적법한 심판청구인지 여부

1. 처분개요가. 청구인은 2016.1.21. A(이하 “피상속인”이라 한다)의 사망으로 서울특별시 구로구 OOO 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다) 등을 상속으로 취득하고, 2016.7.31. 처분청에 2016.1.21. 상속분 상속세를 신고하면서 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제18조의2에 따라 상속재산가액 중 쟁점부동산에 대해 OOO원의 가업상속공제를 받았다.

나. 청구인은 2024.2.28. 쟁점부동산을 양도하고, 상속으로 취득한 당시의 평가액을 취득가액으로 하여 2024.4.7. 처분청에 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2025.9.30. 「소득세법」 제97조의2 제4항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 추가하여 수정신고·납부하였다. 이후 청구인은 2025.12.31. 수정신고의 취소를 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2026.2.27. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점규정은 가업을 승계한 상속인에게 막대한 양도소득세 부담을 전가하므로 불합리하다. 쟁점규정에 따라 가업상속공제를 받은 자산의 양도 시 취득가액은 피상속인의 최초 취득가액으로 하는바, 상속 이전에 발생한 가치상승분에 대해서도 양도소득세가 과세되어 가업상속공제제도를 사실상 무력화시키고, 이중과세의 여지도 있다.

(2) 쟁점규정과 달리, 「소득세법」 제97조의2 제1항은 배우자 또는 직계존비속으로부터 증여를 받은 경우 이월과세 적용을 규정하면서도, 같은 조 제2항에서 비자발적 의사로 토지가 수용된 경우에는 예외를 규정하고 있다. 증여와 달리 상속이라는 비자발적 사건에 관한 규정임에도 쟁점규정 관련 예외조항이 없는바, 이는 입법의 미비이다.

(3) 가업상속공제는 상증세법 제18조의2 제5항에 따라 사후관리의 대상인바, 사후관리 요건을 성실하게 이행한 후 양도하면 쟁점규정이 적용되는 반면 사후관리 의무를 위반하면 쟁점규정이 적용될 여지가 없다. 즉, 쟁점규정은 사후관리를 성실히 이행하는 납세자에게 오히려 불이익을 줄 가능성이 있다.

(4) 최근 국세청은 가업상속공제 적용대상 및 한도 확대, 사후관리 완화 등 지속적으로 제도개선 및 장려·홍보 중인데, 쟁점규정은 2014년 신설 규정으로 최근 정부 정책 방향에 역행한다고 보인다. 또한 납세자의 조세 관련 예측가능성을 심각하게 훼손하여 납세자의 재산권을 부당하게 침해하고 있기 때문에 폐지되어야 하며, 이를 근거로 경정청구를 거부한 처분은 취소됨이 타당하다.

나. 처분청 의견(1) 가업상속공제는 원활한 가업승계를 유도하기 위해 상속세 부담을 경감하는 제도일 뿐, 피상속인이 보유한 동안의 자본이득에 대한 양도소득세까지 비과세로 보는 것은 아니다. 만약 상속인이 가업상속공제 받은 자산을 양도할 때 상속당시 가액을 취득가액으로 하면 피상속인의 보유기간 동안의 자본이득에 대해 양도소득세가 과세되지 않아 과세 형평을 저해하는 문제가 발생하여, 이를 해결하고자 2014년 쟁점규정이 신설되었다.

즉, 이중과세의 문제는 없으며, 실제로 청구인이 가업상속공제로 받은 상속세 경감 혜택은 OOO원인 반면, 쟁점규정으로 인한 추가 납부할 양도소득세 산출세액은 OOO원에 불과하다.

