있다. 대법원은 “헌법 제59조 ‘조세의 종목과 세율은 법률로 정한다’는 조세법률주의의 원칙에 따르면, 조세법률의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다”고 판시하였다(대법원 2019.5.30. 선고 2019두33934 판결).(나) 헌법재판소 역시 “조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고, 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하는 것이다”라고 판시하였다(헌법재판소 1996.6.26. 선고 93헌바2 결정).(다) 이와 같이 쟁점감면규정을 해석함에 있어서도 조세평등의 원칙에 따라 엄격한 해석이 이루어져야 할 것이다.

(2) 쟁점감면규정을 해석할 때 ‘제1항을 적용받은 내국인’은 ‘각각의 내국인 개인’을 의미한다.(가) 쟁점감면규정은 “조특법 제31조에 따른 중소기업간 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다”고 규정하면서, 다만 “조특법 제31조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다”고 규정하고 있고,감면대상을 규정한 조특법 제31조 제1항은 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다”라고 규정하고 있으며,감면 추징사유를 규정한 조특법 제31조 제7항은 “제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우(제1호) 및 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우(제2호)가 발생할 때에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다”고 규정하고 있고,처분 등의 판단기준을 규정한 조특법 시행령 제28조 제10항은 “ 조특법 제31조 제7항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다.

다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하면서 각 호에서 ‘해당 내국인(제1, 2, 4, 5, 6호)’과 ‘해당 내국법인(제3호)’을 구분하여 제1호부터 제6호까지 나열하고 있다.(나) 쟁점감면규정에서는 해당 규정을 적용함에 있어 조특법 제31조의 규정을 적용하도록 규정하고 있을 뿐, ‘제1항을 적용받은 내국인’에 대한 기준을 별도로 두고 있지 아니하고, 조특법 제31조 제1항에서 이월과세를 적용받은 내국인이라 함은 양도소득세 납부대상이 되는 개별 내국인을 의미하는 것이며, 처분 등의 판단기준을 규정한 조특법 시행령 제28조 제10항에서도 각 호에서 ‘해당 내국인(제1, 2, 4, 5, 6호)’과 ‘해당 내국법인(제3호)’을 구분하여 제1호부터 제6호까지 나열하고 있는 점을 고려할 때 조특법 제31조 제7항 제2호에서 감면 추징사유로 규정한 ‘100분의 50이상 처분’의 대상은 ‘각각의 내국인 개인’으로 해석함이 타당하다.따라서 쟁점출자자들이 쟁점사업용재산을 현물출자하여 출자지분을 양수한 이후 출자지분의 100분의 50 이상을 5년 이내 처분한 사실이 확인되는 이상, 이 건 처분은 적법하다 할 것이다.

(3) 청구법인은 출자자들 중 허정유의 현물출자로 취득한 부동산에 대한 취득세 추징은 취소되어야 한다고 주장하나, 쟁점감면규정 단서에서 “사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 조특법 제31조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다”라고 규정하고 있고, 조특법 제31조 제7항 제2호에서는 “제1항을 적용받는 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우”로 한정하고 있는바, 법문대로 해석하면 ‘제1항을 적용받은 내국인’인 ‘각각의 내국인 출자자들’ 중 쟁점출자자들이 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하였으므로 청구법인이 쟁점사업용재산을 양수하면서 경감받은 취득세는 추징 대상에 해당되는 것이다.또한, 현물출자로 취득하는 부동산에 대한 추징 요건은 각각의 내국인 출자자들이 양도한 지분이 100분 50 이상인 경우에 감면된 취득세를 추징하는 것으로서 출자자들 중 어느 1인의 출자지분 양도 여부와 관계 없이 그 추징 요건이 성립하면 감면받은 취득세를 추징하는 것인바, 출자자들 중 허정유가 출자지분을 양도하지 아니하였다 하더라도 허정유의 출자지분 비율에 해당하는 부분을 취득세 추징세액에서 제외할 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 중소기업 간의 통합에 따라 감면받은 취득세를 추징하는 경우 추징사유 발생(출자지분 50% 이상 처분) 대상 기준을 출자자들 전체로 볼 것인지 아니면 개별 출자자들로 볼 것인지 여부② 추징사유 발생 대상을 개별 출자자들로 보더라도 출자지분을 처분하지 아니한 출자자의 현물출자 부동산은 취득세 추징 대상에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 출자자들과 청구법인이 2021.12.24. 체결한 중소기업 간의 통합을 위한 현물출자계약서에 의하면, 출자자들과 청구법인은 위 ＜표1＞과 같은 출자자들 보유 쟁점사업용재산을 청구법인에게 현물출자하는 방식으로 중소기업 간의 통합을 위한 현물출자계약을 체결한 것으로 나타난다.(2) 2021.12.31. 및 2022.5.3. 기준 청구법인의 사원명부에 의하면, 출자자들은 쟁점사업용재산을 청구법인에게 현물출자하고 위 ＜표2＞의 양도 전 출자지분을 양수하였고, 이후 5년 이내인 2022.2.18. 위 ＜표2＞의 양도 후 출자지분과 같이 출자자들 중 허정유는 출자지분을 양도한 사실이 없고, 쟁점출자자들만 출자지분 중 100분의 50 이상(a 71.3%, b 및 c 100%)을 A에게 양도하였으며, 쟁점출자자들이 A에게 양도한 지분은 주식발행총수 대비 49.4%에 해당하는 것으로 나타난다.

(3) 출자자들의 이월과세적용 신청서에 의하면, 출자자들은 쟁점사업용재산을 청구법인에게 현물출자한 후 조특법 시행령 제28조 제3항에 따라 이월과세적용 신청서를 각 관할 세무서장에게 제출한 것으로 나타나고, 쟁점출자자들은 각각의 출자지분을 A에게 양도한 후 조특법 제31조 제7항 제2호에 따라 특례가 적용되었던 이월과세액을 양도소득세로 모두 납부하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점감면규정을 해석할 때 조특법 제31조 제7항의 ‘제1항을 적용받은 내국인’을 ‘양도소득세 이월과세 특례를 적용받은 내국인 개인주주들 전부’로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점감면규정의 입법취지는 중소기업의 대형화를 통한 경쟁력 강화에 있는바, 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업이 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동질성이 유지되는 것으로, ⅰ)통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자는 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자이어야 하고, ⅱ)통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 하는 점,출자자들 중 a, b, c는 중소기업 통합에 따라 본인들의 임대사업장(토지 및 건물)을 현물출자하였다가 5년 이내에 중소기업 통합으로 취득한 본인들의 주식 100분의 50 이상을 처분하여 임대사업장별 사업의 동질성 요건이 결여된 경제적 실질에 변화가 생긴 것으로 보아 이월과세액을 양도소득세로 각각 신고·납부하였고, 청구법인은 지특법 제57의2 제3항 제5호 단서에 따라 취득세 추징 사유가 발생하게 된 점,양도소득세와 취득세는 세목과 납세의무자가 다르긴 하나, 그 이유만으로 조특법 제31조 제7항에서 규정하고 있는 ‘제1항을 적용받은 내국인’을 ‘양도소득세 이월과세 특례를 적용받은 내국인 개인주주들 전부’로 해석하는 것이 타당하다고 단정할 수 없고, 위와 같이 해석할 경우 개별 출자자들이 이월과세액을 양도소득세로 납부한 반면, 출자받은 법인은 취득세 감면 혜택이 유지되는 결과가 초래되어 법 조문상 명백히 취득세 추징 사유에 해당함에도 취득세 추징 규정 자체가 사문화될 수 있어 보이는 점 등에 비추어,처분청에서 출자자들 중 a, b, c가 중소기업 간의 통합으로 취득한 청구법인의 출자지분 중 100분의 50 이상을 5년 이내에 양도한 것으로 보아 청구법인이 쟁점사업용재산에 대하여 기 감면받은 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 현물출자로 취득하는 부동산에 대한 추징 요건은 각각의 내국인 출자자들이 양도한 지분이 100분 50 이상인 경우에 감면된 취득세를 추징하는 것으로서 출자자들 중 어느 1인의 출자지분 양도 여부와 관계 없이 그 추징 요건이 성립하면 감면받은 취득세를 추징하여야 한다는 의견이나,관련 규정에서는 추징 사유가 발생한 지분별로 추징할 것인지, 전체를 추징할 것인지에 대해 명확하게 규정하고 있지 아니하여 그 추징 범위가 불분명한 것으로 보이는 점,조특법 제31조 제7항은 “제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다”라고 규정하면서 제2호에서 “제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우”를 규정하고 있어 ‘통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하지 아니한 출자자’는 이월과세액의 양도소득세 납부 대상에서 제외되는바, 쟁점감면규정과 조특법상 중소기업 간의 통합 시 양도소득세 이월과세 특례와의 정합성을 유지하는 측면에서 취득세 추징 대상 사업용재산은 전체 이월과세액 중 추징되는 세액 비율에 해당하는 지분에 국한되는 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어,출자자들 중 출자지분을 양도하지 아니한 허정유의 현물출자 사업용재산은 취득세 추징 대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.6.8. 법률 제18209호로 일부개정 된 것)제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

다만, 제1호의 경우 2019년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 75를, 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 25를 각각 경감하고, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다.5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산. 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법(2021.8.10. 법률 제18371호로 일부개정 된 것)제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우(3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32416호로 개정된 것)제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.⑩ 법 제31조 제7항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 법 제31조 제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 “해당 내국인”이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우3. 해당 내국법인이 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우4. 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우6. 해당 내국인이 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우

1. 서울특별시 종로구청장이 2025.3.18. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 출자자들 중 허정유가 청구법인에게 현물출자한 사업용재산의 보유 지분 비율에 따른 취득세 등을 추징대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.