(2) 청구인은 쟁점규정은 비자발적 사건인 상속에 관한 것임에도 예외 조항이 없어 입법 미비라고 주장하나, 가업상속공제는 상속세 경감 혜택을 주는 제도로, 양도소득세까지 혜택을 주는 이중혜택을 막기 위해 쟁점규정이 신설된 이상 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. 또한 가업상속공제 사후관리 요건을 위반하는 경우, 경감받은 상속세액을 추징하게 되는바, 그 추징률은 기간에 따라 80∼100%로 사후관리를 이행한 납세자보다 불이익을 준다. 따라서 사후관리에 대한 합리성 위배라는 청구인 주장도 이유 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점규정에 따라 이월과세를 적용하여 쟁점부동산의 취득가액을 피상속인의 취득가액으로 계산한 처분의 당부나. 관련 법률(1) 소득세법 제97조의2 (양도소득의 필요경비 계산 특례) ① 거주자가 양도일부터 소급하여 10년(제94조 제1항 제3호에 따른 자산의 경우에는 1년) 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속(양도 당시 사망한 경우는 제외한다.

이하 이 항에서 같다)으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호 및 제3호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따르되, 다음 각 호의 기준을 적용한다.(각 호 생략)② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우④ 「상속세 및 증여세법」 제18조의2 제1항에 따른 공제(이하 이 항에서 “가업상속공제”라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따른다. 다만, 취득가액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 피상속인의 취득가액(제97조 제1항 제1호에 따른 금액) × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 이 조에서 “가업상속공제적용률”이라 한다)2. 상속개시일 현재 해당 자산가액 × (1 - 가업상속공제적용률)(2) 상속세 및 증여세법 제18조의2 (가업상속공제) ① 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 가업[대통령령으로 정하는 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업(상속이 개시되는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 직전 3개 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 매출액 평균금액이 5천억원 이상인 기업은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)으로서 피상속인이 10년 이상 계속하여 경영한 기업을 말한다. 이하 같다]의 상속(이하 “가업상속”이라 한다)에 해당하는 경우에는 가업상속 재산가액에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 한도로 한다.

1. 피상속인이 10년 이상 20년 미만 계속하여 경영한 경우 : 300억원⑤ 가업상속공제를 받은 상속인이 상속개시일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항에 따라 공제받은 금액에 해당일까지의 기간을 고려하여 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액(제1호에 해당하는 경우에는 가업용 자산의 처분 비율을 추가로 곱한 금액을 말한다)을 상속개시 당시의 상속세 과세가액에 산입하여 상속세를 부과한다.

이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 부과하는 상속세에 가산한다.(각 호 생략)다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료를 통해 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점부동산 등기사항전부증명서 및 가업상속공제신고서를 통해 청구인이 2016.1.21. 협의분할에 의한 상속으로 쟁점부동산을 취득한 사실, 가업상속공제를 받은 사실, 2024.2.28. B·C에게 매매로 양도한 사실이 확인된다.(나) 처분청은 2025.9.10. 청구인에게 ‘가업상속공제 관련 자료 제출 안내’를 통지하였으며, 이에 청구인이 OOO원에 대하여 수정신고한 사실이 확인된다.

또한, 청구인의 경정청구서 및 처분청의 경정청구 결정서가 각 제출되었다.(다) 처분청이 제출한 쟁점규정의 제·개정이유는 아래 ＜그림＞과 같다.＜그림＞ 쟁점규정의 제·개정이유

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정이 이중과세 가능성, 이월과세 예외규정 부재, 사후관리 합리성 위배 등의 사유로 부당한 규정이라고 주장하나,원활한 가업승계 지원이 피상속인의 보유기간 동안의 자본이득에 대한 양도소득세 면제까지도 의도한다고 보기 어려운 점, 가업상속공제의 사후관리 요건을 위반한 경우 감면된 상속세액이 추징되어 의무 이행한 경우에 비해 오히려 불이익이 발생한다고 볼 수 없는 점, 법령의 위헌·위법 여부는 우리 원의 심리 범위에 해당하지 아니한바(조심 2024서4192, 2025.10.30. 참조), 쟁점규정을 위헌이라고 결정한 사례는 확인되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점규정을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.